高通量基因测序技术在自然流产胎儿绒毛染色体的核型分析 被引量：9

1

作者 方有燕 吴欢 +5 位作者 贺小进 陈大蔚 周一茹 周平 曹云霞 魏兆莲 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2018年第2期266-270,共5页

目的探讨自然妊娠与辅助生殖助孕(ART)流产组织胎儿绒毛染色体异常情况。方法采用高通量测序技术对364例流产组织进行染色体核型分析,并根据染色体非显带核型对三体核型进行分组,将其分为A、B、C、D、E、F、G 7组。结果 (1)绒毛染色体... 目的探讨自然妊娠与辅助生殖助孕(ART)流产组织胎儿绒毛染色体异常情况。方法采用高通量测序技术对364例流产组织进行染色体核型分析,并根据染色体非显带核型对三体核型进行分组,将其分为A、B、C、D、E、F、G 7组。结果 (1)绒毛染色体总异常发生率为48.90%(178/364),自然妊娠组绒毛染色体异常发生率显著高于ART组(52.85%vs 40.68%)(P=0.033);异常核型以三体型最多见,占65.17%,染色体微缺失/微重复次之,占15.73%;(2)ART组<35岁与≥35岁胚停组织绒毛染色体异常发生率差异无统计学意义,自然妊娠组两者间差异有统计学意义(P=0.005);(3)流产组织中女性胚胎异常核型占总异常核型的46.89%,男性胚胎占53.11%,两者差异有统计学意义(P=0.007);(4)ART组以复发性流产最常见,占60.00%;(5)自然流产组织中胚胎异常核型主要分布于E组和G组,男胚A组异常核型显著多于女胚(P=0.007)。结论高通量测序在自然流产绒毛组织染色体核型分析中有较高的应用价值,有助于判断早期流产的遗传学病因,为再次妊娠遗传学咨询提供服务。 展开更多

关键词 高通量基因测序技术 自然流产 胎儿绒毛 染色体 核型分析

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基于高通量基因测序分析腐乳微生物多样性 被引量：27

2

作者 陶康 吴凌伟 +5 位作者 金晓芳 任凯 于政鲜 刘通 刘明伟 王水兴 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第8期143-149,共7页

研究腐乳生产过程中环境微生物对其品质及风味的影响。选择自然发酵腐乳和纯种发酵腐乳,通过高通量基因测序技术鉴定腐乳中微生物的多样性和丰度,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序。结果表明,在细菌门水平上,变形菌门(Proteob... 研究腐乳生产过程中环境微生物对其品质及风味的影响。选择自然发酵腐乳和纯种发酵腐乳,通过高通量基因测序技术鉴定腐乳中微生物的多样性和丰度,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序。结果表明,在细菌门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是4个腐乳样品的主要菌门。真菌门水平主要是子囊菌门(Ascomycota)、unclassified_k__Fungi、担子菌门(Basidiomycota)和毛霉亚门(Mucoromycota)。在细菌种水平上,草莓假单胞菌(Pseudomonas fragi)在A、B、C、D 4种样品中相对丰度都很高,分别为2.30%、20.95%、12.51%、48.75%,且在自然发酵腐乳中的含量高于纯种发酵腐乳。真菌主要菌种是酵母菌,样品A主要包括unclassified_k__Fungi(63.20%)和粉状米勒酵母(Millerozyma farinosa)(25.80%)。在B、C、D三个样品中以Debaryomyces prosopidis为主,相对丰度分别为37.60%、51.70%、85.90%。 展开更多

关键词 腐乳 高通量基因测序 16S rDNA ITS1 细菌多样性 真菌多样性

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脑脊液高通量基因测序诊断造血干细胞移植术后颅内琼氏不动杆菌感染1例报告

3

作者 孙雷 章卫平 +1 位作者 陈洁 杨丹 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期378-381,共4页

1病例资料患者女,48岁,2018年7月无诱因出现乏力伴面色苍白,当地医院血常规检查示单核细胞增多(1.3×10^(9)/L);骨髓细胞形态学检查示单核细胞占37.5%,其中幼稚单核细胞占12.5%,考虑慢性粒-单核细胞白血病(chronic myelomonocytic l... 1病例资料患者女,48岁,2018年7月无诱因出现乏力伴面色苍白,当地医院血常规检查示单核细胞增多(1.3×10^(9)/L);骨髓细胞形态学检查示单核细胞占37.5%,其中幼稚单核细胞占12.5%,考虑慢性粒-单核细胞白血病(chronic myelomonocytic leukemia,CMML)。予小剂量阿糖胞苷(50 mg/d)连用7 d,治疗结束后监测血常规2周,外周血单核细胞计数波动在(1.2~1.4)×10^(9)/L,患者不适症状无改善。 展开更多

