胖尾刺虫(纤毛门,旋毛纲,下毛目)16s小亚基单位核糖体RNA基因的序列测定及其系统地位初探 被引量：1

1

作者 陈子桂 商慧敏 宋微波 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第2期98-102,共5页

对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出... 对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出来 ,其次是属刺虫属和双眉虫属 (Diophrys) ,其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群 游仆亚目 (Euplotina)。同时 ,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分 :散毛亚目 (Sporadortrichina) ,排毛亚目 (Stichotrichina)和尾柱亚目 (Urostylina)。这与形态学资料是吻合的。 展开更多

关键词 纤毛门 旋毛纲 下毛目 RNA基因 纤毛虫 胖尾刺虫 16s小亚基单位核糖体 序列测定

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赣南柑桔黄龙病菌16S rDNA、16S/23S rDNA间隔区和核糖体蛋白基因的遗传多样性 被引量：1

2

作者 谢昌平 姚林建 +2 位作者 夏宜林 黄爱军 易龙 《中国南方果树》 北大核心 2017年第2期41-45,共5页

为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋... 为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因的多态性,并对3个基因片段进行测序,分析序列的碱基含量、碱基转换率与颠换率、相似性、核苷酸遗传距离和系统进化特征。结果表明,供试赣南柑桔黄龙病菌样品在3个基因片段上的RFLP指纹图谱均一致,未表现出多态性,且序列相似性均在98%~100%;序列碱基中的GC含量以16SrDNA最大,序列碱基的转换率/颠换率以16SrDNA最小;赣南柑桔黄龙病菌样品与亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus之间的序列相似性最大、核苷酸遗传距离最小,在系统进化中归属亚洲种。 展开更多

关键词 柑桔黄龙病 16s RDNA 16s/23s rDNA间隔区 核糖体蛋白基因 RFLP 序列分析

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金黄色葡萄球菌的API-STAPH生化鉴定及核糖体分型分析(英文) 被引量：8

3

作者 钟玮 冯震 +1 位作者 鲍英 徐伟东 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期354-359,共6页

食源性致病金黄色葡萄球菌的筛查和检测备受关注,传统的生化鉴定方法存在耗时长和灵敏度低等缺陷,本文以原核生物核糖体小亚基为主要研究对象,利用16S核糖体RNA测序和核糖体基因分型技术对46株金黄色葡萄球菌进行了鉴定和分型,结果表明:... 食源性致病金黄色葡萄球菌的筛查和检测备受关注,传统的生化鉴定方法存在耗时长和灵敏度低等缺陷,本文以原核生物核糖体小亚基为主要研究对象,利用16S核糖体RNA测序和核糖体基因分型技术对46株金黄色葡萄球菌进行了鉴定和分型,结果表明:API-STAPH生化方法鉴定的准确率为93%,而分子生物学鉴定的准确率≥99%;全自动微生物核糖体基因分型系统将46株金黄色葡萄球菌分为22个Ribogroup。上述研究将食源性金黄色葡萄球菌的鉴定上升到"亚型"的高度,16S核糖体RNA测序和核糖体分型技术可为食源性致病菌的风险监测提供有力的技术支持。 展开更多

关键词 金黄色葡萄球菌 API-sTAPH生化鉴定 16s RRNA 全自动核糖体分型

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败血支原体16S rRNA基因的克隆与核酸序列分析 被引量：9

4

作者 丁铲 于圣青 +1 位作者 刘晓文 王永山 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 1999年第2期134-136,共3页

从败血支原体Ｄ９６０４株培养物中直接快速提取染色体ＤＮＡ；构建了ＭＧ基因文库，以ＰＣＲ扩增１６ＳｒＲＮＡ基因全长片段，并对其进行了核苷酸序列分析。结果表明，Ｄ９６０４株与Ａ５９６９株只有５个核苷酸的差异，同源性为９９... 从败血支原体Ｄ９６０４株培养物中直接快速提取染色体ＤＮＡ；构建了ＭＧ基因文库，以ＰＣＲ扩增１６ＳｒＲＮＡ基因全长片段，并对其进行了核苷酸序列分析。结果表明，Ｄ９６０４株与Ａ５９６９株只有５个核苷酸的差异，同源性为９９．６７％。 展开更多

