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高通量TCR免疫组库技术在艾滋病中的应用及前景分析
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作者 任莹珂 李杰 +3 位作者 许前磊 李强 王露 桑锋 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1565-1568,F0003,共5页
T细胞受体(TCR)免疫组库是机体所有TCR的总和,TCR免疫组库的多样性与HIV识别和免疫逃逸密切相关。高通量免疫组库测序技术能够检测分析TCR组库的所有序列,真实反映所有TCR的遗传信息,全面揭示TCR组库的复杂性和多样性。通过高通量测序... T细胞受体(TCR)免疫组库是机体所有TCR的总和,TCR免疫组库的多样性与HIV识别和免疫逃逸密切相关。高通量免疫组库测序技术能够检测分析TCR组库的所有序列,真实反映所有TCR的遗传信息,全面揭示TCR组库的复杂性和多样性。通过高通量测序技术分析TCR免疫组库变化可监测HIV患者诊疗情况、疾病进展及预后,同时有助于疫苗研发、病毒库清除及临床疗效评价,从而为丰富HIV/AIDS防治思路和靶点提供依据。 展开更多
关键词 高通量tcr免疫组库技术 HIV AIDS
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免疫组库测序技术在绝经后骨质疏松症中的应用展望 被引量:1
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作者 郭艳波 李嘉程 +4 位作者 朱高明 阎博昭 梁学振 温明韬 李刚 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1052-1055,共4页
随着免疫组库测序技术的发展,希望可以借该技术手段,从免疫组库方向深入挖掘绝经后骨质疏松与骨免疫之间的相关性,以期解释绝经后骨质疏松的发病机制,获取相应的生物标志物,使绝经后骨质疏松症的诊断和治疗朝着更加精准的方向发展。该... 随着免疫组库测序技术的发展,希望可以借该技术手段,从免疫组库方向深入挖掘绝经后骨质疏松与骨免疫之间的相关性,以期解释绝经后骨质疏松的发病机制,获取相应的生物标志物,使绝经后骨质疏松症的诊断和治疗朝着更加精准的方向发展。该文拟对该领域研究进展进行综述。 展开更多
关键词 绝经后骨质疏松症 高通量测序 免疫
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T细胞受体(TCR)库及其高通量测序常用分析工具 被引量:3
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作者 张敏敏 李俊 +1 位作者 石彬 姚新生 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期851-857,共7页
T细胞受体(TCR)是T细胞识别抗原的关键部分,个体中所有的TCR总和称为TCR库。研究机体健康或患病状态下TCR库的组成及特征有助于我们更好地理解适应性免疫。目前已有大量针对高通量数据的分析工具,分析内容包括基本组成分析和下游功能分... T细胞受体(TCR)是T细胞识别抗原的关键部分,个体中所有的TCR总和称为TCR库。研究机体健康或患病状态下TCR库的组成及特征有助于我们更好地理解适应性免疫。目前已有大量针对高通量数据的分析工具,分析内容包括基本组成分析和下游功能分析等。抗原特异性T细胞数据库的建立为临床研究提供基础,对TCR库功能特征的分析是重点与难点,但现阶段已发布的下游分析工具还有待更多的实践与验证。我们总结了几种常用的TCR库分析工具,为非生物信息专业的科研人员选择分析工具提供参考。 展开更多
关键词 T细胞受体(tcr) 高通量测序 国际免疫基因信息系统(IMGT) 综述
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T细胞受体(TCR)组库多样性及其在肺癌防治中的应用进展 被引量:3
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作者 罗斌 楚小鸽 +1 位作者 于盼 田建辉 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期939-943,共5页
