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基于Illumina Miseq高通量测序分析贵州韭菜红酸汤微生物菌群多样性
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作者 周罗娜 刘辉 +4 位作者 王梅 陆邦富 李俊 刘军林 陈中爱 《中国酿造》 北大核心 2025年第3期87-92,共6页
该研究采用Illumina miseq高通量测序技术对红酸汤和韭菜红酸汤微生物菌群多样性及群落结构进行分析。结果表明,韭菜红酸汤样品的细菌菌群相对丰度高于红酸汤样品,多样性低于红酸汤样品;真菌菌群则相反。两种红酸汤样品的微生物群落存... 该研究采用Illumina miseq高通量测序技术对红酸汤和韭菜红酸汤微生物菌群多样性及群落结构进行分析。结果表明,韭菜红酸汤样品的细菌菌群相对丰度高于红酸汤样品,多样性低于红酸汤样品;真菌菌群则相反。两种红酸汤样品的微生物群落存在一定的差异,差异主要体现在相对丰度上。从红酸汤样品中共注释到8个细菌门、4个真菌门,从韭菜红酸汤样品中共注释到18个细菌门、3个真菌门,优势细菌门(相对丰度>1%)均为厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝菌门(Cyanobacteria),优势真菌门均为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)。从红酸汤样品中共注释到43个细菌属、25个真菌属,从韭菜红酸汤样品中共注释到103个细菌属、18个真菌属,优势细菌属(相对丰度>1%)均为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、迟缓乳杆菌属(Lentilactobacillus)、片球菌属(Pediococcus)、小坂菌属(Kosakonia)、乳酪杆菌属(Lacticaseibacillus)、Lactiplantibacillus;优势真菌属均为酵母属(Saccharomyces)、糙缘腺革菌属(Amphinema)、毕赤酵母属(Pichia)、Ascomycota_gen_Incertae_sedis、Tetracladium、哈萨克斯坦酵母属(Kazachstania)。 展开更多
关键词 高通量 韭菜红 微生物多样性
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基于16S核糖体RNA高通量测序前瞻性分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化
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作者 秦浩 谢卫国 +2 位作者 陈小红 刘蒙 田霞 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期523-534,共12页
目的:借助16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化,为50岁及以上重度烧伤患者应用肠道菌群干预策略提供依据。方法:按照入排标准纳入13例重度烧伤患者(Burn组)和同期12例健康... 目的:借助16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化,为50岁及以上重度烧伤患者应用肠道菌群干预策略提供依据。方法:按照入排标准纳入13例重度烧伤患者(Burn组)和同期12例健康志愿者(Control组)。收集两组临床资料及粪便样本,并对样本进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;用Rarefy方法进行操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,使用Z-score对差异菌群进行标准化,构建差异菌群热图,通过QIIME软件分析粪便菌群OTU数目及多样性指数;利用线性判别分析效应大小(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)解析优势菌群;通过PICRUSt2软件预测菌群功能丰度;使用R语言中的igraph包对试验样本属水平差异菌行相关性可视化分析。结果:重度烧伤患者早期肠道菌群以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)为主。23种菌属在两组间的差异有统计学意义(P<0.05)。差异菌群热图可见Control组的菌群丰度略优于Burn组。LEfSe分析表明,与Control组相比,Burn组的肠道菌群物种数目在1个门、2个纲、6个目、6个科和10个属中显著增加,两组差异微生物分布分支图提示Burn组以芽孢杆菌纲为主要区别标志菌群,Control组以梭菌纲为主要标志菌群。京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能预测分析提示两组间差异无统计学意义(P>0.05)。联合网络可视化分析发现厚壁菌门影响最大,在可检测到的菌属中共有136对菌属彼此间具有一定的正相关或负相关性(|r|>0.3,P<0.05),以协同作用为主。结论:50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群与健康同龄人存在显著差异,有益菌种类及丰度减少,厌氧菌比例显著升高,不同菌群间存在一定的协同及拮抗作用。 展开更多
