非标记定量蛋白质组方法分析鲟鱼肽抗D-半乳糖导致的小鼠衰老作用的研究 被引量：4

1

作者 翟兴月 王庆辉 +2 位作者 赵冠华 李伟 佟长青 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第3期290-295,共6页

为了研究鲟鱼肽抗衰老作用机制,利用非标记定量蛋白质组方法对去除高丰度蛋白后的灌胃鲟鱼肽小鼠血清进行蛋白质组分析。分析结果表明,从去除高丰度蛋白后的血清中共获得442种蛋白,其参与21个生理过程,具有7类分子功能,存在于10个细胞... 为了研究鲟鱼肽抗衰老作用机制,利用非标记定量蛋白质组方法对去除高丰度蛋白后的灌胃鲟鱼肽小鼠血清进行蛋白质组分析。分析结果表明,从去除高丰度蛋白后的血清中共获得442种蛋白,其参与21个生理过程,具有7类分子功能,存在于10个细胞组分中。将模型组与治疗组进行t-test分析,得到3个差异表达蛋白质。在进行生物信息学分析时,通过扩大筛选范围,又增加了6种蛋白质,其中二磷酸甘油酸变位酶(AC:P15327)、载脂蛋白D(AC:P51910)、黄素还原酶(AC:Q923D2)和过氧化物酶-2(AC:Q61171)的上调以及巯基氧化酶1(AC:Q8BND5)的下调可以提高机体清除自由基的能力。这些数据表明,鲟鱼肽抗衰老能力是通过提高机体清除自由基的作用来发挥的。 展开更多

关键词 鲟鱼肽 抗衰老作用 非标记蛋白质组 清除自由基

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于非标记定量蛋白质组学技术研究RyhB调控禽致病性大肠杆菌酸性耐受力 被引量：1

2

作者 涂健 张煜 +3 位作者 李春晓 薛媚 王琦 祁克宗 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期616-620,共5页

为从蛋白水平上探究ryhb对大肠杆菌酸性耐受力相关基因的影响,本研究采用非标记定量(Label-free)蛋白质组学技术对禽致病性大肠杆菌(APEC)野生株和△ryhb基因突变株进行蛋白质组学的差异性比较,并利用荧光定量PCR技术进行验证。本实验... 为从蛋白水平上探究ryhb对大肠杆菌酸性耐受力相关基因的影响,本研究采用非标记定量(Label-free)蛋白质组学技术对禽致病性大肠杆菌(APEC)野生株和△ryhb基因突变株进行蛋白质组学的差异性比较,并利用荧光定量PCR技术进行验证。本实验共检测到121个差异表达蛋白,其中44个蛋白的表达水平上调,19个蛋白的表达水平下调。为研究ryhb对表达蛋白的影响情况,并鉴定受其调控的相关基因,从上述差异蛋白中筛选出了hdea、hdeb、gada、gadb等与酸性耐受力相关的蛋白,并在基因水平进行验证。本研究表明,ryhb基因的缺失可能与上述4个耐酸基因转录水平上调相关,进而增强APEC耐酸性。本实验为初步探究ryhb调控通路,对APEC致病性影响提供了一定的实验依据。 展开更多

关键词 非标记定量蛋白质组学 禽致病性大肠杆菌 RYHB 耐酸基因

在线阅读 下载PDF 职称材料

非标记定量蛋白质组学分析冻结方式对中华管鞭虾肌肉差异蛋白质的影响 被引量：3

3

作者 石娟 李勇勇 +4 位作者 周丽萍 李超群 王晴 唐道军 娄永江 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期2681-2691,共11页

为了探究冻结方式对中华管鞭虾(Solenocera melantho)肌肉差异蛋白质的影响,本试验运用非标记(label-free)定量蛋白质组学技术,研究液体浸渍冻结、真空包装结合浸渍冻结、静止空气冻结、真空包装结合空气冻结4种方式对中华管鞭虾差异蛋... 为了探究冻结方式对中华管鞭虾(Solenocera melantho)肌肉差异蛋白质的影响,本试验运用非标记(label-free)定量蛋白质组学技术,研究液体浸渍冻结、真空包装结合浸渍冻结、静止空气冻结、真空包装结合空气冻结4种方式对中华管鞭虾差异蛋白表达的影响。结果表明,与新鲜中华管鞭虾相比,上述4种冻结方式处理后的虾肌肉中分别有269、162、299、289个差异蛋白,其中表达上调的蛋白分别有100、59、63、61个,表达下调的蛋白分别有169、103、236、228个。筛选出甘油-3-磷酸脱氢酶(NAD^+)、β-胸腺素2个差异蛋白,有望成为与冻结中华管鞭虾品质变化相关的指示蛋白标志物。本研究为深入了解中华管鞭虾在不同冻结方式下的品质变化机制,以及寻找出与新鲜度相关的指示蛋白提供了理论依据,也为虾的冻结工艺技术提供了参考。 展开更多

