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基于16S核糖体DNA基因测序技术探讨分消走泄法对支气管哮喘大鼠肠道菌群的影响 被引量:2
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作者 刘璐佳 杨阳 +1 位作者 景伟超 王有鹏 《环球中医药》 CAS 2024年第2期223-231,共9页
目的 采用16S核糖体DNA(16S ribo-somal DNA,16S rDNA)基因测序技术,研究白果温胆汤对支气管哮喘大鼠肠道菌群结构的影响。方法 将72只SPF级雄性SD大鼠随机分为空白组、模型组、地塞米松组及白果温胆汤高、中、低剂量组,每组12只。以卵... 目的 采用16S核糖体DNA(16S ribo-somal DNA,16S rDNA)基因测序技术,研究白果温胆汤对支气管哮喘大鼠肠道菌群结构的影响。方法 将72只SPF级雄性SD大鼠随机分为空白组、模型组、地塞米松组及白果温胆汤高、中、低剂量组,每组12只。以卵清蛋白致敏并激发制备哮喘大鼠模型。实验过程中观察记录各组大鼠的精神状态、食量、饮水量、呼吸及毛发光泽等情况的变化;观察各组大鼠肺组织HE染色病理改变结果;采用16S rDNA Miseq高通量测序观察肠道菌群情况,通过OTU聚类分析方法、Alpha多样性分析方法、Beta多样性分析方法分析肠道菌群多样性,通过SPSS 25.0分析比较不同干预方法下大鼠肠道菌群结构的差异。结果 (1)行为学观察结果:白果温胆汤高、中、低剂量组及地塞米松组大鼠精神状态、饮食饮水量、毛发、呼吸均有不同程度的改善。(2)模型组大鼠肺气管上皮破损,肺间隔增厚,炎性细胞增多。各治疗组与模型组比较,均有一定改善。(3)造模后,与空白组比较,模型组大鼠肠道菌群丰度Chao1指数及Observed_species指数、Faith’s PD指数、Pielou_e指数、Shannon指数均有下降趋势;地塞米松组大鼠肠道菌群各指数均有明显下降,差异均具有统计学意义(P<0.05)。与地塞米松组比较,白果温胆汤低、中剂量组Pielou_e指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P<0.05),白果温胆高剂量组Chao1指数、Observed_species指数、Faith’s PD指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P<0.05);与白果温胆低剂量比较,白果温胆汤高剂量组Faith’s PD指数有明显上升,差异具有统计学意义(P<0.05)。(4)经过Beta多样性分析,造模后大鼠肠道菌群空白组与模型组、空白组与地塞米松组、模型组与各治疗组、地塞米松组与白果温胆汤各剂量组、白果温胆汤低剂量组与白果温胆汤中、高剂量组之间具有差异性(P<0.05)。(5)在科水平上,模型组大鼠乳杆菌科和梭菌科相对比例升高,脱硫弧菌科、消化链球菌科、瘤胃球菌科和拟杆菌门S24-7菌科相对比例降低。结论 白果温胆汤可改善哮喘大鼠肺组织炎症浸润,其作用机制可能与其恢复肠道菌群的多样性、丰富度及调节菌群结构有关。 展开更多
关键词 哮喘 分消走泄法 白果温胆汤 肠道菌群 16s核糖体DNA
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胖尾刺虫(纤毛门,旋毛纲,下毛目)16s小亚基单位核糖体RNA基因的序列测定及其系统地位初探 被引量:1
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作者 陈子桂 商慧敏 宋微波 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第2期98-102,共5页
对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出... 对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出来 ,其次是属刺虫属和双眉虫属 (Diophrys) ,其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群 游仆亚目 (Euplotina)。同时 ,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分 :散毛亚目 (Sporadortrichina) ,排毛亚目 (Stichotrichina)和尾柱亚目 (Urostylina)。这与形态学资料是吻合的。 展开更多
关键词 纤毛门 旋毛纲 下毛目 RNA基因 纤毛虫 胖尾刺虫 16s小亚基单位核糖体 序列测定
