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基于转录组测序的楚雄腮扁叶蜂飞行肌蛋白及飞行能量代谢相关酶挖掘
被引量：
2
1
作者
俞虹
高波
+2 位作者
徐进
刘建宏
李永和
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2023年第5期1333-1346,共14页
本研究旨在阐明楚雄腮扁叶蜂Cephalcia chuxiongica Xiao飞行肌结构蛋白及飞行能量代谢相关酶基因信息。首先采用电镜技术对楚雄腮扁叶蜂飞行肌进行了观察,结果表明,肌原纤维(由粗丝和细丝组成,其数量比例为1∶3)是飞行肌的基本成分,肌...
本研究旨在阐明楚雄腮扁叶蜂Cephalcia chuxiongica Xiao飞行肌结构蛋白及飞行能量代谢相关酶基因信息。首先采用电镜技术对楚雄腮扁叶蜂飞行肌进行了观察,结果表明,肌原纤维(由粗丝和细丝组成,其数量比例为1∶3)是飞行肌的基本成分,肌原纤维横切面平均面积为0.771±0.042μm^(2),肌节平均长度为2.698±0.116μm。进一步通过飞行肌转录组分析,共筛选到11大类飞行肌结构蛋白,其中肌球蛋白(Myosin)和肌动蛋白(Actin)的转录本数较多,分别为127个和54个。发现1个飞行蛋白Flightin编码基因(可编码一个长152 aa的蛋白),在该蛋白中检测到6个模体结构(Motif),膜翅目昆虫中在Motif 1的一些位点上其氨基酸类型表现出明显的特异性。在楚雄腮扁叶蜂中筛选到了25个飞行能量代谢关键酶编码基因,并基于这些酶构建了三条飞行能量代谢途径,即糖酵解(涉及15种酶)、脂肪氧化(涉及6种酶)和脯氨酸氧化(涉及4种酶)。在楚雄腮扁叶蜂中发现4个3-磷酸甘油脱氢酶GPDH异构体,但并未在这些异构体中找到类似果蝇飞行肌GPDH异构体所具有的特异C端三联肽(QNL),表明GPDH的进化存在物种特异性。
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关键词
楚雄腮扁叶蜂
飞行
肌显微结构
飞行
肌结构蛋白
能量
代谢
酶
飞行能量代谢
途径
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职称材料
基于斜纹夜蛾胸部转录组的飞行肌蛋白及能量代谢酶基因分析
2
作者
张焱
付艳
+2 位作者
孙和伟
徐进
付文
《生物安全学报(中英文)》
北大核心
2025年第3期282-294,共13页
【目的】斜纹夜蛾为远距离迁飞性害虫,本研究旨在阐明与其迁飞行为相关的物质基础和能量代谢调控机制。【方法】基于成虫胸部组织转录组测序及基因功能注释等分析,对斜纹夜蛾飞行肌结构蛋白、能量代谢途径及关键酶进行解析。【结果】在...
【目的】斜纹夜蛾为远距离迁飞性害虫,本研究旨在阐明与其迁飞行为相关的物质基础和能量代谢调控机制。【方法】基于成虫胸部组织转录组测序及基因功能注释等分析,对斜纹夜蛾飞行肌结构蛋白、能量代谢途径及关键酶进行解析。【结果】在斜纹夜蛾中注释到10个不同的飞行肌结构蛋白家族,其中,肌球蛋白和肌动蛋白的转录本数量较大,分别达到29和43个。此外,还找到1个flightin(飞行蛋白)编码基因,并在该蛋白中检测到6个特定基序,其中基序1在鳞翅目昆虫特定位点上展现出独特的氨基酸特性。还注释到了33个斜纹夜蛾飞行能量代谢关键酶基因,并据此构建了3条可能的飞行能量代谢途径,包括糖酵解途径(涉及15种酶)、脂肪酸β-氧化途径(7种酶)和脯氨酸氧化途径(4种酶),这3条途径的产物最终进入三羧酸循环(TCA循环)(7种酶)并产生能量。同时还注释到2种3-磷酸甘油脱氢酶(GPDH)异构体。黑腹果蝇飞行肌中GPDH异构体存在特异的C-末端三肽,但斜纹夜蛾等鳞翅目昆虫的GPDH异构体存在保守的C-末端四肽,表明GPDH的进化具有物种特异性。【结论】本研究为斜纹夜蛾飞行肌结构蛋白和能量代谢机制的解析提供了基础数据,并为迁飞性害虫的防控提供了分子信息。
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关键词
斜纹夜蛾
飞行
肌蛋白
能量
代谢
酶
飞行能量代谢
途径
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职称材料
北京雨燕心脏、肺脏、肌肉和血液转录组比较分析
3
作者
马春湘
张昌盛
+3 位作者
刘燕
田恒玖
洪锦旋
董玉兰
《野生动物学报》
北大核心
2025年第1期143-152,共10页
为进一步丰富北京雨燕(Apus apus pekinensis)基因组数据,采用Illumina NovaSeq6000测序平台对其肌肉、肺脏、心脏及血液转录组进行测序。结果显示:经质控后得到32.80 Gb的clean data数据,通过Trinity组装后,运用生物信息学方法与相关...
