胖尾刺虫(纤毛门,旋毛纲,下毛目)16s小亚基单位核糖体RNA基因的序列测定及其系统地位初探 被引量：1

1

作者 陈子桂 商慧敏 宋微波 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第2期98-102,共5页

对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出... 对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出来 ,其次是属刺虫属和双眉虫属 (Diophrys) ,其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群 游仆亚目 (Euplotina)。同时 ,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分 :散毛亚目 (Sporadortrichina) ,排毛亚目 (Stichotrichina)和尾柱亚目 (Urostylina)。这与形态学资料是吻合的。 展开更多

关键词 纤毛门 旋毛纲 下毛目 rna基因 纤毛虫 胖尾刺虫 16s小亚基单位核糖体 序列测定

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细菌16S rRNA基因芯片的构建及其在细菌鉴定中的应用 被引量：9

2

作者 薛建亚 翁心华 +1 位作者 朱利平 万谟彬 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期919-921,共3页

目的:构建细菌16SrRNA基因芯片,并将其应用于细菌检测。方法:根据细菌16S rRNA基因保守区设计合成针对革兰阳性细菌、革兰阴性细菌的通用探针,以及针对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌的特异性探针,并构建基因芯片。利用所构建... 目的:构建细菌16SrRNA基因芯片,并将其应用于细菌检测。方法:根据细菌16S rRNA基因保守区设计合成针对革兰阳性细菌、革兰阴性细菌的通用探针,以及针对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌的特异性探针,并构建基因芯片。利用所构建的芯片检测相应细菌,并观察其特异性及敏感性。结果:成功构建了相应的基因芯片;所构建的基因芯片能准确检出相应细菌,无交叉阳性现象,检测时间约需6 h;所构建的基因芯片能检测出DNA含量为15 fg的大肠埃希菌基因组DNA。结论:细菌16S rRNA基因芯片可用于细菌的检测,具有良好的特异性及敏感性,且耗时少。 展开更多

关键词 rna 核糖体 16s 基因芯片 细菌

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败血支原体16S rRNA基因的克隆与核酸序列分析 被引量：9

3

作者 丁铲 于圣青 +1 位作者 刘晓文 王永山 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 1999年第2期134-136,共3页

从败血支原体Ｄ９６０４株培养物中直接快速提取染色体ＤＮＡ；构建了ＭＧ基因文库，以ＰＣＲ扩增１６ＳｒＲＮＡ基因全长片段，并对其进行了核苷酸序列分析。结果表明，Ｄ９６０４株与Ａ５９６９株只有５个核苷酸的差异，同源性为９９... 从败血支原体Ｄ９６０４株培养物中直接快速提取染色体ＤＮＡ；构建了ＭＧ基因文库，以ＰＣＲ扩增１６ＳｒＲＮＡ基因全长片段，并对其进行了核苷酸序列分析。结果表明，Ｄ９６０４株与Ａ５９６９株只有５个核苷酸的差异，同源性为９９．６７％。 展开更多

关键词 败血支原体 16s核糖体rna 序列分析 鸡

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16S rRNA基因测序在法医学中的研究进展 被引量：4

4

作者 宋国庆 曹禹 +4 位作者 李辉 马克 赵雪莹 邹凯南 周怀谷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期542-548,共7页

法医微生物是目前法医学研究的前沿热点之一。16S rRNA基因由于其保守性与特异性并存的特点,是法医学鉴定的理想标记。伴随着高通量测序技术的快速发展,对微生物的研究已逐步应用于环境、医疗等多个领域。在法医学领域,以16S rRNA基因... 法医微生物是目前法医学研究的前沿热点之一。16S rRNA基因由于其保守性与特异性并存的特点,是法医学鉴定的理想标记。伴随着高通量测序技术的快速发展,对微生物的研究已逐步应用于环境、医疗等多个领域。在法医学领域,以16S rRNA基因测序为代表的法医微生物研究成果也逐步应用于法医学实践中的生物检材鉴定、个体识别、死亡时间推断、地域推断等方面,为案件的侦查提供线索,为传统方法作为补充和辅助。本文阐述了16S rRNA基因测序应用于法医学领域的研究方法和相关测序技术,综述了其在法医学领域的研究进展,探讨了16S rRNA在法医学中的应用价值和潜力。 展开更多

关键词 法医遗传学 rna 核糖体 16s 遗传学 微生物 综述

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基于16S rRNA基因序列对不同土壤细菌群落的差异性分析 被引量：4