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赣南柑桔黄龙病菌16S rDNA、16S/23S rDNA间隔区和核糖体蛋白基因的遗传多样性 被引量:1
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作者 谢昌平 姚林建 +2 位作者 夏宜林 黄爱军 易龙 《中国南方果树》 北大核心 2017年第2期41-45,共5页
为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋... 为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因的多态性,并对3个基因片段进行测序,分析序列的碱基含量、碱基转换率与颠换率、相似性、核苷酸遗传距离和系统进化特征。结果表明,供试赣南柑桔黄龙病菌样品在3个基因片段上的RFLP指纹图谱均一致,未表现出多态性,且序列相似性均在98%~100%;序列碱基中的GC含量以16SrDNA最大,序列碱基的转换率/颠换率以16SrDNA最小;赣南柑桔黄龙病菌样品与亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus之间的序列相似性最大、核苷酸遗传距离最小,在系统进化中归属亚洲种。 展开更多
关键词 柑桔黄龙病 16s RDNA 16s/23s rDNA间隔区 核糖体蛋白基因 RFLP 序列分析
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16SrDNA测序在儿童自发性细菌性腹膜炎病原学诊断中的作用 被引量:1
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作者 黄君华 黄凤霞 +1 位作者 张书婉 余建华 《山西医科大学学报》 CAS 2016年第8期764-767,共4页
目的探讨Sanger法测序用于快速鉴定儿童自发性细菌性腹膜炎病原菌的价值。方法用临床常见的16种细菌和3种真菌及人类基因组DNA验证一对新的16S rDNA通用引物PSL/P13P的特异性和敏感性;收集86例疑似自发性细菌性腹膜炎儿童的腹水标本5 ml... 目的探讨Sanger法测序用于快速鉴定儿童自发性细菌性腹膜炎病原菌的价值。方法用临床常见的16种细菌和3种真菌及人类基因组DNA验证一对新的16S rDNA通用引物PSL/P13P的特异性和敏感性;收集86例疑似自发性细菌性腹膜炎儿童的腹水标本5 ml,其中4 ml常规细菌培养,剩余1 ml用于提取细菌DNA进行16S rDNA-PCR;对阳性扩增产物进行测序并通过BLAST比对鉴定菌种,与培养鉴定结果进行比较。结果 3种真菌及人类基因组PCR均为阴性,16种细菌PCR阳性,PSL/P13P的检测下限为102CFU/ml。86例标本培养阳性率26.7%(23/86),PCR阳性率45.3%(39/86),二者差异具有统计学意义(χ~2=14.06,P〈0.05)。在37例PCR及测序阳性标本中,革兰阴性杆菌占73.0%(27/37),以大肠埃希菌为主(14/37,占37.8%),革兰阳性球菌占27.0%(10/37),其中肠球菌最多(7/37,占18.9%)。结论通用引物PSL/P13P具有良好的特异性和敏感性,检出率较常规培养方法高,结合测序能很好地鉴定自发性细菌性腹膜炎病原菌,可作为一种新的检测技术和流行病学方法在临床应用;儿童自发性细菌性腹膜炎病原菌以革兰阴性杆菌为主,尤以大肠埃希菌最常见。 展开更多
关键词 自发性细菌性腹膜炎 16s核糖体核糖核酸 细菌 测序 儿童
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16SrRNA的分子生物学方法分析牛奶中的细菌菌群 被引量:17
5
作者 李引强 朱宝利 +4 位作者 吴俊 王秋涯 高可心 律娜 张庆波 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第20期255-260,共6页
选择4个不同生产厂家的市售牛奶作为研究对象,提取牛奶中细菌的基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)-克隆-测序的方法获得牛奶中菌群的16S rRNA-V3区序列信息,运用生物信息学分析牛奶中细菌种类、菌群多样性和菌群结构;荧光定量PCR法测... 选择4个不同生产厂家的市售牛奶作为研究对象,提取牛奶中细菌的基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)-克隆-测序的方法获得牛奶中菌群的16S rRNA-V3区序列信息,运用生物信息学分析牛奶中细菌种类、菌群多样性和菌群结构;荧光定量PCR法测定样品中的细菌总数。结果表明:各品牌牛奶中均含有大量细菌的16S rRNA-V3区DNA序列;牛奶样品中测序共得到472条16S rRNA-V3区序列,其中有452条序列可以明确鉴定到属,包括3个革兰氏阳性菌属和14个革兰氏阴性菌属;20条序列可以鉴定到纲的水平。各品牌牛奶中细菌总数均处于相对较高水平;4个厂家牛奶间菌群分布不同,菌群多样性存在差异。 展开更多