关键词 烧伤 肠道菌群 菌群多样性 高通量核苷
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高通量测序技术在药用植物微生物多样性研究中的应用进展 被引量:3
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作者 韩霞 方佳丽 +3 位作者 孟沈坤儿 朱晓尧 李楠 温海虹 《浙江农业科学》 2024年第2期329-334,共6页
药用植物一直以来是产生天然产物的一个丰富的资源库,具有广阔的医疗、药用前景,而药用植物有益微生物对其生长发育,抵抗胁迫和次级代谢产物合成积累具有显著影响。由于目前药用植物受到采摘过度和生存环境遭到破坏等限制因素的影响,导... 药用植物一直以来是产生天然产物的一个丰富的资源库,具有广阔的医疗、药用前景,而药用植物有益微生物对其生长发育,抵抗胁迫和次级代谢产物合成积累具有显著影响。由于目前药用植物受到采摘过度和生存环境遭到破坏等限制因素的影响,导致野生药材资源匮乏,所以只能通过人工种植和培育获取大量的药用植物资源,但人工培育不能模拟野生药材真实的生长环境。研究表明,要提高药用植物的产量、品质以及实现药用植物有益微生物的应用潜力,研究药用植物微生物是十分必要的。高通量测序技术已经极大地改变了药用植物微生物研究的多个领域。研究者利用高通量测序技术探索药用植物微生物多样性成为比较热门的领域。本文通过相关文献的归纳整理,综述了近年来高通量测序技术在药用植物微生物物种多样性、结构多样性、功能多样性和遗传(基因)多样性4个方面应用的研究进展,并且对高通量测序技术在其应用中存在的问题和发展趋势进行了总结和展望,为后续对药用植物微生物多样性的认识和理解提供参考。 展开更多
关键词 药用植物 微生物 多样性 高通量 应用进展
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高通量测序技术与电镜技术在RNA表观修饰研究中的应用
4
作者 卜芋芬 苏钰莹 +1 位作者 荆艳萍 林金星 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期724-732,共9页
RNA表观遗传学是继DNA表观遗传学和蛋白表观遗传学的发展而兴起的新兴研究领域。已有的研究结果表明,RNA表观遗传修饰对RNA的加工代谢和生物学过程具有调控作用,在生命科学的多个领域已显示出巨大的应用潜力和商业前景。RNA表观遗传修... RNA表观遗传学是继DNA表观遗传学和蛋白表观遗传学的发展而兴起的新兴研究领域。已有的研究结果表明,RNA表观遗传修饰对RNA的加工代谢和生物学过程具有调控作用,在生命科学的多个领域已显示出巨大的应用潜力和商业前景。RNA表观遗传修饰的研究有助于进一步阐明生命活动调控的复杂机制。本文将关注于RNA表观遗传修饰研究中各种技术手段的应用,特别聚焦于高通量测序技术和电镜技术在RNA表观修饰研究中的应用情况以及相关局限性,并对这两种技术在未来可能的联合应用提出了展望。 展开更多
关键词 RNA表观修饰 高通量技术 电镜技术 应用
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高通量测序技术的发展及其在生命科学中的应用 被引量:25
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作者 杜玲 刘刚 +2 位作者 陆健 刘丑生 哈福 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第12期109-116,共8页
DNA测序技术从以Sanger法为代表的第一代测序技术到如今的高通量测序(HTS)技术,经历了漫长而曲折的发展过程,如今该技术在动植物基因组的研究中获得了很大的成功,它的问世可以使人们以更低廉的价格,更全面、更深入地对全基因组进行分析... DNA测序技术从以Sanger法为代表的第一代测序技术到如今的高通量测序(HTS)技术,经历了漫长而曲折的发展过程,如今该技术在动植物基因组的研究中获得了很大的成功,它的问世可以使人们以更低廉的价格,更全面、更深入地对全基因组进行分析。作者阐述了几种关于HTS的测序技术平台:Roche/454测序技术、ABI/SOLID测序技术、Illumina/Solexa测序技术、单分子测序技术及Ion Torrent测序技术,并且还归纳了HTS在基因组学、转录组学及表观基因组学等方面的应用。 展开更多
关键词 高通量技术 基因组学 转录组学 应用
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基于转录组高通量测序分析白光对杜仲愈伤组织中绿原酸含量的影响 被引量:4
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作者 张俊娥 邓华锋 +3 位作者 郑文强 江京 金聪 赵夫凯 《江西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2015年第6期570-574,共5页