为进一步丰富北京雨燕(Apus apus pekinensis)基因组数据,采用Illumina NovaSeq6000测序平台对其肌肉、肺脏、心脏及血液转录组进行测序。结果显示:经质控后得到32.80 Gb的clean data数据,通过Trinity组装后,运用生物信息学方法与相关数据库比对,得到15295个(71.3%)有功能注释的unigenes。使用StringTie软件对mapped reads进行拼接后与参考基因组比对,共发掘6700个新基因。共13869条unigenes在GO数据库中获得注释,分类到3大类45个功能;有10451条unigenes被归纳到KOG数据库25个直系同源功能类型;有13339条unigenes在KEGG得到6大类50小类代谢通路注释。各个组织间差异基因分析显示,肺脏基因表达量数目最多,血液和肌肉差异表达基因数目最多,达5281个,肺脏和血液差异表达基因数目最少,仅249个,分析结果有助于进一步了解雨燕在飞行中的器官功能和代谢调控。研究结果为进一步挖掘雨燕功能基因、分析群体遗传多样性以及探究雨燕能量代谢等方面研究提供参考资料。
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关键词
北京雨燕
心脏
肺脏
肌肉
转录组
飞行能量代谢
基因组学
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职称材料
题名
基于转录组测序的楚雄腮扁叶蜂飞行肌蛋白及飞行能量代谢相关酶挖掘
被引量：
2
1
作者
俞虹
高波
徐进
刘建宏
李永和
机构
西南林业大学云南生物多样性研究院
西南林业大学云南省高原湿地保护修复与生态服务重点实验室
四川轻化工大学生物工程学院
出处
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2023年第5期1333-1346,共14页
基金
云南省农业基础研究联合专项重点项目(2018FG001-002)
云南省基础研究重点项目(202201AS070025)。
文摘
本研究旨在阐明楚雄腮扁叶蜂Cephalcia chuxiongica Xiao飞行肌结构蛋白及飞行能量代谢相关酶基因信息。首先采用电镜技术对楚雄腮扁叶蜂飞行肌进行了观察,结果表明,肌原纤维(由粗丝和细丝组成,其数量比例为1∶3)是飞行肌的基本成分,肌原纤维横切面平均面积为0.771±0.042μm^(2),肌节平均长度为2.698±0.116μm。进一步通过飞行肌转录组分析,共筛选到11大类飞行肌结构蛋白,其中肌球蛋白(Myosin)和肌动蛋白(Actin)的转录本数较多,分别为127个和54个。发现1个飞行蛋白Flightin编码基因(可编码一个长152 aa的蛋白),在该蛋白中检测到6个模体结构(Motif),膜翅目昆虫中在Motif 1的一些位点上其氨基酸类型表现出明显的特异性。在楚雄腮扁叶蜂中筛选到了25个飞行能量代谢关键酶编码基因,并基于这些酶构建了三条飞行能量代谢途径,即糖酵解(涉及15种酶)、脂肪氧化(涉及6种酶)和脯氨酸氧化(涉及4种酶)。在楚雄腮扁叶蜂中发现4个3-磷酸甘油脱氢酶GPDH异构体,但并未在这些异构体中找到类似果蝇飞行肌GPDH异构体所具有的特异C端三联肽(QNL),表明GPDH的进化存在物种特异性。
关键词
楚雄腮扁叶蜂
飞行
肌显微结构
飞行
肌结构蛋白
能量
代谢
酶
飞行能量代谢
途径
Keywords
Cephalcia chuxiongica
flight muscle microstructure
flight muscle structural proteins
energy metabolism enzymes
flight energy metabolism pathways
分类号
Q963 [生物学—昆虫学]
S433 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
基于斜纹夜蛾胸部转录组的飞行肌蛋白及能量代谢酶基因分析
2
作者
张焱
付艳
孙和伟
徐进
付文
机构
西南林业大学云南省森林灾害预警与控制重点实验室
云南省高原湿地保护修复与生态服务重点实验室
云南省植保植检站
出处
《生物安全学报(中英文)》
北大核心
2025年第3期282-294,共13页
基金
云南省基础研究重点项目(202201AS070025)
云南省重点领域科技计划项目(202001BB050002)
云南盘龙特色林果科技小院项目。
文摘
