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基于全基因组选择的长牡蛎肥满度分布参数预测方法
被引量：
1
1
作者
董青原
曹隽喆
+3 位作者
张国范
李莉
刘圣
顾宏
《大连理工大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期94-99,共6页
全基因组选择是一种用于改良动植物育种群体中数量性状的方法,通过使用覆盖整个基因组的分子标记信息对复杂性状进行预测,从而帮助筛选出更适合培育的亲本.基于长牡蛎的单核苷酸多态性(SNP)位点信息,提出了一种预测长牡蛎肥满度分布参...
全基因组选择是一种用于改良动植物育种群体中数量性状的方法,通过使用覆盖整个基因组的分子标记信息对复杂性状进行预测,从而帮助筛选出更适合培育的亲本.基于长牡蛎的单核苷酸多态性(SNP)位点信息,提出了一种预测长牡蛎肥满度分布参数的全基因组选择的新方法.首先,采用一种基于不同评价准则的二次特征选择方法,挑选与肥满度相关性较高的SNP位点;其次,利用所挑选的SNP位点信息构建具有正则化项的高斯通用加性模型对每个长牡蛎样本肥满度分布参数进行预测;最后,在长牡蛎数据上将所提方法和一些现有方法进行了验证比较.实验结果表明,所提方法具有更好的拟合精度和更低的均方误差,并能对样本性状稳定性进行有效的评估.
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关键词
全基因组选择
单核苷酸多态
性
二次特征选择
高斯通用加性模型
长牡蛎
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职称材料
题名
基于全基因组选择的长牡蛎肥满度分布参数预测方法
被引量：
1
1
作者
董青原
曹隽喆
张国范
李莉
刘圣
顾宏
机构
大连理工大学工业装备智能控制与优化教育部重点实验室
大连理工大学控制科学与工程学院
中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室
出处
《大连理工大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期94-99,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(61502074)
文摘
全基因组选择是一种用于改良动植物育种群体中数量性状的方法,通过使用覆盖整个基因组的分子标记信息对复杂性状进行预测,从而帮助筛选出更适合培育的亲本.基于长牡蛎的单核苷酸多态性(SNP)位点信息,提出了一种预测长牡蛎肥满度分布参数的全基因组选择的新方法.首先,采用一种基于不同评价准则的二次特征选择方法,挑选与肥满度相关性较高的SNP位点;其次,利用所挑选的SNP位点信息构建具有正则化项的高斯通用加性模型对每个长牡蛎样本肥满度分布参数进行预测;最后,在长牡蛎数据上将所提方法和一些现有方法进行了验证比较.实验结果表明,所提方法具有更好的拟合精度和更低的均方误差,并能对样本性状稳定性进行有效的评估.
关键词
全基因组选择
单核苷酸多态
性
二次特征选择
高斯通用加性模型
长牡蛎
Keywords
genomic selection
single nucleotide polymorphism (SNP)
two-stepwise feature selection
Gaussian generalized additive models
Crassostrea gigas
分类号
Q-31 [生物学]
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于全基因组选择的长牡蛎肥满度分布参数预测方法
董青原
曹隽喆
张国范
李莉
刘圣
顾宏
《大连理工大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
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