关键词 市售牛奶 16s核糖体核糖核酸(16s rRNA) 菌群分布 细菌总数
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PCR法检测16S rRNA基因在败血症诊断中的价值 被引量:4
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作者 刘宁 刘金辉 姚全良 《山东医药》 CAS 北大核心 2010年第3期97-98,共2页
目的评价外周血细菌16S rRNA基因检测诊断败血症的敏感性及特异性。方法利用通用引物对6种常见细菌16S rRNA基因进行扩增,通过阳性菌株及阴性对照检测引物的特异性;观察不同退火温度及不同细菌浓度下PCR检测效果;检测败血症患者及正常... 目的评价外周血细菌16S rRNA基因检测诊断败血症的敏感性及特异性。方法利用通用引物对6种常见细菌16S rRNA基因进行扩增,通过阳性菌株及阴性对照检测引物的特异性;观察不同退火温度及不同细菌浓度下PCR检测效果;检测败血症患者及正常人血液标本中的16S rRNA基因表达,并与血培养结果进行比较,评价其诊断意义。结果6种阳性菌株均出现特异阳性条带,阴性质控未出现阳性条带;不同退火温度对PCR结果无明显影响,以55、58℃最佳;PCR方法的最低细菌检测浓度为1.5×103cfu/ml;观察组血培养阳性率为38.3%(23/60),血液16S rRNA基因阳性表达率为86.6%(52/60),P<0.01。结论PCR法检测16S rRNA基因用于败血症诊断特异性及敏感性强,但应注意规范操作、避免污染。 展开更多
关键词 败血症 RNA 核糖体 16s 聚合酶链反应
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垃圾填埋场中降解纤维素细菌的16S rDNA分析 被引量:4
7
作者 杨虹 杭晓敏 李道棠 《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第10期1500-1502,1515,共4页
用机械破壁法直接提取来自垃圾填埋场滤液样本中的细菌总 DNA,以细菌通用引物对p A/p H和梭状芽孢杆菌属 ( Clostridium) Cluster 特异引物对 Clos71 5 /Clos1 45 2 ,针对细菌 1 6Sr DNA进行“网式”PCR扩增 ,获得 1 5 0 0 bp和 75 0 b... 用机械破壁法直接提取来自垃圾填埋场滤液样本中的细菌总 DNA,以细菌通用引物对p A/p H和梭状芽孢杆菌属 ( Clostridium) Cluster 特异引物对 Clos71 5 /Clos1 45 2 ,针对细菌 1 6Sr DNA进行“网式”PCR扩增 ,获得 1 5 0 0 bp和 75 0 bp的扩增片段 ,选择一阳性扩增产物克隆和测序 .序列分析结果表明 ,垃圾填埋场滤液中含有降解纤维素细菌 ,且与 RDP数据库中的 Clostridi-um Cluster 展开更多
关键词 16s RDNA 垃圾填埋场 降解纤维素细菌 梭状芽孢杆菌属 核糖体DNA 机械破壁法 序列分析
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海南橡胶藻18S rDNA与16S rDNA二级结构构建及分析 被引量:1
8
作者 常凯军 谭德冠 +2 位作者 李定琴 孙雪飘 张家明 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第27期12965-12967,共3页
[目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。... [目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。[结果]橡胶藻16S rRNA在639位点(E.coli序列编号)有一个46 bp的插入片段,该片段能形成一个完美的双发夹结构,对16SrRNA的正常折叠不会产生影响。[结论]这一双发夹结构在其他物种的叶绿体rDNA中还未见报道过。 展开更多
关键词 18s核编码核糖体RNA 16s叶绿体编码核糖体RNA I类内含子 双发夹结构
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基于NRPS基因筛选鉴定产生环脂肽葡萄附生细菌的研究 被引量:4