利用Illumina Hi SeqTM2500平台对光暗培养的杜仲愈伤组织进行了转录组高通量测序,利用BLAST软件进行差异表达基因的功能注释和富集分析,就白光(光强为12 000 lux,16 h光照,8 h黑暗)对杜仲愈伤组织中绿原酸含量的影响进行了研究.结果表... 利用Illumina Hi SeqTM2500平台对光暗培养的杜仲愈伤组织进行了转录组高通量测序,利用BLAST软件进行差异表达基因的功能注释和富集分析,就白光(光强为12 000 lux,16 h光照,8 h黑暗)对杜仲愈伤组织中绿原酸含量的影响进行了研究.结果表明:通过Trinity软件合并组装后共获得62 030个Unigenes,通过BLASTX比对,共获得25 417(40.98%)个有注释信息的Unigenes.通过对KEGG通路进行深入分析表明,白光(光强为12 000 lux,16 h光照,8 h黑暗)培养杜仲愈伤组织18 d,与绿原酸合成相关的3种酶基因上调表达,它们分别为苯丙氨酸解氨酶(EC 4.3.1.24,phenylalanine ammonia-lyase,PAL)、肉桂酸-4-羟基化酶(EC 1.14.13.11,trans-cinnamate 4-monooxygenase,C4H)、奎宁酸羟基肉桂酰转移酶(EC 2.3.1.133,Shikimate o-hydroxyl-cinnamoyltransferase,HCT).由此推断,白光能促进杜仲愈伤组织中绿原酸的积累.研究结果为获取高产绿原酸资源和杜仲遗传分析提供有价值的资料. 展开更多
关键词 杜仲 愈伤组织 白光 绿原 转录组高通量
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高通量测序技术的发展及其在畜禽上的应用 被引量:5
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作者 曹婷 张立岭 +3 位作者 侯冠彧 周汉林 施力光 荀文娟 《家畜生态学报》 北大核心 2013年第1期6-10,共5页
高通量测序技术是测序技术发展历程中的一个里程碑,具有可一次同时对几十万甚至到几百万条DNA分子测序和一般的读长较短等功能。这些功能实现了对某种物种的基因组或转录组更深入细致的研究和分析,所以高通量测序技术也被称为深度测序... 高通量测序技术是测序技术发展历程中的一个里程碑,具有可一次同时对几十万甚至到几百万条DNA分子测序和一般的读长较短等功能。这些功能实现了对某种物种的基因组或转录组更深入细致的研究和分析,所以高通量测序技术也被称为深度测序技术或者下一代测序技术。论文主要针对高通量技术的种类、发展、应用以及在畜禽上的使用价值和前景进行介绍。 展开更多
关键词 高通量技术 基因组 进展 应用 畜禽
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高通量测序分析肝移植急性排斥反应相关基因单核苷酸多态性位点的突变
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作者 鲍远大 易述红 《器官移植》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期205-210,共6页
目的利用高通量测序分析肝移植术后急性排斥反应相关度最高的基因单核苷酸多态性(SNP)位点的突变情况。方法收集同种异体原位肝移植术的68例受体外周血样本,根据有否发生急性排斥反应分为急性排斥组(13例)和非排斥组(55例)。通过查阅文... 目的利用高通量测序分析肝移植术后急性排斥反应相关度最高的基因单核苷酸多态性(SNP)位点的突变情况。方法收集同种异体原位肝移植术的68例受体外周血样本,根据有否发生急性排斥反应分为急性排斥组(13例)和非排斥组(55例)。通过查阅文献,最终确定与排斥反应发生相关的44个SNP突变位点。以44个SNP位点作为检测靶点,用高通量测序分析对两组受体外周血样本进行检测,经生物信息学分析出与急性排斥反应发生相关基因SNP位点的突变率。结果急性排斥组中的白细胞介素(IL)-10 TT基因型、T等位基因、AA基因型、A等位基因的SNP位点突变率明显高于非排斥组;急性排斥组中的细胞趋化因子受体(CCR)5AG基因型的SNP位点突变率明显低于非排斥组,CCR5 GG基因型的SNP位点突变率明显高于非排斥组;急性排斥组中的IL-4 CT基因型的SNP位点突变率明显高于非排斥组,IL-4 TT基因型的SNP位点突变率明显低于非排斥组;急性排斥组中核因子-κB抑制因子α(NF-κBIA)C等位基因的SNP位点突变率明显高于非排斥组;急性排斥组中维生素D受体(VDR)CC基因型和C等位基因的SNP位点突变率明显低于非排斥组,差异均有统计学意义(均为P<0.05)。结论高通量测序分析发现肝移植术后急性排斥反应相关基因中,其SNP位点突变率较高的包括IL-10 TT基因型、T等位基因、AA基因型、A等位基因,CCR5 GG基因型、AG基因型,IL-4 CT基因型、TT基因型,NF-κBIA C等位基因,VDR CC基因型和C等位基因。 展开更多
关键词 肝移植 急性排斥反应 高通量 核苷多态性(SNP) 白细胞介素 细胞趋化因子受体 核因子-κB抑制因子α 维生素D受体 基因突变