关键词 高通量基因测序 造血干细胞移植术 中枢神经系统感染 琼氏不动杆菌感染 脑脊液

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宏基因组高通量测序辅助诊断日本斑点热一例

4

作者 阮永春 周宜庆 +4 位作者 张海旺 周洁 段金楠 张晓静 李明晖 《中国医学科学院学报》 北大核心 2025年第1期146-149,共4页

日本斑点热是由日本立克次体感染引起的一种自然疫源性疾病,临床症状缺乏特异性,易误诊。本文报道1例日本斑点热病例,采用宏基因组高通量测序技术在血细胞中检出日本立克次体,经多西环素治疗好转,为该病的临床诊治提供参考。

关键词 日本立克次体 日本斑点热 诊断 宏基因组高通量测序

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肺泡灌洗液高通量测序病原检测在儿童血液肿瘤中的应用价值

5

作者 吴彬 汪洁 +2 位作者 张兰男 唐威 陈开澜 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第2期569-574,共6页

目的:探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)宏基因组高通量测序(mNGS)病原学检测在儿童血液肿瘤肺炎患者中的临床应用价值。方法:回顾性分析本院因肺炎行BALF mNGS病原检测的血液肿瘤患儿的临床资料。所有患儿均接受了肺泡灌洗液mNGS检测以及传... 目的:探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)宏基因组高通量测序(mNGS)病原学检测在儿童血液肿瘤肺炎患者中的临床应用价值。方法:回顾性分析本院因肺炎行BALF mNGS病原检测的血液肿瘤患儿的临床资料。所有患儿均接受了肺泡灌洗液mNGS检测以及传统方法检测(包括痰培养、肺泡灌洗液培养、血培养、病原血清学检测等)。通过对mNGS及传统方法检测结果的分析,比较不同检测方法的阳性率、病原学分布等指标。结果:26例血液肿瘤患儿纳入研究,其中男12例,女14例,中位年龄4.9(1.8-14.9)岁,共进行35例次支气管肺泡灌洗术(BAL)。BALF mNGS共检出病原微生物17种,最常检出的细菌、病毒和真菌分别为肺炎链球菌、巨细胞病毒和耶氏肺孢子菌。BALF mNGS检出细菌9例次、病毒10例次、真菌3例次、支原体2例次、混合感染8例次,其检测的阳性率为91.43%,显著高于传统方法检测(20%,P<0.001)。共有25例次根据BALF mNGS结果进行抗感染方案调整。结论:BALF mNGS技术的应用能够提高血液肿瘤患儿肺部感染病原的检出率,初步揭示了该群体肺部感染病原谱,能够有效指导临床用药,提高治疗效果。 展开更多

关键词 儿童 血液肿瘤 肺泡灌洗液 宏基因组高通量测序

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宏基因组高通量测序技术在中枢神经系统感染性疾病中的临床价值分析 被引量：6

6

作者 陆旻雅 郭佳钰 +5 位作者 张栋 苏慧婷 高弈 赵颖 杨启文 徐英春 《协和医学杂志》 CSCD 2023年第5期1005-1010,共6页

目的 探讨宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的临床价值。方法 依托中国医学科学院北京协和医院感染性疾病宏基因组检测平台,回顾性分析2022年4—12月临床诊断为中... 目的 探讨宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的临床价值。方法 依托中国医学科学院北京协和医院感染性疾病宏基因组检测平台,回顾性分析2022年4—12月临床诊断为中枢神经系统感染性疾病患者的临床信息、常规实验室检测结果及mNGS结果等相关资料,评价mNGS技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的价值。结果 在39例临床诊断为中枢神经系统感染性疾病的患者中,29例(74.4%)检出疑似致病病原体特异性序列,其中11例(37.9%)检出细菌,13例(44.8%)检出病毒,3例(10.3%)检出真菌,1例(3.5%)检出细菌及病毒,1例(3.5%)检出真菌及病毒,真阳性率为74.4%。10例报告阴性结果,假阴性率为25.6%。mNGS技术的阳性率明显高于临床常规病原学检查(包括脑脊液涂片、培养、病原体抗原及核酸聚合酶链式反应)的阳性率(74.4%比23.7%)。结论 相较于现有的临床常规病原学检查手段,mNGS技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中具有更高的真阳性率,可能有助于中枢神经系统感染性疾病的早期诊断。 展开更多

