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基于16S rRNA测序与非靶向代谢组解析饲喂亚麻籽与裂殖壶藻对牦牛瘤胃微生物群及脂肪酸代谢的影响
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作者 漆政君 王国文 +3 位作者 付长其 舒适 沈秀英 张君 《畜牧兽医学报》 北大核心 2026年第3期1435-1457,共23页
旨在通过对牦牛饲喂亚麻籽(Linum usitatissimum)与裂殖壶藻(Schizochytrium),分析其对瘤胃微生物和肉质脂肪酸的影响。本研究选用21头12月龄的雄性健康牦牛,体重在(95.00±5.20)kg,按照试验要求分为3组,每组重复7只,补饲组(S)作为... 旨在通过对牦牛饲喂亚麻籽(Linum usitatissimum)与裂殖壶藻(Schizochytrium),分析其对瘤胃微生物和肉质脂肪酸的影响。本研究选用21头12月龄的雄性健康牦牛,体重在(95.00±5.20)kg,按照试验要求分为3组,每组重复7只,补饲组(S)作为对照组,2组试验组分别饲喂亚麻籽(Y)和裂殖壶藻(L),试验时间为210 d,结合16S rRNA测序和非靶向代谢组,解析其对舍饲牦牛瘤胃微生物群落结构以及差异代谢物的影响。结果显示,饲喂亚麻籽和裂殖壶藻显著影响牦牛生长性能、肌肉脂肪酸组成及瘤胃微生物。两处理组干物质采食量显著降低(P<0.05),但料重比显著下降(P<0.05)。裂殖壶藻组肌肉二十二碳六烯酸(DHA)含量显著提高(0.35%vs补饲组0.04%,P<0.05),n-6/n-3比值降低(5.42 vs补饲组36.28);亚麻籽组总脂肪酸含量显著增加(1.44 g vs补饲组0.85 g,P<0.05)。瘤胃微生物分析显示,亚麻籽组厚壁菌门丰度显著升高(69%vs补饲组57%,P<0.05),拟杆菌门显著降低(21%vs补饲组27%,P<0.05),裂殖壶藻组普雷沃菌属显著增加(7.5%vs补饲组3.9%,P<0.05)。α多样性显示处理组菌群多样性低于补饲组,β多样性3组之间差异显著。肌肉代谢组分析表明,两处理组下调磷脂类和酰基肉碱代谢(P<0.05),上调脂肪酸衍生物。相关性分析显示瘤胃菌群与肌肉代谢显著关联(如候选菌门与丁二酸代谢正相关,P<0.05)。亚麻籽和裂殖壶藻通过影响瘤胃微生物及肌肉代谢促进牦牛脂质沉积。本研究为高寒地区牦牛舍饲方法提供了理论与技术支撑。 展开更多
关键词 牦牛 瘤胃微生物 亚麻籽 裂殖壶藻 16s rRNA测序 非靶向代谢组学
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基于16S rRNA测序的抗生素治疗对反复种植失败合并慢性子宫内膜炎患者妊娠结局的影响
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作者 许美含 何陈佳 +1 位作者 吴娴 徐步芳 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2026年第2期172-180,共9页
目的·比较宫腔镜检查后给予广谱抗生素与16S rRNA基因测序并针对性给予抗生素联合补充乳杆菌对于反复种植失败(recurrent implantation failure,RIF)合并慢性子宫内膜炎(chronic endometritis,CE)患者妊娠结局的影响。方法·... 目的·比较宫腔镜检查后给予广谱抗生素与16S rRNA基因测序并针对性给予抗生素联合补充乳杆菌对于反复种植失败(recurrent implantation failure,RIF)合并慢性子宫内膜炎(chronic endometritis,CE)患者妊娠结局的影响。方法·回顾性分析2023年1月至2025年5月在上海交通大学医学院附属瑞金医院妇产科生殖医学中心就诊的676名排除已知因素(未行胚胎植入前非整倍体遗传学检测)的RIF患者(接受分泌中期16S rRNA测序或增殖期宫腔镜检查)的妊娠结局。27名患者16S rRNA检查结果提示乳杆菌占比<90%且单一病原体占比≥10%,纳入16S rRNA诊断CE组(16S rRNA组);根据致病菌给予针对性抗生素治疗7~10 d后阴道给药补充乳杆菌10 d。65名患者经宫腔镜检查及CD138免疫组织化学染色确诊CE,纳入宫腔镜诊断CE组(宫腔镜组);接受左氧氟沙星联合甲硝唑治疗14 d。所有患者于治疗后下一个月经周期开始接受冻融胚胎移植(frozen embryo transfer,FET)。使用13项影响妊娠结局的协变量将2组FET周期进行1∶4倾向性评分匹配。主要研究终点为活产率,次要研究终点包括临床妊娠率、人绒毛膜促性腺激素(human chorionic gonadotropin,HCG)阳性率、流产率、妊娠并发症及新生儿不良结局发生率。进行多因素Logistic回归分析评估与活产相关的潜在风险因素。结果·宫腔镜组65名患者共接受127个FET周期,16S rRNA组27名患者共接受33个FET周期;宫腔镜组47名患者(74个FET周期)与16S rRNA组22名患者(26个FET周期)完成匹配。匹配后,16S rRNA组活产率(61.5%vs 23.0%,P=0.001)、临床妊娠率(65.4%vs 33.8%,P=0.011)、HCG阳性率(73.1%vs 46.7%,P=0.038)均显著高于宫腔镜组;2组流产率、异位妊娠率、妊娠并发症及新生儿不良结局发生率差异均无统计学意义(均P>0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,宫腔镜组与更低的活产率相关(OR=0.230,95%CI 0.087~0.607,P=0.003)。此外,女方高龄、体质量指数(body mass index,BMI)增加、仅移植1个胚胎以及移植卵裂胚均与更低的活产率相关(均P<0.05)。结论·与宫腔镜诊断联合广谱抗生素治疗相比,基于16S rRNA测序的菌群检测及针对性抗生素治疗联合补充乳杆菌可更有效改善RIF合并CE患者的妊娠结局,并且未发现对于母胎安全的不良影响。 展开更多
关键词 慢性子宫内膜炎 体外受精-胚胎移植 反复种植失败 16s rRNA测序 宫腔镜 乳杆菌补充治疗
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基于16S rRNA测序对小鼠坐骨神经损伤后的肠道菌群分析
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作者 顾希 顾丹丹 +3 位作者 夏一鸣 蒋陶然 姚登兵 蒋茂荣 《中国实验动物学报》 北大核心 2026年第1期23-33,共11页