9
作者 王傲 杨柯 +2 位作者 吕曼 史雅凝 辛志宏 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期164-170,共7页
本研究采用平板稀释法和斜面分离纯化技术,从夏黑葡萄中筛选分离到5株附生细菌,提取菌株的基因组DNA,PCR扩增16S r DNA序列,产物纯化后进行克隆测序,利用MEGA 6.0软件对序列进行同源性比对分析,构建系统进化树后,将5株附生细菌分别鉴定... 本研究采用平板稀释法和斜面分离纯化技术,从夏黑葡萄中筛选分离到5株附生细菌,提取菌株的基因组DNA,PCR扩增16S r DNA序列,产物纯化后进行克隆测序,利用MEGA 6.0软件对序列进行同源性比对分析,构建系统进化树后,将5株附生细菌分别鉴定为克雷伯肺炎杆菌(Klebsiella pneumoniae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、克考氏菌(Kocuria marina)、嗜气芽孢杆菌(Bacillus aerophilus)、类芽孢杆菌(Paenibacillus agaridevorans)。在此基础上,以非核糖体多肽合成酶基因(non-ribosomal peptide compounds synthetase,NRPS)为靶点,筛选到含有目的条带的菌株PTWA2,经系统发育树预测该菌株能够产生环脂肽类化合物。该菌株发酵产物经有机溶剂萃取、常压硅胶柱层析、Sephedex LH-20等分离手段纯化得到一个单体化合物,采用核磁共振和质谱方法鉴定该化合物为环脂肽Surfactin A。该研究结果为以功能基因定向筛选产生环脂肽化合物的菌株提供了新的研究方法与理论依据。 展开更多
关键词 附生菌 16s RDNA 序列分析 核糖体多肽合成酶 系统发育树 结构鉴定
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SLE患者血液分离出口腔纤毛菌1例 被引量:2
10
作者 陈开森 宋秋月 +3 位作者 陈小文 曾令兵 余阳 伍晨辉 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2016年第7期617-619,共3页
目的对从SLE患者血液分离的1株口腔纤毛菌进行鉴定及药敏试验。方法用生化鉴定ANC卡及手工方法进行综合鉴定;采用16S r DNA基因测序复核鉴定;K-B法检测菌株药物敏感性。结果该菌为厌氧、兼性微需氧的革兰阴性长杆菌。ANC卡鉴定为死亡梭... 目的对从SLE患者血液分离的1株口腔纤毛菌进行鉴定及药敏试验。方法用生化鉴定ANC卡及手工方法进行综合鉴定;采用16S r DNA基因测序复核鉴定;K-B法检测菌株药物敏感性。结果该菌为厌氧、兼性微需氧的革兰阴性长杆菌。ANC卡鉴定为死亡梭杆菌(鉴定率88%),结合鉴定卡部分生化反应、生长试验、触酶试验、氧化酶试验及菌落形态特征鉴定为口腔纤毛菌。16S r DNA基因序列显示该菌与口腔纤毛菌的相似度最高,为99%。该菌除对万古霉素及庆大霉素抑菌圈直径小于10 mm外,对其他检测药物抑菌圈直径均大于20 mm。结论该血培养菌为口腔纤毛菌,16S r DNA基因序列分析是少见菌鉴定的有效工具。 展开更多
关键词 口腔纤毛菌 生化鉴定 核糖体16s测序分析 药敏试验
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蛤蚧及其混伪品基于12S rRNA序列的Bar-HRM鉴定研究 被引量:5
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作者 苏燕燕 丁丹丹 +1 位作者 马婷玉 向丽 《中国现代中药》 CAS 2019年第9期1197-1205,共9页
目的:为实现蛤蚧与其常见混伪品的高效鉴别和掺伪检测,并建立蛤蚧中药材的DNA条形码-高分辨率熔解曲线(Bar-HRM)鉴别方法。方法:本研究收集了7个物种48份动物样品和10份蛤蚧粉。基于12S核糖体核糖核酸(12S rRNA)序列对蛤蚧及其6种常见... 目的:为实现蛤蚧与其常见混伪品的高效鉴别和掺伪检测,并建立蛤蚧中药材的DNA条形码-高分辨率熔解曲线(Bar-HRM)鉴别方法。方法:本研究收集了7个物种48份动物样品和10份蛤蚧粉。基于12S核糖体核糖核酸(12S rRNA)序列对蛤蚧及其6种常见混伪品进行高分辨率熔解曲线(HRM)鉴定研究并测序验证。采用HRM方法进行灵敏度和掺伪检测分析,并对市场蛤蚧粉进行检测验证。结果:蛤蚧及其6种常见混伪品均可通过12S rRNA-HRM曲线分析进行鉴别;可实现纳克级的准确检测,最低掺伪检测限为1%;10份市售蛤蚧粉中6份质量可疑。结论:基于12S rRNA序列的Bar-HRM技术可实现蛤蚧与其常见混伪品的准确鉴别,在掺伪检测中具有独特优势,对市场药材的快速检测及质量评估有一定应用价值。 展开更多