5

作者 宋国庆 李辉 +4 位作者 马克 赵雪莹 沈忆文 谢建辉 周怀谷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期187-193,共7页

目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息... 目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息学软件量化或可视化后,比较分析草地、树林和沙滩3类土壤样本间细菌群落多样性和丰度的差异。结果草地、树林和沙滩土壤样本细菌群落的alpha多样性指数差异具有统计学意义,三类土壤细菌群落的物种相对丰度和多样性差异明显,草地土壤中酸杆菌门相对丰度较高,树林土壤中变形菌门相对丰度较高,沙滩土壤中放线菌门相对丰度较高。但人工草地、天然草地和工业区草地土壤细菌群落差异无统计学意义。结论基于16S rRNA基因序列测序可以有效区分不同类别土壤,该方法有望为刑事案件第一犯罪现场判读提供线索。 展开更多

关键词 法医病理学 法医遗传学 土壤微生物学 DNA 细菌 rna 核糖体 16s 生物多样性 高通量测序

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基于COⅠ和16S rRNA基因的涉案鸟类残体鉴定 被引量：2

6

作者 刘大伟 应耿迪 +4 位作者 周用武 费宜玲 吴文达 谢春平 侯森林 《野生动物学报》 北大核心 2022年第3期715-724,共10页

利用线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)和16S核糖体RNA(16S rRNA)基因鉴定某公安机关查获的1件鸟类残体所属物种。结果表明:鸟类残体样本的COⅠ、16S rRNA基因片段与白枕鹤(Antigone vipio)对应的序列相似度均不低于98.98%,遗... 利用线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)和16S核糖体RNA(16S rRNA)基因鉴定某公安机关查获的1件鸟类残体所属物种。结果表明:鸟类残体样本的COⅠ、16S rRNA基因片段与白枕鹤(Antigone vipio)对应的序列相似度均不低于98.98%,遗传距离分别为0.001~0.007和0。基于这2个基因片段构建系统发育树,显示鸟类残体样本与白枕鹤均聚为一支,鉴定该鸟类残体属白枕鹤所有。得到的COⅠ和16S rRNA基因片段可作为鉴定鹤科(Gruidae)鸟类的分子标记。 展开更多

关键词 鸟类残体 物种鉴定 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 16s核糖体rna

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海南橡胶藻18S rDNA与16S rDNA二级结构构建及分析 被引量：1

7

作者 常凯军 谭德冠 +2 位作者 李定琴 孙雪飘 张家明 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第27期12965-12967,共3页

[目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。... [目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。[结果]橡胶藻16S rRNA在639位点(E.coli序列编号)有一个46 bp的插入片段,该片段能形成一个完美的双发夹结构,对16SrRNA的正常折叠不会产生影响。[结论]这一双发夹结构在其他物种的叶绿体rDNA中还未见报道过。 展开更多

关键词 18s核编码核糖体rna 16s叶绿体编码核糖体rna I类内含子 双发夹结构

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水环境细菌16S rDNA限制性片段长度多型性及群落结构分析 被引量：17

8

作者 李志岗 杨官品 朱艳红 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期111-115,共5页

用细菌１６Ｓ核糖体ＲＮＡ基因（ｒＤＮＡ）限制性片段长度多型性描述了水环境细菌群落结构。从环境水样中直接分离 ＤＮＡ，以细菌特异的引物扩增 １６５ ｒＤＮＡ，构建质粒文库，随机分离重组质粒，用限制性内切酶消化获得 １６Ｓ ... 用细菌１６Ｓ核糖体ＲＮＡ基因（ｒＤＮＡ）限制性片段长度多型性描述了水环境细菌群落结构。从环境水样中直接分离 ＤＮＡ，以细菌特异的引物扩增 １６５ ｒＤＮＡ，构建质粒文库，随机分离重组质粒，用限制性内切酶消化获得 １６Ｓ ｒＤＮＡ基因型，用基因型的种类及频率描述特定水体生境的细菌群落结构。该方法在分析水体隐含遗传多样性、揭示污染的生物学效应和评价水环境质量等方面具有重要的应用价值。 展开更多