关键词 败血支原体 16s核糖体RNA 序列分析 鸡

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福建省常见尸食性蝇类的COⅠ及16S rDNA序列鉴定 被引量：3

5

作者 卓荦 毛佳雄 +4 位作者 陈建山 宋鹏 林澍 夏胜海 陈煌 《法医学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期749-754,共6页

目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方... 目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方法收集福建9个地区案件现场捕获的常见尸食性蝇类样本22只,经形态学鉴定后提取DNA,扩增COⅠ及16S rDNA基因片段,测序后上传GeneBank数据库,使用BLAST、MEGA 10.0软件进行序列比对、同源性分析以及种内和种间遗传距离分析,并采用非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)分别构建福建省常见尸食性蝇类COⅠ及16S rDNA基因片段序列的系统发育树。结果经形态学鉴定,共收集到3科5属6种常见尸食性蝇类。基因序列分析结果显示,16S rDNA基因片段序列的种间遗传距离均数为1.8%~8.9%,种内遗传距离均数为0.0%~2.4%;COⅠ基因片段序列的种间遗传距离均数为7.2%~13.6%,种内遗传距离均数为0.0%~6.3%。结论COⅠ和16S rDNA基因片段序列均能够对不同蝇种的种属进行鉴别,16S rDNA对于福建省常见丽蝇科尸食性蝇类的种属鉴别价值更高。 展开更多

关键词 法医病理学 法医遗传学 法医昆虫学 尸食性蝇类 聚类分析 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 16s核糖体脱氧核糖核酸 福建

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细菌16S rRNA基因芯片的构建及其在细菌鉴定中的应用 被引量：9

6

作者 薛建亚 翁心华 +1 位作者 朱利平 万谟彬 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期919-921,共3页

目的:构建细菌16SrRNA基因芯片,并将其应用于细菌检测。方法:根据细菌16S rRNA基因保守区设计合成针对革兰阳性细菌、革兰阴性细菌的通用探针,以及针对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌的特异性探针,并构建基因芯片。利用所构建... 目的:构建细菌16SrRNA基因芯片,并将其应用于细菌检测。方法:根据细菌16S rRNA基因保守区设计合成针对革兰阳性细菌、革兰阴性细菌的通用探针,以及针对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌的特异性探针,并构建基因芯片。利用所构建的芯片检测相应细菌,并观察其特异性及敏感性。结果:成功构建了相应的基因芯片;所构建的基因芯片能准确检出相应细菌,无交叉阳性现象,检测时间约需6 h;所构建的基因芯片能检测出DNA含量为15 fg的大肠埃希菌基因组DNA。结论:细菌16S rRNA基因芯片可用于细菌的检测,具有良好的特异性及敏感性,且耗时少。 展开更多

关键词 RNA 核糖体 16s 基因芯片 细菌

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水环境细菌16S rDNA限制性片段长度多型性及群落结构分析 被引量：17

7

作者 李志岗 杨官品 朱艳红 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期111-115,共5页

用细菌１６Ｓ核糖体ＲＮＡ基因（ｒＤＮＡ）限制性片段长度多型性描述了水环境细菌群落结构。从环境水样中直接分离 ＤＮＡ，以细菌特异的引物扩增 １６５ ｒＤＮＡ，构建质粒文库，随机分离重组质粒，用限制性内切酶消化获得 １６Ｓ ... 用细菌１６Ｓ核糖体ＲＮＡ基因（ｒＤＮＡ）限制性片段长度多型性描述了水环境细菌群落结构。从环境水样中直接分离 ＤＮＡ，以细菌特异的引物扩增 １６５ ｒＤＮＡ，构建质粒文库，随机分离重组质粒，用限制性内切酶消化获得 １６Ｓ ｒＤＮＡ基因型，用基因型的种类及频率描述特定水体生境的细菌群落结构。该方法在分析水体隐含遗传多样性、揭示污染的生物学效应和评价水环境质量等方面具有重要的应用价值。 展开更多