目的通过构建小鼠坐骨神经横断模型,利用16S rRNA测序研究坐骨神经损伤对肠道菌群的影响。方法将18只C57BL/6小鼠随机分组,分别为假手术组、实验组(D1组、D4组、D7组、D14组、D28组)。造模时,假手术组仅开皮暴露神经取肠道内容物,其余... 目的通过构建小鼠坐骨神经横断模型,利用16S rRNA测序研究坐骨神经损伤对肠道菌群的影响。方法将18只C57BL/6小鼠随机分组,分别为假手术组、实验组(D1组、D4组、D7组、D14组、D28组)。造模时,假手术组仅开皮暴露神经取肠道内容物,其余在造模后第1、4、7、14、28天收集小鼠结肠内容物进行16S rRNA测序,分析肠道菌群的物种丰度变化和菌群基因功能预测。结果术后第4天开始,肠道内微生物群落的物种丰富度及多样性明显下降,第7天时物种水平开始回升。厚壁菌门(Firmicutes)、疣微菌门(Verrucomicrobiota)、变形菌门(Proteobacteria)的变化趋势明显,其中且以阿克曼氏菌属(Akkermansia)、库特氏菌属(Kurthia)、杜博西氏菌属(Dubosiella)等细菌表现最为显著。与假手术组相比,实验组Akkermansia水平逐渐下降;Kurthia、Dubosiella等水平于第4天开始上升,且第7天达到峰值。另外,根据菌群基因功能预测结果推断:多种代谢通路(如脂质代谢、氨基酸代谢等)在小鼠神经横断后可能受影响。结论坐骨神经横断引发小鼠肠道微生物菌群发生显著变化且通过基因功能预测观察到代谢相关通路的变化,提示微生物潜在功能可能受到影响。该结果需通过代谢组学进行验证,以期将来为探索肠道菌群在周围神经损伤修复中的潜在作用提供研究线索。 展开更多
关键词 坐骨神经横断 肠道菌群 16s rRNA测序 小鼠
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基于16S rRNA高通量测序技术分析中重度痤疮患者的肠道菌群变化
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作者 蒋世超 汪小蒙 +3 位作者 陈政 乔松 杨帆 郭碧蓉 《安徽医科大学学报》 北大核心 2026年第1期98-104,共7页
目的探究痤疮与肠道菌群之间的关联性。方法共纳入29例中重度痤疮患者及26例健康对照者,采集所有受试者的粪便样本并基于16S rRNA基因高变区进行高通量测序分析。结果痤疮与肠道菌群改变存在显著关联。在门水平上,痤疮组拟杆菌门(Bacter... 目的探究痤疮与肠道菌群之间的关联性。方法共纳入29例中重度痤疮患者及26例健康对照者,采集所有受试者的粪便样本并基于16S rRNA基因高变区进行高通量测序分析。结果痤疮与肠道菌群改变存在显著关联。在门水平上,痤疮组拟杆菌门(Bacteroidota)丰富度显著高于对照组(P<0.01),而蓝细菌门(Cyanobacteria)丰富度显著降低(P<0.01)。属水平上,两组丰富度最高的5个具有差异性的菌属分别为拟杆菌属(Bacteroides)、大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)、克雷伯菌属(Klebsiella)、罗斯菌属(Roseburia)及副拟杆菌属(Parabacteroides),其中拟杆菌属、罗斯菌属及副拟杆菌属在痤疮患者中富集。此外,线性判别分析鉴定出痤疮组与对照组间的5种生物标志物均隶属于拟杆菌门。结论痤疮患者与健康人群肠道菌群组成存在显著差异,特定菌属的丰富度改变可能成为痤疮诊疗的新靶点。 展开更多
关键词 痤疮 肠道菌群 16s rRNA基因 高通量测序 拟杆菌门 生物标志物
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16S rRNA测序法及其在动物肠道微生物研究中的应用
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作者 张金宝 马春芳 +1 位作者 杨奇 郭许峰 《动物医学进展》 北大核心 2026年第1期109-114,共6页
动物肠道微生物的物种丰度大、群落结构和生长习性复杂,对动物机体免疫功能具有很好的调节作用,使得动物肠道微生物的研究成为难点和热点。传统的形态学和生化学鉴定方法已无法满足细菌鉴定的需求,核苷酸测序法逐步被科研学者所接受,在... 动物肠道微生物的物种丰度大、群落结构和生长习性复杂,对动物机体免疫功能具有很好的调节作用,使得动物肠道微生物的研究成为难点和热点。传统的形态学和生化学鉴定方法已无法满足细菌鉴定的需求,核苷酸测序法逐步被科研学者所接受,在初步形态鉴定的基础上,借助16S rRNA高通量测序法进一步进行细菌基因鉴定,可精准测定分析细菌种类。论文就16S rRNA高通量测序法在动物肠道微生物研究中的应用进展进行综述,旨在为动物肠道微生物相关进一步研究提供理论依据。 展开更多
关键词 16s Rrna 动物肠道 微生物
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基于16S rDNA测序的中国地鼠和金黄地鼠的肺部和肠道微生物群比较
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作者 刘凯慧 郭亚茜 +2 位作者 杜晓鹏 王昭华 朱华 《中国实验动物学报》 北大核心 2026年第3期362-370,共9页
目的本研究旨在通过16S rDNA测序技术比较中国地鼠和金黄地鼠肺部与肠道微生物群落的组成和多样性差异,为理解它们在人类疾病研究中的应用提供新的视角。方法选取6~8周龄的SPF级中国地鼠和金黄地鼠各12只(雌雄各半),在无菌条件下采集肺... 目的本研究旨在通过16S rDNA测序技术比较中国地鼠和金黄地鼠肺部与肠道微生物群落的组成和多样性差异,为理解它们在人类疾病研究中的应用提供新的视角。方法选取6~8周龄的SPF级中国地鼠和金黄地鼠各12只(雌雄各半),在无菌条件下采集肺泡灌洗液、小肠内容物和大肠内容物样本。通过16S rDNA测序技术进行物种注释和多样性分析,包括α多样性和β多样性分析,并使用线性判别分析(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)识别潜在的生物标志物。结果多样性分析,金黄地鼠(尤其是雄性)的肺部和小肠微生物群落多样性显著高于中国地鼠(P<0.05),中国地鼠的大肠微生物群落的多样性显著高于金黄地鼠(P<0.05)。β多样性分析,两种地鼠在肺部、小肠和大肠的微生物群落组成上均存在显著性差异(P<0.01)。LEfSe分析,在肺部微生物群落中,金黄地鼠的差异物种是厚壁菌门(Firmicutes),中国地鼠差异物种是拟杆菌门(Bacteroidota)(雌性)和变形菌门(Proteobacteria)(雄性);在小肠和大肠微生物群中,中国地鼠的差异物种是厚壁菌门(Firmicutes),金黄地鼠的差异物种是拟杆菌门(Bacteroidota)。结论中国地鼠和金黄地鼠在肺部和肠道微生物群落的组成和多样性上存在显著性差异,这些差异可能与它们在人类疾病研究中的不同应用领域相关。本研究为理解这两种地鼠在人类疾病研究中的应用提供了新的视角,并为未来通过调节微生物群落提升它们的健康水平及其作为实验模型的价值提供了理论基础。 展开更多
