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基于16S核糖体RNA高通量测序前瞻性分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化
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作者 秦浩 谢卫国 +2 位作者 陈小红 刘蒙 田霞 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期523-534,共12页
目的:借助16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化,为50岁及以上重度烧伤患者应用肠道菌群干预策略提供依据。方法:按照入排标准纳入13例重度烧伤患者(Burn组)和同期12例健康... 目的:借助16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化,为50岁及以上重度烧伤患者应用肠道菌群干预策略提供依据。方法:按照入排标准纳入13例重度烧伤患者(Burn组)和同期12例健康志愿者(Control组)。收集两组临床资料及粪便样本,并对样本进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;用Rarefy方法进行操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,使用Z-score对差异菌群进行标准化,构建差异菌群热图,通过QIIME软件分析粪便菌群OTU数目及多样性指数;利用线性判别分析效应大小(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)解析优势菌群;通过PICRUSt2软件预测菌群功能丰度;使用R语言中的igraph包对试验样本属水平差异菌行相关性可视化分析。结果:重度烧伤患者早期肠道菌群以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)为主。23种菌属在两组间的差异有统计学意义(P<0.05)。差异菌群热图可见Control组的菌群丰度略优于Burn组。LEfSe分析表明,与Control组相比,Burn组的肠道菌群物种数目在1个门、2个纲、6个目、6个科和10个属中显著增加,两组差异微生物分布分支图提示Burn组以芽孢杆菌纲为主要区别标志菌群,Control组以梭菌纲为主要标志菌群。京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能预测分析提示两组间差异无统计学意义(P>0.05)。联合网络可视化分析发现厚壁菌门影响最大,在可检测到的菌属中共有136对菌属彼此间具有一定的正相关或负相关性(|r|>0.3,P<0.05),以协同作用为主。结论:50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群与健康同龄人存在显著差异,有益菌种类及丰度减少,厌氧菌比例显著升高,不同菌群间存在一定的协同及拮抗作用。 展开更多
关键词 烧伤 肠道菌群 菌群多样性 高通量核苷酸测序
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全基因组测序在结核分枝杆菌研究中的应用 被引量:21
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作者 张洁 任怡宣 +1 位作者 潘丽萍 张宗德 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第7期737-740,共4页
全基因组测序技术已经广泛应用于结核分枝杆菌的研究中,包括结核分枝杆菌谱系或亚种鉴定、区分患者的发病模式,以及识别传染源、超级传播者和确定传播方向,以及用于结核分枝杆菌的耐药性预测和微进化研究等,在临床和公共卫生领域发挥了... 全基因组测序技术已经广泛应用于结核分枝杆菌的研究中,包括结核分枝杆菌谱系或亚种鉴定、区分患者的发病模式,以及识别传染源、超级传播者和确定传播方向,以及用于结核分枝杆菌的耐药性预测和微进化研究等,在临床和公共卫生领域发挥了很重要的作用。即便如此,目前还存在很多问题需要解决。作者对全基因组测序技术在结核分枝杆菌研究中的相关内容、应用成果及进展进行综述。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 全基因组关联研究 高通量核苷酸测序 分子诊断技术 综述
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二代测序法用于先天性长QT综合征临床基因检测的假阴性分析 被引量:2
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作者 李新 刘念 +3 位作者 白融 冯莉 阮燕菲 马长生 《中国循环杂志》 CSCD 北大核心 2017年第8期771-775,共5页