关键词 非标记定量蛋白质组学 中华管鞭虾 冻结方式 差异蛋白 生物信息学分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

iBAQ非标定量分析生物被膜形成能力不同的鲍曼不动杆菌的蛋白质组学差异 被引量：1

4

作者 杨妮 雷莉 +4 位作者 王海 邬媛 孙媛 张明 张正良 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期33-38,83,共7页

目的利用iBAQ(intensity-based absolute-protein-quantification)非标记定量蛋白质组学分析鉴定生物被膜形成能力不同的鲍曼不动杆菌株蛋白质组学差异。方法64株临床分离的鲍曼不动杆菌株按生物被膜形成能力不同分为强组和弱组,收集两... 目的利用iBAQ(intensity-based absolute-protein-quantification)非标记定量蛋白质组学分析鉴定生物被膜形成能力不同的鲍曼不动杆菌株蛋白质组学差异。方法64株临床分离的鲍曼不动杆菌株按生物被膜形成能力不同分为强组和弱组,收集两组菌株蛋白质样本进行FASP(filter-aided sample preparation)酶解,酶解产物进行LC-MS/MS质谱分析。使用Maxquant软件对LC-MS/MS原始文件进行查库以及iBAQ非标定量分析。Maxquant软件查库文件使用Perseus软件分析,通过GO(Gene Ontology)数据库对鉴定出的差异蛋白及特异蛋白从生物学过程、细胞成分和分子功能3方面进行功能注释,通过KAAS(KEGG automatic annotation server)分析差异蛋白涉及的代谢通路。结果实验通过LC-MS/MS分析共鉴定到1120个肽段,457个蛋白质,其中13个蛋白质的表达在生物被膜形成能力强组和弱组间差异具有统计学意义,其中7个蛋白质在弱组显著性低表达,6个在强组显著性低表达。另外,还鉴定出在生物被膜形成能力弱组(7个)和强组(5个)特异性表达的蛋白质,并对其参与的细胞过程及信号通路进行了分析。结论基于iBAQ的非标记定量蛋白质组学分析方法鉴定出多种与生物被膜形成能力相关的蛋白质,可为分析生物被膜形成的原因、机制及治疗提供参考。 展开更多

关键词 iBAQ非标记定量蛋白质组学 生物被膜 多重耐药 鲍曼不动杆菌

在线阅读 下载PDF 职称材料

一种热蛋白质组学分析数据的归一化方法

5

作者 甄雪妍 周宝津 +1 位作者 刘静雯 任艳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第12期40-46,共7页

建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药... 建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药物甲氨蝶呤(Methotrexate,MTX)处理的293T细胞提取液中,在不同温度加热处理时它们稳定存在,因此可作为定量归一化的标准.实验结果表明,以iRT作为定量校正,不仅对总蛋白含量有良好的校正效果,同时对MTX的靶标蛋白二氢叶酸还原酶(Dihydrofolate reductase,DHFR)热熔解拟合曲线也有一定改善.该方法简单方便、经济高效,具有较强实用性和推广性,为非标记TPP技术的实施及定量准确性提供了重要的实验依据. 展开更多

关键词 非标记定量蛋白质组学 热蛋白质组学分析 索引保留时间 数据归一化

在线阅读 下载PDF 职称材料

椰毒假单胞菌酵米面亚种产毒差异蛋白质组学分析

6

作者 黄秀丽 沈圣 +6 位作者 朱文娟 陈佳平 陈国培 赵智锋 黄永德 陈嘉聪 温晓裕 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第3期130-136,共7页