免疫检查点抑制剂已成为晚期肺癌的标准治疗,但在转移防治中尚无明确突破。T细胞受体(TCR)是识别癌细胞表面新生抗原的关键“信号感受器”,我们从TCR组库多样性及其识别肿瘤抗原机制的角度,总结了基因工程编辑的T细胞受体T(TCR-T)细胞... 免疫检查点抑制剂已成为晚期肺癌的标准治疗,但在转移防治中尚无明确突破。T细胞受体(TCR)是识别癌细胞表面新生抗原的关键“信号感受器”,我们从TCR组库多样性及其识别肿瘤抗原机制的角度,总结了基因工程编辑的T细胞受体T(TCR-T)细胞疗法在肺癌防治中的研究进展,以期提高肺癌转移防治疗效。 展开更多
关键词 免疫 T细胞受体(tcr) 肿瘤转移 免疫治疗 免疫正常化 综述
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免疫组库测序在淋巴血液系统肿瘤诊断及疗效预测中的应用价值 被引量:3
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作者 于慧 宋玉琴 朱军 《中国医学前沿杂志(电子版)》 2018年第12期6-9,共4页
免疫组库是指在任何指定的时间,个体循环系统中所有功能多样性的T细胞和B细胞的总和,其具体特征反映了机体免疫系统对抗各种抗原和预防疾病发生的能力。近年来,多重聚合酶链式反应和高通量测序技术的发展再次推动了研究者对免疫组库的... 免疫组库是指在任何指定的时间,个体循环系统中所有功能多样性的T细胞和B细胞的总和,其具体特征反映了机体免疫系统对抗各种抗原和预防疾病发生的能力。近年来,多重聚合酶链式反应和高通量测序技术的发展再次推动了研究者对免疫组库的深入研究。通过对免疫组库测序可以早期发现急性白血病缓解后的微小残留病灶,发现疾病特异的免疫球蛋白重链(IgH)重排;在新药的临床试验中,通过对免疫组库高通量测序可以发现预测药物疗效的免疫组库变化,如免疫组库多样性的增减、特异克隆型的出现或消失等;在造血干细胞移植后机体免疫重建过程中,临床医生也可以通过监测免疫组库而及时准确地了解患者免疫功能的恢复情况。本文就免疫组库测序在淋巴血液系统肿瘤的诊断及疗效预测中的应用情况进行综述。 展开更多
关键词 免疫 高通量测序 T细胞受体 B细胞受体 T细胞受体多样性 克隆型 淋巴血液系统肿瘤
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三种统计指标在IGH免疫组库分析中的应用 被引量:2
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作者 王芳 房建成 +2 位作者 许媛丽 李婷婷 刘红星 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1720-1723,共4页
目的:探讨稀疏分析、Shannon-Wiener指数、Simpson指数在免疫球蛋白重链(IGH)免疫组库分析中的应用。方法:随机选取36例初诊B-ALL患者和15例健康个体,进行IGH V区片段基因扩增和高通量测序。采用稀疏分析、ShannonWiener指数、Simpson... 目的:探讨稀疏分析、Shannon-Wiener指数、Simpson指数在免疫球蛋白重链(IGH)免疫组库分析中的应用。方法:随机选取36例初诊B-ALL患者和15例健康个体,进行IGH V区片段基因扩增和高通量测序。采用稀疏分析、ShannonWiener指数、Simpson指数对两组标本进行免疫组库多样性分析。结果:稀疏曲线可以可视化地展示和区分两组标本IGH V区序列的多样性,患者组IGH V区序列多样性减低。Shannon-Wiener指数、Simpson指数可以用量化指标区分两组标本IGH V区序列的多样性。结论:使用上述三种统计学方法可以将IGH免疫组库的多样性可视化地展现并进行量化分析,可以作为免疫组库分析的部分量化指标。 展开更多
关键词 免疫 高通量测序 稀疏分析 SHANNON-WIENER指数 Simpson指数
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基于TCR组库分析流程的非小细胞肺癌特征分析 被引量:1
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作者 赵卓明 刘振浩 +3 位作者 鲁曼曼 张钰 许林锋 谢鹭 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1520-1528,共9页