关键词 宏基因组高通量测序 中枢神经系统 感染 脑脊液

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利用宏基因组高通量测序技术揭示血液病患者的感染谱 被引量：4

7

作者 庞如利 吴梅青 +5 位作者 石泽延 林雨 粟燕云 周宝文 白子文 赵卫华 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2022年第24期3022-3028,共7页

背景感染是血液病患者常见的并发症和死亡原因,病原微生物的早期检测对于改善血液病患者的预后尤为重要。近年来出现的宏基因组高通量测序(mNGS)技术具有操作简单、所需样本量小、检测快、不易受污染、可检测出培养法不能检测的边缘微... 背景感染是血液病患者常见的并发症和死亡原因,病原微生物的早期检测对于改善血液病患者的预后尤为重要。近年来出现的宏基因组高通量测序(mNGS)技术具有操作简单、所需样本量小、检测快、不易受污染、可检测出培养法不能检测的边缘微生物的优点。目的探讨mNGS技术检测所揭示的感染谱,以明确血液病患者的感染病因并指导治疗。方法标本来源于2018年8月至2020年12月广西医科大学第一附属医院血液科住院期间出现感染或疑似感染症状的53例血液病患者,对53例患者的58个样本(全血、脑脊液、胸腔积液、组织、腹腔引流液、关节液、痰液、右下肢穿刺液)进行mNGS技术检测。在进行mNGS技术检测的同时,52例患者(55个样本)采用培养法检测致病微生物、46例患者(50个样本)采用G/GM试验检测致病微生物、44例患者(48个样本)采用PCR检测致病微生物。结果mNGS所揭示的血液病患者的感染谱显示,革兰阳性菌中最常见为痤疮丙酸杆菌(42例次)、表皮葡萄球菌(33例次)、人葡萄球菌(32例次),革兰阴性菌中最常见的为约翰逊不动杆菌(26例次)、越南伯克霍尔德菌(20例次)、乌汶克霍尔德菌(19例次),真菌中最常见的为限制性马拉色菌(28例次);病毒中最常见的为巨细胞病毒、EB病毒、细环病毒(分别为26、14、19例次)。1例重型地中海贫血造血干细胞移植后患者血液及脑脊液均检出刚地弓形虫。与培养法、G/GM试验、PCR相比,mNGS技术具有较高的阳性率(P<0.05)。本研究中根据mNGS技术检测结果调整用药的患者有6例,其中4例经治疗好转,2例治疗效果欠佳。结论本研究利用mNGS技术揭示了血液病患者感染的病原体谱,证实mNGS技术可有效帮助确定血液病患者感染病因和指导治疗,但其可能出现假阳性和假阴性,结合其他检测方法可降低错误诊断的机会。 展开更多

关键词 血液病 感染 宏基因组高通量测序 病原 革兰氏阳性菌 革兰氏阴性菌 真菌 病毒

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植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序中降低宿主污染的方法 被引量：1

8

作者 程丹丹 杨嘉麒 +1 位作者 王牧 赵菁 《安全与环境工程》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期212-220,共9页

植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染... 植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染的4种方法,即:①寻找特异性错配引物用来扩增细菌16S rRNA基因;②添加特异性阻断物用来抑制宿主16S rRNA基因扩增,如PNA-PCR和LNA-RCR钳位技术;③在文库构建过程中剪切宿主细胞器的16S rRNA基因,如Cas-16S-seq方法;④改变PCR扩增流程,如巢式PCR技术。了解上述各种方法的特点,有助于在植物内生菌16S-seq中选择合适的方法,避免或者减少宿主基因的污染,更准确地进行植物内生细菌群落的研究。 展开更多

关键词 植物内生菌 16S rRNA基因扩增子高通量测序 宿主基因污染 Cas-16S-seq 微生物组 PCR钳位技术 特异性引物

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经肺泡灌洗液高通量测序诊断婴儿肺孢子菌肺炎1例并文献复习 被引量：4

9

作者 朱其国 袁林 +3 位作者 周峻荔 康小俊 白定珍 王立波 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期370-373,共4页

