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DLO Hi-C染色体构象捕获技术被引量：1: 1; 作者林达洪萍 +1 位作者李国亮曹罡《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期577-579,共3页; 基因组三维结构在DNA复制、DNA损伤修复、基因转录调控中扮演着重要的角色。Hi-C是目前研究基因组三维结构的主要手段之一,但是存在背景噪音大、试验成本高、试验流程繁琐,缺乏对随机连接噪音的评价等缺陷,因而限制了三维基因组学的发... 展开更多; 关键词三维基因组染色体构象捕获 hi-c DLO hi-c(酶切酶连hi-c) 染色体易位; 在线阅读下载PDF 职称材料

融合卷积神经网络和最短路径计算的染色体三维重构被引量：1: 2; 作者赵凤娇钟诚《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2023年第4期724-730,共7页; 通过卷积神经网络建模,利用染色体的原始相互作用频率(IF)矩阵中的值推断矩阵邻近区域,以降低矩阵的稀疏程度形成相对稠密矩阵;将相对稠密矩阵转换为距离矩阵,构建加权无向图,计算图中任意两个顶点之间的最短路径,以补全矩阵剩余未知部... 展开更多; 关键词染色体三维重构卷积神经网络最短路径多维缩放高通量染色体构象捕获; 在线阅读下载PDF 职称材料

家养动物空间基因组学研究进展: 3; 作者常江浩黄永震 +4 位作者岳怡冰张国文高雪雷初朝张君《中国牛业科学》 2025年第3期66-71,共6页; 介绍了空间基因组学的基本概念及其在家养动物研究中的应用价值,简述了染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术、高通量染色体构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术、荧光原位杂交(flu... 展开更多; 关键词家养动物空间基因组学三维基因组构象高通量染色体构象捕获(hi-c)技术遗传改良; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于染色质交互数据的基因组组装方法被引量：2: 4; 作者陶婧芬谢婷 +2 位作者郑觉非杨庆勇张红雨《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期43-50,共8页; 伴随着高通量DNA测序技术的不断推陈出新和价格持续下调,如何将scaffolds定位于染色体逐渐成为完整参考基因组获得的关键。高通量染色质构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture,简称Hi-C)的出现为基因组组装过程... 展开更多; 关键词高通量染色质构象捕获技术染色质交互基因组组装 scaffolds锚位; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名DLO Hi-C染色体构象捕获技术被引量：1: 1; 作者林达洪萍李国亮曹罡; 机构华中农业大学农业微生物学国家重点实验室华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室; 出处《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期577-579,共3页; 基金国家重点基础研究专项基金(2016YFA0102500) 国家自然科学基金项目(31771402); 文摘基因组三维结构在DNA复制、DNA损伤修复、基因转录调控中扮演着重要的角色。Hi-C是目前研究基因组三维结构的主要手段之一,但是存在背景噪音大、试验成本高、试验流程繁琐,缺乏对随机连接噪音的评价等缺陷,因而限制了三维基因组学的发展。为此,我们开发了一种简单经济的染色体构象捕获技术,即DLO Hi-C(digestion-ligation-only Hi-C)。该技术去掉了生物素标记的步骤,只需要2轮简单的酶切酶连反应即可构建高质量的DLO Hi-C测序文库。为了评价文库中的随机连接噪音的比例,我们在文库构建步骤中加入了噪音评价的步骤。研究结果显示,与当前的in situ Hi-C等方法比较,我们的DLO Hi-C试验时间短、试验成本低、测序成本低,有更多的有效交互数据。将DLO Hi-C应用于肿瘤细胞系,我们找到了已知和新的基因组结构变异。所以,我们希望DLO Hi-C技术将对研究染色体的三维构象、基因的转录调控及基因组的组装有重要的促进作用。; 关键词三维基因组染色体构象捕获 hi-c DLO hi-c(酶切酶连hi-c) 染色体易位; Keywords 3D genome chromosome conformation capture hi-c DLO hi-c(digestion-ligation-only hi-c) chromosomal translocation; 分类号 Q756 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名融合卷积神经网络和最短路径计算的染色体三维重构被引量：1: 2; 作者赵凤娇钟诚; 机构广西大学计算机与电子信息学院广西高校并行分布式计算技术重点实验室; 出处《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2023年第4期724-730,共7页; 基金国家自然科学基金项目(61962004,61462005)资助。