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题名植物高通量基因表达研究进展
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作者
熊梦熙
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机构
北京林业大学
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出处
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2010年第20期10524-10525,共2页
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文摘
介绍了目前主流的高通量基因表达研究方法,以及不同基因组背景植物的普遍研究手段。
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关键词
高通量基因表达
基因芯片
新一代深度测序
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Keywords
High-throughput gene expression
Gene chip
Next-generation deep sequencing
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分类号
Q943.2
[生物学—植物学]
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题名基于生物信息学技术筛选狼疮性肾炎相关生物标志物
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作者
张莉
龚政
马钧
罗亚维
蒋丽琼
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机构
南京医科大学附属苏州医院医学检验中心
南京医科大学附属苏州医院肾内科
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出处
《临床检验杂志》
2025年第2期136-143,共8页
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基金
苏州市智慧+重大疾病生物标志物研究与转化重点实验室项目(SZS2024029)
苏州市肾脏病学重点学科项目(Szxk201807)。
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文摘
目的 利用生物信息学方法筛选狼疮性肾炎(LN)的关键表达基因,寻找诊断LN的潜在生物标志物,探讨LN的发病机制。方法 从高通量基因表达(GEO)数据库下载慢性肾脏病相关的GSE99339数据集,用WGCNA方法筛选与LN相关的核心模块。获取GSE32591数据集,对32例LN患者和14例正常对照的肾小球基因表达谱进行差异分析,将差异基因与WGCNA筛选的LN核心模块基因取交集。使用DAVID在线工具对交集基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,构建蛋白质相互作用网络(PPI),并使用Cytoscape软件筛选关键基因。基于验证集GSE112943的基因表达数据,绘制关键基因的箱线图和ROC曲线,评估其诊断效能。结果 黄绿色模块(102个基因)与LN强相关(r=0.85,P<0.01)。GSE32591数据集的差异表达基因有361个,与黄绿色模块基因取交集得到53个共有基因。LN相关基因主要富集于抗病毒反应、固有免疫、丙型肝炎和流感病毒A等生物学过程和信号通路。PPI网络分析显示,排名前5的关键基因分别为IFIT3、MX1、OAS1、RSAD2和OAS3。IFIT3、MX1、OAS1和RSAD2基因在LN组和正常对照组间存在显著差异(P<0.05),ROC曲线分析表明这4个基因预测LN的ROC曲线下面积值均大于0.8,具有较高的诊断效能。结论 IFIT3、MX1、OAS1和RSAD2可能是LN的关键表达基因,有望成为LN的潜在诊断生物标志物和治疗靶点。
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关键词
高通量基因表达
狼疮性肾炎
加权基因共表达网络分析
富集分析
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Keywords
high-throughput gene expression
lupus nephritis
weighted gene co-expression network analysis
enrichment analysis
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分类号
R446
[医药卫生—诊断学]
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题名脓毒症心肌功能障碍关键基因的筛选及生物信息学分析
被引量：2
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作者
蒋万威
杨国辉
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机构
贵州医科大学临床医学院
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出处
《中国医药导报》
CAS
2022年第3期24-28,33,共6页
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基金
贵州省卫生健康委员会科学技术基金项目(gzwjkj2020-1-026)。
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文摘
目的筛选脓毒症心肌功能障碍(SIMD)的关键基因,分析其主要参与的生物学过程。方法利用R软件对脓毒症患者及SIMD小鼠模型的数据集进行差异分析,提取SIMD相关基因,并进行生物学分析、相关性分析及蛋白质-蛋白质相互作用网络分析。结果脓毒症小鼠模型、脓毒症患者分别有143个和318个差异基因,其中包含84个SIMD基因,下调基因54个,上调基因30个。脓毒症及SIMD差异基因在基因本体和京都基因和基因组数据库富集分析中具有相似的生物学功能。ANXA3、S100A8、LCN2、LTF、KLHL2等为SIMD的关键基因;LTF、LCN2、SOCS3等为SIMD的关键蛋白。结论LCN2、LTF、ANXA3、S100A8、KLHL2、SOCS3等多个关键基因可能参与SIMD的病理生理过程,对SIMD的临床诊断、预后判断及治疗有进一步研究意义。
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关键词
脓毒症
脓毒症心肌功能障碍
生物信息学分析
高通量基因表达数据库
关键基因
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Keywords
Sepsis
Sepsis-induced myocardial dysfunction
Bioinformatics
Gene expression omnibus
Key gene
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分类号
R542.2
[医药卫生—心血管疾病]
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题名靛玉红可能通过靶向MAPK14参与银屑病的发病
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作者
刘守刚
刘芳华
陈永锋
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机构
南方医科大学皮肤病医院
广东省人民医院赣州医院
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出处
《皮肤性病诊疗学杂志》
2024年第6期381-390,共10页
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基金
广东省中医药局科研项目(20202130)。
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文摘
目的探讨靛玉红在银屑病中的作用靶点,初步阐明靛玉红在银屑病中可能通过MAPK14对银屑病产生的影响。方法从高通量基因表达(GEO)数据库下载GSE30999和GSE78097银屑病数据集,分别作为训练集和验证集。筛选出差异表达基因,然后分析其生物学功能和通路。与靛玉红靶点基因取交集获取差异表达的靛玉红靶点基因,分析基因的相关性和验证基因差异表达情况。采用LASSO回归模型和Cox回归模型筛选靛玉红的最佳靶点基因,与靛玉红进行分子对接分析两者之间的结构关系。结果在GSE30999数据集中,共发现8个靛玉红靶点基因,与对照组相比,均有差异表达。其中7个基因均具有较高的诊断价值(AUC均>0.8),1个基因具有较低诊断价值(AUC>0.6)。GO和KEGG富集分析显示靛玉红的8个靶点基因主要与细胞衰老、化学致癌-受体激活、脂质与动脉粥样硬化、急性髓系白血病和AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用有关。通过LASSO回归模型和Cox回归模型筛选了靛玉红的最佳靶点基因——MAPK14基因。分子对接显示靛玉红与MAPK14紧密结合。结论靛玉红可能通过MAPK14参与银屑病发病机制的调控和治疗。
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关键词
银屑病
靛玉红
MAPK14
高通量基因表达
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Keywords
psoriasis
indirubin
MAPK14
gene expression omnibus
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分类号
R275
[医药卫生—中医皮科]
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