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牡丹非特异性脂质转移蛋白基因PsLTP的生物信息学分析
1
作者
问荣荣
苏钰
+3 位作者
高泽芳
徐梦宇
何雯雯
王步勇
《安徽农业科学》
CAS
2024年第2期87-92,共6页
[目的]了解牡丹非特异性脂质转移蛋白基因LTP的基因特征及其编码蛋白的生物学特性,探索其生物功能。[方法]运用Blast、ORF-Finder、ProtParam、SignalP 4.1、ProtScale和TMHMM 2.0 Server等生物信息学软件,分析牡丹nsLTP基因序列及其编...
[目的]了解牡丹非特异性脂质转移蛋白基因LTP的基因特征及其编码蛋白的生物学特性,探索其生物功能。[方法]运用Blast、ORF-Finder、ProtParam、SignalP 4.1、ProtScale和TMHMM 2.0 Server等生物信息学软件,分析牡丹nsLTP基因序列及其编码蛋白的基本理化性质、信号肽、磷酸化位点、保守结构域等,并运用DANMAN、MEGA软件进行多序列比对和系统发育树构建。[结果]牡丹nsLTP基因(NCBI登录号为:JZ840269.1)序列全长为685 bp,开放阅读框长为354 bp,编码蛋白包含117个氨基酸,理论等电点为8.93,为不稳定性蛋白。牡丹nsLTP蛋白为疏水性蛋白,含有信号肽但不含跨膜结构域,NetPho Server预测其含有8个丝氨酸和3个酪氨酸磷酸化位点及5个苏氨酸磷酸化位点。PsnsLTP蛋白具有植物LTP蛋白典型结构,即4个α-螺旋,4对二硫键,1个可结合和容纳脂质分子的疏水结构。多序列比对及系统发育树分析显示,PsLTP蛋白与绒毛烟草LTP蛋白(XP_009608993.1)的相识度62.7%,且进化树聚为同一小分支,遗传距离较近。[结论]通过对牡丹nsLTP基因特性及蛋白结构研究,系统性研究了牡丹nsLTP基因的生物信息学特性,为牡丹抗病抗逆功能基因的研究提供了依据,也为其他植物nsLTP基因研究提供了参考。
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关键词
牡丹
非特异性脂质转移蛋白基因ltp
蛋白
结构
生物信息学
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职称材料
谷子脂质转移蛋白基因SiLTP1的克隆及表达分析
被引量：
3
2
作者
孟凡花
李臻
+1 位作者
王庆国
刘炜
《山东农业科学》
北大核心
2021年第10期1-7,共7页
植物脂质转移蛋白(LTP)是一类含量丰富并且由多基因家族编码的小分子碱性蛋白。本研究利用PCR技术从谷子中克隆得到一个LTP基因,命名为SiLTP1。该基因的开放阅读框全长为354 bp,编码117个氨基酸。对其核苷酸及蛋白序列进行生物信息学分...
植物脂质转移蛋白(LTP)是一类含量丰富并且由多基因家族编码的小分子碱性蛋白。本研究利用PCR技术从谷子中克隆得到一个LTP基因,命名为SiLTP1。该基因的开放阅读框全长为354 bp,编码117个氨基酸。对其核苷酸及蛋白序列进行生物信息学分析,并通过qRT-PCR方法分析了SiLTP1在各胁迫下的表达模式。结果表明,SiLTP1具有脂质转移蛋白家族共有特性,即N端的信号肽结构、跨膜螺旋区、8个高度保守的半胱氨酸基序;三级结构预测表明,该蛋白主要是由4个α-螺旋和无规则卷曲组成;qRT-PCR结果显示,盐、干旱、ABA及MeJA均可诱导SiLTP1表达,其中盐胁迫诱导最为明显,显示SiLTP1可能参与谷子逆境胁迫响应过程,尤其在耐盐品质形成中发挥作用。本研究为深入解析谷子中SiLTP1的生物学功能及作用机制提供了理论依据。
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关键词
谷子
脂
质
转移
蛋白
基因
克隆
胁迫响应
表达模式分析
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职称材料
题名
牡丹非特异性脂质转移蛋白基因PsLTP的生物信息学分析
1
作者
问荣荣
苏钰
高泽芳
徐梦宇
何雯雯
王步勇
机构
菏泽学院农业与生物工程学院
出处
《安徽农业科学》
CAS
