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题名基于高速双倍自助法对蒙古马系统发育树的研究
被引量：3
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作者
任爱珍
白东义
赵一萍
侯娜
芒来
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机构
内蒙古农业大学理学院
内蒙古农业大学动物科学学院内蒙古自治区蒙古马遗传资源保护及马产业工程实验室
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出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第9期1861-1869,共9页
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基金
内蒙古农业大学博士科研启动基金(BJ2014-14)
内蒙古自治区自然科学基金(2017ZD06
+2 种基金
2018MS01006)
内蒙古自治区科学技术厅项目(201603002)
国家自然科学基金(31472070)
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文摘
旨在利用高速双倍自助法研究蒙古马系统发育树的问题。本研究选用30匹蒙古马的mtDNA D-loop区碱基序列,其中包括5个蒙古马类群(巴尔虎马、三河马、乌审马、乌珠穆沁马、锡尼河马)各6匹,对其所有105个可能系统树(普氏野马作为外群,6匹)进行分析,利用生物信息学软件Mega6和PAMAL4.9,以最大似然法估计蒙古马的最大似然系统树。最后利用生物信息软件CONSEL、R3.0中的SDBP包等计算105个候补系统树的基于高速双倍自助法的可靠度(speedy double bootstrap P-value,SDBP)。结果表明,SDBP值最大的蒙古马系统树共有3个分支,巴尔虎马与乌审马合并为一个分支,具有较近的遗传关系;乌珠穆沁马与锡尼河马具有较近的遗传关系;三河马独立于其他4种蒙古马,构成一个系统发育分支。SDBP值最大的蒙古马系统树与三河马和其他4类蒙古马具有较远的预测血缘关系是一致的,同时此结果的系统树也具有最大似然值。本研究结果还表明,采用最大似然法结合SDBP值分析蒙古马的系统拓扑关系是较最大似然法结合渐近无偏(approximately unbiased,AU)值以及结合自助(bootstrap P-value,BP)值分析蒙古马系统拓扑关系更有效。同时也比非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)有效,而与邻接法(neighbor joining,NJ)得到了相近的结论。上述结果提示,我们的研究结果使蒙古马的进化理论奠定在更坚实的遗传学基础上,可推动蒙古马的进化理论进一步发展与完善。
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关键词
蒙古马
普氏野马
高速双倍自助法
系统进化树
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Keywords
Mongolian horses
Przewalski s horse
speedy double bootstrap method
phylogenetic tree
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分类号
S821.2
[农业科学—畜牧学]
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