利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能...利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。展开更多
饱和荧光染料、未标记探针与实时荧光PCR结合产生的高分辨率熔解曲线(HRM)是一种新的实时定量技术,在检测速度、灵敏度和准确性上具有突出的优点,近几年来在突变扫描、DNA甲基化和基因分型等医学检测中发展迅速。就HRM的原理、应用以及...饱和荧光染料、未标记探针与实时荧光PCR结合产生的高分辨率熔解曲线(HRM)是一种新的实时定量技术,在检测速度、灵敏度和准确性上具有突出的优点,近几年来在突变扫描、DNA甲基化和基因分型等医学检测中发展迅速。就HRM的原理、应用以及在HRM基础上发展起来的未标记探针(un lab led probe)HMR、弹回探针(snap probe)HMR技术作一介绍。展开更多
目的用高分辨率溶解曲线法分离鉴定包装饮用水和天然矿泉水中的铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。方法本研究以假单胞菌16S rDNA为靶基因,采用高分辨率熔解曲线的方法,利用一对引物同时鉴别铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。结果Tm值在83℃~84...目的用高分辨率溶解曲线法分离鉴定包装饮用水和天然矿泉水中的铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。方法本研究以假单胞菌16S rDNA为靶基因,采用高分辨率熔解曲线的方法,利用一对引物同时鉴别铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。结果Tm值在83℃~84℃出现熔解峰为恶臭假单胞菌,Tm值在84℃~85℃出现熔解峰为铜绿假单胞菌。通过对梯度含量的假单胞菌标准菌株DNA和多种真菌细菌的DNA进行高分辨率熔解曲线检测,显示该方法对其他12种非目标菌无交叉反应,检测限分别为41个拷贝数和48个拷贝数。结论HRM-Real time PCR检测体系可通过一对引物对上述2种假单胞菌进行有效的鉴别与区分,且具有良好的特异性和灵敏度。该方法可用于包装饮用水和天然矿泉水的日常检测中,为假单胞菌的快速检测提供了新方法。展开更多
文摘利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。
文摘饱和荧光染料、未标记探针与实时荧光PCR结合产生的高分辨率熔解曲线(HRM)是一种新的实时定量技术,在检测速度、灵敏度和准确性上具有突出的优点,近几年来在突变扫描、DNA甲基化和基因分型等医学检测中发展迅速。就HRM的原理、应用以及在HRM基础上发展起来的未标记探针(un lab led probe)HMR、弹回探针(snap probe)HMR技术作一介绍。
基金The National Basic Research Program of China(973 Program)(2010CB126402)the National Natural Science Foundation of China(40730845,41206149)+2 种基金National High Technology Research and Development Program(863 program,2012AA10A405)the earmarked fund for Modern Agro-industry Technology Research SystemTaishan Scholar Program of Shandong and Taishan Scholars Climb Program of Shandong
文摘目的用高分辨率溶解曲线法分离鉴定包装饮用水和天然矿泉水中的铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。方法本研究以假单胞菌16S rDNA为靶基因,采用高分辨率熔解曲线的方法,利用一对引物同时鉴别铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。结果Tm值在83℃~84℃出现熔解峰为恶臭假单胞菌,Tm值在84℃~85℃出现熔解峰为铜绿假单胞菌。通过对梯度含量的假单胞菌标准菌株DNA和多种真菌细菌的DNA进行高分辨率熔解曲线检测,显示该方法对其他12种非目标菌无交叉反应,检测限分别为41个拷贝数和48个拷贝数。结论HRM-Real time PCR检测体系可通过一对引物对上述2种假单胞菌进行有效的鉴别与区分,且具有良好的特异性和灵敏度。该方法可用于包装饮用水和天然矿泉水的日常检测中,为假单胞菌的快速检测提供了新方法。