目的:探讨二代测序法在先天性长QT综合征(LQTS)临床基因检测中的假阴性问题。方法:选取2个商业医学检验实验室(Lab1和Lab2,Hi Seq2000测序平台)、1个商业科研服务实验室(Lab3,Ion Torrnet测序平台)和1个学术机构实验室(Lab 4,Hi Seq200... 目的:探讨二代测序法在先天性长QT综合征(LQTS)临床基因检测中的假阴性问题。方法:选取2个商业医学检验实验室(Lab1和Lab2,Hi Seq2000测序平台)、1个商业科研服务实验室(Lab3,Ion Torrnet测序平台)和1个学术机构实验室(Lab 4,Hi Seq2000测序平台)产生的共28例样本数据(Lab1:6例;Lab2:8例;Lab3:8例;Lab4:6例),定量分析LQTS的三个主要致病基因KCNQ1、KCNH2和SCN5A外显子区域测序覆盖度以及可能漏检的致病变异数目。结果:采用Hi Seq2000测序平台的3个实验室(Lab1、Lab2和Lab4)中,三个致病基因外显子区域覆盖度>10倍的比例均高于98%,覆盖度>30倍的区域介于90%~95%。KCNQ1在两个商业医学检验实验室的14例样本中,低于10倍和30倍覆盖的外显子区域比例平均为3.63%和9.84%;低于10倍覆盖区域集中在第一外显子,平均包含约2%的已知致病或疑似致病变异。KCNH2在两个商业医学检验实验室14个样本中,低于10倍和30倍覆盖的区域分别为2.64%和15.76%,低覆盖区分布在多个外显子中。Lab1的数据中,KCNH2低于30倍覆盖区域最高达28.56%,其内包含已知致病或疑似致病变异113个(19.79%)。SCN5A的整体覆盖度最好,四个实验室的数据都不存在低于10倍覆盖的区域,其中两个商业医学检验实验室也不存在低于30倍覆盖的区域。结论:当前的LQTS基因二代测序检测中,KCNQ1和KCNH2都存在一定程度的低覆盖区,因此普遍存在漏检致病变异的可能,假阴性问题值得高度重视。 展开更多
关键词 QT延长综合征 高通量核苷酸测序 基因 假阴性反应
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纳米孔测序技术在血流感染病原学诊断中的应用和展望 被引量:5
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作者 郭伟 范帅华 +1 位作者 杜鹏程 郭军 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期317-321,共5页
血流感染(BSI)是由细菌、真菌和病毒等微生物引起的血液播散性疾病,可导致菌血症、败血症、感染性休克,严重危及人类生命健康。明确病原体是精准治疗BSI的重要核心。传统血培养是病原体诊断的金标准,其不足是耗时长,会产生假阴性结果等... 血流感染(BSI)是由细菌、真菌和病毒等微生物引起的血液播散性疾病,可导致菌血症、败血症、感染性休克,严重危及人类生命健康。明确病原体是精准治疗BSI的重要核心。传统血培养是病原体诊断的金标准,其不足是耗时长,会产生假阴性结果等,在临床实践中具有一定的局限性。纳米孔测序作为新一代测序技术,能快速检测病原体,完成耐药基因、毒力基因检测,可优化临床治疗。本文就纳米孔测序技术在BSI中的应用现状进行综述。 展开更多
关键词 纳米孔 血流感染 高通量核苷酸测序
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全基因组测序预测深圳市耐多药结核分枝杆菌的耐药性分析 被引量:11
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作者 季乐财 张乐平 +3 位作者 吕建文 李晓定 邹小飞 朴玮 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2021年第2期166-170,共5页
目的通过全基因组测序技术分析深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药性检测情况,为MDR-TB患者的治疗及防控提供科学依据。方法选取2013-2017年存储于深圳市慢性病防治中心结核病实验室并成功复苏的420株MDR-MTB临床分离株,对其提取... 目的通过全基因组测序技术分析深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药性检测情况,为MDR-TB患者的治疗及防控提供科学依据。方法选取2013-2017年存储于深圳市慢性病防治中心结核病实验室并成功复苏的420株MDR-MTB临床分离株,对其提取DNA后进行全基因组测序。使用内部Perl脚本分析原始数据,参考MTB耐药基因数据库、耐药决定突变数据库及无害突变数据库确定相关基因突变以判断菌株对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、氟喹诺酮类、吡嗪酰胺、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素、利奈唑胺、贝达喹啉和氯法齐明的耐药情况,同时绘制菌株耐药情况弦图,以及准广泛耐药MTB(pre-XDR-MTB)及XDR-MTB菌株耐药情况热图。