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单颗粒重构软件EMAN算法分析与高效并行实现: 1; 作者樊莉亚张法 +1 位作者王功明刘志勇《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2010年第12期2165-2176,共12页; 单颗粒重构技术是确定大分子三维结构的重要手段之一.近年来,由于其本身独有的一些优点,单颗粒重构技术受到越来越广泛的关注.然而其处理过程极其耗时,并且缺少高效的并行实现,极大地限制了该技术的应用.对当今使用最广泛的单颗粒重构软... 展开更多; 关键词生物信息并行计算调度算法 EMAN 单颗粒重构; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于小波包变换的冷冻电镜单颗粒重构局域滤波算法被引量：1: 2; 作者赵赫李雪明沈渊《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期282-287,共6页; 冷冻电镜技术和单颗粒重构算法是获取生物大分子结构的重要方法。对于许多具有局部柔性结构的生物大分子,其重构密度图中柔性区域的重构信噪比会低于其它较为稳定的区域。本文利用小波包变换的时频局部分析能力,定义了一种能够反映重构... 展开更多; 关键词冷冻电镜单颗粒重构小波包变换局域滤波; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于轮廓提取和自适应单元分解的水泥颗粒三维重构被引量：7: 3; 作者王亚楠杨波赵秀阳《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第1期152-157,共6页; 为了得到真实的水泥颗粒初始水化演化模型,提出一种基于轮廓的重构方法和多层次单元分解(MPU)重构方法相结合的水泥颗粒重构方法.首先引入权重函数将提取轮廓的测地线/几何动态轮廓模型和无边缘动态轮廓模型结合到一起,利用动态轮廓模... 展开更多; 关键词颗粒重构轮廓提取全局最小化多层次单元分解方法; 在线阅读下载PDF 职称材料

E.coli SecA的单颗粒三维重构: 4; 作者潘锡江陈勇隋森芳《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期343-343,共1页; 关键词蛋白质单颗粒三维重构透射电子显微镜结构解析 SeeA蛋白; 在线阅读下载PDF 职称材料

分辨率革命——冷冻电子显微学在结构生物学研究中的进展被引量：1: 5; 作者陈振国徐彦辉《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期799-805,共7页; 冷冻电子显微学具有悠久的历史,近年来随着硬件设备的革命性技术突破和软件算法方面技术发展,已经成为结构生物学领域最为重要的研究方法,也代表了未来的发展方向。其中,单颗粒三维结构重构法在最近的几年发展迅速,极大地拓展了研究方... 展开更多; 关键词冷冻电子显微学结构生物学单颗粒重构; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名单颗粒重构软件EMAN算法分析与高效并行实现: 1; 作者樊莉亚张法王功明刘志勇; 机构中国科学院计算技术研究所中国科学院研究生院; 出处《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2010年第12期2165-2176,共12页; 基金国家自然科学基金项目(90612019 60752001 +2 种基金 60736012 60503060) 中国科学院知识创新工程基金项目(KGGX1-YW-13); 文摘单颗粒重构技术是确定大分子三维结构的重要手段之一.近年来,由于其本身独有的一些优点,单颗粒重构技术受到越来越广泛的关注.然而其处理过程极其耗时,并且缺少高效的并行实现,极大地限制了该技术的应用.对当今使用最广泛的单颗粒重构软件EMAN进行了性能优化及并行加速.通过分析各部分的具体算法,发现其中最核心的问题是如何在低通信开销的前提下实现负载平衡.针对这一问题,提出了自适应动态调度算法.该算法不仅适合于EMAN,同样适合于其他类似的独立任务调度问题.实际运行结果表明,经过优化的串行程序运行时间减少11.50%.由于采用了自适应动态调度算法,提供的并行实现比EMAN自带的实现具有更高的加速比,其中最耗时的分类操作加速比接近线性.在16个处理器核上的总体并行效率比EMAN自带的并行实现高29.8%.因此,提供的并行实现可有效利用计算资源,显著缩短单颗粒重构所需时间.; 关键词生物信息并行计算调度算法 EMAN 单颗粒重构; Keywords bioinformation parallel computing scheduling algorithm EMAN single particle reconstruction; 分类号 TP311.56 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于小波包变换的冷冻电镜单颗粒重构局域滤波算法被引量：1: 2; 作者赵赫李雪明沈渊; 机构清华大学电子工程系清华大学生命科学学院; 出处《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期282-287,共6页; 基金国家自然科学基金优青项目(No.31722015).; 文摘冷冻电镜技术和单颗粒重构算法是获取生物大分子结构的重要方法。对于许多具有局部柔性结构的生物大分子,其重构密度图中柔性区域的重构信噪比会低于其它较为稳定的区域。