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高分辨率溶解曲线分析技术在大豆Ecotilling中的应用 被引量:8
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作者 焦丽 刘相国 +3 位作者 杨春明 王虎义 郝东云 王庆钰 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期843-846,850,共5页
将高分辨率溶解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术运用在大豆Ecotilling中,对256份栽培大豆的大豆异黄酮合酶基因(IFS1)的外显子区域进行SNP筛查,并采用直接测序的方法对HRM检测结果进行验证。结果表明:模板均一化后的检测效果较... 将高分辨率溶解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术运用在大豆Ecotilling中,对256份栽培大豆的大豆异黄酮合酶基因(IFS1)的外显子区域进行SNP筛查,并采用直接测序的方法对HRM检测结果进行验证。结果表明:模板均一化后的检测效果较未均一化的检测效果差异显著,野生型样本与待测样本按1∶1及1∶4比例混样溶解曲线阈值较高,其中1∶4混样适合高通量检测。HRM对IFS1基因外显子区域的检测结果与PCR产物测序的结果比对显示,对IFS1第5段外显子和第7段外显子检测的准确率分别达到91.2%和100%,表明该研究利用HRM技术建立的栽培大豆的Ecotilling技术体系是一种高灵敏度、高通量和低成本检测SNP的新方法。 展开更多
关键词 大豆 高分辨率溶解曲线分析技术 Ecotilling SNP
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高分辨率融解曲线技术检测冠心病患者IL-1β和IL-1Ra基因多态性 被引量:8
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作者 齐晓明 白锋 +3 位作者 尤崇革 郭心灵 石磊 呼志斌 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期816-820,共5页
目的为探讨白细胞介素1β(IL-1β)和白细胞介素1受体拮抗剂(IL-IRa)基因单核苷酸多态性(SNP)与冠心病(CHD)易感及其血清学指标的相关性,应用高分辨率融解曲线分析(HRM)技术建立IL-1β和IL-1Ra基因SNP的分子诊断方法。方法建... 目的为探讨白细胞介素1β(IL-1β)和白细胞介素1受体拮抗剂(IL-IRa)基因单核苷酸多态性(SNP)与冠心病(CHD)易感及其血清学指标的相关性,应用高分辨率融解曲线分析(HRM)技术建立IL-1β和IL-1Ra基因SNP的分子诊断方法。方法建立IL-1B-511C〉T、IL-1β-31C〉T、IL-1β+3954C〉T和IL-1RNT〉C这4个SNP位点的PCR-HRM检测方法,对260例CHD患者和274例健康对照进行比较研究,分析其与CHD易感及血清学指标的关系。结果上述4个SNP位点未发现与CHD易感有统计学差异,性别分层后发现男性IL-1β.31C〉T位点和女性IL-1β+3954C〉T位点的等位基因频率,在病例组和对照组间存在差异;单倍型分析发现IL-1β-511T/IL-1β-31C/IL-1β+3954C/IL-1RNT(TCCT)单倍型增加CHD发病风险(OR=1.217,95%CI:0.950—1.559,P=0.123),CTCC和玳T单倍型降低cHD发病风险(OR=0.612,95%CI:0.376~0.994,P=0.046;OR=0.365,95%CI:0.154~0.862,P=0.017);病例组血清学指标的相关性分析未发现其与SNP位点之间有关联性。结论应用HRM技术建立的4个SNP位点PCR—HRM检测方法经测序验证和临床标本检测均能正确基因分型,实现了快速基因分型的均相检测。IL-1β-31C〉T、IL-1β+3954C〉T位点和单倍型CTCC和TTCT与中国兰州地区汉族人群CHD易感性有关。 展开更多
关键词 高分辨率融解曲线分析技术 白细胞介素1Β 白细胞介素1受体拮抗剂 单核苷酸多态性 冠心病
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137例上海地区出生新生儿家系G6PD基因突变分析 被引量:13
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作者 许洪平 王燕敏 田国力 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期833-836,共4页