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高通量测序技术及其在贝类转录组研究中的应用 被引量:1
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作者 刘敏 叶晟 +1 位作者 杨凤 吴立新 《安徽农业科学》 CAS 2017年第7期130-133,192,共5页
高通量测序是传统DNA测序的一次重大技术创新,它为贝类养殖物种的研究带来了新的机遇。着重对454、Solexa和SOLi D高通量测序平台的技术原理、数据分析及其在贝类转录组的研究应用进行综述,同时对高通量测序未来发展方向做了总结和展望。
关键词 高通量 转录组 贝类 应用
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高通量测序技术在产前遗传学诊断中的应用 被引量:4
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作者 王亚平 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期806-808,共3页
受人类基因组计划的推动,2005年有多篇论文报道了一种有别于Sanger方法的高效测序新思路,后归纳为高通量测序(high-throughput sequencing,HTS),或称新一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术。HTS的基本特征是大规模... 受人类基因组计划的推动,2005年有多篇论文报道了一种有别于Sanger方法的高效测序新思路,后归纳为高通量测序(high-throughput sequencing,HTS),或称新一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术。HTS的基本特征是大规模并行测序,通过一次并行测定几十万甚至几亿条DNA分子序列,短时问内获悉巨量的遗传信息。十多年来,HTS技术平台不断出新、测序成本急速降低、应用范围迅疾扩大。高速发展的HTS技术不但给生命科学、医学理论和应用研究带来了重大机遇,也使出生缺陷的产前遗传学诊断迎来了一个新的技术时代。 展开更多
关键词 技术 遗传学诊断 高通量 应用 产前 人类基因组计划 HTS 分子
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基于高通量测序技术检测慢性髓性白血病患者ABL激酶区突变的临床价值
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作者 周玲 王军亮 +4 位作者 王献伟 李扬威 邹喆 张龑莉 吕晓东 《中国实验血液学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第1期262-268,共7页
目的:对比分析高通量测序法与Sanger测序法检测慢性髓性白血病(CML)患者ABL激酶区突变的效能及临床价值。方法:采集2017年7月至2021年3月于河南省肿瘤医院就诊的147例CML患者的198例次样本,同时进行高通量测序和Sanger测序,检测ABL激酶... 目的:对比分析高通量测序法与Sanger测序法检测慢性髓性白血病(CML)患者ABL激酶区突变的效能及临床价值。方法:采集2017年7月至2021年3月于河南省肿瘤医院就诊的147例CML患者的198例次样本,同时进行高通量测序和Sanger测序,检测ABL激酶区突变,并收集相关临床数据进行对比分析。结果:高通量测序法检出总体突变比例和≥2个突变的比例明显高于Sanger测序法(P=0.01;P=0.046)。22例次检出≥2个突变,其中发现5例次(22.7%)复合突变。高通量测序法可检出Sanger法无法检出的低比例突变。198例次样本中检出低比例突变25例次(12.6%),高比例突变33例次(16.7%)和高低比例混合突变10例次(5.1%)。相关临床因素分析中,最佳反应期、失败期和警告期突变检出比例和发生低比例突变占比均逐渐升高(突变比例,P=0.016;低比例突变,P=0.005),伴随附加染色体异常出现突变的比例也明显升高(P=0.009)。接受一线、二线治疗的患者检出突变的比例明显低于接受三线及以上治疗的患者(P=0.006)。基于突变位点的VAF值分析有助于可视化评估耐药CML细胞的克隆演变状态。结论:高通量测序法较Sanger测序法检测突变更加敏感、准确,有助于临床精准、可视化评估TKI治疗反应和优化CML治疗策略。 展开更多
关键词 慢性髓性白血病 酪氨激酶抑制剂 ABL激酶区突变 高通量 Sanger
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基因芯片与高通量测序技术的原理与应用的比较 被引量:28
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作者 徐晓丽 林娟 鄢仁祥 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1166-1174,共9页