关键词 16s核糖体RNA基因 限制性片段长度多态性 细菌群落 水环境 环境污染 评价

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垃圾填埋场中降解纤维素细菌的16S rDNA分析 被引量：4

8

作者 杨虹 杭晓敏 李道棠 《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第10期1500-1502,1515,共4页

用机械破壁法直接提取来自垃圾填埋场滤液样本中的细菌总 DNA,以细菌通用引物对p A/p H和梭状芽孢杆菌属 ( Clostridium) Cluster 特异引物对 Clos71 5 /Clos1 45 2 ,针对细菌 1 6Sr DNA进行“网式”PCR扩增 ,获得 1 5 0 0 bp和 75 0 b... 用机械破壁法直接提取来自垃圾填埋场滤液样本中的细菌总 DNA,以细菌通用引物对p A/p H和梭状芽孢杆菌属 ( Clostridium) Cluster 特异引物对 Clos71 5 /Clos1 45 2 ,针对细菌 1 6Sr DNA进行“网式”PCR扩增 ,获得 1 5 0 0 bp和 75 0 bp的扩增片段 ,选择一阳性扩增产物克隆和测序 .序列分析结果表明 ,垃圾填埋场滤液中含有降解纤维素细菌 ,且与 RDP数据库中的 Clostridi-um Cluster 展开更多

关键词 16s RDNA 垃圾填埋场 降解纤维素细菌 梭状芽孢杆菌属 核糖体DNA 机械破壁法 序列分析

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海南橡胶藻18S rDNA与16S rDNA二级结构构建及分析 被引量：1

9

作者 常凯军 谭德冠 +2 位作者 李定琴 孙雪飘 张家明 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第27期12965-12967,共3页

[目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。... [目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。[结果]橡胶藻16S rRNA在639位点(E.coli序列编号)有一个46 bp的插入片段,该片段能形成一个完美的双发夹结构,对16SrRNA的正常折叠不会产生影响。[结论]这一双发夹结构在其他物种的叶绿体rDNA中还未见报道过。 展开更多

关键词 18s核编码核糖体RNA 16s叶绿体编码核糖体RNA I类内含子 双发夹结构

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16SrRNA的分子生物学方法分析牛奶中的细菌菌群 被引量：18

10

作者 李引强 朱宝利 +4 位作者 吴俊 王秋涯 高可心 律娜 张庆波 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第20期255-260,共6页

选择4个不同生产厂家的市售牛奶作为研究对象,提取牛奶中细菌的基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)-克隆-测序的方法获得牛奶中菌群的16S rRNA-V3区序列信息,运用生物信息学分析牛奶中细菌种类、菌群多样性和菌群结构;荧光定量PCR法测... 选择4个不同生产厂家的市售牛奶作为研究对象,提取牛奶中细菌的基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)-克隆-测序的方法获得牛奶中菌群的16S rRNA-V3区序列信息,运用生物信息学分析牛奶中细菌种类、菌群多样性和菌群结构;荧光定量PCR法测定样品中的细菌总数。结果表明:各品牌牛奶中均含有大量细菌的16S rRNA-V3区DNA序列;牛奶样品中测序共得到472条16S rRNA-V3区序列,其中有452条序列可以明确鉴定到属,包括3个革兰氏阳性菌属和14个革兰氏阴性菌属;20条序列可以鉴定到纲的水平。各品牌牛奶中细菌总数均处于相对较高水平;4个厂家牛奶间菌群分布不同,菌群多样性存在差异。 展开更多

关键词 市售牛奶 16s核糖体核糖核酸(16s rRNA) 菌群分布 细菌总数

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16S rRNA基因测序在法医学中的研究进展 被引量：4

11

作者 宋国庆 曹禹 +4 位作者 李辉 马克 赵雪莹 邹凯南 周怀谷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期542-548,共7页