关键词 中国地鼠 金黄地鼠 16s rDNA测序 微生物群
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基于16S rDNA探讨芎麻汤有效成分对偏头痛大鼠肠道微生物的影响
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作者 何琪 常露露 +6 位作者 刘顶鼎 曾贵荣 陈唯实 姜宁 刘冬 吴雪梅 吴远华 《中国比较医学杂志》 北大核心 2026年第3期19-35,共17页
目的研究芎麻汤有效成分对偏头痛大鼠肠道微生物的影响。方法120只大鼠进行硬脑膜置管手术后,观察大鼠宏观体征,选取生活状态较好的90只大鼠于12 d内6次注射炎症汤刺激硬脑膜建立偏头痛模型,随机设置为9组,每组10只:模型组、降钙素基因... 目的研究芎麻汤有效成分对偏头痛大鼠肠道微生物的影响。方法120只大鼠进行硬脑膜置管手术后,观察大鼠宏观体征,选取生活状态较好的90只大鼠于12 d内6次注射炎症汤刺激硬脑膜建立偏头痛模型,随机设置为9组,每组10只:模型组、降钙素基因相关肽(CGRP)抑制剂组、氟桂利嗪阳性组、芎麻汤有效成分组(芎麻汤正丁醇提取物低、高剂量组、芎麻汤乙酸乙酯提取物低、高剂量组、芎麻汤正丁醇+乙酸乙酯提取物低、高剂量组);另设置空白组10只,以上述相同建模方法注射0.9%氯化钠溶液。模型建立后,空白组与模型组灌胃纯水,CGRP抑制剂组大鼠经尾静脉给药,每周1次,共5次;余组灌胃相应药物,每天1次,共4周(28 d)。给药末期,通过大鼠糖水偏爱度检测、悬尾测试、新物体识别测试、水迷宫测试进行行为学评估;腹主动脉采血、ELISA法检测大鼠外周血CGRP、NO含量;取肠道内容物,16S r DNA高通量测序技术分析大鼠肠道微生物变化。结果与空白组相比,模型组大鼠表现出显著的抑郁样行为改变及认知障碍,同时血清中CGRP、NO含量明显升高(P<0.05)。肠道菌群分析显示菌群结构发生明显变化,在门水平,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteriota)、Unclassified和弯曲杆菌门(Campylobacterota)群落丰度明显降低(P<0.01,P<0.05),拟杆菌门(Bacteroidota)、疣微菌门(Verrucomicrobiota)、髌骨细菌门(Patescibacteria)和蓝藻细菌门(Cyanobacteria)群落丰度明显升高(P<0.01,P<0.05);在属水平,Muribaculaceae_unclassified、乳酸杆菌(Lactobacillus)群落丰度明显降低(P<0.05),瘤胃球菌(Ruminococcus)、Clostridia_UCG-014_unclassified、阿克曼菌(Akkermansia)、Firmicutes_unclassified和Monoglobus群落丰度明显升高(P<0.01,P<0.05)。与模型组相比,氟桂利嗪阳性组、CGRP抑制剂组、芎麻汤有效成分组均不同程度地明显改善偏头痛大鼠出现的抑郁样行为改变及认知障碍;均明显降低血清中CGRP、NO含量。芎麻汤有效成分组能够不同程度调节大鼠肠道微生物的多样性,α多样性分析提示其能提高大鼠肠道菌群多样性和丰富度(P<0.01,P<0.05),β多样性分析提示芎麻汤有效成分组大鼠的肠道微生物群落结构与空白组接近,且其肠道菌群结构在门、属水平上均观察到了与模型组相反的趋势。结论芎麻汤有效成分可能通过调节偏头痛大鼠肠道微生物防治偏头痛。 展开更多
关键词 偏头痛 芎麻汤有效成分 肠道微生物 16s rDNA 降钙素基因相关肽
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基于16S rRNA高通量测序的驻岛人员肠道菌群分析 被引量:1
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作者 吴浩 谢沛 +4 位作者 张菂 黄文 李兆申 薛芊 鞠金涛 《海军军医大学学报》 北大核心 2025年第3期400-405,共6页
目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道... 目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道菌群多样性及菌群组成差异。结果肠道菌群alpha多样性分析显示驻岛人员肠道菌群丰度较沿海地区人员升高,beta多样性分析提示驻岛人员肠道微生物群落构成与沿海地区人员相比差异有统计学意义(P=0.001)。驻岛人员肠道内拟杆菌门丰度低于沿海地区人员(30.8%vs 48.3%,P<0.001),而肠道内变形菌门丰度高于沿海地区人员(28.3%vs 10.2%,P<0.001)。经多重假设检验校正后发现,驻岛人员肠道内拟杆菌属、罗斯氏菌属、另枝菌属、副拟杆菌属丰度显著下降,普雷沃氏菌属、大肠埃希菌-志贺菌属、柠檬酸杆菌属、产粪甾醇真杆菌属丰度显著提升。结论海岛特殊环境影响驻岛人员肠道菌群特征,肠道微生态健康亟需精准保障。 展开更多
关键词 驻岛人员 海岛 肠道菌群 16s rRNA 高通量测序
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基于16S rDNA扩增子分析柑橘黄龙病植株叶片中脉内生细菌菌群 被引量:1
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作者 张利平 刘顺民 +2 位作者 蒲占湑 朱莉 吕佳 《浙江农业科学》 2025年第2期440-444,共5页