目的探讨肺孢子菌肺炎的病因、临床表现、病原学诊断和治疗。方法回顾分析1例肺孢子菌肺炎患儿的临床资料。结果患儿,男,2个月20天,临床表现为慢性咳嗽、气促、烦躁、低氧血症;肺部影像呈双肺弥漫性浸润改变;经支气管镜术取肺泡灌洗液... 目的探讨肺孢子菌肺炎的病因、临床表现、病原学诊断和治疗。方法回顾分析1例肺孢子菌肺炎患儿的临床资料。结果患儿,男,2个月20天,临床表现为慢性咳嗽、气促、烦躁、低氧血症;肺部影像呈双肺弥漫性浸润改变;经支气管镜术取肺泡灌洗液进行宏基因高通量测序后证实为肺孢子菌感染。确诊后予甲氧苄胺嘧啶-磺胺甲噁唑(TMPSMZ)治疗,临床症状基本消失,肺部CT明显好转。结论肺泡灌洗液行宏基因高通量测序可诊断肺孢子菌肺炎。 展开更多

关键词 婴儿 肺孢子菌肺炎 肺泡灌洗液 宏基因高通量测序

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面向新一代基因测序数据的拼接算法综述 被引量：2

10

作者 颜珂 何威 +1 位作者 徐勇 张健 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2016年第9期2573-2578,共6页

针对新一代DNA测序数据存在reads长度短、高覆盖度且存在错误数据等特点,研发满足实际应用的拼接软件,是序列拼接领域迫切的研究课题。探讨了全基因组序列拼接面临的挑战,研究了主流的几类拼接算法的拼接原理、操作流程,分析各种算法的... 针对新一代DNA测序数据存在reads长度短、高覆盖度且存在错误数据等特点,研发满足实际应用的拼接软件,是序列拼接领域迫切的研究课题。探讨了全基因组序列拼接面临的挑战,研究了主流的几类拼接算法的拼接原理、操作流程,分析各种算法的优缺点和适用范围,其中包括基于贪心图算法、基于OLC图算法、基于De Bruijn图算法等,并根据不同的标准列举了几类拼接算法之间的差异性,最后对基因拼接算法在未来的研究给出了建议。 展开更多

关键词 生物信息学 全基因组序列拼接 高通量基因测序

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用于全基因组易位测序的Nalm6-Cas9细胞系的构建

11

作者 李倾城 黄俊彬 +5 位作者 薛红漫 杨默 朱澂明 李志光 董俊超 陈纯 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1384-1390,共7页

目的:为进行基于CRISPR-Cas9的全基因组高通量易位测序,利用慢病毒转导构建表达Cas9蛋白的Nalm6-Cas9单克隆细胞系。方法:使用慢病毒载体lentiCas9-Blast、psPAX2和pMD2.G共转染HEK293T细胞包装病毒,病毒感染Nalm6细胞后使用杀稻瘟菌素(... 目的:为进行基于CRISPR-Cas9的全基因组高通量易位测序,利用慢病毒转导构建表达Cas9蛋白的Nalm6-Cas9单克隆细胞系。方法:使用慢病毒载体lentiCas9-Blast、psPAX2和pMD2.G共转染HEK293T细胞包装病毒,病毒感染Nalm6细胞后使用杀稻瘟菌素(Blasticidin)筛选,通过有限稀释法获得多个表达Cas9蛋白的单克隆细胞株。Western blot检测单克隆细胞株中Cas9蛋白的表达水平,细胞计数检测单克隆细胞株的细胞增殖活性。构建lentiCRISPRv2GFP-Δcas9、lentiCRISPRv2GFP-Δcas9-AF4、lentiCRISPRv2GFP-Δcas9-MLL质粒,并分别与pSPAX2、pMD2.G质粒共转染包装病毒,收集病毒感染Nalm6-Cas9单克隆细胞株,使用T载体克隆检测单克隆细胞株的Cas9蛋白的功能。结果:Western blot结果显示,Nalm6-Cas9_1-6单克隆细胞株高水平表达Cas9蛋白;细胞计数分析结果显示,Nalm6-Cas9_1-6单克隆细胞株细胞增殖活性与对照细胞比较无显著差异;T载体克隆检测显示,Nalm6-Cas9_1-6单克隆细胞株Cas9蛋白具有高水平切割活性,对AF4和MLL基因的编辑效率在90%以上。结论:本研究得到了稳定表达高活性Cas9蛋白的Nalm6-Cas9_1-6单克隆细胞株,为基于CRISPR/Cas9全基因组高通量易位测序技术探究治疗相关性白血病中MLL易位连接机制提供依据。 展开更多

关键词 Nalm6细胞系 Cas9蛋白 慢病毒 治疗相关性白血病 全基因组高通量易位测序

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孕妇血浆游离胎儿DNA检测在产前诊断中的应用 被引量：7