2024年第2期87-92,共6页
文摘
[目的]了解牡丹非特异性脂质转移蛋白基因LTP的基因特征及其编码蛋白的生物学特性,探索其生物功能。[方法]运用Blast、ORF-Finder、ProtParam、SignalP 4.1、ProtScale和TMHMM 2.0 Server等生物信息学软件,分析牡丹nsLTP基因序列及其编码蛋白的基本理化性质、信号肽、磷酸化位点、保守结构域等,并运用DANMAN、MEGA软件进行多序列比对和系统发育树构建。[结果]牡丹nsLTP基因(NCBI登录号为:JZ840269.1)序列全长为685 bp,开放阅读框长为354 bp,编码蛋白包含117个氨基酸,理论等电点为8.93,为不稳定性蛋白。牡丹nsLTP蛋白为疏水性蛋白,含有信号肽但不含跨膜结构域,NetPho Server预测其含有8个丝氨酸和3个酪氨酸磷酸化位点及5个苏氨酸磷酸化位点。PsnsLTP蛋白具有植物LTP蛋白典型结构,即4个α-螺旋,4对二硫键,1个可结合和容纳脂质分子的疏水结构。多序列比对及系统发育树分析显示,PsLTP蛋白与绒毛烟草LTP蛋白(XP_009608993.1)的相识度62.7%,且进化树聚为同一小分支,遗传距离较近。[结论]通过对牡丹nsLTP基因特性及蛋白结构研究,系统性研究了牡丹nsLTP基因的生物信息学特性,为牡丹抗病抗逆功能基因的研究提供了依据,也为其他植物nsLTP基因研究提供了参考。
关键词
牡丹
非特异性脂质转移蛋白基因ltp
蛋白
结构
生物信息学
Keywords
Peony
Non⁃specific lipid transfer protein gene
ltp
Protein structure
Bioinformatics
分类号
Q781 [生物学—分子生物学]
S685.11 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
谷子脂质转移蛋白基因SiLTP1的克隆及表达分析
被引量：
3
2
作者
孟凡花
李臻
王庆国
刘炜
机构
山东师范大学生命科学学院
山东省农业科学院湿地农业与生态研究所
出处
《山东农业科学》
北大核心
2021年第10期1-7,共7页
基金
山东省自然科学基金面上项目(ZR2020MC110)。
文摘
植物脂质转移蛋白(LTP)是一类含量丰富并且由多基因家族编码的小分子碱性蛋白。本研究利用PCR技术从谷子中克隆得到一个LTP基因,命名为SiLTP1。该基因的开放阅读框全长为354 bp,编码117个氨基酸。对其核苷酸及蛋白序列进行生物信息学分析,并通过qRT-PCR方法分析了SiLTP1在各胁迫下的表达模式。结果表明,SiLTP1具有脂质转移蛋白家族共有特性,即N端的信号肽结构、跨膜螺旋区、8个高度保守的半胱氨酸基序;三级结构预测表明,该蛋白主要是由4个α-螺旋和无规则卷曲组成;qRT-PCR结果显示,盐、干旱、ABA及MeJA均可诱导SiLTP1表达,其中盐胁迫诱导最为明显,显示SiLTP1可能参与谷子逆境胁迫响应过程,尤其在耐盐品质形成中发挥作用。本研究为深入解析谷子中SiLTP1的生物学功能及作用机制提供了理论依据。
关键词
谷子
脂
质
转移
蛋白
基因
克隆
胁迫响应
表达模式分析
Keywords
Foxtail millet
Lipid transfer protein
Gene cloning
Stress response
Expression pattern analysis
分类号
S515 [农业科学—作物学]
Q781 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牡丹非特异性脂质转移蛋白基因PsLTP的生物信息学分析
问荣荣
苏钰
高泽芳
徐梦宇
何雯雯
王步勇
《安徽农业科学》
CAS
2024
0
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职称材料
2
谷子脂质转移蛋白基因SiLTP1的克隆及表达分析
孟凡花
李臻
王庆国
刘炜
《山东农业科学》
北大核心
2021
3
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职称材料
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