关键词 16s核糖体rna基因 限制性片段长度多态性 细菌群落 水环境 环境污染 评价

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肠道菌群与乙型肝炎肝硬化

9

作者 李艳男 李长政 《临床肝胆病杂志》 北大核心 2025年第3期552-555,共4页

乙型肝炎肝硬化是我国肝硬化最主要组成部分,由肝炎发展到肝硬化后患者病死率明显增加。大量研究证实肠道菌群会影响乙型肝炎肝硬化病程进展,包括对炎症反应和肠道免疫调节的影响、对HBV的抑制、产生氨类物质等。本文就乙型肝炎肝硬化... 乙型肝炎肝硬化是我国肝硬化最主要组成部分,由肝炎发展到肝硬化后患者病死率明显增加。大量研究证实肠道菌群会影响乙型肝炎肝硬化病程进展,包括对炎症反应和肠道免疫调节的影响、对HBV的抑制、产生氨类物质等。本文就乙型肝炎肝硬化肠道菌群变化的研究进展进行综述,归纳通过干预肠道菌群治疗乙型肝炎肝硬化的新思路。 展开更多

关键词 乙型肝炎 肝硬化 胃肠道微生物组 rna 核糖体 16s

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妊娠期糖尿病产妇初乳的菌群分析 被引量：1

10

作者 苟拉 王安迪 张华 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期486-492,共7页

目的:前瞻性研究妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)与正常产妇初乳菌群的丰度以及对其多样性进行评估分析。方法:选取符合纳入标准的30例GDM产妇作为实验组,30例健康产妇作为对照组,分娩方式均为剖宫产。从所有受试者乳... 目的:前瞻性研究妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)与正常产妇初乳菌群的丰度以及对其多样性进行评估分析。方法:选取符合纳入标准的30例GDM产妇作为实验组,30例健康产妇作为对照组,分娩方式均为剖宫产。从所有受试者乳汁标本中分离获得DNA,在Illumina MiSeq平台进行16s rRNA基因V3~V4区扩增子高通量测序。结果:正常组与GDM组之间评估菌群的丰度指数的Ace指数有统计学差异(P=0.039)。2组研究对象的菌群在除Ace指数外的Alpha多样性上无差异,但在Beta多样性,差异有统计学意义(P=0.001)。GDM产妇母乳中厚壁菌门和变形菌门、链球菌科和孪生球菌科、链球菌属和罗斯氏菌属的相对丰度平均值均低于对照组,而放线菌门、葡萄球菌科、葡萄球菌属的相对丰度平均值较对照组水平更高。结论:GDM产妇与健康产妇初乳菌群的丰度以及多样性均有差异,GDM母乳中厚壁菌门以及变形菌门相对丰度的减少,可能对其子代早期肠道菌群的建立及早期的生长发育产生影响。定量母乳菌群的构成对该人群及其子代有特殊意义。 展开更多

关键词 妊娠期糖尿病 母乳微生物 16s核糖体rna

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实时荧光PCR法鉴定食品中双歧杆菌 被引量：8

11

作者 肖其胜 杨捷琳 +2 位作者 杨惠琴 丁卓平 何宇平 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第20期177-182,共6页

根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该... 根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该方法对市售25 份标示含双歧杆菌样品进行检测.结果表明：该检测方法可特异性检测双歧杆菌属细菌,对近缘的乳杆菌属、链球菌属及食品中常见菌群包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等均无扩增.双歧杆菌DNA检测绝对灵敏度可达到2 pg,相对灵敏度可达到104 CFU/mL.重复性测试表明相对标准偏差小于1%.同时进行了杂菌干扰检测实验,在培养物水平和纯基因组DNA水平上将青春双歧杆菌ATCC15703与大肠杆菌ATCC25922混合进行检测,检出Ct值较纯菌检测时无显著影响,表明建立的荧光PCR方法抗干扰能力良好.对25 份市售实际样品进行测试,有5 份标识含有“双歧杆菌”的样品未检测出双歧杆菌成分.本研究所建立的实时荧光PCR法能准确、快速检测食品中双歧杆菌属细菌. 展开更多

关键词 实时荧光聚合酶链式反应 双歧杆菌 16s核糖体rna 鉴定

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肠道微生物群的病理生理学进展 被引量：17

12

作者 黄秀艳 曾耀英 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1127-1135,共9页

尽管人类是地球的主宰者，但是无论在数量或者多样性方面，地球上的微生物是主流。人体只是许许多多细菌、古生菌、病毒以及真核微生物的支架或者平台罢了。这些微生物栖息在多个人体解剖学上的壁龛里（消化道、泌尿生殖道、呼吸道和皮... 尽管人类是地球的主宰者，但是无论在数量或者多样性方面，地球上的微生物是主流。人体只是许许多多细菌、古生菌、病毒以及真核微生物的支架或者平台罢了。这些微生物栖息在多个人体解剖学上的壁龛里（消化道、泌尿生殖道、呼吸道和皮肤）与宿主形成共生关系，其数量大大超过人体的体细胞和生殖细胞一个或者多个数量级。 展开更多