12

作者 姚婷 向萍霞 +4 位作者 胡雁婻 刘翎 冷培 戴翔 肖涤 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2014年第8期1248-1250,共3页

目的:介绍孕妇血浆中游离胎儿DNA高通量基因测序技术在非创伤性产前诊断中的应用现状,探讨其存在的优缺点及可行性。方法:收集3 695例在本院门诊做孕中期产前诊断的孕妇血浆,采用高通量基因测序技术检测母体血浆胎儿游离DNA,分析胎儿染... 目的:介绍孕妇血浆中游离胎儿DNA高通量基因测序技术在非创伤性产前诊断中的应用现状,探讨其存在的优缺点及可行性。方法:收集3 695例在本院门诊做孕中期产前诊断的孕妇血浆,采用高通量基因测序技术检测母体血浆胎儿游离DNA,分析胎儿染色体拷贝数;对筛查高危孕妇行羊膜腔穿刺及脐血穿刺术进行胎儿染色体核型分析。结果:孕妇血浆中游离胎儿DNA高通量基因测序技术共检测出39例染色体高风险胎儿,2例可疑高风险胎儿,经羊水/脐血核型分析证实其中39例为染色体异常,分别为31例21-三体和7例18-三体,1例13-三体。游离胎儿DNA高通量基因测序技术的敏感度为100.0%,特异度为99.9%。结论:母体血浆游离DNA高通量基因测序技术可用于筛查胎儿染色体拷贝数异常的检测,但仍然需要与传统染色体分析技术结合做产前诊断。 展开更多

关键词 胎儿游离DNA 无创性产前诊断 高通量基因测序

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基于频率域的图像质量检测方法

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作者 潘家顺 盛司潼 +3 位作者 姚乐泰 金虹 黄斌 陈建平 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2015年第7期204-208,共5页

目前无参考图像质量评价方法中存在的量化精度不高和受图像对比度、纹理结构影响大等不足,难以用于高通量基因测序图像质量的检测。为此,在分析了黑色背景图像上叠加规则白色形状的同态傅里叶变换的基础上,提出了一种基于频率域的图像... 目前无参考图像质量评价方法中存在的量化精度不高和受图像对比度、纹理结构影响大等不足,难以用于高通量基因测序图像质量的检测。为此,在分析了黑色背景图像上叠加规则白色形状的同态傅里叶变换的基础上,提出了一种基于频率域的图像质量评价模型。该模型通过对频率域所表现出的图像纹理结构进行预处理,最终建模实现了高通量基因测序图像质量的评价指标。实践表明,该方法在评价高通量基因测序图像质量中具有较好的量化精度和可靠性。 展开更多

关键词 高通量基因测序图像 图像质量 频率域 纹理结构 同态傅里叶

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与家族性系统性红斑狼疮有关的PLD2基因新突变及其功能分析

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作者 彭琳 袁新科 +2 位作者 陈李笑 陈斯佳 陈科 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期234-239,共6页

目的:系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是严重危害人类健康的自身免疫性结缔组织病,遗传因素在SLE的发病中起关键作用。本研究探讨与家族性SLE有关的磷脂酶D2(phospholipase D2,PLD2)基因新突变,并进一步探讨该突变致... 目的:系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是严重危害人类健康的自身免疫性结缔组织病,遗传因素在SLE的发病中起关键作用。本研究探讨与家族性SLE有关的磷脂酶D2(phospholipase D2,PLD2)基因新突变,并进一步探讨该突变致SLE的可能机制。方法:收集SLE患者、患者父母及147例正常对照的静脉血,抽提全血DNA。对患者及其父母行全基因组高通量测序,并对测序结果采用多种生物信息学方法进行分析。进一步构建野生型(wild type,wt)、突变型(mutant type,mu)及阴性对照PLD2质粒并转染293细胞,采用蛋白质印迹法检测各组293细胞中调控PLD2-Ras信号通路的关键基因HRAS的蛋白质表达水平。结果:在该SLE家系中,女性SLE患者及其母亲、Ⅱ及Ⅲ代各1例有典型的SLE临床表现,且均较早出现狼疮性肾炎,其遗传特点符合常染色体显性遗传。发现患者及其母亲新的PLD2杂合突变(c.2722C>T),且患者父亲及其他正常对照中未发现该突变。与转染wtPLD2质粒和阴性对照PLD2质粒比较,转染muPLD2质粒的293细胞中HRAS的蛋白质表达水平显著上调(均P<0.05)。结论:PLD2 c.2722C>T突变可能是导致该SLE家系发病的原因之一。 展开更多