目的了解上海地区出生的新生儿及其家系葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症基因突变特点,探讨该病的发病机制,提高诊断水平。方法用高分辨率熔解曲线分析(HRM)技术对中国人常见的突变类型G1388A、G1376T、A95G、G392T、G871A、C1311T、C10... 目的了解上海地区出生的新生儿及其家系葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症基因突变特点,探讨该病的发病机制,提高诊断水平。方法用高分辨率熔解曲线分析(HRM)技术对中国人常见的突变类型G1388A、G1376T、A95G、G392T、G871A、C1311T、C1024T、C406T进行分析鉴定。结果 137例新生儿的家系中258例患者有213例检出突变类型,45例未检出突变类型。单个位点突变184例,G1376T,66例(30.9%);G1388A,64例(30%);A95G,25例(11.7%);C1024T,16例(7.5%);G392T,10例(4.7%);C406T,3例(1.4%)。复合位点突变共29例,G871A+C1311T+IVS11 93T→C,10例(4.7%);G1376T+IVS11 93T→C,7例(3.3%);C1311T+IVS11 93T→C,5例(2.3%);C406T+C1311T,2例(0.9%);G1388A+IVS11 93T→C,2例(0.9%);G1376T+C1311T+IVS11 93T→C,1例(0.5%);A95G+C1311T+IVS11 93T→C,1例(0.5%);C1024T+IVS11 93T→C,1例(0.5%)。结论随着外来人口的流入和通婚的增多,上海地区的G6PD基因突变也在发生变化,基因诊断是对该病分子水平的诊断,有利于杂合子的检测,以便做好产前筛查,同时对研究人口迁徙与遗传病分布之间的关系有一定意义。 展开更多
关键词 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症 基因突变 高分辨率熔解曲线分析技术
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沃尔什函数薄层评价技术在乌南油田中的应用 被引量:7
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作者 杨思通 孙建孟 +1 位作者 李玉泉 张振城 《石油物探》 EI CSCD 2005年第2期150-153,共4页
青海乌南油田普遍发育厚度仅为几十cm的薄储层,这些薄储层和泥岩夹层形成了砂泥岩互层。乌南油田 老测井资料多为分辨率较低的常规测井资料,评价薄层困难,为此,提出了沃尔什函数薄层评价技术。介绍了沃 尔什函数在测井曲线薄层分析中应... 青海乌南油田普遍发育厚度仅为几十cm的薄储层,这些薄储层和泥岩夹层形成了砂泥岩互层。乌南油田 老测井资料多为分辨率较低的常规测井资料,评价薄层困难,为此,提出了沃尔什函数薄层评价技术。介绍了沃 尔什函数在测井曲线薄层分析中应用的理论依据,并利用沃尔什函数薄层评价技术对乌南油田7口井的测井资 料进行了处理,处理后的测井曲线与高分辨率测井中的微电位曲线有较好的匹配关系,分辨率得到了提高。最 终结果与实际地质情况较吻合。 展开更多
关键词 沃尔什函数 乌南油田 评价技术 应用 常规测井资料 测井曲线 薄层分析 匹配关系 高分辨率 地质情况 薄储层 砂泥岩
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基于HRM技术的大白菜InDel标记高效检测技术构建及其应用 被引量:4
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作者 张志刚 司立英 +4 位作者 赵智中 王荣花 王立华 李巧云 刘栓桃 《山东农业科学》 2018年第10期128-133,共6页
高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)分析技术是基于核酸小片段之间的GC含量差异而导致双链核酸解链温度差异的一门检测技术,更多地被用于特定类型的单碱基突变筛查,很少见用于插入/缺失突变的检测。本研究从前期鉴定的可以... 高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)分析技术是基于核酸小片段之间的GC含量差异而导致双链核酸解链温度差异的一门检测技术,更多地被用于特定类型的单碱基突变筛查,很少见用于插入/缺失突变的检测。本研究从前期鉴定的可以有效区分大白菜自交系He102与06-247的593对多态性InDel引物中筛选到271对特异性好、呈共显性分布的InDel引物,采用软件TMUtility_1.5预测了差异目标片段的熔解温度(Tm)值,发现63对标记的Tm差值满足HRM分型的灵敏度(差值绝对值≥0.2℃)要求,进一步采用梯度PCR技术对上述63对引物进行PCR扩增和HRM分型,从中鉴定出20对适宜进行HRM分型的InDel标记。构建了适宜LightScanner-96高分辨率熔解曲线分析仪分析的高效检测体系,并在大白菜种质基因型精准鉴定、杂交种纯度高效鉴定方面得到成功应用。本研究开发的适宜HRM分型的InDel标记还可以作为一种标记储备用于构建遗传连锁图谱和DNA指纹图谱、鉴定杂交种纯度和真实性、关联分析、分子标记辅助育种等。基于此构建的高通量检测方法也为其它动植物材料InDel标记的高通量检测和应用提供借鉴。 展开更多
关键词 大白菜 插入/缺失标记 高分辨率熔解曲线分析 高效检测技术
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