文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组... 文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组有54种OTU,HLB组只有38种OTU,其中HC组注释到属水平的有38个属,HLB组有30个属,在HLB组中,黄龙病菌(Candidatus Liberibacter)是优势菌群,平均占比达到81.35%,而在HC组中并未发现黄龙病菌。通过t-test分析发现,发病组和健康组中的Cadidatus Liberibacter和Roseburia2个微生物的占比在属水平上具有显著差异;根据Spearman秩相关性分析发现黄龙病菌与拟杆菌属(Bacteroides)、梭形杆菌属(Fusobacterium)及罗氏菌属(Roseburia)3个属呈正相关,与鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、放线菌属(Amnibacterium)、甲基杆菌属(Methylobacterium)及Beijerinckiaceae 1174-901-12这4个属呈负相关。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 16s rDNA 内生细菌
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基于16S rRNA测序和粪菌移植法探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响 被引量:3
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作者 高澳 王晓菲 +5 位作者 卢意 卢柠霞 王天雨 卢芳 于栋华 刘树民 《中成药》 北大核心 2025年第2期634-641,共8页
目的基于16S rRNA测序和粪菌移植法(FMT)探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响。方法大鼠随机分为空白组、模型组、穿山龙总皂苷组及别嘌醇组,除空白组外,其他3组灌胃给予5%氧嗪酸钾混悬液,连续5周,并给予10%酵母饲料;第3周... 目的基于16S rRNA测序和粪菌移植法(FMT)探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响。方法大鼠随机分为空白组、模型组、穿山龙总皂苷组及别嘌醇组,除空白组外,其他3组灌胃给予5%氧嗪酸钾混悬液,连续5周,并给予10%酵母饲料;第3周,穿山龙总皂苷组及别嘌醇组分别灌胃给予480 mg/kg穿山龙总皂苷及25 mg/kg别嘌醇,第5周采用全自动生化分析仪检测血清尿酸、尿素氮水平。建立伪无菌小鼠模型,分为空白对照组、正常粪便移植组、模型粪便移植组、穿山龙总皂苷粪便移植组,后三者分别灌胃给予空白组、模型组、穿山龙总皂苷组大鼠粪菌悬液,连续5周,对新鲜粪便进行16S rRNA测序,全自动生化分析仪检测血清尿酸、尿素氮水平。结果经过粪菌移植给药穿山龙总皂苷后,与模型粪便移植组比较,穿山龙总皂苷粪便移植组尿酸水平及拟杆菌属、毛螺菌属丰度降低(P<0.05),弯曲菌门、螺杆菌属、梭菌属丰度升高(P<0.05)。结论穿山龙总皂苷可通过调控高尿酸血症小鼠的肠道菌群动态平衡,影响其组成与功能,从而降低血尿酸。 展开更多
关键词 穿山龙总皂苷 高尿酸血症 粪菌移植 16s rRNA测序 肠道菌群
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基于16S rRNA技术分析桔梗超微粉对小鼠肠道菌群多样性的影响 被引量:1
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作者 李芷珊 周照月 +2 位作者 刘天龙 王帅玉 江海洋 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第7期3372-3385,共14页
【目的】观察桔梗超微粉对小鼠肠道菌群多样性的影响,为桔梗超微粉的临床应用及其安全性提供依据。【方法】将24只雄性昆明小鼠随机分为对照组、桔梗超微粉高(3.0 g/kg)、中(1.5 g/kg)、低(0.3 g/kg)剂量组,每组6只。桔梗超微粉各剂量... 【目的】观察桔梗超微粉对小鼠肠道菌群多样性的影响,为桔梗超微粉的临床应用及其安全性提供依据。【方法】将24只雄性昆明小鼠随机分为对照组、桔梗超微粉高(3.0 g/kg)、中(1.5 g/kg)、低(0.3 g/kg)剂量组,每组6只。桔梗超微粉各剂量组小鼠灌胃相应剂量溶于水后的桔梗超微粉,对照组灌胃等体积纯化水,连续给药14 d,每日记录体重和耗料量。在试验第15天处死各组小鼠进行剖检及组织病理学观察,同时无菌取小鼠粪便,扩增粪便菌群16S rRNA基因的V3-V4区,采用高通量测序分析菌群Alpha和Beta多样性及门和属水平的物种组成并进行微生物功能预测分析。【结果】(1)桔梗超微粉中、高剂量组小鼠平均体增重均显著降低于对照组(P<0.05),桔梗超微粉中剂量组小鼠平均耗料量明显低于对照组。(2)与对照组相比,桔梗超微粉各剂量组小鼠胃、十二指肠、空肠和回肠组织均未见病理学异常。(3)桔梗超微粉各剂量组小鼠肠道菌群Alpha多样性指数均高于对照组(P>0.05),且随着桔梗超微粉使用剂量增多呈上升趋势。肠道菌群Beta多样性分析结果显示,与对照组相比,低、高剂量桔梗超微粉对小鼠肠道菌群结构影响不显著(P>0.05),中剂量桔梗超微粉可显著改变小鼠肠道菌群结构(P<0.05)。(4)与对照组相比,在门水平上,桔梗超微粉中剂量组小鼠肠道内厚壁菌门和蓝藻门丰度显著增加(P<0.05),拟杆菌门、变形菌门和浮霉菌门丰度显著下降(P<0.05);在属水平上,中剂量组小鼠肠道内普雷沃菌属、副拟杆菌属和rc4_4丰度显著增加(P<0.05),Kaistobacter属和假单胞菌属等丰度显著下降(P<0.05)。(5)微生物功能预测分析发现,桔梗超微粉中剂量组小鼠肠道微生物基因组功能均主要富集在氨基酸生物合成及辅因子、假体基团、电子载体与维生素生物合成和核苷酸生物合成等方面。与对照组相比,桔梗超微粉中剂量组存在11条显著下调的差异代谢通路,主要涉及有氟苯甲酸酯降解、多环芳烃降解和酵母减数分裂等。【结论】桔梗超微粉可增加小鼠肠道菌群多样性,其中1.5 g/kg桔梗超微粉可显著改变肠道菌群结构。本试验结果为桔梗超微粉临床使用的科学用量及安全性提供数据支持,同时为今后桔梗超微粉与肠道菌群相关的药效学研究提供了数据支持。 展开更多
关键词 桔梗超微粉 16s rRNA 小鼠 肠道菌群 微生物多样性
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基于16S rDNA扩增子测序研究球虫感染牦牛的肠道菌群多样性及其组成结构变化
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作者 毕峻铭 李燕 +3 位作者 唐智慧 黄逸馨 曹随忠 王保宁 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第6期1625-1631,共7页