法医微生物是目前法医学研究的前沿热点之一。16S rRNA基因由于其保守性与特异性并存的特点,是法医学鉴定的理想标记。伴随着高通量测序技术的快速发展,对微生物的研究已逐步应用于环境、医疗等多个领域。在法医学领域,以16S rRNA基因... 法医微生物是目前法医学研究的前沿热点之一。16S rRNA基因由于其保守性与特异性并存的特点,是法医学鉴定的理想标记。伴随着高通量测序技术的快速发展,对微生物的研究已逐步应用于环境、医疗等多个领域。在法医学领域,以16S rRNA基因测序为代表的法医微生物研究成果也逐步应用于法医学实践中的生物检材鉴定、个体识别、死亡时间推断、地域推断等方面,为案件的侦查提供线索,为传统方法作为补充和辅助。本文阐述了16S rRNA基因测序应用于法医学领域的研究方法和相关测序技术,综述了其在法医学领域的研究进展,探讨了16S rRNA在法医学中的应用价值和潜力。 展开更多

关键词 法医遗传学 RNA 核糖体 16s 遗传学 微生物 综述

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基于1H-NMR和16S rDNA测序技术探讨针与灸不同刺激方法对大鼠结肠代谢物和肠道菌群的影响 被引量：11

12

作者 曹思慧 陈琳 +3 位作者 何灏龙 李祖强 刘琼 刘密 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1620-1633,共14页

目的:观察针刺与艾灸两种不同干预方法对健康SD大鼠结肠代谢物和肠道菌群调节作用的差异。方法:将33只健康SD大鼠随机分为空白组、针刺组和艾灸组,每组各11只。空白组大鼠仰卧固定在治疗台上,不予任何干预,连续7 d;针刺组以不锈钢针灸... 目的:观察针刺与艾灸两种不同干预方法对健康SD大鼠结肠代谢物和肠道菌群调节作用的差异。方法:将33只健康SD大鼠随机分为空白组、针刺组和艾灸组,每组各11只。空白组大鼠仰卧固定在治疗台上,不予任何干预,连续7 d;针刺组以不锈钢针灸针针刺大鼠双侧上巨虚穴和天枢穴,留针15 min,连续干预7 d;艾灸组采用温和灸,将艾条置于大鼠双侧上巨虚穴和天枢穴上方3~5 cm处,使皮肤温度维持在(45±5)℃之间,每次15 min,连续干预7 d。干预结束后,取各组大鼠结肠组织和粪便样品,运用质子核磁共振(proton nuclear magnetic resonance,1H-NMR)技术检测各组大鼠结肠组织代谢物,分析并筛选大鼠结肠组织差异代谢物;16S核糖体DNA(ri-bosomal DNA,rDNA)测序技术检测各组大鼠肠道菌群丰度和多样性的变化情况,并比较差异菌群。结果:代谢组学检测结果显示,与空白组相比,针刺组大鼠结肠组织中代谢物组氨酸、缬氨酸和丁酸含量显著上升(P<0.05),艾灸组大鼠结肠组织中代谢物胆碱和肌醇含量显著上升(P<0.05或P<0.01);与针刺组相比,艾灸组大鼠结肠组织中代谢物甲酸和乙酸含量显著上升(P<0.05)。菌群多样性分析显示,与空白组相比,针刺组和艾灸组大鼠肠道菌群的Chao1指数和基于丰度的覆盖估计值(abundance-based coverage estimator,ACE)均显著上升(P<0.05);在菌群门和属水平上,针、灸干预后部分有益菌丰度上升,部分条件致病菌丰度下降。结论:针刺与艾灸两种不同干预方法对健康SD大鼠结肠代谢物和肠道菌群的调节存在差异性:针刺更擅长调节酸类代谢失衡所导致的胃肠道疾病,艾灸更适用于脂质代谢异常引发的代谢类疾病;针刺与艾灸对肠内微生态环境具有良性调节作用;针刺能通过影响肠道菌群的结构和丰度缓解胃肠道疾病。 展开更多