关键词 蛤蚧 12s核糖体核糖核酸基因 高分辨率熔解曲线 鉴别
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阿尔茨海默病患者肠道菌群改变与认知功能损伤的相关性
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作者 杨庚林 白布加甫·高娃 +1 位作者 居西昆·阿合买提 哈米萨木·艾合买提江 《山西医科大学学报》 CAS 2024年第8期1042-1049,共8页
目的探讨阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)患者肠道菌群改变及其与认知功能损伤相关性。方法根据临床痴呆评定量表(CDR),将35例AD患者分为轻中度组(n=15)和重度组(n=20),收集两组患者的粪便样本,对粪便标本进行16S rRNA高通量测... 目的探讨阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)患者肠道菌群改变及其与认知功能损伤相关性。方法根据临床痴呆评定量表(CDR),将35例AD患者分为轻中度组(n=15)和重度组(n=20),收集两组患者的粪便样本,对粪便标本进行16S rRNA高通量测序分析粪便中微生物群的组成和肠道菌群β多样性。采用调查问卷及量表调查AD患者的一般情况、抑郁状态及认知损伤程度。通过血液检测AD患者白细胞、甘油三酯、胆固醇、高密度脂蛋白(HDL)、低密度脂蛋白(LDL)、载脂蛋白A(ApoA)、载脂蛋白B(ApoB)、载脂蛋白E(ApoE)、脂蛋白a(Lpa)、血糖(Glu)、糖化血红蛋白(HbA1c),采用R软件进行粪便菌群与上述指标的相关性分析。结果AD重度组简易精神状态检查量表(MMSE)、重复性成套神经心理状态测验(RBANS)分值均低于AD轻中度组(P<0.01)。肠道菌群β多样性分析结果提示两组间菌群多样性差异有统计学意义(P<0.05)。重度组和轻中度组肠道菌门相对丰度及属相对丰度差异都有统计学意义(P<0.05)。AD患者大肠杆菌、志贺菌与Lpa呈正相关(P<0.01),与LDL呈负相关(P<0.05);双歧杆菌与RBANS、高脂血症呈正相关(P<0.05),与Lpa呈负相关(P<0.01);克雷伯杆菌与病程、CDR呈正相关(P<0.01);阿克曼菌与HLP呈负相关(P<0.05);肠球菌与CDR呈正相关(P<0.05);乳酸杆菌与年龄呈正相关(P<0.05);粪杆菌与CDR、病程、年龄和MMSE负相关(P<0.05)。结论AD患者伴随肠道菌群的改变,AD患者认知功能的损伤及其严重程度与肠道菌群多样性和相对丰度有关。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 严重程度 肠道菌群 认知功能 16s核糖体RNA测序技术 菌群多样性
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一株产耐高温碱性蛋白酶菌株的筛选 被引量:21
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作者 武波 蒋承建 +1 位作者 陈以涛 唐纪良 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期16-20,共5页
通过形态观察和 16SrDNA序列同源性比较 ,将一株产耐高温碱性蛋白酶菌株GXD990 1初步鉴定为枯草芽胞杆菌 (Bacillussubtilis)。对GXD990 1菌株产蛋白酶的培养条件进行分析表明 ,最佳产酶培养基为 :麦芽糖 3%、NH4 H2 PO4 0 3%、MnCl2 0... 通过形态观察和 16SrDNA序列同源性比较 ,将一株产耐高温碱性蛋白酶菌株GXD990 1初步鉴定为枯草芽胞杆菌 (Bacillussubtilis)。对GXD990 1菌株产蛋白酶的培养条件进行分析表明 ,最佳产酶培养基为 :麦芽糖 3%、NH4 H2 PO4 0 3%、MnCl2 0 0 5%、KCl0 0 5%、Fe2 (SO4 ) 30 0 0 1%、K2 HPO4 0 1% ,pH11 2。在 37℃培养 6 0h后 ,蛋白酶活力达到546 展开更多
关键词 枯草芽胞杆菌 耐高温碱性蛋白酶 16s核糖体DNA 筛选
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实时荧光PCR法鉴定食品中双歧杆菌 被引量:7
14
作者 肖其胜 杨捷琳 +2 位作者 杨惠琴 丁卓平 何宇平 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第20期177-182,共6页