结果全基因组测序从420株菌株中检出23株XDR-MTB菌株(5.48%)和97株pre-XDR-TB菌株(23.10%);其中,所有菌株除对异烟肼、利福平全部耐药外,对链霉素的耐药率最高,达67.86%(285/420),其次为乙胺丁醇(66.19%,278/420)、氟喹诺酮(28.57%,120/420)、吡嗪酰胺(28.33%,119/420)、乙硫异烟胺(13.33%,56/420),对氨基水杨酸(7.38%,31/420)、卡那霉素(6.67%,28/420)、阿米卡星(5.48%,23/420)、卷曲霉素(5.48%,23/420)、利奈唑胺(0.24%,1/420),但未见对贝达喹啉和氯法齐明耐药。全基因组测序发现菌株有212种基因突变类型,以katG-315-S/T(81.43%,342/420)、rpoB-450-S/L(58.57%,246/420)、rpsL-43-K/R(65.96%,188/285)、embB-306-M/V(32.37%,90/278)突变居多。结论全基因组测序预测深圳市MDR-MTB临床分离株中的pre-XDR-MTB比例较高,对一线抗结核药品及氟喹诺酮类药品的耐药率较高,临床实践中应结合药敏试验结果谨慎使用;而对乙硫异烟胺、氯法齐明、对氨基水杨酸等二线抗结核药品的耐药率较低,考虑这些药品可作为MDR-TB患者治疗方案的组成部分。 展开更多
关键词 结核 抗多种药物性 全基因组关联研究 高通量核苷酸测序 基因组 细菌 深圳
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二代测序技术对活动性结核病患者的诊断价值 被引量:26
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作者 周晛 艾静文 +5 位作者 崔鹏 阮巧玲 沈瑶杰 王森 李永军 张文宏 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第2期153-156,共4页
目的评价二代测序技术在活动性结核病患者中的诊断价值。方法前瞻性纳入2017年3月1日至2017年9月1日来华山医院就诊的临床怀疑活动性结核病的患者34例,在华山医院进行二代测序,并跟踪随访临床诊疗结局。送检标本(支气管灌洗液4例,... 目的评价二代测序技术在活动性结核病患者中的诊断价值。方法前瞻性纳入2017年3月1日至2017年9月1日来华山医院就诊的临床怀疑活动性结核病的患者34例,在华山医院进行二代测序,并跟踪随访临床诊疗结局。送检标本(支气管灌洗液4例,脑脊液18例,胸腔积液4例,脓液3例,腹腔积液、肝组织各2例,关节积液1例)均在BGISEQ-100平台上行二代测序,测序所得病原序列和病原数据库进行比对得到最终结果。二代测序结果以检测到结核分枝杆菌复合群唯一匹配序列为阳性,未检测到唯一匹配序列为阴性。以符合各类标本结核分枝杆菌培养阳性、病理诊断为结核感染、XpertMTB/RIF检测阳性及结核分枝杆菌核酸检测阳性等4项中至少1项即为确诊活动性结核病患者;临床可疑活动性结核病且抗结核药物治疗有效为临床诊断患者;有其他病原学依据或临床排除活动性结核病者为非结核感染。分析二代测序在活动性结核病诊断中的敏感度、特异度。结果确诊为活动性结核病患者9例,其中XpertMTB/RIF检测阳性6例,病理诊断为结核感染4例,培养阳性3例,结核核酸PCR检测阳性1例;临床诊断为活动性结核病患者10例,非结核感染患者15例。在确诊及临床诊断患者中,二代测序技术检测到结核分枝杆菌复合群序列11例,敏感度为57.9%(11/19),特异度为100.0%(15/15)。在确诊患者中,二代测序技术的敏感度为66.7%(6/9);在同步进行XpertMTB/RIF检测与二代测序的31例标本中,以临床诊断为金标准,两者的特异度均为100.O%(15/15),敏感度分别为37.5%(6/16)与50.0%(8/16),两者比较差异无统计学意义(McNemartest,P=0.727)。结论二代测序技术能够较为快速地检测多类标本中的结核分枝杆菌复合群,且其敏感度及特异度与XpertMTB/RIF相当,可以作为确诊试验用于活动性结核病的早期辅助诊断。 展开更多
关键词 高通量核苷酸测序 结核 诊断技术和方法 对比研究 二代
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深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析 被引量:13
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作者 洪创跃 杨婷婷 +4 位作者 李金莉 李霜君 吴利凯 杨争 谭卫国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第6期583-589,共7页