关键词 肠道微生物群 16s核糖体rna 代谢 免疫系统 疾病易感性

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PCR-RFLP技术在布氏菌鉴定与分型中的应用 被引量：1

13

作者 李波 郭桐生 +2 位作者 崔恩博 曲芬 毛远丽 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期241-243,共3页

目的利用PCR-RFLP技术扩增7株布氏菌临床分离株16S RNA基因片段,为该菌的分子诊断学、遗传学和流行病学研究提供实验依据。方法参考GenBank公布的布氏菌ATCC 25840标准株序列,设计针对该菌16S RNA保守区的特异性引物,从临床分离培养7株... 目的利用PCR-RFLP技术扩增7株布氏菌临床分离株16S RNA基因片段,为该菌的分子诊断学、遗传学和流行病学研究提供实验依据。方法参考GenBank公布的布氏菌ATCC 25840标准株序列,设计针对该菌16S RNA保守区的特异性引物,从临床分离培养7株布氏菌,提取DNA并行16S RNA片段的PCR扩增。将PCR产物克隆至PGEM-T载体进行测序并选用合适的限制性内切酶进行RFLP分析,将分析结果用于临床株的同源性及变异位点的研究,并对感染患者的临床资料进行回顾性分析,研究不同布氏菌基因型与感染患者临床特征的相关性。结果利用PCR扩增出的目的片段与预期一致,大小约为1500bp。测序及同源性分析表明,7株临床分离株之间存在98.88%的同源性和11个变异位点。RFLP结果将7株菌分为4个基因型,临床资料回顾性分析患者不同基因型与临床表现之间无明显联系。结论利用PCR技术扩增布氏菌16SRNA基因片段可以实现对该菌的早期诊断,为布氏菌的分子遗传学和流行病学提供依据。 展开更多

关键词 布氏菌属 rna 核糖体 16s 聚合酶链反应 多态性 限制性片段长度

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鼠棒状杆菌PCR检测方法的建立及其应用 被引量：1

14

作者 唐连飞 周智君 +4 位作者 蔡婧怡 孟芳 魏颖 俞远京 苏志杰 《中国比较医学杂志》 CAS 2012年第9期51-54,共4页

目的建立鼠棒状杆菌PCR检测方法并应用于临床样本检测。方法用脑心浸出液培养基复苏、培养鼠棒状杆菌(corynebacterium kutscheri,C.kutscheri)并提取基因组DNA作模板;根据GenBank中C.kutscheri的16S基因序列设计合成引物,建立鼠棒状杆... 目的建立鼠棒状杆菌PCR检测方法并应用于临床样本检测。方法用脑心浸出液培养基复苏、培养鼠棒状杆菌(corynebacterium kutscheri,C.kutscheri)并提取基因组DNA作模板;根据GenBank中C.kutscheri的16S基因序列设计合成引物,建立鼠棒状杆菌PCR检测方法并进行敏感性和特异性的评价;人工感染昆明鼠,建立小鼠棒状杆菌感染模型,采集肝脏和肾脏,提取DNA进行检测。结果成功建立了鼠棒状杆菌PCR检测方法,该方法可检测到100个阳性质粒;对小鼠沙门氏菌、肺炎链球菌和巴氏杆菌无交叉反应;全部8个人工感染样本全部检测为阳性。结论建立的鼠棒状杆菌PCR检测方法灵敏度高、特异性好,可作为鼠棒状杆菌感染的快速检测方法。 展开更多