关键词 针灸 代谢组学 肠道菌群 质子核磁共振 16s核糖体DNA测序

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基于16S rRNA基因序列对不同土壤细菌群落的差异性分析 被引量：4

13

作者 宋国庆 李辉 +4 位作者 马克 赵雪莹 沈忆文 谢建辉 周怀谷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期187-193,共7页

目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息... 目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息学软件量化或可视化后,比较分析草地、树林和沙滩3类土壤样本间细菌群落多样性和丰度的差异。结果草地、树林和沙滩土壤样本细菌群落的alpha多样性指数差异具有统计学意义,三类土壤细菌群落的物种相对丰度和多样性差异明显,草地土壤中酸杆菌门相对丰度较高,树林土壤中变形菌门相对丰度较高,沙滩土壤中放线菌门相对丰度较高。但人工草地、天然草地和工业区草地土壤细菌群落差异无统计学意义。结论基于16S rRNA基因序列测序可以有效区分不同类别土壤,该方法有望为刑事案件第一犯罪现场判读提供线索。 展开更多

关键词 法医病理学 法医遗传学 土壤微生物学 DNA 细菌 RNA 核糖体 16s 生物多样性 高通量测序

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基于COⅠ和16S rRNA基因的涉案鸟类残体鉴定 被引量：2

14

作者 刘大伟 应耿迪 +4 位作者 周用武 费宜玲 吴文达 谢春平 侯森林 《野生动物学报》 北大核心 2022年第3期715-724,共10页

利用线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)和16S核糖体RNA(16S rRNA)基因鉴定某公安机关查获的1件鸟类残体所属物种。结果表明:鸟类残体样本的COⅠ、16S rRNA基因片段与白枕鹤(Antigone vipio)对应的序列相似度均不低于98.98%,遗... 利用线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)和16S核糖体RNA(16S rRNA)基因鉴定某公安机关查获的1件鸟类残体所属物种。结果表明:鸟类残体样本的COⅠ、16S rRNA基因片段与白枕鹤(Antigone vipio)对应的序列相似度均不低于98.98%,遗传距离分别为0.001~0.007和0。基于这2个基因片段构建系统发育树,显示鸟类残体样本与白枕鹤均聚为一支,鉴定该鸟类残体属白枕鹤所有。得到的COⅠ和16S rRNA基因片段可作为鉴定鹤科(Gruidae)鸟类的分子标记。 展开更多

关键词 鸟类残体 物种鉴定 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 16s核糖体RNA

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基于NRPS基因筛选鉴定产生环脂肽葡萄附生细菌的研究 被引量：4

15

作者 王傲 杨柯 +2 位作者 吕曼 史雅凝 辛志宏 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期164-170,共7页

本研究采用平板稀释法和斜面分离纯化技术,从夏黑葡萄中筛选分离到5株附生细菌,提取菌株的基因组DNA,PCR扩增16S r DNA序列,产物纯化后进行克隆测序,利用MEGA 6.0软件对序列进行同源性比对分析,构建系统进化树后,将5株附生细菌分别鉴定... 本研究采用平板稀释法和斜面分离纯化技术,从夏黑葡萄中筛选分离到5株附生细菌,提取菌株的基因组DNA,PCR扩增16S r DNA序列,产物纯化后进行克隆测序,利用MEGA 6.0软件对序列进行同源性比对分析,构建系统进化树后,将5株附生细菌分别鉴定为克雷伯肺炎杆菌(Klebsiella pneumoniae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、克考氏菌(Kocuria marina)、嗜气芽孢杆菌(Bacillus aerophilus)、类芽孢杆菌(Paenibacillus agaridevorans)。在此基础上,以非核糖体多肽合成酶基因(non-ribosomal peptide compounds synthetase,NRPS)为靶点,筛选到含有目的条带的菌株PTWA2,经系统发育树预测该菌株能够产生环脂肽类化合物。该菌株发酵产物经有机溶剂萃取、常压硅胶柱层析、Sephedex LH-20等分离手段纯化得到一个单体化合物,采用核磁共振和质谱方法鉴定该化合物为环脂肽Surfactin A。该研究结果为以功能基因定向筛选产生环脂肽化合物的菌株提供了新的研究方法与理论依据。 展开更多