根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该... 根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该方法对市售25 份标示含双歧杆菌样品进行检测.结果表明:该检测方法可特异性检测双歧杆菌属细菌,对近缘的乳杆菌属、链球菌属及食品中常见菌群包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等均无扩增.双歧杆菌DNA检测绝对灵敏度可达到2 pg,相对灵敏度可达到104 CFU/mL.重复性测试表明相对标准偏差小于1%.同时进行了杂菌干扰检测实验,在培养物水平和纯基因组DNA水平上将青春双歧杆菌ATCC15703与大肠杆菌ATCC25922混合进行检测,检出Ct值较纯菌检测时无显著影响,表明建立的荧光PCR方法抗干扰能力良好.对25 份市售实际样品进行测试,有5 份标识含有“双歧杆菌”的样品未检测出双歧杆菌成分.本研究所建立的实时荧光PCR法能准确、快速检测食品中双歧杆菌属细菌. 展开更多
关键词 实时荧光聚合酶链式反应 双歧杆菌 16s核糖体RNA 鉴定
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土壤微生物多样性研究的新方法 被引量:59
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作者 马万里 Josquin Tibbits Mark Adams 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期103-107,共5页
传统的分离培养和鉴定土壤微生物方法所具有的困难性和局限性 ,是造成难以深入了解土壤微生物生态学特性和多样性组成方面的主要障碍。本文运用分子生物学技术 ,以澳大利亚两种主要森林类型的土壤微生物多样性研究为实例 ,介绍了从土壤... 传统的分离培养和鉴定土壤微生物方法所具有的困难性和局限性 ,是造成难以深入了解土壤微生物生态学特性和多样性组成方面的主要障碍。本文运用分子生物学技术 ,以澳大利亚两种主要森林类型的土壤微生物多样性研究为实例 ,介绍了从土壤中直接提取土壤微生物DNA的方法以及末端限制性酶切片段长度多态性 (T RFLP)分析的基本原理和方法。作者认为 ,用该方法提取的土壤真菌DNA的纯度高 ,完全适合PCR扩增和T RFLP分析的要求。T 展开更多
关键词 土壤微生物 多样性 16s核糖体DNA 真菌核糖体DNA ITs T-RFLP分析
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产碱性蛋白酶菌株ZK202的鉴定及其诱变 被引量:1
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作者 褚忠志 于新 +1 位作者 毕阳 杨林华 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第14期5717-5719,共3页
[目的]为产碱性蛋白酶菌株在生产中的应用提供依据。[方法]从河南省兰考县盐碱地土壤中分离1株产碱性蛋白酶的菌株ZK202,通过形态观察、生理生化试验和16SrDNA序列分析对其进行鉴定。经紫外照射和DES处理后,测定诱变菌株的酶活力。[结果... [目的]为产碱性蛋白酶菌株在生产中的应用提供依据。[方法]从河南省兰考县盐碱地土壤中分离1株产碱性蛋白酶的菌株ZK202,通过形态观察、生理生化试验和16SrDNA序列分析对其进行鉴定。经紫外照射和DES处理后,测定诱变菌株的酶活力。[结果]菌株ZK202的形态符合芽孢杆菌属的特征,其16SrDNA序列与短小芽孢杆菌的同源性在99%以上。该菌株为短小芽孢杆菌一个新亚种,命名为Bacillus pumilus ZK202,属中等嗜盐菌。ZK202在氯化钠浓度0~12.5%条件下均能生长,以浓度5.0%时最佳。ZK202在碱性环境中生长良好,当培养基pH值在11.0以上时仍能生长,也属嗜碱性菌。经复合诱变后,菌株Zkud202-4发酵液的酶活力达321U/ml,比出发菌株高3.9倍。[结论]Zkud202-4具有稳定的产酶性能,可作为产碱性蛋白酶的突变菌株。 展开更多
关键词 短小芽孢杆菌 碱性蛋白酶 16s核糖体DNA 诱变
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金莲花绿变植原体的分子鉴定 被引量:1
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作者 王蓉 陈炳蔚 +3 位作者 李勇 刘琨 王天佑 丁万隆 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期152-156,共5页