关键词 系统性红斑狼疮 PLD2基因 HRAS 全基因组高通量测序 PLD2-Ras信号通路

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冷季不同饲养管理模式和粗精比饲粮对牦牛瘤胃菌群结构和功能的影响 被引量：1

15

作者 张振祥 曹铨 +9 位作者 丁路明 俞旸 刘文亭 杨晓霞 张春平 童永尚 杨增增 周沁苑 王芳草 董全民 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1453-1470,共18页

为探究饲养管理模式和不同粗精比饲粮对冷季牦牛瘤胃菌群丰度和多样性的影响,并预测菌群功能。选取2岁龄(24月龄),体重相近、体况良好的公牦牛(Bos grunmiens)24头随机分为4组,RCG1组在冬季放牧场自然放牧,RCC90、RCC70和RCC50组分别饲... 为探究饲养管理模式和不同粗精比饲粮对冷季牦牛瘤胃菌群丰度和多样性的影响,并预测菌群功能。选取2岁龄(24月龄),体重相近、体况良好的公牦牛(Bos grunmiens)24头随机分为4组,RCG1组在冬季放牧场自然放牧,RCC90、RCC70和RCC50组分别饲喂粗精料比为90∶10、70∶30和50∶50的饲粮。试验结束屠宰后采集各组牦牛瘤胃液,利用16S rDNA高通量测序检测其菌群结构。结果表明,24份样品共检测到20696个ASVs,有4966、3069、3680和3536个ASVs分别在RCG1、RCC90、RCC70和RCC50组4组样品特异性表达。在门和属水平上,4组样品的共同优势菌为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门,以及理研菌科RC9属、普雷沃菌属和克里斯滕森菌科_R-7菌群。RCG1组和补饲组牦牛瘤胃菌群区系和丰度差异显著(P<0.05)。各补饲组厚壁菌门/拟杆菌门相对丰度(F/B)比值显著高于RCG1组(P<0.05)。与RCG1相比,理研菌科RC9肠道群(Rikenellaceae_RC9_gut_group)、产生乙酸相关细菌(Anaerovorax)和毛螺科菌_UCG-009(Lachnospiraceae_UCG-009)分别在RCC50、RCC70和RCC90组中显著下调(P<0.05),普雷沃菌属(Prevotella)、赤芍铁杆菌(Ferruginibacter)和梭菌属_UCG-014(Clostridia_UCG-014)分别在RCC50、RCC70和RCC90组中显著上调(P<0.05)。此外,4组牦牛瘤胃菌群功能差异不显著(P>0.05),均注释到营养代谢和复制与修复等生物过程。饲养管理模式和不同粗精比饲粮对牦牛瘤胃菌群结构影响显著(P<0.05),菌群功能影响不显著(P>0.05),冷季补饲10%精料可显著提高瘤胃菌群丰度和多样性(P<0.05),补饲30%高蛋白水平精料时瘤胃菌群对饲草料消化吸收最佳。本研究结果为青藏高原牦牛的合理饲养提供了数据支撑,也为研发适宜于青藏高原牦牛养殖业的管理模式,减轻放牧场压力,解决草地退化、草畜失衡及保持牦牛养殖业的健康良性发展等问题提供了理论支持。 展开更多

关键词 牦牛养殖 放牧管理 农牧结合管理 饲粮结构 瘤胃微生物 16S rDNA基因高通量测序 功能预测

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生食感染广州管圆线虫蜗牛引起嗜酸性粒细胞增多性脑膜炎1例

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作者 户梦婷 张栋 +8 位作者 贾沛瑶 陆旻雅 周梦兰 郭佳钰 苏慧婷 高羿 席婧媛 朱华栋 杨启文 《协和医学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第6期1463-1467,共5页

本文报道1例生食蜗牛10 d后出现持续发热和中枢神经系统症状的男性病例。结合临床表现、流行病史及病原学检测结果,诊断为广州管圆线虫病。予以阿苯达唑驱虫、地塞米松抗炎治疗后康复。本文梳理该患者的诊疗历程,并结合文献复习,以期为... 本文报道1例生食蜗牛10 d后出现持续发热和中枢神经系统症状的男性病例。结合临床表现、流行病史及病原学检测结果,诊断为广州管圆线虫病。予以阿苯达唑驱虫、地塞米松抗炎治疗后康复。本文梳理该患者的诊疗历程,并结合文献复习,以期为临床诊疗提供参考。 展开更多