随着后基因组时代的到来,基因芯片和高通量测序已成为生物化学和分子生物学研究中的两大重要技术。从检测效率、准确性以及自动化程度证实,这两大技术都较传统的遗传学方法有了新的突破。基因芯片技术是一种具有高通量、高效率以及高自... 随着后基因组时代的到来,基因芯片和高通量测序已成为生物化学和分子生物学研究中的两大重要技术。从检测效率、准确性以及自动化程度证实,这两大技术都较传统的遗传学方法有了新的突破。基因芯片技术是一种具有高通量、高效率以及高自动化特点的方法,发展至今无论在核心技术还是工业应用方面都得到广泛的推广。高通量DNA测序技术建立较晚,但是其发展速度快,特别是在技术方面的更新换代极快,不断地改进使得测序的高通量、高准确率在生命科学中的应用也是占据不可逾越的优势。二者在原理上存在着显著的差异,却在应用方面上常常交融。基于此背景,本文以基因芯片技术与高通量测序技术二者在原理和基因拷贝数变异、肠道微生物、农业等应用方面作简要论述和对比。 展开更多
关键词 基因芯片 高通量 应用比较
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基于MiSeq高通量测序技术内蒙古地区酸粥细菌多样性研究 被引量:15
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作者 王玉荣 折米娜 +2 位作者 刘康玲 张振东 双全 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第19期124-129,共6页
从内蒙古地区采集了3个酸粥样品,使用MiSeq高通量测序技术,对其细菌多样性进行了评价。结果表明,厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为酸粥样品中的优势细菌门,其平均相对含量分别为87.45%和11.84%。相对含量大于1.0%的属... 从内蒙古地区采集了3个酸粥样品,使用MiSeq高通量测序技术,对其细菌多样性进行了评价。结果表明,厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为酸粥样品中的优势细菌门,其平均相对含量分别为87.45%和11.84%。相对含量大于1.0%的属为乳酸杆菌(Lactobacillus)和醋酸杆菌(Acetobacter),其平均相对含量分别为87.23%和11.67%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现13个核心OTUs,其中8个隶属于乳酸杆菌(Lactobacillus),5个隶属于醋酸杆菌(Acetobacter)。通过传统微生物学手段从3个样品中共分离到9株乳酸菌,经鉴定为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和卷曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus)。由此可见,该地区酸粥中的细菌主要为乳酸杆菌(Lactobacillus)和醋酸杆菌(Acetobacter)。 展开更多
关键词 高通量技术 细菌 多样性
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基于高通量测序技术挖掘分子遗传标记及其在蛋鸡生产中的精准应用 被引量:2
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作者 赵金波 谭磊 +7 位作者 潘洪彬 黄畅 刘永 王光正 豆腾飞 王坤 李子健 葛长荣 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第10期3866-3878,共13页
高通量测序技术是研究物种复杂生物性状遗传机制的基础,随着高通量测序技术的不断优化提升,一些与生物表型性状密切相关的基因组变异被精准地挖掘出来,其中包括单核苷酸多态位点(SNP)、小片段的插入或缺失(Indel)、拷贝数变异(CNV)以及... 高通量测序技术是研究物种复杂生物性状遗传机制的基础,随着高通量测序技术的不断优化提升,一些与生物表型性状密切相关的基因组变异被精准地挖掘出来,其中包括单核苷酸多态位点(SNP)、小片段的插入或缺失(Indel)、拷贝数变异(CNV)以及结构变异(SV)为代表的分子标记。与传统遗传标记相比较,分子遗传标记具有多态性高、遍布整个基因组、检测手段简单快捷以及成本低廉的特点。通过检测覆盖全基因组范围内的分子标记,利用基因组水平的遗传信息对个体或群体遗传资源进行评估,能够缩短世代间隔、提高选种的准确性,进而在短期内取得较大的遗传进展。作者从高通量测序技术挖掘分子遗传标记角度入手,综述了三代测序技术发展历程和应用领域以及三代分子遗传标记检测技术在蛋鸡种业创新中的应用,并详细阐述了高通量测序技术与分子遗传标记相结合在蛋鸡群体遗传多样性及进化分类、群体遗传图谱的构建和功能基因定位、数量性状形成的遗传机制解析和质量性状形成的遗传机制解析等4个方面的精准应用,以期为蛋鸡基因组选择进入实质应用阶段提供科学依据和指导。 展开更多
关键词 高通量技术 分子遗传标记 蛋鸡生产 精准应用
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高通量测序分析鞣花酸对大鼠肠道菌群的影响 被引量:7
