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基于染色质交互数据的基因组组装方法被引量：2: 1; 作者陶婧芬谢婷 +2 位作者郑觉非杨庆勇张红雨《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期43-50,共8页; 伴随着高通量DNA测序技术的不断推陈出新和价格持续下调,如何将scaffolds定位于染色体逐渐成为完整参考基因组获得的关键。高通量染色质构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture,简称Hi-C)的出现为基因组组装过程... 展开更多; 关键词高通量染色质构象捕获技术染色质交互基因组组装 scaffolds锚位; 在线阅读下载PDF 职称材料

植物三维染色质构型研究进展被引量：2: 2; 作者董芊里王金宾 +1 位作者李晓宠宫磊《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期73-86,共14页; 染色质在细胞核内的缠绕、折叠及其在细胞核内的空间排布是真核生物染色质构型的主要特征。在经典DNA探针荧光原位杂交显微观察的基础上,基于新一代测序技术的Hi-C及ChIA-PET染色质构型捕获技术已经被广泛应用于动物及植物细胞核染色质... 展开更多; 关键词染色质构型高通量染色质构象捕获测序末端配对标签测序染色质区室拓扑偶联结构域; 在线阅读下载PDF 职称材料

家养动物空间基因组学研究进展: 3; 作者常江浩黄永震 +4 位作者岳怡冰张国文高雪雷初朝张君《中国牛业科学》 2025年第3期66-71,共6页; 介绍了空间基因组学的基本概念及其在家养动物研究中的应用价值,简述了染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术、高通量染色体构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术、荧光原位杂交(flu... 展开更多; 关键词家养动物空间基因组学三维基因组构象高通量染色体构象捕获(Hi-C)技术遗传改良; 在线阅读下载PDF 职称材料

下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展被引量：26: 4; 作者沈圣屈彦纯张军《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期256-275,共20页; 下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如:全基因组亚硫酸氢盐测序法(Whole genome bisulfite sequencin... 展开更多; 关键词下一代测序技术表观遗传学 DNA甲基化组蛋白修饰染色质构象捕获; 在线阅读下载PDF 职称材料