【目的】探讨球虫感染对牦牛肠道菌群的影响。【方法】从西藏拉萨市林周县采集36份7—12月龄牦牛粪便样品,根据粪便中球虫虫卵计数分为对照组(OPG=0,n=11)和感染组(100≤OPG≤4400,n=25)进行16S rDNA全长测序和功能基因预测分析。【结... 【目的】探讨球虫感染对牦牛肠道菌群的影响。【方法】从西藏拉萨市林周县采集36份7—12月龄牦牛粪便样品,根据粪便中球虫虫卵计数分为对照组(OPG=0,n=11)和感染组(100≤OPG≤4400,n=25)进行16S rDNA全长测序和功能基因预测分析。【结果】①感染组的蓝藻菌门相对丰度显著减少(P<0.001);丁酸弧菌属、Gastranaerophilales、解纤维素菌属、粪杆菌属和德库菌属的相对丰度显著降低(P<0.05),而埃希氏-志贺氏菌属的相对丰度显著增加(P<0.05)。②在种水平上,感染组中第三梭菌、嗜糖密螺旋体和未定德库菌的相对丰度显著降低(P<0.05),而大肠杆菌(Escherichia-coli)的相对丰度显著增加(P<0.05)。③KEGG功能预测分析表明,感染组中与志贺氏菌病、致病性大肠杆菌感染和细菌对上皮细胞的侵袭相关的通路显著上调(P<0.05),而碳水化合物代谢和脂质代谢通路显著下调(P<0.05)。【结论】揭示了球虫感染后牦牛肠道菌群多样性和组成结构的显著变化,以及对宿主代谢的影响,可为牦牛球虫病的防控提供科学依据。 展开更多
关键词 牦牛 球虫 16s rDNA扩增子测序 肠道菌群 大肠杆菌
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基于PacBio平台的16S全长测序技术对不同年龄羚牛肠道菌群结构及功能的研究
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作者 贾康胜 索丽娟 +4 位作者 罗晓斌 李斐然 雷颖虎 高更更 唐婕 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第6期9-19,共11页
动物肠道微生物组作为宿主-微生物互作形成的动态平衡共生体系,其群落结构与功能对宿主的能量代谢、免疫调控、生态适应及健康评估具有重要的生物学作用。本研究以我国易危物种秦岭羚牛(Budorcas taxicolor bedfordi)为研究对象,基于Pac... 动物肠道微生物组作为宿主-微生物互作形成的动态平衡共生体系,其群落结构与功能对宿主的能量代谢、免疫调控、生态适应及健康评估具有重要的生物学作用。本研究以我国易危物种秦岭羚牛(Budorcas taxicolor bedfordi)为研究对象,基于PacBio平台的16S rRNA全长测序技术,对陕西省珍稀野生动物救护基地14头圈养个体(幼年4头,成年5头,老年5头)的肠道微生物进行高通量测序。结果显示,不同年龄组羚牛的肠道微生物Alpha多样性指数间无显著差异(P>0.05)。但基于weighted_unifrac距离的NMDS分析结果显示,肠道群落结构组间存在显著差异(P=0.01)。在饲粮组成均质化条件下,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门构成圈养羚牛的核心菌门,它们的相对丰度因年龄而异。成年组的厚壁菌门(Firmicutes)丰度显著高于老年组和幼年组(P<0.05);幼年组的拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度最高,老年组的变形菌门(Proteobacteria)丰度最高。属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)在幼年组显著富集,老年组的比伯斯坦杆菌属(Bibersteinia)丰度最高。LEfSe分析确定了不同年龄组特征的菌属标记物,其中成年组最多,为14个,幼年组为12个,老年组最少,为6个。PICRUSt功能预测表明,羚牛肠道微生物参与全局和概述图谱(Global and overview maps)、碳水化合物代谢(Carbohydrate metabolism)、氨基酸代谢(Amino acid metabolism)、膜转运(Membrane transport)及翻译(Translation)等通路。在Level 2水平上,老年组和幼年组有5条代谢通路具有显著性差异(P<0.001)。本研究对不同年龄羚牛肠道微生物的组成和潜在功能进行了初步探讨,为制定羚牛的保护和管理策略提供了重要参考。 展开更多
关键词 肠道微生物 秦岭羚牛 16s rRNA全长测序 功能预测
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肥胖非酒精性脂肪肝病儿童肠道菌群16S rRNA基因高变区V3~V4和V4测序结果比较
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作者 黄智航 韦佳 +7 位作者 罗家有 潘雄峰 韦彩连 周阳 肖淑娟 徐宁安 钟燕 罗米扬 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第12期2312-2324,共13页
目的:16S rRNA基因测序是研究样本微生物结构的重要方法,然而,对同一样本选择不同高变区进行测序是否会对结果产生影响尚不清楚。本研究旨在比较肥胖非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)儿童16S rRNA基因高变区V... 目的:16S rRNA基因测序是研究样本微生物结构的重要方法,然而,对同一样本选择不同高变区进行测序是否会对结果产生影响尚不清楚。本研究旨在比较肥胖非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)儿童16S rRNA基因高变区V3~V4和V4测序结果的差异,为科学评估肥胖NAFLD儿童肠道菌群检测结果提供依据。方法:选择2020年1月至2021年9月在湖南省儿童医院就诊的肥胖NAFLD儿童和单纯肥胖儿童作为研究对象,采集粪便标本,提取样本总DNA,分别对肠道菌群V3~V4区和V4区进行PCR扩增后测序,比较2个高变区扩增后α和β多样性及菌群结构差异。选择7例样本进行宏基因组测序,以此作为金标准评价V3~V4区和V4区测序的优劣。结果:共纳入145例研究对象,其中92例为病例组,53例为对照组。V3~V4区测序获得的操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)数目(16977)高于V4区测序(3362)。α多样性分析结果显示,总人群V3~V4区Shannon指数(5.49±1.11)与Chao 1指数(1843.04±580.78)均高于V4区Shannon指数(4.98±0.65)与Chao 1指数(379.59±47.27)(均P<0.001)。