目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR... 目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR组库分析流程,涵盖从原始数据到质控、过滤、TCR序列的识别和提取等上游分析部分,以及组库克隆分布、克隆分型、V-J基因共享性、互补决定区3(CDR3)分布特征以及克隆追踪等下游分析流程。使用Shannon-Weiner指数、Chao1等指数分析样本克隆分布。根据克隆扩增数目进行克隆分型,以探索不同分型间的差异。选取2例甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)样本进行去克隆扩增权重V-J基因共享分析,以探究低频克隆型对V-J基因共享性的影响。最后,通过分析V基因及高频克隆型CDR3分布特征和克隆追踪分析,监测肿瘤免疫前后克隆型频率的变化,寻找潜在的肿瘤标志物。结果·①NSCLC不同组织间克隆分布和克隆分型均存在显著差异,且在不同年龄与性别间存在显著差异。②在V-J基因共享性分析中发现了特定高共享V-J基因,同时在CDR3分布特征分析中存在非正态分布的高克隆V基因与氨基酸高频克隆型。③高频克隆型克隆追踪分析中,观察到NSCLC中高表达或新表达的高频克隆型,提示这些克隆型可作为潜在的肿瘤相关抗原或新抗原结合CDR3参考序列。④通过去克隆扩增权重V-J基因共享分析,发现原本低表达的TRBJ2-5基因表达频率显著增加,提示该基因可能为肿瘤免疫反应的潜在低频关键基因。结论·TRAV21和TRBV6.5基因在NSCLC中高克隆扩增,可作为潜在肿瘤标志物。 展开更多
关键词 T细胞受体 tcr 肿瘤免疫 非小细胞肺癌
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罗氏沼虾转录组免疫相关SNP的挖掘与分析 被引量:4
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作者 唐修阳 王传聪 +2 位作者 项杰 欧江涛 王资生 《江苏农业科学》 2019年第4期145-148,共4页
为了挖掘罗氏沼虾免疫相关单核苷酸多态性(SNP),采用第二代高通量测序技术,对罗氏沼虾的肝胰腺进行转录组深度测序分析。结果发现SNP位点37 589个,其中转换25 188个,颠换12 401个。再对SNP所在的基因进行GO(gene ontology)分类和KOG注释... 为了挖掘罗氏沼虾免疫相关单核苷酸多态性(SNP),采用第二代高通量测序技术,对罗氏沼虾的肝胰腺进行转录组深度测序分析。结果发现SNP位点37 589个,其中转换25 188个,颠换12 401个。再对SNP所在的基因进行GO(gene ontology)分类和KOG注释,分别筛选到2 451个有GO注释和2 458个有KOG注释的SNP,并重点对4个重要免疫通路的145个免疫相关基因,筛选出129个SNP位点。相关研究结果将为进一步系统挖掘免疫相关SNP的分子遗传标记奠定基础,为罗氏沼虾疾病防控和选育抗病新品种提供科学参考。 展开更多
关键词 罗氏沼虾 转录 SNP 高通量测序技术 免疫 抗病
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单细胞转录组测序技术在动物生产中的应用
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作者 詹湉湉 《中国畜牧业》 2023年第18期50-51,共2页
单细胞转录组测序技术是对单细胞mRNA进行测序的技术,自2009年首次问世,期间不断发展,由于其能弥补传统高通量测序的局限性,对单个细胞进行无偏倚、高通量和高分辨率的转录组分析,逐渐成为测序领域最为关注的新技术之一。近几年,随着科... 单细胞转录组测序技术是对单细胞mRNA进行测序的技术,自2009年首次问世,期间不断发展,由于其能弥补传统高通量测序的局限性,对单个细胞进行无偏倚、高通量和高分辨率的转录组分析,逐渐成为测序领域最为关注的新技术之一。近几年,随着科技的发展和人们认识水平的不断提高,测序成本不断降低,测序技术的稳定性和测序通量持续提高,单细胞转录组测序技术被广泛用于解析肿瘤异质性、免疫微环境、神经系统及发育系统等复杂环境的研究,但在动物生产研究中的应用较少。 展开更多
关键词 肿瘤异质性 免疫微环境 测序技术 转录分析 神经系统 单细胞 高通量测序 单个细胞
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