为了从蛋白质水平探索椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生机制,采用数据依赖型采集(data dependent acquisition,DDA)非标记定量蛋白质组学技术对该菌产毒培养前后蛋白质变化进行了分析。结果显示:产毒培养后,产毒株中显著性上调表达蛋白25个... 为了从蛋白质水平探索椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生机制,采用数据依赖型采集(data dependent acquisition,DDA)非标记定量蛋白质组学技术对该菌产毒培养前后蛋白质变化进行了分析。结果显示:产毒培养后,产毒株中显著性上调表达蛋白25个,显著性下调表达蛋白31个,其中显著性上调表达的蛋白中有与细菌趋化性信号转导相关的ABC转运蛋白、反应调节受体蛋白、甲基受体趋化性蛋白Ⅱ,以及与细菌运动相关的鞭毛蛋白如鞭毛P环蛋白、鞭毛M环蛋白、鞭毛钩蛋白FlgE等,推测趋化性运动可能在椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生过程中发挥重要作用。椰毒假单胞菌米酵菌酸毒素产生机制研究,可为人们更好地降低食源性疾病的发生提供理论支撑。 展开更多

关键词 DDA非标记定量蛋白质组学 椰毒假单胞菌 米酵菌酸 产毒机制 食物中毒

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于蛋白质组学技术研究秦川牛肉宰后贮藏过程中肌红蛋白含量及其衍生物转化 被引量：15

7

作者 张杏亚 杨波 +4 位作者 李亚蕾 罗瑞明 阮振甜 撒苗苗 赵珺怡 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第7期226-231,共6页

本实验采用4D-非标记蛋白质组学技术研究秦川牛肉贮藏过程中(0~8 d)肌红蛋白含量及其衍生物的转化情况,阐释冷却秦川牛肉中肌红蛋白含量及其衍生物转化的分子机制。结果表明:贮藏过程中,肌红蛋白表达量在宰后0~4 d上升、4~8 d下降,利用... 本实验采用4D-非标记蛋白质组学技术研究秦川牛肉贮藏过程中(0~8 d)肌红蛋白含量及其衍生物的转化情况,阐释冷却秦川牛肉中肌红蛋白含量及其衍生物转化的分子机制。结果表明:贮藏过程中,肌红蛋白表达量在宰后0~4 d上升、4~8 d下降,利用非标记蛋白质组学技术鉴定出与肌红蛋白及其衍生物相关的差异蛋白14种,具体包括代谢酶、氧化还原酶、过氧化物酶、伴侣蛋白4类,这4类蛋白的表达共同调控贮藏过程中肌红蛋白含量的变化及其3种衍生物之间的转化,具体表现为贮藏过程中肌红蛋白表达量整体呈下降趋势,氧合肌红蛋白相对含量持续下降,脱氧肌红蛋白、高铁肌红蛋白相对含量逐渐增加,导致肉色发生褐变。本研究结果有利于理解秦川牛肉贮藏过程肉类变色的复杂生化变化机制。 展开更多

关键词 秦川牛肉 肌红蛋白 肌红蛋白衍生物 4D-非标记蛋白质组学 肉色

在线阅读 下载PDF 职称材料

枣果实不同发育阶段蛋白质组动态研究 被引量：2

8

作者 陈昕 陈蕊红 黄建 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期82-90,共9页

枣果实在发育和成熟过程中涉及多种复杂的生理生化变化。为了解枣果实在发育过程中蛋白质组的变化情况,利用液质联用(LC-MS)技术对主栽制干枣品种——骏枣幼果期、膨大期、白熟期、初红期和全红期5个阶段的果实进行了非标记定量蛋白质... 枣果实在发育和成熟过程中涉及多种复杂的生理生化变化。为了解枣果实在发育过程中蛋白质组的变化情况,利用液质联用(LC-MS)技术对主栽制干枣品种——骏枣幼果期、膨大期、白熟期、初红期和全红期5个阶段的果实进行了非标记定量蛋白质组动态变化研究。结果表明,各时期果实与其前一阶段相比分别有差异表达蛋白189、356、82、69个。基因本体(GO)注释结果显示:幼果与膨大果的差异蛋白主要富集在核酸代谢过程,膨大期果实与白熟果的差异蛋白主要富集在碳水化合物代谢过程。从5个阶段的果实中分别鉴定到604、186、91、83、189个特异表达蛋白。Mercator注释和KEGG通路注释结果显示,幼果期特异表达蛋白主要参与了RNA转运通路。加权基因共表达网络(WGCNA)分析显示,幼果期高表达蛋白主要与核糖体合成相关。总之,枣果实在白熟期以前与细胞分裂和膨大相关的蛋白表达量和富集程度高,从白熟期开始与碳水化合物积累相关的蛋白质表达上调。本研究从蛋白质组学水平阐明了枣果实发育成熟过程中蛋白质组分的动态变化,为提高枣果实品质奠定了理论基础。 展开更多

