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珙桐cpDNA非编码序列引物反应条件优化与筛选 被引量:4
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作者 张玉梅 徐刚标 +1 位作者 谷振军 安静 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期183-186,共4页
实验采用改良CTAB方法提取总DNA,以珙桐及其近缘种基因组DNA为材料,优化cpDNA非编码序列PCR扩增条件,优据优化的PCR扩增条件,首次筛选出适合于珙桐分子谱系地理学研究的cpDNA非编码序列和引物。结果表明:25μL PCR反应体系中含有50 ng D... 实验采用改良CTAB方法提取总DNA,以珙桐及其近缘种基因组DNA为材料,优化cpDNA非编码序列PCR扩增条件,优据优化的PCR扩增条件,首次筛选出适合于珙桐分子谱系地理学研究的cpDNA非编码序列和引物。结果表明:25μL PCR反应体系中含有50 ng DNA,10×Buffer,2.5 mmol MgCl2,0.4 mmol dNTPs,0.2μmolpri mer1,0.2μmol pri mer2,1.25 U Pfu DNA Polymerase。适宜的PCR反应程序为94℃5 min,94℃1 min,退火时间45 s,退火温度和72℃延伸时间依不同的引物和产物而不同,35个循环,72℃总延伸7 min。稳定性好的、扩增条带清晰且单一的trnSGCU和trnGUUC、F71和R1516、rps16—F和rps16—R、atpB—49和rbcL—188四对引物可作为进一步珙桐分子谱系地理学研究的引物。 展开更多
关键词 珙桐 CPDNA 非编码序列 引物筛选
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观光木cpDNA非编码序列PCR反应体系优化及引物筛选 被引量:3
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作者 何长青 王红霞 +3 位作者 付甜 黄芳芳 闫丽君 徐刚标 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期107-111,共5页
利用单因素与正交设计试验,对影响观光木cpDNA-PCR扩增的主要因子进行优化,建立了观光木cpDNA-PCR最适反应体系(20μL),为:50 ng模板DNA、1×PCR buffer、0.2μmol·L-1引物、2 mmol·L-1MgCl2、0.3 mmol·L-1dNTP以及1... 利用单因素与正交设计试验,对影响观光木cpDNA-PCR扩增的主要因子进行优化,建立了观光木cpDNA-PCR最适反应体系(20μL),为:50 ng模板DNA、1×PCR buffer、0.2μmol·L-1引物、2 mmol·L-1MgCl2、0.3 mmol·L-1dNTP以及1 U Taq DNA聚合酶;筛选出了适合观光木分子谱系地理学研究的非编码区序列引物,为rpl32-trnL、psbJ-petA、3′rps16-5′trnK、atpI-atpH、petL-psbE。 展开更多
关键词 观光木 cpDNA非编码序列PCR 体系优化 引物筛选
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中国农业科学院揭示基因组中保守非编码序列参与植物远程基因互作的新机制
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《蔬菜》 2023年第3期20-20,共1页
中国农业科学院蔬菜花卉所王晓武团队研究发现,保守非编码序列(CNSs)参与基因之间的染色质远程互作,CNSs富集活性组蛋白修饰并且募集转录因子(TFs),进而导致基因的启动子区域与另一基因的下游区域发生远程互作,最后调控互作的基因产生... 中国农业科学院蔬菜花卉所王晓武团队研究发现,保守非编码序列(CNSs)参与基因之间的染色质远程互作,CNSs富集活性组蛋白修饰并且募集转录因子(TFs),进而导致基因的启动子区域与另一基因的下游区域发生远程互作,最后调控互作的基因产生协同表达。研究团队利用Hi-C试验技术,获得白菜和甘蓝的全基因组染色质互作数据,进一步结合拟南芥的Hi-C数据集分析,发现拟南芥、白菜和甘蓝中分布在不同染色体上的基因频繁发生远程空间互作。 展开更多
关键词 中国农业科学院 蔬菜花卉所 基因互作 非编码序列 团队研究 组蛋白修饰 协同表达 研究团队
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家猪基因组含有大量保守非编码区(英文)
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作者 钟兰 李蔚 李松岗 《北京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期792-798,共7页
