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肝细胞生成素——一种非经典分泌蛋白
被引量：
1
1
作者
刘刚
王清明
+2 位作者
陈吉中
范国才
陈惠鹏
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第3期347-351,共5页
肝细胞生成素(hepatopoietin ,HPO)是一种分泌蛋白.为了研究肝细胞生成素的分泌途径,利用SignalP软件分析了HPO的氨基酸序列,但HPO序列中没有经典分泌蛋白的信号肽.Western印迹实验证明,HPO能以双体形式从细胞中分泌出来.特异性体外阻...
肝细胞生成素(hepatopoietin ,HPO)是一种分泌蛋白.为了研究肝细胞生成素的分泌途径,利用SignalP软件分析了HPO的氨基酸序列,但HPO序列中没有经典分泌蛋白的信号肽.Western印迹实验证明,HPO能以双体形式从细胞中分泌出来.特异性体外阻断实验表明,布雷菲尔德菌素A(brefeldinA)和莫能菌素(monensin)都不能阻断HPO的分泌,说明HPO并不通过经典的内质网 高尔基体(ER -Golgi)途径分泌;优降糖(glyburide)对HPO的分泌没有抑制作用,说明HPO的分泌并不是由ABC1(ATP bindingcassette)转运子介导的;DNP和NH4Cl也不能刺激HPO的分泌,说明内体 溶酶体系统不参与HPO的分泌.上述结果表明,HPO是一种非经典分泌蛋白(non classicalsecretoryprotein) ,能以双体形式从细胞中分泌出来.但和已知的非经典分泌蛋白IL -1β不同,HPO的分泌并不是通过ABC1转运子介导的,内体 溶酶体系统也不参与其分泌.
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关键词
肝细胞生成素
非经典分泌蛋白
IL-1β
ABCl转运子
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职称材料
SPNG+:基于stacking集成策略预测革兰氏阳性菌非经典分泌蛋白质
被引量：
1
2
作者
代伟
许峻玮
+1 位作者
王鹤杰
李琪
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期937-947,共11页
革兰氏阳性菌通过分泌毒力因子入侵宿主细胞引起化脓性炎症,进而导致疾病的产生,威胁人类健康。识别分泌蛋白有助于了解细菌分泌系统和致病机理,并为进一步筛选出毒力因子奠定基础。由于非经典分泌蛋白质缺乏经典信号肽序列,大规模实验...
革兰氏阳性菌通过分泌毒力因子入侵宿主细胞引起化脓性炎症,进而导致疾病的产生,威胁人类健康。识别分泌蛋白有助于了解细菌分泌系统和致病机理,并为进一步筛选出毒力因子奠定基础。由于非经典分泌蛋白质缺乏经典信号肽序列,大规模实验鉴定此类蛋白质相对困难并且耗时耗力。目前,虽相继提出了一些计算预测方法,但它们对革兰氏阳性菌非经典分泌蛋白质的预测性能并不令人满意。本文提出了一个集成学习模型——SPNG+(Stacking ensemble method to Predict Non-classical secreted proteins in Gram-positive bacteria),该模型通过stacking策略融合朴素贝叶斯、随机森林、支持向量机、两个梯度提升树XGBoost和LightGBM以及K近邻算法。五折交叉验证和独立数据集测试结果表明,此集成模型在预测革兰氏阳性菌非经典分泌蛋白质时综合性能优于单一模型、简单的集成学习模型和已有的预测工具。相较过去仅用有限的特征编码方法,或者单一机器学习算法进行构建的预测器,本文提出的方法是对革兰氏阳性细菌中非经典分泌蛋白质研究的有益补充。SPNG+的源代码可以通过https://github.com/weidai00/SPNG获得。
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关键词
革兰氏阳性菌
非经典分泌蛋白
质
机器学习
STACKING
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职称材料
题名
肝细胞生成素——一种非经典分泌蛋白
被引量：
1
1
作者
刘刚
王清明
陈吉中
范国才
陈惠鹏
机构
军事医学科学院放射医学研究所
军事医学科学院生物工程研究所
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第3期347-351,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.30170205)~~