关键词 鼠棒状杆菌 PCR检测方法 16s核糖体rna

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污水处理池环境细菌遗传多样性分析

15

作者 李志岗 贺冰 +2 位作者 李文英 王建明 马会明 《山西农业大学学报》 CAS 2001年第1期16-19,共4页

以碱加热裂解法从山西农业大学污水直接和间接排放处理池自然水样中分离细菌总DNA ,以细菌 16SrRNA基因特异性引物扩增 16SrRNA基因片段。采用T -A克隆系统克隆分子量为 1339bp的PCR产物 ,构建了rDNA亚克隆文库。用三种识别六碱基的限... 以碱加热裂解法从山西农业大学污水直接和间接排放处理池自然水样中分离细菌总DNA ,以细菌 16SrRNA基因特异性引物扩增 16SrRNA基因片段。采用T -A克隆系统克隆分子量为 1339bp的PCR产物 ,构建了rDNA亚克隆文库。用三种识别六碱基的限制性内切酶两两组合消化重组质粒。共分析了两个处理池自然水样各 30个rDNA重组质粒 ,分别发现 4种和 8种细菌rDNA基因型。各基因型频率的分布变化比较大 ,最高和最低的频率分别为 0 2 5和 0 0 1。部分基因型频率间差异显著 ,遗传多样性指数分别为 0 4和 0 9。 展开更多

关键词 16s核糖体rna基因 遗传多样性 污水处理池 细菌 RFLP分析 水环境净化功能

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脑梗死患者肠道菌群紊乱与恢复研究 被引量：18

16

作者 游超 曾秀丽 +4 位作者 高徐璇 谭楚红 何彦 周宏伟 尹恝 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期149-154,共6页

目的探索脑梗死患者肠道菌群的紊乱特征和恢复情况。方法收集28例脑梗死患者和28例健康对照人群的粪便样本,提取粪便中细菌DNA并进行16S rRNA测序分析。结果和对照组相比,脑梗死患者肠道菌群显著改变(P<0.001),肠道中机会致病菌肠杆... 目的探索脑梗死患者肠道菌群的紊乱特征和恢复情况。方法收集28例脑梗死患者和28例健康对照人群的粪便样本,提取粪便中细菌DNA并进行16S rRNA测序分析。结果和对照组相比,脑梗死患者肠道菌群显著改变(P<0.001),肠道中机会致病菌肠杆菌科、韦荣球菌科和链球菌科等显著增加而常驻菌如普氏菌属和拟杆菌属等显著减少。4周后其肠道菌群结构开始趋向于对照组但伴随菌群多样性的显著下降(P<0.05)。结论本研究发现了脑梗死患者肠道菌群紊乱与恢复的特征,但其菌群变迁的意义需要进一步研究。 展开更多

关键词 脑梗死 肠杆菌科 rna 核糖体 16s

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青岛海区4种大型海藻可培养附生细菌多样性研究 被引量：3

17

作者 赵锐 王红 +1 位作者 史晓翀 张晓华 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期44-49,共6页

为研究与生物膜相关的海洋细菌的多样性,在青岛近海海域,选取黏管藻、裙带菜、囊藻和浒苔4种大型海藻,分离其附生海洋细菌。使用2216E、海水R2A、TCBS和海水琼脂4种培养基平板,分离纯化得到99株海洋细菌。16SrD-NA序列分析表明,变形菌... 为研究与生物膜相关的海洋细菌的多样性,在青岛近海海域,选取黏管藻、裙带菜、囊藻和浒苔4种大型海藻,分离其附生海洋细菌。使用2216E、海水R2A、TCBS和海水琼脂4种培养基平板,分离纯化得到99株海洋细菌。16SrD-NA序列分析表明,变形菌门细菌在数量、种类等方面,均占主导地位。这些菌株绝大多数为变形菌门的γ-变形菌纲(94株)和α-变形菌纲(3株),仅有1株为放线菌门,1株为厚壁菌门。其中丰度最高的3个属分别为假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas,22株)、弧菌属(Vibrio,20株)和盐单胞菌属(Halomonas,15株),其次为食烷菌属(Alcanivorax,9株)、肠杆菌属(Enterobacter,8株)、假单胞菌属(Pseudomonas,7株)、气单胞菌属(Aeromonas,5株)、交替单胞菌属(Alteromonas,4株),其它9个属丰度较低。本研究为进一步探讨与生物膜相关的海洋细菌的多样性及其应用奠定了基础。 展开更多

关键词 生物膜 海藻 附生细菌 16s核糖体rna基因

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二乙基亚硝胺诱导肝细胞癌模型鼠肠道微生态研究 被引量：6

18

作者 周文斌 郑越 +5 位作者 尚佳 王海洋 王依莎 陆欢 王小西 隋梅花 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期438-453,共16页