关键词 枣 果实成熟 非标记定量蛋白质组 果实膨大 果实糖积累

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用Label-free技术筛选MC3T3-E1细胞中miR-381-3p介导的靶蛋白和差异蛋白生物学功能分析

9

作者 陈锦成 朱国涛 +5 位作者 秦晓飞 陈彦丞 罗骏 余博飞 吴宜璟 徐杰 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期192-198,共7页

目的比较小鼠前成骨细胞(MC3T3-E1)实验组(MC3-E1-in)与对照组(MC3-E1-NC-in)的蛋白质组学差异水平,以初步探究miR-381-3p所介导的靶蛋白和相关信号通路以及差异蛋白生物学功能分析。方法通过细胞慢病毒转染构建实验模型,分为实验组与... 目的比较小鼠前成骨细胞(MC3T3-E1)实验组(MC3-E1-in)与对照组(MC3-E1-NC-in)的蛋白质组学差异水平,以初步探究miR-381-3p所介导的靶蛋白和相关信号通路以及差异蛋白生物学功能分析。方法通过细胞慢病毒转染构建实验模型,分为实验组与对照组;实时荧光定量PCR验证miR-381-3p在细胞中的转染效率;收集细胞样品并采用非标记定量蛋白质组学技术进行鉴定、筛选与分析;进行组间比较得到差异蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)表达结果,绘制火山图与表达聚类分析图以及功能富集分析差异蛋白质谱,重点分析基因本体论(geneontology,GO)富集结果、KEGG富集结果以及string-db软件预测可能的蛋白质-蛋白质相互作用结果,并对差异显著的蛋白质进行生物信息学整合分析。结果共鉴定到4764种差异表达蛋白,其中527种差异显著并具有统计学意义,表达上调的有357种,有170种则是表达下调;GO富集结果分析显示差异蛋白主要参与生物过程的跨膜转运、蛋白水解、细胞内蛋白质转运,还参与了细胞骨架、内质网、线粒体的分子功能过程以及参与钙离子结合、蛋白激酶活性、RNA结合等细胞组分过程。结论己糖激酶2、驱动蛋白样蛋白22、cAMP调节的磷酸化蛋白19和脂滴包被蛋白2等差异蛋白可能参miR-381-3p调控肌肉-骨骼系统代谢疾病的发生发展过程。 展开更多

关键词 肌少-骨质疏松症 MC3T3-E1细胞样品 非标记定量蛋白质组学 生物信息学分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

宰后成熟期间能量物质、pH值和肌原纤维小片化指数对秦川牛肉嫩度的影响及其机理 被引量：21

10

作者 罗辉 杨波 +4 位作者 李亚蕾 罗瑞明 张杏亚 马思丽 姬琛 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第11期171-179,共9页

为探究秦川牛肉背最长肌在宰后成熟期间嫩度变化机理,本实验测定了不同贮藏期(0、2、4、6、8 d)能量物质、pH值和肌原纤维小片化指数的变化,并结合4维-非标记蛋白质组学技术研究蛋白组变化对嫩度的影响。研究发现:随贮藏时间的延长,剪... 为探究秦川牛肉背最长肌在宰后成熟期间嫩度变化机理,本实验测定了不同贮藏期(0、2、4、6、8 d)能量物质、pH值和肌原纤维小片化指数的变化,并结合4维-非标记蛋白质组学技术研究蛋白组变化对嫩度的影响。研究发现:随贮藏时间的延长,剪切力呈先增大后减小的趋势,在第4天时剪切力达到最大值((157.94±2.53)N),说明此时嫩度最差;pH值呈先减小后增大的趋势,在第4天时达到最小值5.37±0.03;能量物质ATP、AMP和NADH含量随贮藏时间的延长呈下降趋势,且在0~2 d下降最为显著;肌原纤维小片化指数呈上升趋势。通过相关性分析筛选出11种与嫩度相关的差异蛋白,其中ATP5F1D、ATP5F1C、NDUFB5、NDUFA6、SUCG1通过参与糖酵解过程调节ATP含量和pH值的变化,引起肌纤维交联、肌肉僵直,进而导致嫩度的降低;PPP3R1、CAMK2D、HNRNPK、PSMD13、CTSD通过参与肌纤维膜、膜蛋白复合物、细胞器内膜、钙信号通路调控肌原纤维细胞凋亡进程和蛋白质水解过程,引起肌原纤维小片化指数升高,进而促使肉嫩度提升。 展开更多

