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高通量基因芯片检测阻断Cyclin B1后基因的差异表达
1
作者
谢贤和
林万尊
+2 位作者
郑伟丽
陈婷
刘俊金
《海南医学院学报》
CAS
2018年第1期1-4,共4页
目的:研究Cyclin B1敲低后差异表达的基因,并筛选出与自噬相关的基因。方法:利用胸腺核苷(TdR)双阻断法使鼻咽癌细胞CNE-2周期同步化至S期,siRNA干扰Cyclin B1的表达,流式细胞术验证转染效率,q-PCR和western blot验证siRNA沉默效率,高...
目的:研究Cyclin B1敲低后差异表达的基因,并筛选出与自噬相关的基因。方法:利用胸腺核苷(TdR)双阻断法使鼻咽癌细胞CNE-2周期同步化至S期,siRNA干扰Cyclin B1的表达,流式细胞术验证转染效率,q-PCR和western blot验证siRNA沉默效率,高通量基因芯片筛选对照组和实验组差异表达的基因。结果:经2.5mmol/L的TdR同步化后,流式细胞仪检测细胞周期,获得S期细胞。用脂质体转染法将FAM-siRNA导入CNE-2细胞后,流式细胞术检测转染效率为85.6%,将Cyclin B1-siRNA导入CNE-2细胞后,Cyclin B1的mRNA和蛋白表达均较对照组明显下降85%(P<0.01)。基因芯片结果显示与对照组相比,转染Cyclin B1-siRNA后一共有2 408个差异表达的基因,其中1 245个基因显著上调,1 163个基因显著下调,初步筛选出上调的自噬相关基因PTEN。结论:Cyclin B1-siRNA可以有效地沉默Cyclin B1蛋白的表达,并可以使2408个基因差异表达,初步筛选出上调的自噬相关基因PTEN。
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关键词
CYCLIN
B1
细胞周期同步化
高通量基因芯片
自噬相关
基因
在线阅读
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职称材料
基于高通量芯片和生物信息学挖掘多发性骨髓瘤的发病差异基因
被引量：
1
2
作者
吴随一
周潇逸
+2 位作者
王飞
杨依林
魏显招
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第7期877-884,共8页
目的筛选多发性骨髓瘤(MM)患者与正常人群之间的差异表达基因(DEGs),探究MM的发病机制,为MM的基因诊断和治疗提供导向。方法从GEO数据库中检索获取MM患者的芯片数据,通过Morpheus在线工具进行芯片数据质量控制和DEGs的筛选,运用DAVID数...
目的筛选多发性骨髓瘤(MM)患者与正常人群之间的差异表达基因(DEGs),探究MM的发病机制,为MM的基因诊断和治疗提供导向。方法从GEO数据库中检索获取MM患者的芯片数据,通过Morpheus在线工具进行芯片数据质量控制和DEGs的筛选,运用DAVID数据库对筛选获得的DEGs行基因富集和通路分析,通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并采用Cytoscape软件行模块分析。结果共获得16 211个DEGs,包括7 586个上调基因和8 625个下调基因(P<0.05)。基因本体(GO)分析结果表明,生物学过程中上调DEGs主要涉及鞘糖脂代谢等30个功能簇,下调DEGs涉及细胞分裂等163个功能簇;分子功能中上调DEGs主要涉及蛋白质结合等29个功能簇,下调DEGs主要涉及组蛋白结合等59个功能簇;细胞成分中上调DEGs主要集中在细胞溶质等27个功能簇中,而下调DEGs主要集中在核质等78个功能簇中。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果表明,上调DEGs主要涉及溶酶体相关通路等26条通路,下调DEGs主要涉及DNA复制等27条通路。蛋白互作网络分析示CDK1、TOP2A、AURKB、BRCA1、CHEK1、PTEN、RAD51、GMPS、CDC45和CDKN2A 10个基因为富集程度最高的核心DEGs,模块分析显示得分最高的3个基因模块主要与核分裂、DNA复制和核酸代谢过程相关。结论通过多种生物信息学方法筛选获得了MM患者和健康对照组的DEGs,并从不同角度阐释了MM发病机制的相关基因及其表达特征,为MM特异性诊断标志和靶向治疗等提供了依据。
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关键词
多发性骨髓瘤
差异表达
基因
高通量基因芯片
生物信息学
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职称材料
题名
高通量基因芯片检测阻断Cyclin B1后基因的差异表达
1
作者
谢贤和
林万尊
郑伟丽
陈婷
刘俊金
机构
福建医科大学附属第一医院化疗科