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作者 沈起兵 李淑娟 +5 位作者 刘同方 张国文 陈斌 董海胜 陈军丽 于燕波 《安徽农业科学》 CAS 2019年第18期171-173,共3页
[目的]采用高通量测序技术分析鞣花酸对大鼠肠道菌群组成和多样性的影响。[方法]采集持续灌胃鞣花酸SD大鼠的粪便,运用高通量测序技术对粪便肠道菌群进行分析,通过生物信息学方法分析大鼠肠道菌群的多样性和结构组成。[结果]通过高通量... [目的]采用高通量测序技术分析鞣花酸对大鼠肠道菌群组成和多样性的影响。[方法]采集持续灌胃鞣花酸SD大鼠的粪便,运用高通量测序技术对粪便肠道菌群进行分析,通过生物信息学方法分析大鼠肠道菌群的多样性和结构组成。[结果]通过高通量测序发现灌胃鞣花酸使SD大鼠肠道菌群的多样性增加( P <0.05),灌胃期间菌群的组成也发生了明显的波动,在门水平菌群变化中,拟杆菌门丰度增高( P <0.05),变形菌门丰度则降低到较低水平( P <0.01);在属水平菌群变化中, Bacteroidales S24-7 group、 Lachnospiraceae NK4A136 group和拟杆菌属所占比例显著升高( P <0.05、0.01)。[结论]鞣花酸对大鼠肠道菌群具有调节作用。 展开更多
关键词 鞣花 肠道菌群 高通量
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基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析广西无盐发酵酸笋中细菌多样性 被引量:18
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作者 周金沙 陈晓艺 +4 位作者 谭金萍 陈梦娟 李笑怡 蒋立文 黄海 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第7期85-90,共6页
以10年老酸水泡制酸笋样品(BSFAF)、发酵6个月块状酸笋(MBSF)和丝状酸笋样品(FBSF)为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术并通过生物信息统计与分析,探索广西无盐发酵酸笋样品中细菌菌群结构及多样性。结果表明:3组酸笋样品共得... 以10年老酸水泡制酸笋样品(BSFAF)、发酵6个月块状酸笋(MBSF)和丝状酸笋样品(FBSF)为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术并通过生物信息统计与分析,探索广西无盐发酵酸笋样品中细菌菌群结构及多样性。结果表明:3组酸笋样品共得到148656个有效的序列数(Tags),聚类后总共得到1116个分类操作单元(OTUs)。根据物种注释结果,在3组酸笋样品中共注释到12个门、23个纲、37个目、98个科和190个属。在门分类水平上,3组样品中厚壁菌门(Firmicutes)占绝对优势,其次是变形杆菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria);在属分类水平上,乳杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)是3组样品中的优势菌属。其中,丝状酸笋(FBSF)组的香农(Shannon)、辛普森(Simpson)及ACE指数均显著高于其他两组,且乳杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)的平均相对丰度总和最高,可达99.8%。因此,以泉水泡制发酵丝状竹笋生产酸笋可能更佳。 展开更多
关键词 广西 无盐发酵 高通量技术 细菌多样性
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基于高通量测序技术巴彦淖尔市酸粥中细菌多样性分析 被引量:8
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作者 张青 郭淑文 +3 位作者 苏靖 雍雅萍 袁晓黎 郭瑞 《中国酿造》 CAS 北大核心 2020年第9期101-105,共5页
采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自内蒙古自治区巴彦淖尔市的10份酸粥样品中的细菌多样性进行解析,同时基于细菌属水平对其进行围绕中心点的划分(PAM),并基于PICRUSt和BugBase软件对细菌的基因功能及表型进行预测。结果表明,所... 采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自内蒙古自治区巴彦淖尔市的10份酸粥样品中的细菌多样性进行解析,同时基于细菌属水平对其进行围绕中心点的划分(PAM),并基于PICRUSt和BugBase软件对细菌的基因功能及表型进行预测。结果表明,所有酸粥样品中的细菌隶属于9个细菌门的55个属,样品间细菌多样性和丰度存在明显差异,但优势细菌门均为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),优势细菌属均为乳杆菌属(Lactobacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)。所有酸粥样品可分为两个聚类,聚类I以醋杆菌属(Acetobacter)为主,聚类II以乳杆菌属(Lactobacillus)为主;两个聚类中细菌对于碳水化合物的利用和细菌的生长繁殖等存在显著差异(P<0.05),隶属于聚类I的酸粥样品中,其细菌的代谢和繁殖更加迅速。 展开更多
