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西藏山羊高海拔适应性的选择信号筛选 被引量:4
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作者 金美林 陆健 +6 位作者 费晓娟 卢曾奎 权凯 储明星 狄冉 王慧华 魏彩虹 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第10期3214-3223,共10页
试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(... 试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(Fst)来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析(principal component analysis,PCA)和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析。结果显示,在3个群体中共鉴定出48358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离(Fst<0.05),西藏山羊的遗传分化程度(Fst=0.0376)明显高于新疆山羊(Fst=0.0256)、太行山羊(Fst=0.0257),表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化。通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因与高海拔适应性相关。这些基因主要富集在嘌呤代谢通路、代谢途径和HIF-1信号通路等。利用基因组SNP标记可以更全面地揭示西藏山羊高海拔适应性的选择进展,为种质资源的保护和利用提供重要参考。 展开更多
关键词 西藏山羊 高海拔适应性 低氧 选择信号
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猕猴桃在黔西高海拔地区的适宜性和效益分析研究 被引量:1
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作者 周金忠 牟东岭 +3 位作者 郭萍 黄健华 周雯文 罗红卫 《农业与技术》 2020年第22期142-146,共5页
以黔西高海拔地区(平均海拔超过1000m)种植猕猴桃为例,采用高标准的基地建设方法,研究了当地猕猴桃适宜性和前4a所有的资金投入以及产出效益进行分析。结果表明,种植区域昼夜温差大、紫外光线强、雨量充沛等独特的气候条件,有利于果实... 以黔西高海拔地区(平均海拔超过1000m)种植猕猴桃为例,采用高标准的基地建设方法,研究了当地猕猴桃适宜性和前4a所有的资金投入以及产出效益进行分析。结果表明,种植区域昼夜温差大、紫外光线强、雨量充沛等独特的气候条件,有利于果实发育、糖分与次生代谢产物积累,是高品质猕猴桃最佳产区之一。在适宜种植猕猴桃的区域,分析投入产出率,第3年为98.68%,第4年为272.96%,该基地从第4年开始盈利。 展开更多
关键词 猕猴桃 黔西 海拔 适应性 效益分析
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