目的:探索肝细胞癌模型鼠肠道微生态特征。方法:将2周龄C57BL/6雄鼠分为正常对照组和肝癌模型组。肝癌模型组在出生后2周给予单次腹腔注射二乙基亚硝胺(DEN),其中存活小鼠自4周龄起腹腔注射1,4-双[2-(3,5-二氯吡啶氧)]苯,每2周一次,共8... 目的:探索肝细胞癌模型鼠肠道微生态特征。方法:将2周龄C57BL/6雄鼠分为正常对照组和肝癌模型组。肝癌模型组在出生后2周给予单次腹腔注射二乙基亚硝胺(DEN),其中存活小鼠自4周龄起腹腔注射1,4-双[2-(3,5-二氯吡啶氧)]苯,每2周一次,共8次。分别于小鼠出生后第10、18和32周随机处死部分实验动物,取肝脏进行组织病理学检查。其中,在小鼠出生后第32周处死动物前无菌条件下收集两组粪便标本,并进行V3~V4高可变区16S rRNA基因组测序,进而对菌群多样性、物种丰度差异、菌群相关性、表型预测以及功能预测进行分析。结果:α多样性分析结果显示Good’s coverage均已达到最大值1.00,且正常对照组与肝癌模型组肠道菌群Observed features、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数差异均有统计学意义(均P<0.05)。β多样性分析结果显示基于加权或未加权Unifrac距离的主坐标PCoA均R>0,标本的组内差异小于组间差异;两组标本的分离趋势明显(P<0.05)。拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门及髌骨菌门等菌群为正常对照组与肝癌模型组门水平的优势菌群,但肝癌模型组较正常对照组拟杆菌门丰度显著减少(P<0.01),而髌骨菌门丰度显著增加(P<0.05)。正常对照组属水平的优势菌群主要为鼠杆菌科未分类属、副鼠杆菌属、鼠杆菌属、毛螺旋菌科NK4A136属、欧陆森氏菌属等,而肝癌模型组为艾克曼菌属、杜氏杆菌属、鼠杆菌科未分类属、毛螺旋菌科NK4A136属、红椿杆菌科UCG-002属等。两组属水平菌群相对丰度差异有统计学意义的有30个菌属(均P<0.05)。两组小鼠肠道菌群LEfSe分析共发现14个多级别差异物种(均P<0.05,LDA评分超过4.0),主要富集在拟杆菌门。其中正常对照组为拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、鼠杆菌科等10个差异菌群富集,肝癌模型组为杜氏杆菌属、消化链球菌属等4个差异菌群富集。正常对照组肠道优势菌属之间既有正相关关系又有负相关关系(|rho|>0.5,P<0.05),肝癌模型组肠道优势菌属的相关性网络复杂程度比正常对照组降低,所有优势菌群的相互作用均呈较强的正相关。与正常对照组比较,肝癌模型组肠道菌群革兰阳性菌及移动元件菌基因相对丰度均显著上调(均P<0.05),而革兰阴性菌(P<0.05)及潜在致病性菌基因(P<0.05)相对丰度均显著下调。两组肠道菌群的基因代谢通路差异显著,其中正常对照组富集在能量代谢、细胞分裂及核苷酸代谢等18个代谢通路,而肝癌模型组富集在能量代谢、氨基酸代谢及碳水化合物代谢等12个代谢通路(均P<0.005)。结论:DEN诱导原发性肝癌模型小鼠肠道菌群数减少,菌群构成、菌群相关性、表型和功能均发生改变,其中门水平的拟杆菌门以及属水平的鼠杆菌科未分类属、鼠杆菌属、消化链球菌属、杜氏杆菌属等菌群可能与DEN诱导肝细胞癌的发生有关。 展开更多

关键词 肝细胞癌 肠道菌群 物种多样性 菌群构成 16s核糖体rna测序 二乙基亚硝胺 C57BL/6小鼠

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新型MGB探针特异性检测变形链球菌 被引量：1

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作者 郑晖 林久祥 +1 位作者 杜宁 陈峰 《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期782-786,共5页