【目的】斜纹夜蛾为远距离迁飞性害虫,本研究旨在阐明与其迁飞行为相关的物质基础和能量代谢调控机制。【方法】基于成虫胸部组织转录组测序及基因功能注释等分析,对斜纹夜蛾飞行肌结构蛋白、能量代谢途径及关键酶进行解析。【结果】在斜纹夜蛾中注释到10个不同的飞行肌结构蛋白家族,其中,肌球蛋白和肌动蛋白的转录本数量较大,分别达到29和43个。此外,还找到1个flightin(飞行蛋白)编码基因,并在该蛋白中检测到6个特定基序,其中基序1在鳞翅目昆虫特定位点上展现出独特的氨基酸特性。还注释到了33个斜纹夜蛾飞行能量代谢关键酶基因,并据此构建了3条可能的飞行能量代谢途径,包括糖酵解途径(涉及15种酶)、脂肪酸β-氧化途径(7种酶)和脯氨酸氧化途径(4种酶),这3条途径的产物最终进入三羧酸循环(TCA循环)(7种酶)并产生能量。同时还注释到2种3-磷酸甘油脱氢酶(GPDH)异构体。黑腹果蝇飞行肌中GPDH异构体存在特异的C-末端三肽,但斜纹夜蛾等鳞翅目昆虫的GPDH异构体存在保守的C-末端四肽,表明GPDH的进化具有物种特异性。【结论】本研究为斜纹夜蛾飞行肌结构蛋白和能量代谢机制的解析提供了基础数据,并为迁飞性害虫的防控提供了分子信息。
关键词
斜纹夜蛾
飞行
肌蛋白
能量
代谢
酶
飞行能量代谢
途径
Keywords
Spodoptera litura
flight muscle structural proteins
energy metabolism enzymes
flight energy metabolism pathways
分类号
Q966 [生物学—昆虫学]
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职称材料
题名
北京雨燕心脏、肺脏、肌肉和血液转录组比较分析
3
作者
马春湘
张昌盛
刘燕
田恒玖
洪锦旋
董玉兰
机构
中国农业大学动物医学院
国家自然博物馆
北京动物园管理处
北京市野生动物救护中心
出处
《野生动物学报》
北大核心
2025年第1期143-152,共10页
基金
北京市政府资助项目。
文摘
为进一步丰富北京雨燕(Apus apus pekinensis)基因组数据,采用Illumina NovaSeq6000测序平台对其肌肉、肺脏、心脏及血液转录组进行测序。结果显示:经质控后得到32.80 Gb的clean data数据,通过Trinity组装后,运用生物信息学方法与相关数据库比对,得到15295个(71.3%)有功能注释的unigenes。使用StringTie软件对mapped reads进行拼接后与参考基因组比对,共发掘6700个新基因。共13869条unigenes在GO数据库中获得注释,分类到3大类45个功能;有10451条unigenes被归纳到KOG数据库25个直系同源功能类型;有13339条unigenes在KEGG得到6大类50小类代谢通路注释。各个组织间差异基因分析显示,肺脏基因表达量数目最多,血液和肌肉差异表达基因数目最多,达5281个,肺脏和血液差异表达基因数目最少,仅249个,分析结果有助于进一步了解雨燕在飞行中的器官功能和代谢调控。研究结果为进一步挖掘雨燕功能基因、分析群体遗传多样性以及探究雨燕能量代谢等方面研究提供参考资料。
关键词
北京雨燕
心脏
肺脏
肌肉
转录组
飞行能量代谢
基因组学
Keywords
Beijing swift(Apus apus pe⁃kinensis)
Heart
Lung
Muscle
Transcriptome
Flight energy metabolism
Genomics
分类号
Q953 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组测序的楚雄腮扁叶蜂飞行肌蛋白及飞行能量代谢相关酶挖掘
俞虹
高波
徐进
刘建宏
李永和
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2023
2
在线阅读
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职称材料
2
基于斜纹夜蛾胸部转录组的飞行肌蛋白及能量代谢酶基因分析
张焱
付艳
孙和伟
徐进
付文
《生物安全学报(中英文)》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
3
北京雨燕心脏、肺脏、肌肉和血液转录组比较分析
马春湘
张昌盛
刘燕
田恒玖
洪锦旋
董玉兰
《野生动物学报》
北大核心
2025
0
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职称材料
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