关键词 广州管圆线虫 寄生虫 嗜酸性粒细胞增多性脑膜炎 宏基因组高通量测序

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不同年限苜蓿根际土壤细菌群落的多样性 被引量：7

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作者 刘震 徐玉鹏 +4 位作者 赵忠祥 黄素芳 刘效朋 白艳梅 阎旭东 《江苏农业科学》 2020年第8期184-188,共5页

为研究不同年限苜蓿根际土壤细菌群落多样性及群落结构变化,选取了0、4年苜蓿的根际土壤,采用高通量基因测序技术研究其细菌构成。结果表明,4年苜蓿根际土壤中细菌分类单元(OTU)和多样性指数高于0年苜蓿,苜蓿连作会改变细菌群落数量及... 为研究不同年限苜蓿根际土壤细菌群落多样性及群落结构变化,选取了0、4年苜蓿的根际土壤,采用高通量基因测序技术研究其细菌构成。结果表明,4年苜蓿根际土壤中细菌分类单元(OTU)和多样性指数高于0年苜蓿,苜蓿连作会改变细菌群落数量及结构。通过主坐标分析(PCoA)及热图分析发现,不同年限苜蓿细菌群落差异性较大,连作后酸杆菌门、放线菌门、芽单胞菌门和绿弯菌门细菌群落丰度提高,变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌群落相对丰度降低。 展开更多

关键词 苜蓿 细菌群落 细菌分类单元 多样性指数 根际土壤 主坐标分析 热图分析 序列拼接 解释度 高通量基因测序技术

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福建漳浦凡纳滨对虾海水养殖中后期水体细菌群落多样性分析 被引量：12

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作者 胡东 王丽萍 +1 位作者 赵苒 邵宗泽 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期89-98,共10页

为分析凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)海水养殖过程中水体细菌群落多样性变化,本研究采用Illumina测序技术对福建漳浦县凡纳滨对虾海水养殖中后期水体样品进行16SrRNA基因高通量测序,同时进行水质参数测定。结果表明,养殖过程中,氨氮... 为分析凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)海水养殖过程中水体细菌群落多样性变化,本研究采用Illumina测序技术对福建漳浦县凡纳滨对虾海水养殖中后期水体样品进行16SrRNA基因高通量测序,同时进行水质参数测定。结果表明,养殖过程中,氨氮(NH+4-N)、化学需氧量(COD)值波动较大,其他水质参数值波动较小。检测到的细菌种群归属于19个门、35个纲、80个目、135个科、254个属,说明该养殖水体中细菌群落具有高度的多样性。变形菌门和拟杆菌门是养殖期间主要优势类群,不同养殖时期细菌组成存在一定的波动,但没有明显的变化规律。蓝细菌在第67天、115天表现出高丰度,且其丰度在养殖期间变化较大(比例变化为0.7%~63.9%)。此外,益生菌和潜在致病菌丰度在养殖期间很低。冗余分析(Redundancy analysis,RDA)表明,对细菌群落影响最大的水质因子是化学需氧量与硝酸盐浓度比值(COD/NO-3)和COD;降低溶氧可以增加细菌丰富度。总之,本研究初步揭示了对虾养殖中后期水体微生物的演替规律,发现水质因子对养殖水体微生物组成具有显著影响,研究结果为凡纳滨对虾健康养殖提供一定的参考意义。 展开更多

关键词 凡纳滨对虾 微生物群落多样性 16SrRNA基因高通量测序 水质因子

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油菜秸秆还田对土壤真菌群落结构和功能影响的研究 被引量：12

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作者 胡洪涛 胡时友 +5 位作者 周荣华 张舒 曹春霞 张佑宏 夏贤格 杨靖钟 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2020年第S01期6-10,共5页

