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逆转座子序列插入——海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子分析
1
作者
李娟
李莉
张国范
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第2期1-6,共6页
根据海湾扇贝(Argopecten irradians)过氧化物还原酶V(AiPrxV)的cDNA序列和部分基因组DNA序列设计引物,采用基因组步移方法扩增获得其第1内含子(I1)完整序列,并通过Blast比对、DNAMAN和RepFind搜索进行序列分析。AiPrxV I1长8 565bp,占A...
根据海湾扇贝(Argopecten irradians)过氧化物还原酶V(AiPrxV)的cDNA序列和部分基因组DNA序列设计引物,采用基因组步移方法扩增获得其第1内含子(I1)完整序列,并通过Blast比对、DNAMAN和RepFind搜索进行序列分析。AiPrxV I1长8 565bp,占AiPrxV基因全长的68%,AT%显著高于GC%。在5 900-6 700bp的区域中包含了不完整的编码区,经分析与文昌鱼、海胆的逆转录酶有极高的相似性,其N端与多种动植物逆转座子的逆转录酶C端具有相似特征。此外,发现AiPrxV I1中包含283个重复序列,在3 500-4 000bp和6 800-7 200bp区域尤为密集。以上特点提示海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子可能是由一个非长末端重复元件逆转座子(non-LTR retrotransposons)插入,逐渐演变而形成的。
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关键词
海湾扇贝(Argopectenirradians)
过氧化物还原酶V
内含子
逆转座子
非长末端重复元件
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题名
逆转座子序列插入——海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子分析
1
作者
李娟
李莉
张国范
机构
中国科学院海洋研究所
中国科学院研究生院
出处
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第2期1-6,共6页
基金
国家公益性行业(农业)科研专项(3-35)
国家自然科学基金项目(30800842)
+1 种基金
国家高技术研究发展计划项目(863计划
2010AA10A401)
文摘
根据海湾扇贝(Argopecten irradians)过氧化物还原酶V(AiPrxV)的cDNA序列和部分基因组DNA序列设计引物,采用基因组步移方法扩增获得其第1内含子(I1)完整序列,并通过Blast比对、DNAMAN和RepFind搜索进行序列分析。AiPrxV I1长8 565bp,占AiPrxV基因全长的68%,AT%显著高于GC%。在5 900-6 700bp的区域中包含了不完整的编码区,经分析与文昌鱼、海胆的逆转录酶有极高的相似性,其N端与多种动植物逆转座子的逆转录酶C端具有相似特征。此外,发现AiPrxV I1中包含283个重复序列,在3 500-4 000bp和6 800-7 200bp区域尤为密集。以上特点提示海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子可能是由一个非长末端重复元件逆转座子(non-LTR retrotransposons)插入,逐渐演变而形成的。
关键词
海湾扇贝(Argopectenirradians)
过氧化物还原酶V
内含子
逆转座子
非长末端重复元件
Keywords
Bay scallop（Argopecten irradians）
Peroxiredoxin V
Intron
Retrotransposon
non-LTR
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
逆转座子序列插入——海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子分析
李娟
李莉
张国范
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2013
0
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