本研究对河北省大面积发生的金莲花绿变病的病原进行检测和鉴定。以金莲花叶片的总DNA为模板,使用植原体16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein)基因rp的特异性引物进行PCR扩增,在感病金莲花样品中扩增到植原体的16S rDNA(1 432 bp)... 本研究对河北省大面积发生的金莲花绿变病的病原进行检测和鉴定。以金莲花叶片的总DNA为模板,使用植原体16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein)基因rp的特异性引物进行PCR扩增,在感病金莲花样品中扩增到植原体的16S rDNA(1 432 bp)片段和rp基因(1 240 bp)片段。序列分析发现,获得的16S rDNA和rp基因片段与洋葱黄化植原体Onion yellows phytoplasma(GenBank登录号:AP006628)的相似度最高,分别为99.9%和99.3%,确定金莲花绿变病的病原为植原体,暂命名为金莲花绿变植原体Trollius chinensis virescence phytoplasma。对金莲花绿变植原体的16S rDNA进行虚拟RFLP分析,发现其酶切图谱与16SrⅠ-B亚组的洋葱黄化植原体的参照图谱完全一致,相似系数1.00。16S rDNA和rp基因的系统发育进化树显示,金莲花绿变植原体与16SrⅠ-B亚组的植原体聚为一支,属于植原体16S rⅠ-B亚组。 展开更多
关键词 金莲花 绿变病 植原体 16s RDNA 核糖体蛋白 系统发育进化树
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慢性乙型肝炎急性发作期患者肠道菌群的变化
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作者 周灏溦 陆振华 +5 位作者 付婷 贺真 孔祥宇 李怡君 张维璐 邵中军 《中华老年多器官疾病杂志》 2023年第9期641-646,共6页
目的应用16S核糖体核糖核酸(16S rRNA)扩增子测序技术对慢性乙型肝炎(CHB)急性发作期患者和健康人群的肠道菌群进行分析,探讨肠道菌群对CHB急性发作期患者的影响及可能的作用机制。方法采用病例对照研究设计方法,收集2021年4月至9月于... 目的应用16S核糖体核糖核酸(16S rRNA)扩增子测序技术对慢性乙型肝炎(CHB)急性发作期患者和健康人群的肠道菌群进行分析,探讨肠道菌群对CHB急性发作期患者的影响及可能的作用机制。方法采用病例对照研究设计方法,收集2021年4月至9月于空军军医大学第二附属医院感染科入院治疗的20例CHB急性发作期患者(CHB组)和体检科23名健康对照者(对照组)的粪便样本和临床资料。利用16S rRNA高通量测序技术对参与人群肠道菌群的V3~V4区基因扩增产物进行测序。采用R语言中“t.test”函数进行独立样本t检验,分析2组人群肠道菌群的α多样性差异。使用R语言中的“ade4”包,基于加权Unifrac距离进行主坐标分析,比较2组人群肠道菌群的β多样性差异。使用R语言中“t.test”函数进行独立样本t检验,分析2组人群肠道菌群在门、科和属水平上的差异。使用PICRUST2软件对肠道菌群代谢通路进行预测分析。结果α多样性分析显示,与对照组相比,CHB急性发作期患者肠道菌群物种多样性及丰富度均显著降低(P<0.001)。β多样性分析显示,2组人群的菌群群落各自聚类,组间比较差异有统计学意义(F=4.931,P=0.001)。在门水平上,CHB急性发作期患者菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度显著低于对照组,放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。在科水平上,CHB急性发作期患者菌群中紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、月形单细胞菌科(Selenomonadaceae)和瘤胃球菌科(Ruminococcaceaede)的相对丰度显著低于对照组,链球菌科(Streptococcaceae)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。