三维基因组学及其应用概述被引量：1: 5; 作者邱格格林胜男黄浩《生物学教学》 2021年第10期4-6,共3页; 基因组携带着生命体完整的遗传信息。人类基因组计划和DNA元件百科全书计划分别在一维和二维水平上研究了基因组序列、基因组结构及其调控组件。但是,对于基因组信息调控基因在特定时空中表达仍然知之甚少。基因组测序技术的发展催生了... 展开更多; 关键词基因组三维基因组学染色质构象捕获技术; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于染色质交互数据的基因组组装方法被引量：2: 1; 作者陶婧芬谢婷郑觉非杨庆勇张红雨; 机构华中农业大学信息学院; 出处《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期43-50,共8页; 基金国家自然科学基金项目(31301005) 中央高校基本科研业务费专项基金(2015BQ037); 文摘伴随着高通量DNA测序技术的不断推陈出新和价格持续下调,如何将scaffolds定位于染色体逐渐成为完整参考基因组获得的关键。高通量染色质构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture,简称Hi-C)的出现为基因组组装过程中scaffolds快速锚位提供了契机。相比于传统的基因组组装方法,基于染色质交互组装基因组的策略实验操作简易、实验和时间成本较低、正确率及分辨率高,在基因组相对复杂的多倍型和高度杂合的物种中有着更大的应用前景。但由于技术本身的限制,该方法还存在分辨率、背景噪声等问题需要解决,有待进一步改进和提高。; 关键词高通量染色质构象捕获技术染色质交互基因组组装 scaffolds锚位; Keywords high-throughput chromosome conformation capture chromatin interaction genome assembly scaffolds anchoring; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名植物三维染色质构型研究进展被引量：2: 2; 作者董芊里王金宾李晓宠宫磊; 机构东北师范大学生命科学学院分子表观遗传学教育部重点实验室; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期73-86,共14页; 基金国家重点研发计划项目(编号：2016YFD0101004) 国家自然科学基金项目(编号：31670220) 2015“长白山学者计划”特聘教授专项资助~~; 文摘染色质在细胞核内的缠绕、折叠及其在细胞核内的空间排布是真核生物染色质构型的主要特征。在经典DNA探针荧光原位杂交显微观察的基础上,基于新一代测序技术的Hi-C及ChIA-PET染色质构型捕获技术已经被广泛应用于动物及植物细胞核染色质构型的研究中,并以新的角度定义了包括:染色体(质)域(chromosome territory)、A/B染色质区室(compartment A/B)、拓扑偶联结构域(topological associated domains,TADs)、染色质环(chromatin loops)等在内的多个更为精细的染色质构型。利用以上两种主流技术,越来越多的植物物种染色质构型特征被鉴定、分析和比较。本文系统分析和总结了近年来以植物细胞为模型的细胞核染色构型领域取得的重要成果,包括各级染色质构型特征的组成、建立机制和主要影响因素等。在此基础上,分析了目前研究植物染色质构型技术的瓶颈和突破性的技术进展,并对后续研究主要关注的问题和研究内容进行了展望,以期为相关领域的研究提供更多的理论参考和依据。; 关键词染色质构型高通量染色质构象捕获测序末端配对标签测序染色质区室拓扑偶联结构域; Keywords chromatin architecture high-throughput chromosome conformation capture(Hi-C) chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing(ChIA-PET) compartment A/B topological associated domains(TAD); 分类号 R73 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名家养动物空间基因组学研究进展: 3; 作者常江浩黄永震岳怡冰张国文高雪雷初朝张君; 机构西北农林科技大学动物科技学院青海大学畜牧兽医科学院中国农业科学院北京畜牧兽医研究所; 出处《中国牛业科学》 2025年第3期66-71,共6页; 基金国家重点研发计划项目(2022YFD1602310) 科技创新2030-重大项目(2023ZD040480206) 国家现代农业产业技术体系项目(CARS-37)。; 文摘介绍了空间基因组学的基本概念及其在家养动物研究中的应用价值,简述了染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术、高通量染色体构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)、超分辨成像和原位测序等技术的研究原理及其进展,回顾了上述技术在揭示基因组三维构象与基因调控、细胞代谢及疾病机制中的作用,分析了空间基因组学在家养动物(如牛、羊、猪、鸡)中的具体应用,例如Hi-C技术解析牛肌肉发育的染色质动态重组,以及FISH技术助力猪胚胎发育的空间基因组重编程研究。指出尽管数据处理复杂和技术要求高,空间基因组学仍为家畜遗传改良和疾病治疗提供了全新视角,未来可通过提升技术分辨率和降低成本,进一步拓展其在家畜育种中的应用。分析表明,空间基因组学不仅深化了对家养动物遗传机制的理解,还为高产、抗病品种选育提供了新策略。; 关键词家养动物空间基因组学三维基因组构象高通量染色体构象捕获(Hi-C)技术遗传改良; Keywords domestic animals spatial genomics three-dimensional genome conformation Hi-C technology genetic improvement; 分类号 S813.3 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展被引量：26: 4; 作者沈圣屈彦纯张军; 机构美国德州理工大学医学中心神经科学研究中心; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期256-275,共20页; 基金美国国立神经病与中风研究所/美国国立卫生院及Coldwell基金会项目资助; 文摘下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如:全基因组亚硫酸氢盐测序法(Whole genome bisulfite sequencing,WGBS)、简化代表性亚硫酸氢盐测序法(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)、甲基化DNA免疫共沉淀测序(Methylated DNA immunoprecipitationsequencing,MeDIP-seq)、染色质免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation-sequencing,ChIP-seq)、Tet辅助重亚硫酸盐测序法(Tet-assisted bisulfite sequencing,TAB-seq)、各种染色体构象捕获测序(Chromosome conformation capture sequencing,3C-seq)技术、DnaseⅠ-seq/MNase-seq/FAIRE-seq以及RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)。这些方法的应用和普及改变了人们对多种表观遗传现象的传统认识,使研究人员能够更加全面地深入了解各种表观遗传标志在机体内的广泛分布,以及如何在外界因素的影响下发生相应的动态变化。文章概述了当今主要商业NGS平台的原理和特点,系统介绍了以NGS方法为基础衍生出来的各种表观遗传学测序及研究方法,并在此基础上对近年来应用NGS技术在表观遗传学研究领域中取得的最新研究成果进行了综述。; 关键词下一代测序技术表观遗传学 DNA甲基化组蛋白修饰染色质构象捕获; Keywords next generation sequencing epigenetics DNA methylation histone modifications chromosome con-formation capture; 分类号 Q34 [生物学—遗传学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名三维基因组学及其应用概述被引量：1: 5; 作者邱格格林胜男黄浩; 机构福建师范大学生命科学学院; 出处《生物学教学》 2021年第10期4-6,共3页; 基金福建省发育与神经生物学重点实验室开放性课题,No.FJDNBL202102。; 文摘基因组携带着生命体完整的遗传信息。人类基因组计划和DNA元件百科全书计划分别在一维和二维水平上研究了基因组序列、基因组结构及其调控组件。但是,对于基因组信息调控基因在特定时空中表达仍然知之甚少。基因组测序技术的发展催生了一门新兴学科——三维基因组学。本文就三维基因组学的诞生和发展、研究内容和技术以及应用前景进行综述。; 关键词基因组三维基因组学染色质构象捕获技术; 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于染色质交互数据的基因组组装方法	陶婧芬谢婷郑觉非杨庆勇张红雨	《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心	2015	2	在线阅读下载PDF 职称材料
2	植物三维染色质构型研究进展	董芊里王金宾李晓宠宫磊	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2020	2	在线阅读下载PDF 职称材料
3	家养动物空间基因组学研究进展	常江浩黄永震岳怡冰张国文高雪雷初朝张君	《中国牛业科学》	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展	沈圣屈彦纯张军	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2014	26	在线阅读下载PDF 职称材料
5	三维基因组学及其应用概述	邱格格林胜男黄浩	《生物学教学》	2021	1	在线阅读下载PDF 职称材料