本文利用小波包变换的时频局部分析能力,定义了一种能够反映重构密度图局域信噪比的指标--小波邻域相关系数,并提出了一种以小波邻域相关系数作为门限准则的局域滤波算法。实验表明该算法在GspD蛋白质重构上有良好效果,能够将分辨率从0.30 nm提高到0.29 nm。; 关键词冷冻电镜单颗粒重构小波包变换局域滤波; Keywords cryo-electron microscopy(cryo-EM) single particle reconstruction wavelet packet transform local filter; 分类号 TP391.41 [自动化与计算机技术—计算机应用技术] Q336 [生物学—遗传学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于轮廓提取和自适应单元分解的水泥颗粒三维重构被引量：7: 3; 作者王亚楠杨波赵秀阳; 机构济南大学信息科学与工程学院山东大学计算机科学与技术学院; 出处《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第1期152-157,共6页; 基金国家自然科学基金(60873089) 山东省自然科学杰出青年基金(JQ200820) +1 种基金山东省博士基金(2007BS04018) 山东教育厅科技项目(J07YJ23); 文摘为了得到真实的水泥颗粒初始水化演化模型,提出一种基于轮廓的重构方法和多层次单元分解(MPU)重构方法相结合的水泥颗粒重构方法.首先引入权重函数将提取轮廓的测地线/几何动态轮廓模型和无边缘动态轮廓模型结合到一起,利用动态轮廓模型快速全局最小化方法提取颗粒轮廓,并采用最大类间方差求出边缘阈值,提取出水泥颗粒精确的边缘轮廓线;然后使用平面拟合方法将其转化为带有"法矢"的三维空间点;最后采用改进的MPU方法重构出光顺的三维水泥颗粒.实验结果表明,文中方法比目前水泥材料领域已有的重构方法简单易行,重构效果理想.; 关键词颗粒重构轮廓提取全局最小化多层次单元分解方法; Keywords particle reconstruction contour extraction global minimization multi-level partitioning of unity; 分类号 TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名E.coli SecA的单颗粒三维重构: 4; 作者潘锡江陈勇隋森芳; 机构清华大学生物科学与技术系生物膜与膜生物工程国家重点实验室; 出处《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期343-343,共1页; 关键词蛋白质单颗粒三维重构透射电子显微镜结构解析 SeeA蛋白; 分类号 Q51 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名分辨率革命——冷冻电子显微学在结构生物学研究中的进展被引量：1: 5; 作者陈振国徐彦辉; 机构复旦大学生物医学研究院复旦大学附属上海市第五人民医院复旦大学附属肿瘤医院; 出处《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期799-805,共7页; 基金国家重点研发计划(2016YFA0500700); 文摘冷冻电子显微学具有悠久的历史,近年来随着硬件设备的革命性技术突破和软件算法方面技术发展,已经成为结构生物学领域最为重要的研究方法,也代表了未来的发展方向。其中,单颗粒三维结构重构法在最近的几年发展迅速,极大地拓展了研究方法的适用范围,并不断刷新所解析结构的高分辨率记录,成为结构生物学及相关学科最为激动人心的研究领域。本文将针对冷冻电子显微学发展的历史,近期革命性技术突破,以及复旦大学在该领域的布局和进展做简要介绍。; 关键词冷冻电子显微学结构生物学单颗粒重构; Keywords cryo electron microscopy structural biology single particle reconstruction; 分类号 Q617 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	单颗粒重构软件EMAN算法分析与高效并行实现	樊莉亚张法王功明刘志勇	《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心	2010	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于小波包变换的冷冻电镜单颗粒重构局域滤波算法	赵赫李雪明沈渊	《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心	2020	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于轮廓提取和自适应单元分解的水泥颗粒三维重构	王亚楠杨波赵秀阳	《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心	2010	7	在线阅读下载PDF 职称材料
4	E.coli SecA的单颗粒三维重构	潘锡江陈勇隋森芳	《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心	2004	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	分辨率革命——冷冻电子显微学在结构生物学研究中的进展	陈振国徐彦辉	《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2017	1	在线阅读下载PDF 职称材料