目的:设计一种新型TaqManMGB探针,利用实时荧光定量PCR检测变形链球菌,提高PCR法检测变形链球菌的特异性,减少检测的假阳性。方法:提取6种不同链球属细菌的DNA,分别进行巢式PCR和TaqManMGB实时荧光定量PCR,比较两种PCR方法检测变形... 目的:设计一种新型TaqManMGB探针,利用实时荧光定量PCR检测变形链球菌,提高PCR法检测变形链球菌的特异性,减少检测的假阳性。方法:提取6种不同链球属细菌的DNA,分别进行巢式PCR和TaqManMGB实时荧光定量PCR,比较两种PCR方法检测变形链球菌的特异性。巢式PCR第1轮扩增的引物是细菌16S rRNA基因通用引物,第2轮扩增使用变形链球菌16S rRNA基因可变区序列的特异性引物。TaqManMGB实时荧光定量PCR的引物与第2轮巢式PCR特异性引物相同,设计的MGB探针序列与变形链球菌16S rRNA基因中特异性序列相匹配,不与其他细菌的基因序列匹配。将变形链球菌标准株的DNA样本从2.5 mg/L至0.16μg/L按5倍梯度稀释,制备出实时荧光定量PCR的标准曲线。结果:变形链球菌和格氏链球菌在巢式PCR中均扩增出282 bp的DNA片段,出现假阳性结果。TaqManMGB实时荧光定量PCR能定量检出变形链球菌标准株和临床株,不检出其他链球菌,比巢式PCR特异性更好。TaqManMGB实时荧光定量PCR对变形链球菌DNA的最低检出浓度为20μg/L。结论:本研究设计出一种针对变形链球菌的TaqManMGB探针,建立利用TaqManMGB实时荧光定量PCR特异性检测口腔中变形链球菌的方法。 展开更多

关键词 寡核苷酸探针 变形链球菌 实时聚合酶链反应 rna 核糖体 16s

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初诊IgA肾病患者的肠道菌群及其与疾病进展因素的相关分析 被引量：10

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作者 包文晗 唐雯 《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期124-132,共9页

目的:观察慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)1~2期的初诊IgA肾病患者肠道微生物群的特征,进一步探索IgA肾病疾病进展因素与肠道微生物之间的关系。方法:收集19例CKD 1~2期的初诊IgA肾病患者和15例年龄、性别相匹配的健康对照组的... 目的:观察慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)1~2期的初诊IgA肾病患者肠道微生物群的特征,进一步探索IgA肾病疾病进展因素与肠道微生物之间的关系。方法:收集19例CKD 1~2期的初诊IgA肾病患者和15例年龄、性别相匹配的健康对照组的新鲜粪便样本,提取粪便细菌DNA,针对V3-V4区域进行16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序分析肠道菌群的组成,应用Illumina Miseq平台对粪便菌群测序结果进行分析。收集初诊IgA肾病患者的疾病进展因素,研究肠道菌群与IgA肾病疾病进展因素之间的相关性。结果:(1)与健康对照组相比,在门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度显著降低(P=0.046),放线菌门(Actinobacteria)的丰度显著升高(P=0.001)。在属水平上,埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、Dorea等菌属的丰度显著升高(P<0.05),毛螺菌属(Lachnospira)、粪球菌属_2(Coprococcus_2)、萨特氏菌属(Sutterella)等菌属的丰度显著降低(P<0.05)。(2)初诊IgA肾病患者与健康对照组之间肠道菌群的丰度比较差异无统计学意义(P>0.05),但两组肠道菌群的组成存在差异。LEfSe分析结果显示,初诊IgA肾病患者和健康对照组比较有16个差异菌,其中,初诊IgA肾病患者肠杆菌目(Enterobacteriales)、放线菌门、埃希菌-志贺菌属等的丰度升高,健康对照组拟杆菌门、毛螺菌属的丰度升高。(3)冗余分析(redundancy analysis,RDA)的结果显示,初诊IgA肾病患者粪便中双歧杆菌属与血清IgA水平、24 h尿蛋白定量和合并高血压呈正相关,Lachnoclostridium菌属与合并高血压呈正相关,埃希菌-志贺菌属与尿红细胞数量呈正相关,双歧杆菌属与毛细血管内增殖呈正相关,粪杆菌属与细胞/纤维细胞性新月体呈正相关,瘤胃球菌属_2(Ruminococcus_2)与系膜细胞增殖、肾小球节段硬化、肾小管萎缩/间质纤维化呈正相关。结论:初诊CKD 1~2期IgA肾病患者的肠道菌群与健康对照相比存在差异,肠道的某些菌属与IgA肾病疾病进展因素呈相关性,需要进一步的研究来了解这些菌属在IgA肾病中的潜在作用。 展开更多

关键词 肾小球肾炎 免疫球蛋白A 胃肠道微生物组 疾病特征 16s核糖体rna

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