题名 一种改进人口迁移算法在蛋白质折叠模拟中的应用
被引量：2
1
作者
王建勇 陈华锋 莫忠息 牛晓辉 李治
机构
华中农业大学理学院 武汉大学数学与统计学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2008年第2期83-85,共3页
基金
国家自然科学基金( the National Natural Science Foundation of China under Grant No.30170214) 国家高技术研究发展计划( 863)( the National High-Tech Research and Development Plan of China under Grant No.2006AA10Z1E6) 。
文摘
PMA(Population Migration Algorithm)算法已在蛋白质非晶格模型中做了模拟测试,结果表明具有较强的全局搜索能力和稳定性。针对PMA算法的思想,提出了对算法的一种改进。使用该改进算法求解蛋白质折叠构形预测的二维非晶格模型取得了较好的计算结果。
关键词
蛋白质折叠 非晶格模型 人口迁移算法 改进人口迁移算法
Keywords
protein folding off-lattice model population migration algorithm improved population migration algorithm
分类号
O242.28
[理学—计算数学]
题名 蛋白质折叠预测的禁忌搜索粒子群算法
被引量：1
2
作者
郭禾 兰任 陈鑫 王宇新
机构
大连理工大学软件学院 大连理工大学计算机科学与技术学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2011年第24期46-50,共5页
文摘
针对PSO算法晚期收敛速度慢、求解精度差的缺点,提出了一种改进优化算法——将粒子群算法(Particle Swarm Optimization,PSO)与禁忌搜索算法(Tabu Search,TS)结合起来解决基于三维AB非晶格模型的蛋白质折叠预测问题。TS算法的引入提高了粒子群收敛后期的精度,粒子变异机制增强了粒子跳出局部极小值的能力。真实数据实验表明,该算法计算出的蛋白质序列能量值相比其他算法有更高的精确度,能够更好地模拟蛋白质构象,是分析蛋白质结构的一种有效方法。
关键词
粒子群算法 禁忌搜索 粒子变异 三维AB非晶格模型
Keywords
Particle Swarm Optimization（PSO） Tabu Search（TS） particle mutation AB off-lattice model
分类号
TP18
[自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
题名 蛋白质在溶液中构象转换的分子动力学模拟
被引量：1
3
作者
卢滇楠 刘铮
机构
清华大学化学工程系
出处
《石河子大学学报（自然科学版）》
CAS
2005年第6期661-668,共8页
基金
国家自然科学基金(20376041) 国家重点基础研究发展规划项目(2003CB716004)
文摘
将蛋白质的稳定和失活、折叠和去折叠等现象概括为蛋白质分子在溶液中的构象变化问题。采用非晶格模型和Langevin分子动力学方法研究了无限稀释溶液及不同尺度和不同表面亲/疏水性球形限制性空间内β模型蛋白的构象分布及其转换特性。模拟结果显示:尺寸适度的疏水性空间有利于蛋白质结构发生缩塌,而亲水性空间有利于缩塌态蛋白质结构的稳定,且表面亲/疏水性的影响作用随着空间半径的增大而减弱。计算结果与实验报道一致,为研究蛋白质分子在溶液中的折叠和稳定化提供了理论工具。
关键词
蛋白质折叠 蛋白质稳定化 非晶格模型 Langevin分子动力学 限制性空间
Keywords
protein folding protein stabilization off-lattice model Langevin molecular dynamic simulation confined space
分类号
O629.73
[理学—有机化学]
TQ936.21
[化学工程]