目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株... 目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm,66.0%(198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5%(94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9%(11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5%(39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1%(25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0%(27/27)]、rrs-1401-A/G[Km,84.4%(27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2%(48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3%(10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6%(378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4%(7/67)](χ~2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ~2=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto)在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2%(19/231)、61.9%(143/231)、59.3%(137/231)、15.6%(36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9%(4/140)、49.3%(69/140)、37.9%(53/140)、3.6%(5/140);χ~2值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。 展开更多
关键词 结核 抗多种药物性 基因组 细菌 高通量核苷酸测序 基因型 核苷列分析 深圳
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遗传性眼病致病基因突变分析中应重视临床表型的评估 被引量:6
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作者 李杨 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期673-676,共4页
一代测序(Sanger测序)技术可对候选基因进行测序分析,其测序读长较长,准确性高,是过去三四十年里常用的基因突变分析方法,但因其存在测序通量小及成本高等缺点,限制了其在具有高度遗传异质性疾病及大样本量基因突变分析中的应用... 一代测序(Sanger测序)技术可对候选基因进行测序分析,其测序读长较长,准确性高,是过去三四十年里常用的基因突变分析方法,但因其存在测序通量小及成本高等缺点,限制了其在具有高度遗传异质性疾病及大样本量基因突变分析中的应用。二代测序(NGS)技术是2005年以来发展起来的在临床上广泛应用的基因测序技术,测序通量高,费用较低,自动化程度高,为遗传性眼病的基因诊断带来了很大的便利。但实际上,单基因遗传性眼病具有高度遗传异质性和临床异质性,在应用NGS技术对遗传性眼病的分析过程中过度依赖基因突变分析技术而忽略患者复杂临床表型的评估可能在基因测序检测方法的选择上出现偏差,造成检测结果判断的失误或给患者带来经济负担。目前,单基因遗传性眼病基因突变分析方法主要是NGS分析结合Sanger测序验证,在此过程中应重视患者临床表型的准确评估,以确保准确选择基因检测方法和合理判定致病基因突变。 展开更多
关键词 高通量核苷酸测序/应用 分子诊断技术/方法 突变 DNA分析/应用 遗传性眼病 表型
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肺结核患者肺组织微生物组特征研究 被引量:1
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作者 王宇轩 王冲 +6 位作者 董宇杰 杜伟丽 宋婧 刘子臣 李琨 刘树库 车南颖 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第11期1152-1158,共7页
