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胖尾刺虫(纤毛门,旋毛纲,下毛目)16s小亚基单位核糖体RNA基因的序列测定及其系统地位初探 被引量：1
1
作者 陈子桂 商慧敏 宋微波 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第2期98-102,共5页
对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出... 对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出来 ,其次是属刺虫属和双眉虫属 (Diophrys) ,其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群 游仆亚目 (Euplotina)。同时 ,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分 :散毛亚目 (Sporadortrichina) ,排毛亚目 (Stichotrichina)和尾柱亚目 (Urostylina)。这与形态学资料是吻合的。 展开更多
关键词 纤毛门 旋毛纲 下毛目 rna基因 纤毛虫 胖尾刺虫 16s小亚基单位核糖体 序列测定
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PCR法检测16S rRNA基因在败血症诊断中的价值 被引量：4
2
作者 刘宁 刘金辉 姚全良 《山东医药》 CAS 北大核心 2010年第3期97-98,共2页
目的评价外周血细菌16S rRNA基因检测诊断败血症的敏感性及特异性。方法利用通用引物对6种常见细菌16S rRNA基因进行扩增,通过阳性菌株及阴性对照检测引物的特异性;观察不同退火温度及不同细菌浓度下PCR检测效果;检测败血症患者及正常... 目的评价外周血细菌16S rRNA基因检测诊断败血症的敏感性及特异性。方法利用通用引物对6种常见细菌16S rRNA基因进行扩增,通过阳性菌株及阴性对照检测引物的特异性;观察不同退火温度及不同细菌浓度下PCR检测效果;检测败血症患者及正常人血液标本中的16S rRNA基因表达,并与血培养结果进行比较,评价其诊断意义。结果6种阳性菌株均出现特异阳性条带,阴性质控未出现阳性条带;不同退火温度对PCR结果无明显影响,以55、58℃最佳;PCR方法的最低细菌检测浓度为1.5×103cfu/ml;观察组血培养阳性率为38.3%(23/60),血液16S rRNA基因阳性表达率为86.6%(52/60),P<0.01。结论PCR法检测16S rRNA基因用于败血症诊断特异性及敏感性强,但应注意规范操作、避免污染。 展开更多
关键词 败血症 rna 核糖体 16s 聚合酶链反应
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海南橡胶藻18S rDNA与16S rDNA二级结构构建及分析 被引量：1
3
作者 常凯军 谭德冠 +2 位作者 李定琴 孙雪飘 张家明 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第27期12965-12967,共3页
[目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。... [目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。[结果]橡胶藻16S rRNA在639位点(E.coli序列编号)有一个46 bp的插入片段,该片段能形成一个完美的双发夹结构,对16SrRNA的正常折叠不会产生影响。[结论]这一双发夹结构在其他物种的叶绿体rDNA中还未见报道过。 展开更多
关键词 18s核编码核糖体rna 16s叶绿体编码核糖体rna I类内含子 双发夹结构
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阿尔茨海默病患者肠道菌群改变与认知功能损伤的相关性
4
作者 杨庚林 白布加甫·高娃 +1 位作者 居西昆·阿合买提 哈米萨木·艾合买提江 《山西医科大学学报》 CAS 2024年第8期1042-1049,共8页