出处
《海南医学院学报》
CAS
2018年第1期1-4,共4页
基金
福建省自然科学基金(2015J01457)~~
文摘
目的:研究Cyclin B1敲低后差异表达的基因,并筛选出与自噬相关的基因。方法:利用胸腺核苷(TdR)双阻断法使鼻咽癌细胞CNE-2周期同步化至S期,siRNA干扰Cyclin B1的表达,流式细胞术验证转染效率,q-PCR和western blot验证siRNA沉默效率,高通量基因芯片筛选对照组和实验组差异表达的基因。结果:经2.5mmol/L的TdR同步化后,流式细胞仪检测细胞周期,获得S期细胞。用脂质体转染法将FAM-siRNA导入CNE-2细胞后,流式细胞术检测转染效率为85.6%,将Cyclin B1-siRNA导入CNE-2细胞后,Cyclin B1的mRNA和蛋白表达均较对照组明显下降85%(P<0.01)。基因芯片结果显示与对照组相比,转染Cyclin B1-siRNA后一共有2 408个差异表达的基因,其中1 245个基因显著上调,1 163个基因显著下调,初步筛选出上调的自噬相关基因PTEN。结论:Cyclin B1-siRNA可以有效地沉默Cyclin B1蛋白的表达,并可以使2408个基因差异表达,初步筛选出上调的自噬相关基因PTEN。
关键词
CYCLIN
B1
细胞周期同步化
高通量基因芯片
自噬相关
基因
Keywords
Cyclin B1
Cell cycle synchronization
High-throughput gene chip
Autophagy-related gene
分类号
R730 [医药卫生—肿瘤]
R34 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
基于高通量芯片和生物信息学挖掘多发性骨髓瘤的发病差异基因
被引量：
1
2
作者
吴随一
周潇逸
王飞
杨依林
魏显招
机构
第二军医大学海军医学系学员
第二军医大学长海医院脊柱外科
出处
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第7期877-884,共8页
文摘
目的筛选多发性骨髓瘤(MM)患者与正常人群之间的差异表达基因(DEGs),探究MM的发病机制,为MM的基因诊断和治疗提供导向。方法从GEO数据库中检索获取MM患者的芯片数据,通过Morpheus在线工具进行芯片数据质量控制和DEGs的筛选,运用DAVID数据库对筛选获得的DEGs行基因富集和通路分析,通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并采用Cytoscape软件行模块分析。结果共获得16 211个DEGs,包括7 586个上调基因和8 625个下调基因(P<0.05)。基因本体(GO)分析结果表明,生物学过程中上调DEGs主要涉及鞘糖脂代谢等30个功能簇,下调DEGs涉及细胞分裂等163个功能簇;分子功能中上调DEGs主要涉及蛋白质结合等29个功能簇,下调DEGs主要涉及组蛋白结合等59个功能簇;细胞成分中上调DEGs主要集中在细胞溶质等27个功能簇中,而下调DEGs主要集中在核质等78个功能簇中。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果表明,上调DEGs主要涉及溶酶体相关通路等26条通路,下调DEGs主要涉及DNA复制等27条通路。蛋白互作网络分析示CDK1、TOP2A、AURKB、BRCA1、CHEK1、PTEN、RAD51、GMPS、CDC45和CDKN2A 10个基因为富集程度最高的核心DEGs,模块分析显示得分最高的3个基因模块主要与核分裂、DNA复制和核酸代谢过程相关。结论通过多种生物信息学方法筛选获得了MM患者和健康对照组的DEGs,并从不同角度阐释了MM发病机制的相关基因及其表达特征,为MM特异性诊断标志和靶向治疗等提供了依据。
关键词
多发性骨髓瘤
差异表达
基因
高通量基因芯片
生物信息学
Keywords
multiple myeloma
differentially expressed genes
high-throughput microarray
bioinformatics
分类号
R733.3 [医药卫生—肿瘤]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
高通量基因芯片检测阻断Cyclin B1后基因的差异表达
谢贤和
林万尊
郑伟丽
陈婷
刘俊金
《海南医学院学报》
CAS
2018
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于高通量芯片和生物信息学挖掘多发性骨髓瘤的发病差异基因
吴随一
周潇逸
王飞
杨依林
魏显招
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
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