; 文摘通过卷积神经网络建模,利用染色体的原始相互作用频率(IF)矩阵中的值推断矩阵邻近区域,以降低矩阵的稀疏程度形成相对稠密矩阵;将相对稠密矩阵转换为距离矩阵,构建加权无向图,计算图中任意两个顶点之间的最短路径,以补全矩阵剩余未知部分的值,形成完整距离矩阵;运用多维缩放方法在完整距离矩阵上推断出染色体三维结构.在高通量染色体构象捕获(Hi-C)数据上的实验结果表明,相较于已有的代表性同类算法,本文给出的算法能够获得更小的均方根误差值、更大的Pearson相关系数值,所重构的染色体三维结构与真实结构更相似.; 关键词染色体三维重构卷积神经网络最短路径多维缩放高通量染色体构象捕获; Keywords chromosome three-dimensional reconstruction convolution neural network shortest path multidimensional scaling high-throughput chromosome conformation capture; 分类号 TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名家养动物空间基因组学研究进展: 3; 作者常江浩黄永震岳怡冰张国文高雪雷初朝张君; 机构西北农林科技大学动物科技学院青海大学畜牧兽医科学院中国农业科学院北京畜牧兽医研究所; 出处《中国牛业科学》 2025年第3期66-71,共6页; 基金国家重点研发计划项目(2022YFD1602310) 科技创新2030-重大项目(2023ZD040480206) 国家现代农业产业技术体系项目(CARS-37)。; 文摘介绍了空间基因组学的基本概念及其在家养动物研究中的应用价值,简述了染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术、高通量染色体构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)、超分辨成像和原位测序等技术的研究原理及其进展,回顾了上述技术在揭示基因组三维构象与基因调控、细胞代谢及疾病机制中的作用,分析了空间基因组学在家养动物(如牛、羊、猪、鸡)中的具体应用,例如Hi-C技术解析牛肌肉发育的染色质动态重组,以及FISH技术助力猪胚胎发育的空间基因组重编程研究。指出尽管数据处理复杂和技术要求高,空间基因组学仍为家畜遗传改良和疾病治疗提供了全新视角,未来可通过提升技术分辨率和降低成本,进一步拓展其在家畜育种中的应用。分析表明,空间基因组学不仅深化了对家养动物遗传机制的理解,还为高产、抗病品种选育提供了新策略。; 关键词家养动物空间基因组学三维基因组构象高通量染色体构象捕获(hi-c)技术遗传改良; Keywords domestic animals spatial genomics three-dimensional genome conformation hi-c technology genetic improvement; 分类号 S813.3 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于染色质交互数据的基因组组装方法被引量：2: 4; 作者陶婧芬谢婷郑觉非杨庆勇张红雨; 机构华中农业大学信息学院; 出处《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期43-50,共8页; 基金国家自然科学基金项目(31301005) 中央高校基本科研业务费专项基金(2015BQ037); 文摘伴随着高通量DNA测序技术的不断推陈出新和价格持续下调,如何将scaffolds定位于染色体逐渐成为完整参考基因组获得的关键。高通量染色质构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture,简称Hi-C)的出现为基因组组装过程中scaffolds快速锚位提供了契机。相比于传统的基因组组装方法,基于染色质交互组装基因组的策略实验操作简易、实验和时间成本较低、正确率及分辨率高,在基因组相对复杂的多倍型和高度杂合的物种中有着更大的应用前景。但由于技术本身的限制,该方法还存在分辨率、背景噪声等问题需要解决,有待进一步改进和提高。; 关键词高通量染色质构象捕获技术染色质交互基因组组装 scaffolds锚位; Keywords high-throughput chromosome conformation capture chromatin interaction genome assembly scaffolds anchoring; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	DLO Hi-C染色体构象捕获技术	林达洪萍李国亮曹罡	《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心	2018	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	融合卷积神经网络和最短路径计算的染色体三维重构	赵凤娇钟诚	《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心	2023	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	家养动物空间基因组学研究进展	常江浩黄永震岳怡冰张国文高雪雷初朝张君	《中国牛业科学》	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于染色质交互数据的基因组组装方法	陶婧芬谢婷郑觉非杨庆勇张红雨	《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心	2015	2	在线阅读下载PDF 职称材料