目的探讨阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)患者肠道菌群改变及其与认知功能损伤相关性。方法根据临床痴呆评定量表(CDR),将35例AD患者分为轻中度组(n=15)和重度组(n=20),收集两组患者的粪便样本,对粪便标本进行16S rRNA高通量测... 目的探讨阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)患者肠道菌群改变及其与认知功能损伤相关性。方法根据临床痴呆评定量表(CDR),将35例AD患者分为轻中度组(n=15)和重度组(n=20),收集两组患者的粪便样本,对粪便标本进行16S rRNA高通量测序分析粪便中微生物群的组成和肠道菌群β多样性。采用调查问卷及量表调查AD患者的一般情况、抑郁状态及认知损伤程度。通过血液检测AD患者白细胞、甘油三酯、胆固醇、高密度脂蛋白(HDL)、低密度脂蛋白(LDL)、载脂蛋白A(ApoA)、载脂蛋白B(ApoB)、载脂蛋白E(ApoE)、脂蛋白a(Lpa)、血糖(Glu)、糖化血红蛋白(HbA1c),采用R软件进行粪便菌群与上述指标的相关性分析。结果AD重度组简易精神状态检查量表(MMSE)、重复性成套神经心理状态测验(RBANS)分值均低于AD轻中度组(P<0.01)。肠道菌群β多样性分析结果提示两组间菌群多样性差异有统计学意义(P<0.05)。重度组和轻中度组肠道菌门相对丰度及属相对丰度差异都有统计学意义(P<0.05)。AD患者大肠杆菌、志贺菌与Lpa呈正相关(P<0.01),与LDL呈负相关(P<0.05);双歧杆菌与RBANS、高脂血症呈正相关(P<0.05),与Lpa呈负相关(P<0.01);克雷伯杆菌与病程、CDR呈正相关(P<0.01);阿克曼菌与HLP呈负相关(P<0.05);肠球菌与CDR呈正相关(P<0.05);乳酸杆菌与年龄呈正相关(P<0.05);粪杆菌与CDR、病程、年龄和MMSE负相关(P<0.05)。结论AD患者伴随肠道菌群的改变,AD患者认知功能的损伤及其严重程度与肠道菌群多样性和相对丰度有关。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 严重程度 肠道菌群 认知功能 16s核糖体rna测序技术 菌群多样性
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实时荧光PCR法鉴定食品中双歧杆菌 被引量：7
5
作者 肖其胜 杨捷琳 +2 位作者 杨惠琴 丁卓平 何宇平 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第20期177-182,共6页
根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该... 根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该方法对市售25 份标示含双歧杆菌样品进行检测.结果表明：该检测方法可特异性检测双歧杆菌属细菌,对近缘的乳杆菌属、链球菌属及食品中常见菌群包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等均无扩增.双歧杆菌DNA检测绝对灵敏度可达到2 pg,相对灵敏度可达到104 CFU/mL.重复性测试表明相对标准偏差小于1%.同时进行了杂菌干扰检测实验,在培养物水平和纯基因组DNA水平上将青春双歧杆菌ATCC15703与大肠杆菌ATCC25922混合进行检测,检出Ct值较纯菌检测时无显著影响,表明建立的荧光PCR方法抗干扰能力良好.对25 份市售实际样品进行测试,有5 份标识含有“双歧杆菌”的样品未检测出双歧杆菌成分.本研究所建立的实时荧光PCR法能准确、快速检测食品中双歧杆菌属细菌. 展开更多
关键词 实时荧光聚合酶链式反应 双歧杆菌 16s核糖体rna 鉴定
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30株苍白杆菌的分离鉴定和药物敏感性分析 被引量：9
6
作者 李工厂 屈平华 +5 位作者 陈东科 蔡婷婷 陈默蕊 张磊 陈茶 吴尚为 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期948-951,共4页
目的分析临床苍白杆菌分离株的种型特征和药物敏感性。方法收集临床分离苍白杆菌共30株。用手工生化试验、Vitek 2 Compact GN鉴定卡、API 20NE鉴定试条进行生化鉴定,扩增16S rRNA基因并进行测序鉴定和序列分析。用Vitek 2Compact AST-G... 目的分析临床苍白杆菌分离株的种型特征和药物敏感性。方法收集临床分离苍白杆菌共30株。用手工生化试验、Vitek 2 Compact GN鉴定卡、API 20NE鉴定试条进行生化鉴定,扩增16S rRNA基因并进行测序鉴定和序列分析。用Vitek 2Compact AST-GN13药敏鉴定卡进行微量稀释法的药敏实验。结果经生化鉴定和基因测序,17株为人苍白杆菌、10株为中间苍白杆菌、1株为嗜血苍白杆菌、1株疑为苍白杆菌属内未分类的新种、1株为解糖精假苍白杆菌。药敏试验显示对喹诺酮类和亚胺培南的敏感率分别为100%和93.3%;对三代头孢类抗菌药物和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率为93.3%和96.7%;对氨基糖苷类抗菌药物敏感性因菌种而异,人苍白杆菌对阿米卡星、庆大霉素和妥布霉素的敏感率分别为94.1%、88.2%和94.1%,而中间苍白杆菌为0%、10%和0%,差异具有统计学意义(χ2=14.50,P<0.05)。结论临床苍白杆菌感染主要由人苍白杆菌和中间苍白杆菌引起,二者对氨基糖苷类抗菌药物敏感率的差异可用于其种型的区分。 展开更多