用 190万条家猪随机读序分别比对人和小鼠的基因组 ,除去已知基因的外显子和新预测的人的编码区 ,得到大量含有保守非编码区的家猪序列。 11 0 5 %的家猪读序含有“猪 人”保守的非编码区序列 ,3 13%的家猪读序含有“猪 鼠”保守的非... 用 190万条家猪随机读序分别比对人和小鼠的基因组 ,除去已知基因的外显子和新预测的人的编码区 ,得到大量含有保守非编码区的家猪序列。 11 0 5 %的家猪读序含有“猪 人”保守的非编码区序列 ,3 13%的家猪读序含有“猪 鼠”保守的非编码区片段 ,1 86 %的家猪读序包含“猪 人 鼠”三者保守的非编码区区域。三者保守的非编码区序列跟人的相似性明显高于跟小鼠的相似性。另外 ,很多人、小鼠的非编码RNA基因跟上述含有保守非编码片段的家猪序列至少比对上一次。 展开更多
关键词 随机读序 保守的非编码序列 编码RNA基因
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基于cpDNA trnL-F序列数据分析海南陆均松种群的冰期后扩张 被引量:12
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作者 苏应娟 王艇 +4 位作者 陈国培 孙宇飞 江宇 邓锋 王伯荪 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期70-74,共5页
针对热带树种陆均松Dacrydium pierrei de Laubenfels分布在海南的12个天然种群进行取样,测定了叶绿体DNA(cpDNA)trnL-F非编码区序列。序列长度介于868—876 bp.显示出长度多态性。碱基组成A+T含量较高,百分比值为64.17%-64.95%。通过... 针对热带树种陆均松Dacrydium pierrei de Laubenfels分布在海南的12个天然种群进行取样,测定了叶绿体DNA(cpDNA)trnL-F非编码区序列。序列长度介于868—876 bp.显示出长度多态性。碱基组成A+T含量较高,百分比值为64.17%-64.95%。通过统计简约算法共鉴定出30个单倍型。根据种群间分化度FST(=0.00)、基因流Nm(介于1.92—2.50)、AMOVA(24.17%的遗传变异发生在种群间,P>0.05)以及邻接树中单倍型的分支式样,发现海南的陆均松种群尚未发生遗传分化。另一方面,依统计简约算法构建的单倍型网图具“星状”特征,而且邻接树中多数单倍型合并于树的顶端。这些基因谱系结果提示海南陆均松种群在近期历史上发生过种群扩张。Tajima的D检验和错配分析结果也支持这种推测。结合地质和古孢粉学证据,认为残存于“避难所”的陆均松种群在全新世时,伴随全球气候转暖,在海南岛内可能实行了扩张。 展开更多
关键词 陆均松Dacrydium pierrei de Laubenfels CPDNA trnL-F非编码序列 单倍型 遗传分化 种群扩张
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基于trnL-F序列数据利用贝叶斯法推测罗汉松科的系统发育 被引量:2
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作者 苏应娟 王艇 +5 位作者 陈国培 安宇 左武麟 孙宇飞 邓锋 孙旭 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期32-36,共5页
以黑松和Agathisaustralis为外类群,基于罗汉松科42种植物的叶绿体trnL_F序列数据通过贝叶斯法对该科的系统发育进行了推测。结果显示:①Phyllocladus为单系分支,位于罗汉松科的基部,是罗汉松科所有其余成员的姊妹群;②Nageia嵌套在罗... 以黑松和Agathisaustralis为外类群,基于罗汉松科42种植物的叶绿体trnL_F序列数据通过贝叶斯法对该科的系统发育进行了推测。结果显示:①Phyllocladus为单系分支,位于罗汉松科的基部,是罗汉松科所有其余成员的姊妹群;②Nageia嵌套在罗汉松科内,同罗汉松属、Afrocarpus及Retrophyllum的关系较为密切;③Dacrycarpus为单系群且处于姊妹分支Falcatifolium—陆均松属的基部;④Lagarostrobsfranklinii和Manoaocolensoi应置于同一属Lagarostrobs内;⑤支持成立Halocarpus和Lepidothamnus属;⑥赞同Microstrobos和Microcachrys两属亲缘密切的观点。 展开更多
关键词 罗汉松科 trnL-F非编码序列 贝叶斯推测 系统发育
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SV40PolyA顺式活化基因元件中不完整茎环结构的发现和序列研究 被引量:1
7
作者 王红钢 马欢 +4 位作者 李珠 张彬 景向阳 张媛 吕占军 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期337-346,共10页