文摘
肝细胞生成素(hepatopoietin ,HPO)是一种分泌蛋白.为了研究肝细胞生成素的分泌途径,利用SignalP软件分析了HPO的氨基酸序列,但HPO序列中没有经典分泌蛋白的信号肽.Western印迹实验证明,HPO能以双体形式从细胞中分泌出来.特异性体外阻断实验表明,布雷菲尔德菌素A(brefeldinA)和莫能菌素(monensin)都不能阻断HPO的分泌,说明HPO并不通过经典的内质网 高尔基体(ER -Golgi)途径分泌;优降糖(glyburide)对HPO的分泌没有抑制作用,说明HPO的分泌并不是由ABC1(ATP bindingcassette)转运子介导的;DNP和NH4Cl也不能刺激HPO的分泌,说明内体 溶酶体系统不参与HPO的分泌.上述结果表明,HPO是一种非经典分泌蛋白(non classicalsecretoryprotein) ,能以双体形式从细胞中分泌出来.但和已知的非经典分泌蛋白IL -1β不同,HPO的分泌并不是通过ABC1转运子介导的,内体 溶酶体系统也不参与其分泌.
关键词
肝细胞生成素
非经典分泌蛋白
IL-1β
ABCl转运子
Keywords
hepatopoietin, non-classical secretory protein, IL-1β, ABC1 transporter
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
Q25 [生物学—细胞生物学]
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职称材料
题名
SPNG+:基于stacking集成策略预测革兰氏阳性菌非经典分泌蛋白质
被引量：
1
2
作者
代伟
许峻玮
王鹤杰
李琪
机构
桂林电子科技大学计算机与信息安全学院生物信息研究室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期937-947,共11页
基金
桂林电子科技大学研究生出国(境)研修项目(No.GDYX2019010)和桂林电子科技大学研究生教育创新计划项目(No.2020YCXS045)资助。
文摘
革兰氏阳性菌通过分泌毒力因子入侵宿主细胞引起化脓性炎症,进而导致疾病的产生,威胁人类健康。识别分泌蛋白有助于了解细菌分泌系统和致病机理,并为进一步筛选出毒力因子奠定基础。由于非经典分泌蛋白质缺乏经典信号肽序列,大规模实验鉴定此类蛋白质相对困难并且耗时耗力。目前,虽相继提出了一些计算预测方法,但它们对革兰氏阳性菌非经典分泌蛋白质的预测性能并不令人满意。本文提出了一个集成学习模型——SPNG+(Stacking ensemble method to Predict Non-classical secreted proteins in Gram-positive bacteria),该模型通过stacking策略融合朴素贝叶斯、随机森林、支持向量机、两个梯度提升树XGBoost和LightGBM以及K近邻算法。五折交叉验证和独立数据集测试结果表明,此集成模型在预测革兰氏阳性菌非经典分泌蛋白质时综合性能优于单一模型、简单的集成学习模型和已有的预测工具。相较过去仅用有限的特征编码方法,或者单一机器学习算法进行构建的预测器,本文提出的方法是对革兰氏阳性细菌中非经典分泌蛋白质研究的有益补充。SPNG+的源代码可以通过https://github.com/weidai00/SPNG获得。
关键词
革兰氏阳性菌
非经典分泌蛋白
质
机器学习
STACKING
Keywords
Gram-positive bacteria
non-classical secreted protein
machine learning
stacking
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
肝细胞生成素——一种非经典分泌蛋白
刘刚
王清明
陈吉中
范国才
陈惠鹏
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
SPNG+:基于stacking集成策略预测革兰氏阳性菌非经典分泌蛋白质
代伟
许峻玮
王鹤杰
李琪
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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职称材料
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