油菜是中国乃至世界重要的油料作物之一,油菜秸秆还田能改善土壤性质、提高土壤肥力,是农业废弃物综合利用的主要途径。文章为阐明油菜秸秆还田对土壤微生物群落的影响,特进行了2年油菜秸秆还田试验,并提取试验区土壤基因组DNA,利用真菌... 油菜是中国乃至世界重要的油料作物之一,油菜秸秆还田能改善土壤性质、提高土壤肥力,是农业废弃物综合利用的主要途径。文章为阐明油菜秸秆还田对土壤微生物群落的影响,特进行了2年油菜秸秆还田试验,并提取试验区土壤基因组DNA,利用真菌18S核糖体RNA基因高通量测序方法,研究不同处理土壤真菌组成、结构和功能的变化。试验结果表明,油菜秸秆还田(SR)和对照(CK)处理高通量测序分别获得135824和100582条高质量序列,分别代表1129和964个OTUs,简并后得到1498个OTUs,其中595(35.6%)个为两处理共有。两处理OTU丰度分布较为均匀,但SR处理OTU种类较CK多。两处理真菌群落在门水平较为类似,均以子囊菌门丰度最高,其次为担子菌门和罗兹菌门,仅新丽鞭毛菌门只在CK中检出。在检出的212个属中,126个属(59.4%)为两处理共有,同CK比较,SR处理部分属丰度发生较大变化。Alpha多样性分析显示,SR处理真菌群落丰富度、均匀度、Shannon指数和Simpson指数均显著增加(P<0.1),而Beta多样性分析显示SR处理土壤真菌群落与对照显著不同(P<0.05)。同对照比较,SR处理21个属(8.7%)丰度发生显著性改变(P<0.1),包括核盘菌属在内的17个属显著增加,倍数变化(FC)在0.09~7.76之间,而源杯梗孢属等4个属丰度则显著下降,FC在-1.6^-5.3之间。SR处理中编码与纤维素分解相关酶的基因,包括纤维素分解酶、纤维二糖脱氢酶、葡聚糖1,3-beta-葡萄糖糖苷酶,其丰度在还田处理中有较大幅度增加,倍数变化在1.95~3.29之间,而与编码木质素分解酶相关基因,L-木酮糖还原酶基因丰度显著增加(P<0.05)、漆酶基因则小幅下降。综合结果表明,油菜秸秆还田有利于增加土壤真菌群落的丰度和多样性、促进土壤纤维素分解相关基因丰度增加,但土壤核盘菌数量也相应显著增加,提示有可能增加油菜菌核病发生风险。 展开更多

关键词 油菜秸秆还田 18S核糖体RNA基因高通量测序 核盘菌 油菜菌核病 alpha多样性 秸秆分解相关基因

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不同营养类型培养基番茄内生细菌群落结构研究 被引量：2

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作者 张泽宇 肖扬 +3 位作者 詹亚斌 魏雨泉 徐道清 李季 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第11期128-133,共6页

通过采用Biolog EcoPlate培养、16SrRNA基因高通量测序技术等方法研究不同培养基上植物内生细菌群落结构的组成差异,探究不同培养基等营养条件对番茄内生细菌群落结构的影响。结果表明:(1)4种培养基上生长的内生菌群在Biolog EcoPlate... 通过采用Biolog EcoPlate培养、16SrRNA基因高通量测序技术等方法研究不同培养基上植物内生细菌群落结构的组成差异,探究不同培养基等营养条件对番茄内生细菌群落结构的影响。结果表明:(1)4种培养基上生长的内生菌群在Biolog EcoPlate微平板培养96h后,菌群生长达到稳定期,且在牛肉膏蛋白胨(NA)培养基下菌群代谢活性较高。R2A培养基下菌群代谢活性较低。(2)番茄内生微生物组包括柠檬酸杆菌属(Citroebacteria)、芽孢杆菌属(Bacillus)、鞘脂单胞菌(Sphingbacterium)、布克氏菌属(Burkholderia)。(3)LB、TSA培养基分离到的内生菌多为芽孢杆菌属;在NA、R2A培养基中番茄内生菌组成多为柠檬酸杆菌、芽孢杆菌、鞘脂单胞菌、布克氏菌,为优势菌种。(4)NA培养基中番茄内生微生物组香农指数高于其他处理(P<0.05)差异;PCoA分析显示4种培养基中番茄内生细菌群落结构具有差异(P<0.05)。(5)网络分析发现NA、R2A培养基中番茄内生细菌微生物组模块化水平更高,而且网络拓扑性更高。(6)LEfSe分析发现,LB富集的物种为芽孢杆菌,NA培养基富集物种多为假单胞菌(Pseudomonas),R2A培养基富集物种多鞘脂单胞菌,TSA培养基富集物种多布克氏菌属。本研究通过高通量测序分析不同营养类型培养基对番茄内生微生物组群落结构的影响,对于生产中通过利用营养条件调控植物内生菌群群落结构组成及靶向筛选有益微生物具有重要的指导意义。 展开更多

关键词 培养基 营养条件 Biolog EcoPlate微平板 16SrRNA基因高通量测序 内生菌群

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