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题名改进的势能曲面变平法在二维非格点模型中的应用
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作者
刘景发
陈端兵
刘朝霞
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机构
南京信息工程大学计算机与软件学院
衡阳师范学院数学系
电子科技大学计算机科学与工程学院
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2008年第10期243-245,共3页
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基金
国家自然科学基金项目(10476006)
湖南省教育厅杰出青年基金项目(07B009)的支持
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文摘
蛋白质结构预测问题是生物信息学中的一个重要问题。缺少一种有效的全局寻优方法是阻碍这一问题解决的关键。势能曲面变平(ELP)法是一种启发式的全局优化方法,是一种推广的Monte Carlo方法,已成功地应用于许多优化问题。在ELP法的基础上,提出了改进的势能曲面变平(ELP+)算法。将ELP+算法应用于二维非格点的蛋白质AB模型,预测和发现四条链长分别为13,21,34和55的氨基酸序列的蛋白质结构。数值实验表明,ELP+算法是一种预测蛋白质结构的有效算法。
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关键词
蛋白质结构预测
非格点模型
MONTE
CARLO方法
ELP方法
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Keywords
Protein structure prediction,Off-lattice model, Monte Carlo method, ELP method
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分类号
O175.24
[理学—基础数学]
O186.11
[理学—基础数学]
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题名人口迁移算法在蛋白质折叠模拟中的应用
被引量：3
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作者
陈华锋
谭劲英
李治
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机构
华中农业大学理学院
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出处
《重庆工学院学报》
2007年第5期110-112,共3页
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基金
华中农业大学引进人才科研启动基金资助项目(52204-03028)
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文摘
PMA(population migration algorithm)算法具有较强的全局搜索能力和稳定性.针对PMA算法的思想,首次提出将人口迁移算法应用于蛋白质的折叠模拟中,并使用该算法求解蛋白质折叠构形预测的二维AB模型,对计算结果进行了分析.
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关键词
蛋白质折叠
非格模型
人口迁移算法
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Keywords
protein folding
off-lattice model
population migration algorithm
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分类号
O242.28
[理学—计算数学]
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