在属水平上,CHB急性发作期患者菌群中另枝菌属(Alistipes)、类杆菌属(Bacteroides)、布劳特氏菌属(Blautia)、梭状芽胞杆菌属(Clostridium)、小杆菌属(Dialister)、栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、芽殖菌属(Gemmiger)、丝状菌属(Kineothrix)、巨单胞菌属(Megamonas)、副拟杆菌属(Parabacteroides)以及瘤胃球菌属(Ruminococcus)11个菌属的相对丰度显著低于对照组,普雷沃氏菌属(Prevotella)和韦荣氏球菌属(Veillonella)的相对丰度显著高于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。肠道菌群功能预测分析显示,与对照组相比,CHB急性发作期患者与聚糖生物合成和代谢以及脂质代谢相关的基因更丰富。结论CHB急性发作期患者肠道菌群的多样性和丰富度均较健康人群显著降低,其菌落结构发生了显著改变。肠道菌群失调可能是导致CHB急性发病的重要原因。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 急性发作 肠道菌群 16s核糖体核糖核酸
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30株苍白杆菌的分离鉴定和药物敏感性分析 被引量:9
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作者 李工厂 屈平华 +5 位作者 陈东科 蔡婷婷 陈默蕊 张磊 陈茶 吴尚为 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期948-951,共4页
目的分析临床苍白杆菌分离株的种型特征和药物敏感性。方法收集临床分离苍白杆菌共30株。用手工生化试验、Vitek 2 Compact GN鉴定卡、API 20NE鉴定试条进行生化鉴定,扩增16S rRNA基因并进行测序鉴定和序列分析。用Vitek 2Compact AST-G... 目的分析临床苍白杆菌分离株的种型特征和药物敏感性。方法收集临床分离苍白杆菌共30株。用手工生化试验、Vitek 2 Compact GN鉴定卡、API 20NE鉴定试条进行生化鉴定,扩增16S rRNA基因并进行测序鉴定和序列分析。用Vitek 2Compact AST-GN13药敏鉴定卡进行微量稀释法的药敏实验。结果经生化鉴定和基因测序,17株为人苍白杆菌、10株为中间苍白杆菌、1株为嗜血苍白杆菌、1株疑为苍白杆菌属内未分类的新种、1株为解糖精假苍白杆菌。药敏试验显示对喹诺酮类和亚胺培南的敏感率分别为100%和93.3%;对三代头孢类抗菌药物和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率为93.3%和96.7%;对氨基糖苷类抗菌药物敏感性因菌种而异,人苍白杆菌对阿米卡星、庆大霉素和妥布霉素的敏感率分别为94.1%、88.2%和94.1%,而中间苍白杆菌为0%、10%和0%,差异具有统计学意义(χ2=14.50,P<0.05)。结论临床苍白杆菌感染主要由人苍白杆菌和中间苍白杆菌引起,二者对氨基糖苷类抗菌药物敏感率的差异可用于其种型的区分。 展开更多
关键词 苍白杆菌 细菌鉴定 16s核糖体RNA基因 药物敏感性
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陕西麟游县山羊吕氏泰勒虫感染调查及其遗传进化分析 被引量:5
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作者 王坤轮 周永春 +13 位作者 赵姗姗 张亚军 闫亚群 景纪春 史柯 彭永帅 菅复春 尹海科 任宝华 张胜刚 王学主 王忠林 苏晓鹏 宁长申 《动物医学进展》 北大核心 2020年第4期123-126,共4页
为了解陕西麟游县山羊吕氏泰勒虫感染情况,应用聚合酶链反应(PCR)方法对采自陕西麟游的209份山羊血液样品进行吕氏泰勒虫18S小亚基核糖体核糖核酸基因扩增,并对部分阳性样品进行遗传进化分析。调查显示,吕氏泰勒虫总感染率为61.2%(128/2... 为了解陕西麟游县山羊吕氏泰勒虫感染情况,应用聚合酶链反应(PCR)方法对采自陕西麟游的209份山羊血液样品进行吕氏泰勒虫18S小亚基核糖体核糖核酸基因扩增,并对部分阳性样品进行遗传进化分析。调查显示,吕氏泰勒虫总感染率为61.2%(128/209);不同饲养方式、不同年龄、不同季节山羊的吕氏泰勒虫感染率均差异性显著(P<0.05,P<0.05,P<0.05)。遗传进化分析表明,研究获得的泰勒虫分离株与吕氏泰勒虫(GenBank登录号:LC326009)位于同一分支上。该调查结果丰富了我国吕氏泰勒虫流行病学资料,并为该地区及同类地区羊泰勒虫病的防控提供科学依据。 展开更多
关键词 吕氏泰勒虫 山羊 18s小亚基核糖体核糖核酸 遗传进化树
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