研究室的前期工作发现,Alu串连序列插入pEGFP-C1质粒的GFP基因下游,瞬时转染HeLa细胞抑制GFP基因表达,2F2R(来自SV40PolyA反序5′端的第2个60 bp)插入GFP和Alu串连序列之间可以解除Alu序列对GFP基因的抑制作用。文章通过删减2F2R发现,45... 研究室的前期工作发现,Alu串连序列插入pEGFP-C1质粒的GFP基因下游,瞬时转染HeLa细胞抑制GFP基因表达,2F2R(来自SV40PolyA反序5′端的第2个60 bp)插入GFP和Alu串连序列之间可以解除Alu序列对GFP基因的抑制作用。文章通过删减2F2R发现,45R(2F2R 5′端的45 bp)、30R和22R可以活化基因,且二串连体活化基因作用高于单体。Secloop(2F2R近中部的22 bp)和Poly4(2F2R 3′端的30 bp)不能活化基因。30R与Poly4用9碱基连接形成30R-Poly4,其活化基因作用低于2F2R,两个22R之间连接碱基数对活化GFP基因作用没有明显的影响。22R(5′-GTGAAAAAAATGCTTTATTTGT-3′)含有不完整的回文序列,可以形成不完整的茎环结构,包括一个3碱基loop、3 bp第一茎、2碱基泡和3 bp第二茎。改变22R茎环结构的碱基突变明显影响其活化GFP基因的作用,过多互补和过少互补的茎环结构均不利于活化基因,提示适当的不完整茎环结构与活化基因有关。 展开更多
关键词 非编码序列 GFP 茎环结构 ALU SV40PolyA
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Sox8基因HMG盒区内含子剪接位点分析 被引量:4
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作者 任莉莉 龚炜 +1 位作者 周荣家 程汉华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期298-300,共3页
Sox基因参与广泛的发育调控过程。为了确定Sox8基因HMG盒区内含子的大小及剪接位点 ,通过计算机分析本室克隆得到的泥鳅Sox8基因包括HMG盒区在内的一段基因组序列 ,推测在HMG盒区可能存在一个内含子 ,进一步通过RT -PCR方法 ,克隆泥鳅S... Sox基因参与广泛的发育调控过程。为了确定Sox8基因HMG盒区内含子的大小及剪接位点 ,通过计算机分析本室克隆得到的泥鳅Sox8基因包括HMG盒区在内的一段基因组序列 ,推测在HMG盒区可能存在一个内含子 ,进一步通过RT -PCR方法 ,克隆泥鳅Sox8基因HMG盒区cDNA片段 ,与基因组序列比较分析 ,确认在泥鳅Sox8基因的HMG盒区存在一个内含子 ,并确定了该内含子的序列及剪切位点。同时 ,比较分析了人和泥鳅Sox8在HMG盒区的内含子的剪切位点。结果显示 ,Sox8基因HMG盒区内含子剪切位点在进化上是保守的。 展开更多
关键词 Sox8基因 内含子 非编码序列 HMG盒区 剪接位点
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种内谱系地理学及在植物遗传多样性保护中的应用 被引量:6
9
作者 徐刚标 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1-6,共6页
谱系地理学是一门研究近缘物种间或种内水平的谱系地理分布原理和过程的新兴交叉学科。介绍了谱系地理学基本理论,讨论了用于植物种内谱系地理学研究的常用叶绿体非编码序列标记,包括rpl16、trnK内含子,trnT-trnF、atpB-rbcL、psbA-trn... 谱系地理学是一门研究近缘物种间或种内水平的谱系地理分布原理和过程的新兴交叉学科。介绍了谱系地理学基本理论,讨论了用于植物种内谱系地理学研究的常用叶绿体非编码序列标记,包括rpl16、trnK内含子,trnT-trnF、atpB-rbcL、psbA-trnH间隔序列,综述了种内谱系地理学在珍稀植物遗传多样性保护中应用现状,展望植物谱系地理学研究及其应用前景。 展开更多
关键词 谱系地理学 溯祖理论 叶绿体非编码序列 植物遗传多样性
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动物遗传工程
10
《生物技术通报》 CAS CSCD 1993年第7期75-77,共3页
932475细菌或植物基因在动物细胞或转基因动物中的高水平表达[专,英]/CSIRO/WO 9218-635:16.04.91-AU-005664(29.10.92)13.04.92 as AU0164.92-382118/46(42页)[译自 DBA,1993,12(2),93-00913]在动物细胞中表达 eDNA 序列的 DNA 盒包括... 932475细菌或植物基因在动物细胞或转基因动物中的高水平表达[专,英]/CSIRO/WO 9218-635:16.04.91-AU-005664(29.10.92)13.04.92 as AU0164.92-382118/46(42页)[译自 DBA,1993,12(2),93-00913]在动物细胞中表达 eDNA 序列的 DNA 盒包括:促生长素基因或其一部分外显子5的诱导性启动子及3’非编码序列、位于诱导性启动子与3’非编码区之间的 cDNA 序列。 展开更多
关键词 转基因动物 启动子 非编码序列 动物遗传 促生长素 劳氏肉瘤病毒 导性 CSIRO 上游序列 编码
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