β多样性分析结果显示,V3~V4区和V4区获得的菌群结构整体存在差异,且组间差异大于组内差异(P<0.05)。Welch’s t检验结果显示,总人群V3~V4区和V4区测序在门、纲、目、科、属各水平检出的差异性菌群数目分别为2、9、35、33、72;病例组V3~V4区和V4区测序在各水平的差异性菌群数目分别为1、9、32、35、66;对照组V3~V4区和V4区测序在各水平的差异性菌群数目分别为0、7、27、21、0。线性判别分析效应大小(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)分析结果显示,V3~V4区测序共发现29种菌群在病例组与对照组之间存在差异,V4区测序共发现7种菌群在病例组与对照组之间存在差异(均P<0.01)。敏感性分析显示,V3~V4区测序(5.41±1.62)与宏基因组测序(6.39±0.42)的Shannon指数的差异无统计学意义(P=0.169)、V3~V4区测序(1889.92±781.73)的Chao 1指数小于宏基因组测序(3092.71±505.89),差异有统计学意义(P<0.01)。V4区测序的Shannon指数和Chao 1指数均小于宏基因组测序,差异有统计学意义(分别4.89±0.94 vs 6.39±0.42,362.41±35.22 vs 3092.71±505.89,均P<0.01)。结论:16S rRNA基因的V3~V4区和V4区测序对研究肥胖儿童肠道菌群结构的结果有影响,V3~V4区更可能发现病例组与对照组之间的差异菌群,且对α多样性有更为准确的估计,可作为NAFLD儿童肠道菌群测序优先考虑的区域,但目前对16S rRNA基因测序V区的选择并无统一标准,要根据研究目的和样本特征综合选择检测区域和方法。 展开更多
关键词 肥胖儿童非酒精性脂肪肝病 肠道菌群 16s rRNA基因测序 V3~V4区 V4区 宏基因组测序
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基于16S rDNA测序的硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征分析
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作者 杨思思 唐小翠 +2 位作者 赵晓航 王娜 姚武 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期158-161,共4页
目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、... 目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、α-SMA、COL1A1和TGF-βmRNA的表达,采用Western blot法检测肺组织中α-SMA蛋白的表达;收集肺泡灌洗液和粪便样本,采用16S rDNA测序方法检测肺部和肠道菌群的丰度和α多样性。结果:与对照组相比,SiO_(2)组小鼠肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、COL1A1、TGF-β、α-SMA mRNA表达水平和α-SMA蛋白表达水平均升高(P<0.05)。两组小鼠肺部和肠道菌群存在共同的差异菌群且变化相反,α多样性指标比较差异无统计学意义(P>0.05)。SiO_(2)组小鼠疣微菌门、阿克曼菌属和阿克曼菌等在肠道减少而在肺部增加(P<0.05)。结论:硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群发生变化并影响硅沉着病的发生发展。 展开更多
关键词 硅沉着病 肺纤维化 肺部菌群 肠道菌群 16s rDNA测序 小鼠
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16s rRNA测序技术检测复方地黄颗粒作用下肺炎链球菌诱导肺炎模型大鼠肠道菌群的变化及其意义
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作者 张雨涵 孔令娟 +1 位作者 柳金英 郭建恩 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第6期1551-1560,共10页
目的:通过16s rRNA测序技术探讨复方地黄颗粒对肺炎链球菌(Spn)诱导肺炎模型大鼠肠道菌群的影响,并阐明其潜在机制。方法:将30只大鼠随机分为对照组(正常大鼠)、模型组(Spn诱导肺炎大鼠模型)、低剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃1.7... 目的:通过16s rRNA测序技术探讨复方地黄颗粒对肺炎链球菌(Spn)诱导肺炎模型大鼠肠道菌群的影响,并阐明其潜在机制。方法:将30只大鼠随机分为对照组(正常大鼠)、模型组(Spn诱导肺炎大鼠模型)、低剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃1.75 g·kg^(-1)复方地黄颗粒)、中剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃3.50 g·kg^(-1)复方地黄颗粒)和高剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃7.00 g·kg^(-1)复方地黄颗粒),每组6只。测定大鼠肺组织湿/干重(W/D)比值并分析血气指标,HE染色观察各组大鼠肺组织病理形态表现并评估肺组织损伤程度,试剂盒检测各组大鼠肺泡灌洗液(BALF)中细菌负荷水平和白细胞介素(IL)-6、IL-8及IL-10水平,进行16s rRNA肠道菌群测序分析。结果:与对照组比较,模型组大鼠动脉血二氧化碳分压(PaCO_(2))明显升高(P<0.05),动脉血氧分压(PaO_(2))和血氧饱和度(SaO_(2))明显降低(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠PaCO_(2)明显降低(P<0.05),PaO_(2)和SaO_(2)明显升高(P<0.05),并呈剂量依赖性。HE染色,对照组大鼠肺组织未见明显损伤;模型组大鼠肺组织细胞排列紊乱,大量炎性细胞浸润,肺泡壁毛细血管明显扩张;与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠肺组织形态损伤均有所改善。