关键词 细菌多样性 高通量 基因功能预 表型预
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基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性 被引量:6
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作者 郭淑文 石晶红 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第12期86-90,共5页
该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元(OTU);... 该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元(OTU);3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),共有优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、魏斯氏菌属(Weissella)和芽孢杆菌属(Bacillus),不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。 展开更多
关键词 高通量 传统面团 细菌菌群多样性 功能预
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高通量测序技术在多倍体作物基因组学研究中的应用(英文) 被引量:2
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作者 朱乾浩 丹尼.卢埃林 印.威尔逊 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期355-369,共15页
高通量测序或第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术已被广泛地应用于动植物基因组学研究并对其产生了深刻影响.该文总结了NGS在棉花基因组测序、转录组分析、微小RNA和单核苷酸多态性鉴定等方面的应用研究进展,并对NGS在棉... 高通量测序或第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术已被广泛地应用于动植物基因组学研究并对其产生了深刻影响.该文总结了NGS在棉花基因组测序、转录组分析、微小RNA和单核苷酸多态性鉴定等方面的应用研究进展,并对NGS在棉花基因组学和遗传育种中的应用前景作了展望.NGS在棉花中的应用对其他多倍体作物的类似研究具有参考和指导意义,但其更广泛和有效的应用有赖于简便、高效生物信息学方法的开发和利用. 展开更多
关键词 高通量技术 多倍体 转录组 核苷多态性 法基因分型
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基于Illumina MiSeq高通量测序技术内蒙古巴彦淖尔市酸粥真菌菌群多样性分析 被引量:1
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作者 张青 付华 +1 位作者 苏靖 夏美茹 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第12期139-143,共5页
采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明,酸粥样品中的优势真菌门(平均相对丰度>1.0%)为子囊菌门(Ascomycota)(98.11%);优势真菌属为毕赤酵母属(Pichia)(37.32%)、哈萨克斯坦... 采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明,酸粥样品中的优势真菌门(平均相对丰度>1.0%)为子囊菌门(Ascomycota)(98.11%);优势真菌属为毕赤酵母属(Pichia)(37.32%)、哈萨克斯坦酵母属(Kazachstania)(20.34%)、酵母属(Saccharomyces)(11.03%)、耐碱酵母属(Galactomyces)(9.41%)、假丝酵母属(Candida)(5.88%)、曲霉属(Aspergillus)(4.44%)、伊萨酵母属(Issatchenkia)(2.69%)和德巴利酵母属(Debaryomyces)(1.51%)。8份样品共包含50个核心操作分类单元(OTU)(存在于所有样品中的OTU),其中有15个为优势OTU,分别被注释到8个优势菌属中,累计相对含量达92.49%,具有显著相关性的核心优势OTU间均为正相关关系,该酸粥样品中的真菌类群以Pichia等酵母菌为主,且核心真菌菌群之间大多为正相关关系。 展开更多
关键词 高通量 真菌菌群多样性 相关性
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