关键词 苍白杆菌 细菌鉴定 16s核糖体rna基因 药物敏感性
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二乙基亚硝胺诱导肝细胞癌模型鼠肠道微生态研究 被引量：6
7
作者 周文斌 郑越 +5 位作者 尚佳 王海洋 王依莎 陆欢 王小西 隋梅花 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期438-453,共16页
目的:探索肝细胞癌模型鼠肠道微生态特征。方法:将2周龄C57BL/6雄鼠分为正常对照组和肝癌模型组。肝癌模型组在出生后2周给予单次腹腔注射二乙基亚硝胺(DEN),其中存活小鼠自4周龄起腹腔注射1,4-双[2-(3,5-二氯吡啶氧)]苯,每2周一次,共8... 目的:探索肝细胞癌模型鼠肠道微生态特征。方法:将2周龄C57BL/6雄鼠分为正常对照组和肝癌模型组。肝癌模型组在出生后2周给予单次腹腔注射二乙基亚硝胺(DEN),其中存活小鼠自4周龄起腹腔注射1,4-双[2-(3,5-二氯吡啶氧)]苯,每2周一次,共8次。分别于小鼠出生后第10、18和32周随机处死部分实验动物,取肝脏进行组织病理学检查。其中,在小鼠出生后第32周处死动物前无菌条件下收集两组粪便标本,并进行V3~V4高可变区16S rRNA基因组测序,进而对菌群多样性、物种丰度差异、菌群相关性、表型预测以及功能预测进行分析。结果:α多样性分析结果显示Good’s coverage均已达到最大值1.00,且正常对照组与肝癌模型组肠道菌群Observed features、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数差异均有统计学意义(均P<0.05)。β多样性分析结果显示基于加权或未加权Unifrac距离的主坐标PCoA均R>0,标本的组内差异小于组间差异;两组标本的分离趋势明显(P<0.05)。拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门及髌骨菌门等菌群为正常对照组与肝癌模型组门水平的优势菌群,但肝癌模型组较正常对照组拟杆菌门丰度显著减少(P<0.01),而髌骨菌门丰度显著增加(P<0.05)。正常对照组属水平的优势菌群主要为鼠杆菌科未分类属、副鼠杆菌属、鼠杆菌属、毛螺旋菌科NK4A136属、欧陆森氏菌属等,而肝癌模型组为艾克曼菌属、杜氏杆菌属、鼠杆菌科未分类属、毛螺旋菌科NK4A136属、红椿杆菌科UCG-002属等。两组属水平菌群相对丰度差异有统计学意义的有30个菌属(均P<0.05)。两组小鼠肠道菌群LEfSe分析共发现14个多级别差异物种(均P<0.05,LDA评分超过4.0),主要富集在拟杆菌门。其中正常对照组为拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、鼠杆菌科等10个差异菌群富集,肝癌模型组为杜氏杆菌属、消化链球菌属等4个差异菌群富集。正常对照组肠道优势菌属之间既有正相关关系又有负相关关系(|rho|>0.5,P<0.05),肝癌模型组肠道优势菌属的相关性网络复杂程度比正常对照组降低,所有优势菌群的相互作用均呈较强的正相关。与正常对照组比较,肝癌模型组肠道菌群革兰阳性菌及移动元件菌基因相对丰度均显著上调(均P<0.05),而革兰阴性菌(P<0.05)及潜在致病性菌基因(P<0.05)相对丰度均显著下调。两组肠道菌群的基因代谢通路差异显著,其中正常对照组富集在能量代谢、细胞分裂及核苷酸代谢等18个代谢通路,而肝癌模型组富集在能量代谢、氨基酸代谢及碳水化合物代谢等12个代谢通路(均P<0.005)。结论:DEN诱导原发性肝癌模型小鼠肠道菌群数减少,菌群构成、菌群相关性、表型和功能均发生改变,其中门水平的拟杆菌门以及属水平的鼠杆菌科未分类属、鼠杆菌属、消化链球菌属、杜氏杆菌属等菌群可能与DEN诱导肝细胞癌的发生有关。 展开更多
关键词 肝细胞癌 肠道菌群 物种多样性 菌群构成 16s核糖体rna测序 二乙基亚硝胺 C57BL/6小鼠
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