与对照组比较,模型组大鼠肺组织W/D比值和病理评分明显升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠肺组织W/D比值和病理评分明显降低(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠BALF中细菌负荷水平明显升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠BALF中细菌负荷水平明显降低(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠BALF中IL-6和IL-8水平明显升高(P<0.05),IL-10水平明显降低(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠BALF中IL-6和IL-8水平明显降低(P<0.05),IL-10水平明显升高(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠菌群丰度指标(Chao1)、菌群多样性和均匀性指标(Shannon)、菌群优势度指标(Simpson)及实际检测物种数指标(Observed_species)均明显降低(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Chao1、Shannon、Simpson和Observed_species均明显升高(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度降低,厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度升高,Firmicutes/Bacteroidetes比值明显升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Bacteroidetes相对丰度升高,Firmicutes相对丰度降低,Firmicutes/Bacteroidetes比值明显降低(P<0.05),并呈剂量依赖性。在科水平上,与对照组比较,模型组大鼠棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)和莫拉氏菌科(Moraxellaceae)相对丰度明显升高,而乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)和嗜黏蛋白阿克曼菌科(Akkermansiaceae)相对丰度明显降低;与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Corynebacteriaceae、Staphylococcaceae和Moraxellaceae相对丰度明显降低,Lactobacillaceae、Lachnospiraceae和Akkermansiaceae相对丰度明显升高。在属水平上,与对照组比较,模型组大鼠脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和费克蓝姆氏菌属(Facklamia)相对丰度明显升高,双歧杆菌(Bifidobacterium)和瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)相对丰度明显降低;与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Desulfovibrio和Facklamia相对丰度明显降低,Bifidobacterium和Ruminococcaceae相对丰度明显升高。结论:复方地黄颗粒可以改善Spn诱导的肺炎大鼠的炎症和肺损伤,这可能与肠道菌群丰度和多样性的增加有关。 展开更多
关键词 肺炎 16s rRNA测序技术 复方地黄颗粒 肺炎链球菌 肠道菌群
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基于16S rRNA基因测序和Source Tracker模型分析生驼乳安全风险关键点
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作者 薛宇飞 冀承昊 +1 位作者 何静 吉日木图 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第23期235-243,共9页
驼乳是人类各类营养元素摄入的良好来源之一,富含的营养价值更易被吸收利用,对人体健康、疾病预防及治疗具有重要作用。但由于驼乳受到不卫生的环境条件、生产过程不规范或处理方法不当等影响,极易遭受微生物的污染,这不仅威胁到驼乳产... 驼乳是人类各类营养元素摄入的良好来源之一,富含的营养价值更易被吸收利用,对人体健康、疾病预防及治疗具有重要作用。但由于驼乳受到不卫生的环境条件、生产过程不规范或处理方法不当等影响,极易遭受微生物的污染,这不仅威胁到驼乳产品的品质与安全,也成为了制约驼乳产业持续健康发展的关键因素之一。因此,该研究通过16S rRNA扩增子测序技术对挤奶瓶、乳头夹、储奶罐、乳头、饮用水、饲料、粪便和驼舍空气样品中微生物多样性比较分析。采用Source Tracker分析模型对3个牧场中的微生物风险关键点分析。研究表明,A驼场生乳中乳球菌和金黄杆菌在属水平上的相对丰度较高,占比分别为52.37%和15.76%;而在B驼场生乳在属水平上主要优势菌属为罗思氏菌,相对丰度占比高达83.64%;C驼场生乳微生物属占比较高的为罗思氏菌和不动杆菌,分别为64.85%和17.58%。利用Source Tracker模型对A、B和C三个驼场的挤奶瓶、乳头夹、储奶罐、乳头、饮用水、饲料、粪便和驼舍空气样品8个风险关键点进行分析,确定造成原料乳微生物污染的风险关键点为乳头、乳头夹、挤奶瓶和储奶罐。该研究结果可为生驼乳安全性的提高提供参考依据。 展开更多
关键词 生驼乳 微生物风险分析 关键点控制 16s rRNA测序 Source Tracker模型
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基于网络药理学与16S rDNA测序的探究:中药通关藤对结肠炎相关结直肠癌小鼠模型的干预作用及机制研究
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作者 魏颖 张杰 +2 位作者 孙佳鑫 刘刚 苏丽娅 《重庆医科大学学报》 北大核心 2025年第10期1363-1374,共12页