目的 探讨肺结核患者肺部病灶坏死区、肉芽肿区和正常肺区的微生物组基本特征。方法 选取2016—2017年首都医科大学附属北京胸科医院10例临床及病理确诊为肺结核患者的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的组织标本,通过显微切割技术分别获得... 目的 探讨肺结核患者肺部病灶坏死区、肉芽肿区和正常肺区的微生物组基本特征。方法 选取2016—2017年首都医科大学附属北京胸科医院10例临床及病理确诊为肺结核患者的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的组织标本,通过显微切割技术分别获得FFPE组织的坏死区、肉芽肿区和正常肺区。采用高通量测序的方法,检测其微生物组特征。结果 肺结核患者肺部切除标本中主要的微生物类群(门水平,相对丰度〉1%)有Proteobacteria、Actinobacteria、Firmicutes、TM7和Bacteroidetes。在门水平上,坏死区、肉芽肿区和正常肺区的微生物群落组成未见差异。在属水平上,主要有7个类群(相对丰度〉1%):坏死区、肉芽肿区、正常肺区相对丰度Ochrobactrum分别为(50.70±6.76)%、(56.18±7.50)%、(61.31±7.95)%;Sphingomonas分别为(7.50±2.07)%、(7.69±1.29)%、(3.81±2.08)%;Corynebacterium分别为(5.39±2.39)%、(5.23±1.39)%、(7.43±3.56)%;Brevundimonas分别为(1.67±0.42)%、(1.75±0.67)%、(2.09±0.34)%;Brevibacterium分别为(2.38±2.23)%、(2.60±2.60)%、(2.29±0.64)%;Sphingobacterium分别为(0.72±0.31)%、(0.78±0.26)%、(1.20±0.38)%和Enhydrobacter分别为(1.25±1.28)%、(0.31±0.19)%、(0.67±0.80)%。基于Bray-Curtis距离的Adonis分析结果表明,在属水平上,坏死区和正常肺区,肉芽肿区和正常肺区中微生物群落组成差异有统计学意义(F值分别为3.94和4.76,P值分别为0.005和0.002)。Mycobacterium的相对丰度非常低,主要存在于肺结核病灶的坏死区[(0.81±1.92)%]。配对样品检验结果表明Mycobacterium的相对丰度在坏死区[(0.81±1.92)%]和肉芽肿区[(0.01±0.01)%]、坏死区和正常肺区[(0.01±0.02)%]中差异有统计学意义(Z值分别为2.10和-2.37,P值分别为0.036和0.018)。结论 结核病患者肺部自坏死区、肉芽肿区到正常肺的组织变化中,Sphingomonas、Enhydrobacter、Kocuria和Mycobacterium的相对丰度整体呈下降趋势,而Ochrobactrum和Sphingobacterium的相对丰度总体呈上升趋势。肺结核患者肺部菌群的变化特征可能与肺结核的发病有重要关系。 展开更多
关键词 结核 活组织检查 石蜡包埋 高通量核苷酸测序 微生物组
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精神分裂症易感基因GNA13功能的初步分析
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作者 罗艺苹 刘可智 +3 位作者 喻明兰 梁雪梅 张涛 向波 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期545-551,共7页
目的初步分析G蛋白α亚基13(GNA13)基因在精神分裂症中的作用,探索精神分裂症发病机制的相关生物通路。方法用出生24 h内的C57BL6N野生型幼鼠进行大脑皮层原代神经元细胞培养,使用重组病毒感染并敲低实验组的Gna13基因,空载病毒感染空... 目的初步分析G蛋白α亚基13(GNA13)基因在精神分裂症中的作用,探索精神分裂症发病机制的相关生物通路。方法用出生24 h内的C57BL6N野生型幼鼠进行大脑皮层原代神经元细胞培养,使用重组病毒感染并敲低实验组的Gna13基因,空载病毒感染空载对照组,对照组不做任何干预,在同等条件下继续培养。3组均进行蛋白和mRNA表达水平测定,用高通量测序技术检测其mRNA表达谱,并进行Phenotype表型富集、Kyoto encyclopedia of gene and genomes(KEGG)通路富集、gene ontology(GO)功能富集分析。结果与对照组相比,实验组中存在差异性表达的基因共211个(P<0.05,FDR校正),其中表达上调基因141个,表达下调基因70个。表达下调基因主要与异常有丝分裂、脑形态异常、产前发育迟缓等表型相关,与细胞代谢、细胞周期的催化调节、细胞蛋白质定位等生物过程相关,与细胞周期、代谢途径以及肌动蛋白细胞骨架的调节和粘附力等生物通路相关。结论 GNA13基因可能通过影响神经细胞形态和突触可塑性构成,参与精神分裂症的发生发展。 展开更多
关键词 精神分裂症 GNA13 基因 高通量核苷酸测序 基因表达
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