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苦荞全基因组11S种子储藏蛋白基因的鉴定及表达分析
被引量：
2
1
作者
邓娇
陈庆富
+3 位作者
张启迪
汪燕
梁成刚
黄娟
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期856-864,共9页
以苦荞(Fagopyrum tataricum(L.)Gaertn)全基因组数据为平台,采用生物信息学方法,挖掘出9个11S种子储藏蛋白基因,并对其定位、蛋白结构、系统发育及表达模式进行了分析。结果表明,苦荞9个11S种子储藏蛋白基因编码的蛋白长度为189~914 aa...
以苦荞(Fagopyrum tataricum(L.)Gaertn)全基因组数据为平台,采用生物信息学方法,挖掘出9个11S种子储藏蛋白基因,并对其定位、蛋白结构、系统发育及表达模式进行了分析。结果表明,苦荞9个11S种子储藏蛋白基因编码的蛋白长度为189~914 aa,等电点位于5.18~9.82之间,分子量为21.27~103.33 kD;定位分析结果显示,这些成员位于苦荞基因组的6条连锁群上(Megascaffold2/5以及scaffold77/344/395/861);序列比对分析发现,除了1个11S种子储藏蛋白sample1_00009513-RA具有1个cupin保守结构域外,其余8个都含有2个cupin结构域,并且在cupin保守结构域中,苦荞和拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh)共有14个保守的氨基酸残基;蛋白结构预测表明,苦荞11S种子储藏蛋白的结构具有2种类型;苦荞与其它6个物种[拟南芥、花生(Arachis hypogaea Linn.)、大豆(Glycine max(Linn.)Merr.)、杏仁(Armeniaca vulgaris Lam.)、胡桃(Juglans regia L.)和芝麻(Sesamum indicumLinn.)]11S种子储藏蛋白以及苦荞过敏蛋白(TBb和TBt)系统发育分析结果表明,这些蛋白可以分为3类,共具有4对旁系同源蛋白和3对直系同源蛋白;与已报道的苦荞过敏性储藏蛋白以及其它5个物种(花生、大豆、杏仁、胡桃和芝麻)的11S过敏蛋白比较发现,5个11S种子储藏蛋白(sample1_00013128-RA、sample1_00013130-RA、sample1_00021677-RA、sample1_00021668-RA和sample1_00021674-RA)与苦荞2个过敏蛋白的同源性较高,同时它们与胡桃11S过敏蛋白的同源性最高,但尚需进一步实验来确定这5个成员是否为食物过敏原;RNA-Seq转录组数据显示,4个基因(sample1_00018411-RA、sample1_00026786-RA、sample1_00021674-RA、sample1_00022718-RA)在2种荞麦属植物的灌浆期种子中表达水平较高,且在‘大苦1号’中的表达水平要高于‘大甜1号’。
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关键词
苦荞
11s种子储藏蛋白
Cupin保守结构域
系统发育关系
表达分析
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题名
苦荞全基因组11S种子储藏蛋白基因的鉴定及表达分析
被引量：
2
1
作者
邓娇
陈庆富
张启迪
汪燕
梁成刚
黄娟
机构
贵州师范大学荞麦产业技术研究中心
出处
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期856-864,共9页
基金
贵州省科技计划项目(黔科合LH字[2016]7205号/[2015]7766号)
贵州师范大学资助博士科研项目(11904/0516026
+3 种基金
11904/0516031)
贵州省科学技术基金计划(黔科合基础[2016]1107号)
贵州省荞麦工程技术研究中心(黔科合农G字[2015]4003号)
国家自然科学基金项目(31760430)~~
文摘
以苦荞(Fagopyrum tataricum(L.)Gaertn)全基因组数据为平台,采用生物信息学方法,挖掘出9个11S种子储藏蛋白基因,并对其定位、蛋白结构、系统发育及表达模式进行了分析。结果表明,苦荞9个11S种子储藏蛋白基因编码的蛋白长度为189~914 aa,等电点位于5.18~9.82之间,分子量为21.27~103.33 kD;定位分析结果显示,这些成员位于苦荞基因组的6条连锁群上(Megascaffold2/5以及scaffold77/344/395/861);序列比对分析发现,除了1个11S种子储藏蛋白sample1_00009513-RA具有1个cupin保守结构域外,其余8个都含有2个cupin结构域,并且在cupin保守结构域中,苦荞和拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh)共有14个保守的氨基酸残基;蛋白结构预测表明,苦荞11S种子储藏蛋白的结构具有2种类型;苦荞与其它6个物种[拟南芥、花生(Arachis hypogaea Linn.)、大豆(Glycine max(Linn.)Merr.)、杏仁(Armeniaca vulgaris Lam.)、胡桃(Juglans regia L.)和芝麻(Sesamum indicumLinn.)]11S种子储藏蛋白以及苦荞过敏蛋白(TBb和TBt)系统发育分析结果表明,这些蛋白可以分为3类,共具有4对旁系同源蛋白和3对直系同源蛋白;与已报道的苦荞过敏性储藏蛋白以及其它5个物种(花生、大豆、杏仁、胡桃和芝麻)的11S过敏蛋白比较发现,5个11S种子储藏蛋白(sample1_00013128-RA、sample1_00013130-RA、sample1_00021677-RA、sample1_00021668-RA和sample1_00021674-RA)与苦荞2个过敏蛋白的同源性较高,同时它们与胡桃11S过敏蛋白的同源性最高,但尚需进一步实验来确定这5个成员是否为食物过敏原;RNA-Seq转录组数据显示,4个基因(sample1_00018411-RA、sample1_00026786-RA、sample1_00021674-RA、sample1_00022718-RA)在2种荞麦属植物的灌浆期种子中表达水平较高,且在‘大苦1号’中的表达水平要高于‘大甜1号’。
关键词
苦荞
11s种子储藏蛋白
Cupin保守结构域
系统发育关系
表达分析
Keywords
Fagopyrum tataricum
11
s
s
eed
s
torage protein
Cupin con
s
ervative domain
Phylogenetic relation
s
hip
Expre
s
s
ion analy
s
i
s
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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作者
出处
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1
苦荞全基因组11S种子储藏蛋白基因的鉴定及表达分析
邓娇
陈庆富
张启迪
汪燕
梁成刚
黄娟
《植物科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
2
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引证文献
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