目的:研究中药通关藤对结肠炎相关结直肠癌(colitis-associatedcolon cancer,CAC)的干预及其活性作用机制。方法:运用高分辨质谱结合精确质量数数据库对通关藤化学成分进行鉴定,同时运用网络药理学方法,筛选当其的主要活性成分和治疗结... 目的:研究中药通关藤对结肠炎相关结直肠癌(colitis-associatedcolon cancer,CAC)的干预及其活性作用机制。方法:运用高分辨质谱结合精确质量数数据库对通关藤化学成分进行鉴定,同时运用网络药理学方法,筛选当其的主要活性成分和治疗结直肠癌(colorectal cancer,CRC)的相关靶点,对其抗CRC作用机制进行研究。同时构建CAC小鼠模型,考察通关藤对CAC小鼠疾病活动指数(disease activity index,DAI)、体质量、结直肠形态以及血清TNF-α、IL-1β水平的影响。利用16S rDNA测序技术,揭示其对小鼠肠道微生物群落多样性的影响。结果:质谱鉴定出通关藤中50个成分,网络药理学匹配得到37个活性成分,检索出与CRC有关靶点313个。共得到958条GO条目和173条KEGG条目,与通关藤相关度较高主要包括炎症、氧化应激、癌症等相关通路。造模后各组小鼠分别出现了腹泻、便血、脱肛、消瘦等表现,各DSS循环后模型组DAI评分均升高,第一、二、三循环后通关藤组能降低造模后小鼠的DAI评分(P=0.007、P<0.001、P<0.001)。同时,与模型组相比,通关藤组小鼠结直肠长度增长,肠体肿胀减轻,上皮细胞结构相对完整,炎性细胞减少,杯状细胞增多,不典型增生减少,TNF-α、IL-6水平降低(P<0.001、P=0.002)。通关藤组小鼠的肠道微生物丰富度和多样性下降,通关藤组与模型组相比,Bacteroides的相对丰度降低,Muribaculaceae和Clostridia-UCG-014的相对丰度增加(P=0.002、P=0.009)。结论:通关藤具有干预CAC小鼠结直肠癌的作用,其作用机制可能与其调节炎癌相关作用通路及改变肠道微生物群多样性有关。 展开更多
关键词 通关藤 结肠炎相关结直肠癌 网络药理 肠道微生物 16s核糖体DNA
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基于16S rRNA基因测序探究ApoE基因敲除兔肠道微生物特征
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作者 黎桂玲 萨楚拉 +6 位作者 陈傍柱 刘月姝 刘科 谭巧燕 郑佳琳 朱叶萌 王刚 《广东农业科学》 2025年第7期72-83,共12页
【目的】探究ApoE基因敲除兔与新西兰兔的肠道微生物群落特征及其差异,揭示ApoE基因在调控肠道菌群方面的潜在作用。【方法】利用CRISPR/Cas9技术成功构建ApoE基因敲除兔,采用NovaSeq测序平台对ApoE基因敲除兔和新西兰兔的粪便进行16S r... 【目的】探究ApoE基因敲除兔与新西兰兔的肠道微生物群落特征及其差异,揭示ApoE基因在调控肠道菌群方面的潜在作用。【方法】利用CRISPR/Cas9技术成功构建ApoE基因敲除兔,采用NovaSeq测序平台对ApoE基因敲除兔和新西兰兔的粪便进行16S rRNA基因序列高通量测序。通过生物信息学方法对序列数据进行质量控制、ASV(扩增子序列变体)聚类、物种注释及多样性分析等,系统评估其肠道微生物的多样性、群落结构和功能调控的差异。【结果】在正常饮食条件下,ApoE基因敲除兔血清中总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)含量均高于新西兰兔,其中TC、LDL-C差异极显著(P<0.01),符合高脂血症的特征。与新西兰兔相比,ApoE基因敲除兔的肠道微生物ASV丰度显著提高(P<0.01);在α多样性比较中,Observed_species、Chao1、Shannon、Simpson、PD_whole_tree指数显著性增加(P<0.05),物种丰富度和多样性增加;β多样性比较中,主成分、主坐标分析分别出现28.84%、38.20%的差异,肠道微生物群落结构发生明显变化。ApoE基因敲除兔的厚壁菌门/拟杆菌门比值(F/B)显著升高(P<0.05),肠道中产脂多糖(LPS)细菌和损伤黏膜细菌(如阿克曼菌、另枝菌属、梭状芽孢杆菌等)丰度增加。同时,在基础转录因子调控、药物代谢及Atrazine降解相关通路的丰度表现出显著性差异(P<0.05)。【结论】ApoE基因敲除兔的肠道微生物多样性及代谢通路发生改变,表明ApoE基因影响兔肠道微生物生态和代谢功能,在调控肠道微生态平衡中发挥重要作用。 展开更多
关键词 高脂血症 APOE基因敲除 CRISPR/Cas9 16s rRNA 肠道微生物
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基于16S rRNA高通量测序技术分析西杂牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究
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作者 曲磊 关诗宇 +3 位作者 谷兴亮 谷月 赵玉民 秦立红 《饲料工业》 北大核心 2025年第23期89-95,共7页
试验旨在探究西杂牛(西门塔尔牛×本地黄牛)瘤胃内微生物多样性及其功能。利用16S rRNA高通量测序技术分析西杂牛瘤胃液样品菌群结构并用PICRUSt2进行功能预测。结果表明:通过Illumina NovaSeq测序平台共获得平均原始序列数量为7049... 试验旨在探究西杂牛(西门塔尔牛×本地黄牛)瘤胃内微生物多样性及其功能。利用16S rRNA高通量测序技术分析西杂牛瘤胃液样品菌群结构并用PICRUSt2进行功能预测。结果表明:通过Illumina NovaSeq测序平台共获得平均原始序列数量为70492条,平均有效序列数量为59428条,平均优质序列数量为58383条,平均序列长度为420 bp,覆盖度均在99.71%以上,经Alpha多样性得到Simpson、Shannon、Chao1、Observed species和Pielou’s evenness(Pielou_e)指数,分别为0.99、9.96、3241.80、3220.65和0.86;经分类学鉴定分析,西杂牛瘤胃微生物优势菌门为拟杆菌门(Bacteroidota,57.89%)和厚壁菌门(Firmicutes,33.07%),优势菌目为拟杆菌目(Bacteroidales,57.58%),优势菌属为普雷沃氏菌属(Prevotella,24.15%);在功能预测分析中,与KEGG数据库对比,西杂牛瘤胃菌群主要集中在新陈代谢一级水平代谢通路;与COG数据库对比,功能类别主要集中在翻译,核糖体结构和生物转化、氨基酸转运和代谢、细胞壁/膜/被膜生物合成、一般功能预测、碳水化合物运输和代谢。 展开更多
关键词 西杂牛 瘤胃微生物 16s rRNA 功能预测 优势菌
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