关键词 附生菌 16s RDNA 序列分析 非核糖体多肽合成酶 系统发育树 结构鉴定

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肠道菌群与乙型肝炎肝硬化

16

作者 李艳男 李长政 《临床肝胆病杂志》 北大核心 2025年第3期552-555,共4页

乙型肝炎肝硬化是我国肝硬化最主要组成部分,由肝炎发展到肝硬化后患者病死率明显增加。大量研究证实肠道菌群会影响乙型肝炎肝硬化病程进展,包括对炎症反应和肠道免疫调节的影响、对HBV的抑制、产生氨类物质等。本文就乙型肝炎肝硬化... 乙型肝炎肝硬化是我国肝硬化最主要组成部分,由肝炎发展到肝硬化后患者病死率明显增加。大量研究证实肠道菌群会影响乙型肝炎肝硬化病程进展,包括对炎症反应和肠道免疫调节的影响、对HBV的抑制、产生氨类物质等。本文就乙型肝炎肝硬化肠道菌群变化的研究进展进行综述,归纳通过干预肠道菌群治疗乙型肝炎肝硬化的新思路。 展开更多

关键词 乙型肝炎 肝硬化 胃肠道微生物组 RNA 核糖体 16s

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尿路菌群在女性急性单纯性和反复发作性下尿路感染特征 被引量：1

17

作者 文翔 吴建国 +4 位作者 肖天兵 黄余清 陈燕 熊杰 贾蓓 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期311-317,共7页

目的:观察尿路菌群在急性单纯性和反复发作性下尿路感染的不同特征,以探索反复发作性尿路感染(recurrent urinary tract infection,rUTI)诊治新方向。方法:纳入2020年5月至2021年9月重庆医科大学附属第一医院和奉节县人民医院的单纯下... 目的:观察尿路菌群在急性单纯性和反复发作性下尿路感染的不同特征,以探索反复发作性尿路感染(recurrent urinary tract infection,rUTI)诊治新方向。方法:纳入2020年5月至2021年9月重庆医科大学附属第一医院和奉节县人民医院的单纯下尿路感染女性患者53例,分为急性组27例和反复组26例,收集尿液标本进行尿培养并采用16s核糖体核糖核酸(16 sribosomal ribonucleic acid,16srRNA)二代测序检测尿液中菌群。结果:(1)2组尿路菌群在菌门中,俭菌超门急性组平均值0.004 9±0.0026,反复组平均值0.002 8±0.001 8,浮霉菌门急性组平均值0.003 5±0.001 9,反复组平均值0.002 3±0.002 0,差异有统计学意义(t=3.444、2.160,P=0.001、0.035);在菌属中,急性组相对丰度平均值较高的菌属中,苍白杆菌属急性组平均值0.026 9±0.010 9,反复组平均值0.017 1±0.010 3,差异有统计学意义(t=3.372,P=0.001);(2)急性组的α多样性分值中位数与反复组相比,差异无统计学意义;β多样性急性组矩阵距离中位数为0.277(0.225,0.361),反复组矩阵距离中位数为0.319(0.240,0.519),差异无统计学意义(F=2.259、R=0.042、P=0.027);(3)组间相对丰度中位数具有明显差异的分类单元有α变形杆菌纲等。结论:急性组和反复组的菌群多样性、菌群相对丰度、优势菌群差异明显。 展开更多

关键词 尿路感染 尿路菌群 16s核糖体核糖核酸

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妊娠期糖尿病产妇初乳的菌群分析 被引量：1

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作者 苟拉 王安迪 张华 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期486-492,共7页

