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西藏山羊高海拔适应性的选择信号筛选
被引量:
4
1
作者
金美林
陆健
+6 位作者
费晓娟
卢曾奎
权凯
储明星
狄冉
王慧华
魏彩虹
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第10期3214-3223,共10页
试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(...
试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(Fst)来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析(principal component analysis,PCA)和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析。结果显示,在3个群体中共鉴定出48358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离(Fst<0.05),西藏山羊的遗传分化程度(Fst=0.0376)明显高于新疆山羊(Fst=0.0256)、太行山羊(Fst=0.0257),表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化。通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因与高海拔适应性相关。这些基因主要富集在嘌呤代谢通路、代谢途径和HIF-1信号通路等。利用基因组SNP标记可以更全面地揭示西藏山羊高海拔适应性的选择进展,为种质资源的保护和利用提供重要参考。
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关键词
西藏山羊
高海拔适应性
低氧
选择信号
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职称材料
猕猴桃在黔西高海拔地区的适宜性和效益分析研究
被引量:
1
2
作者
周金忠
牟东岭
+3 位作者
郭萍
黄健华
周雯文
罗红卫
《农业与技术》
2020年第22期142-146,共5页
以黔西高海拔地区(平均海拔超过1000m)种植猕猴桃为例,采用高标准的基地建设方法,研究了当地猕猴桃适宜性和前4a所有的资金投入以及产出效益进行分析。结果表明,种植区域昼夜温差大、紫外光线强、雨量充沛等独特的气候条件,有利于果实...
以黔西高海拔地区(平均海拔超过1000m)种植猕猴桃为例,采用高标准的基地建设方法,研究了当地猕猴桃适宜性和前4a所有的资金投入以及产出效益进行分析。结果表明,种植区域昼夜温差大、紫外光线强、雨量充沛等独特的气候条件,有利于果实发育、糖分与次生代谢产物积累,是高品质猕猴桃最佳产区之一。在适宜种植猕猴桃的区域,分析投入产出率,第3年为98.68%,第4年为272.96%,该基地从第4年开始盈利。
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关键词
猕猴桃
黔西
高
海拔
适应性
效益分析
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职称材料
题名
西藏山羊高海拔适应性的选择信号筛选
被引量:
4
1
作者
金美林
陆健
费晓娟
卢曾奎
权凯
储明星
狄冉
王慧华
魏彩虹
机构
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
全国畜牧总站
中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所
河南牧业经济学院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第10期3214-3223,共10页
基金
国家肉羊产业技术体系项目(CARS-38)
国家自然科学基金项目(31672380)。
文摘
试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(Fst)来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析(principal component analysis,PCA)和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析。结果显示,在3个群体中共鉴定出48358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离(Fst<0.05),西藏山羊的遗传分化程度(Fst=0.0376)明显高于新疆山羊(Fst=0.0256)、太行山羊(Fst=0.0257),表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化。通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因与高海拔适应性相关。这些基因主要富集在嘌呤代谢通路、代谢途径和HIF-1信号通路等。利用基因组SNP标记可以更全面地揭示西藏山羊高海拔适应性的选择进展,为种质资源的保护和利用提供重要参考。
关键词
西藏山羊
高海拔适应性
低氧
选择信号
Keywords
Tibetan goats
high-altitude adaptation
hypoxic
selective signal
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
猕猴桃在黔西高海拔地区的适宜性和效益分析研究
被引量:
1
2
作者
周金忠
牟东岭
郭萍
黄健华
周雯文
罗红卫
机构
毕节市经济作物工作站
贵州省海子生态农业有限公司
出处
《农业与技术》
2020年第22期142-146,共5页
基金
毕节市农业科技项目“黔西猕猴桃提质增效关键技术及品牌提升研究”(项目编号:毕科合字[2017]34-3号)。
文摘
以黔西高海拔地区(平均海拔超过1000m)种植猕猴桃为例,采用高标准的基地建设方法,研究了当地猕猴桃适宜性和前4a所有的资金投入以及产出效益进行分析。结果表明,种植区域昼夜温差大、紫外光线强、雨量充沛等独特的气候条件,有利于果实发育、糖分与次生代谢产物积累,是高品质猕猴桃最佳产区之一。在适宜种植猕猴桃的区域,分析投入产出率,第3年为98.68%,第4年为272.96%,该基地从第4年开始盈利。
关键词
猕猴桃
黔西
高
海拔
适应性
效益分析
分类号
S663.4 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
西藏山羊高海拔适应性的选择信号筛选
金美林
陆健
费晓娟
卢曾奎
权凯
储明星
狄冉
王慧华
魏彩虹
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
猕猴桃在黔西高海拔地区的适宜性和效益分析研究
周金忠
牟东岭
郭萍
黄健华
周雯文
罗红卫
《农业与技术》
2020
1
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