关键词 秦川牛肉 背最长肌 4维-非标记定量蛋白质组学 嫩度 能量代谢 细胞凋亡

在线阅读 下载PDF 职称材料

秦川牛肉冷藏期间能量代谢变化及其对肉品质的影响 被引量：19

11

作者 罗辉 何雨薇 +3 位作者 张杏亚 阮振甜 罗瑞明 李亚蕾 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第17期201-209,共9页

为探究秦川牛肉在冷藏期间能量代谢机理及其对肉品质的影响。采用4D-非标记定量蛋白质组学法研究不同贮藏期(0、4、8 d)秦川牛背最长肌中蛋白质组学变化,采用高效液相色谱法检测能量物质的变化。结果表明:与能量代谢相关的三磷酸腺苷(ad... 为探究秦川牛肉在冷藏期间能量代谢机理及其对肉品质的影响。采用4D-非标记定量蛋白质组学法研究不同贮藏期(0、4、8 d)秦川牛背最长肌中蛋白质组学变化,采用高效液相色谱法检测能量物质的变化。结果表明:与能量代谢相关的三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)合酶亚基δ和ATP合酶亚基γ在贮藏第8天时较第0天分别上调1.516(P=0.017)、1.579倍(P=0.037);NADH脱氢酶[泛醌]1β亚复合物亚基5在贮藏第8天时较第4天调整0.497倍(P=0.023);琥珀酸-辅酶A连接酶[ADP形成]亚基β在贮藏第8天时较第0天调整0.762倍(P=0.0007);NADH脱氢酶[泛醌]1α亚复合物亚基6在贮藏第4天时较第0天上调1.467倍(P=0.026);细胞色素c氧化酶亚基7A1在贮藏第8天时较第4天调整0.692倍(P=0.024)。以上6种蛋白表达丰度的变化通过线粒体电子传递、呼吸链复合物I装配、ATP生物合成等过程影响ATP等能量物质合成和运输过程,导致冷藏期间肌细胞中能量物质供应不足,进而影响肉品质的变化:在贮藏0~8 d期间ATP含量降低了95.07%,影响了肌红蛋白的转化,导致褐变出现;促使无氧糖酵解在产能的同时产生乳酸,引起肌肉酸化;导致细胞凋亡,肌原纤维蛋白水解促使肌肉嫩度变化。 展开更多

关键词 秦川牛肉 4D-非标记定量蛋白质组学 能量代谢 肉品质 肉色 肌肉酸化 嫩度

在线阅读 下载PDF 职称材料

大鲵活性肽对D-半乳糖致小鼠机体氧化损伤的修复作用 被引量：10

12

作者 关百婷 李伟 +1 位作者 赵菲 佟长青 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2021年第16期344-352,共9页

为了探究大鲵活性肽抗衰老作用机制,利用非标记定量蛋白质组方法对去除高丰度蛋白质后的灌胃大鲵活性肽小鼠血清进行蛋白质组生物信息学分析。结果表明,去除高丰度蛋白质后的血清中共检测到425种蛋白质,其中26种蛋白质表达量变化显著(P&... 为了探究大鲵活性肽抗衰老作用机制,利用非标记定量蛋白质组方法对去除高丰度蛋白质后的灌胃大鲵活性肽小鼠血清进行蛋白质组生物信息学分析。结果表明,去除高丰度蛋白质后的血清中共检测到425种蛋白质,其中26种蛋白质表达量变化显著(P<0.05)。这些差异表达的低丰度蛋白质参与14个生理过程、具有6种分子功能、存在于7种细胞组分中。其中胞质四氢叶酸合成酶和肌糖原磷酸化酶显著增加(P<0.05),分别增加了1.78和1.05倍,黄嘌呤脱氢酶显著减少(P<0.05),这些酶表达量的增加或降低,可以减少体内自由基的量。综上,大鲵活性肽抗衰老的机制是减少机体内自由基而发挥作用,本研究为大鲵活性肽的开发利用提供了基础数据。 展开更多

关键词 大鲵活性肽 非标记定量蛋白质组 D-半乳糖 氧化损伤 修复 自由基 抗衰老作用

在线阅读 下载PDF 职称材料