目的:前瞻性研究妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)与正常产妇初乳菌群的丰度以及对其多样性进行评估分析。方法:选取符合纳入标准的30例GDM产妇作为实验组,30例健康产妇作为对照组,分娩方式均为剖宫产。从所有受试者乳... 目的:前瞻性研究妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)与正常产妇初乳菌群的丰度以及对其多样性进行评估分析。方法:选取符合纳入标准的30例GDM产妇作为实验组,30例健康产妇作为对照组,分娩方式均为剖宫产。从所有受试者乳汁标本中分离获得DNA,在Illumina MiSeq平台进行16s rRNA基因V3~V4区扩增子高通量测序。结果:正常组与GDM组之间评估菌群的丰度指数的Ace指数有统计学差异(P=0.039)。2组研究对象的菌群在除Ace指数外的Alpha多样性上无差异,但在Beta多样性,差异有统计学意义(P=0.001)。GDM产妇母乳中厚壁菌门和变形菌门、链球菌科和孪生球菌科、链球菌属和罗斯氏菌属的相对丰度平均值均低于对照组,而放线菌门、葡萄球菌科、葡萄球菌属的相对丰度平均值较对照组水平更高。结论:GDM产妇与健康产妇初乳菌群的丰度以及多样性均有差异,GDM母乳中厚壁菌门以及变形菌门相对丰度的减少,可能对其子代早期肠道菌群的建立及早期的生长发育产生影响。定量母乳菌群的构成对该人群及其子代有特殊意义。 展开更多

关键词 妊娠期糖尿病 母乳微生物 16s核糖体RNA

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一株产耐高温碱性蛋白酶菌株的筛选 被引量：21

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作者 武波 蒋承建 +1 位作者 陈以涛 唐纪良 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期16-20,共5页

通过形态观察和 16SrDNA序列同源性比较 ,将一株产耐高温碱性蛋白酶菌株GXD990 1初步鉴定为枯草芽胞杆菌 (Bacillussubtilis)。对GXD990 1菌株产蛋白酶的培养条件进行分析表明 ,最佳产酶培养基为 :麦芽糖 3%、NH4 H2 PO4 0 3%、MnCl2 0... 通过形态观察和 16SrDNA序列同源性比较 ,将一株产耐高温碱性蛋白酶菌株GXD990 1初步鉴定为枯草芽胞杆菌 (Bacillussubtilis)。对GXD990 1菌株产蛋白酶的培养条件进行分析表明 ,最佳产酶培养基为 :麦芽糖 3%、NH4 H2 PO4 0 3%、MnCl2 0 0 5%、KCl0 0 5%、Fe2 (SO4 ) 30 0 0 1%、K2 HPO4 0 1% ,pH11 2。在 37℃培养 6 0h后 ,蛋白酶活力达到546 展开更多

关键词 枯草芽胞杆菌 耐高温碱性蛋白酶 16s核糖体DNA 筛选

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实时荧光PCR法鉴定食品中双歧杆菌 被引量：8

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作者 肖其胜 杨捷琳 +2 位作者 杨惠琴 丁卓平 何宇平 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第20期177-182,共6页

根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该... 根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该方法对市售25 份标示含双歧杆菌样品进行检测.结果表明：该检测方法可特异性检测双歧杆菌属细菌,对近缘的乳杆菌属、链球菌属及食品中常见菌群包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等均无扩增.双歧杆菌DNA检测绝对灵敏度可达到2 pg,相对灵敏度可达到104 CFU/mL.重复性测试表明相对标准偏差小于1%.同时进行了杂菌干扰检测实验,在培养物水平和纯基因组DNA水平上将青春双歧杆菌ATCC15703与大肠杆菌ATCC25922混合进行检测,检出Ct值较纯菌检测时无显著影响,表明建立的荧光PCR方法抗干扰能力良好.对25 份市售实际样品进行测试,有5 份标识含有“双歧杆菌”的样品未检测出双歧杆菌成分.本研究所建立的实时荧光PCR法能准确、快速检测食品中双歧杆菌属细菌. 展开更多

关键词 实时荧光聚合酶链式反应 双歧杆菌 16s核糖体RNA 鉴定

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