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兽医领域病毒宏基因组非序列依赖性单引物扩增方法的研究现状 被引量:2
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作者 徐利军 王晓泉 刘秀梵 《中国家禽》 北大核心 2017年第12期1-4,共4页
新一代测序技术的出现和不断完善,极大地推动了宏基因组学的发展。宏基因组学研究的路线主要包括核酸样本制备、高通量测序及生物信息学分析,而核酸样本的质量直接影响后续环节。目前有多种方法可以用于低浓度样本的扩增,其中非序列依... 新一代测序技术的出现和不断完善,极大地推动了宏基因组学的发展。宏基因组学研究的路线主要包括核酸样本制备、高通量测序及生物信息学分析,而核酸样本的质量直接影响后续环节。目前有多种方法可以用于低浓度样本的扩增,其中非序列依赖性单引物扩增(SISPA)法因其经济高效性,越来越受到研究者的青睐。文章就兽医领域病毒宏基因组学研究过程中广泛使用的相关SISPA方法进行概述,包括核酸样本的预处理及扩增方案等,为相关研究提供参考。 展开更多
关键词 病毒 宏基因组 非序列依赖性单引物扩增 核酸样本制备
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新型鹅黄病毒JS804毒株的分离与鉴定 被引量:88
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作者 黄欣梅 李银 +13 位作者 赵冬敏 刘宇卓 张敬峰 何孔旺 侯继波 钮慧敏 李彬 温立斌 王永山 邵国青 张康宁 朱江宁 吴东明 高磊 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第2期354-360,共7页
2010年4月至11月,江苏等地鸭、鹅发生了一种以产蛋率、采食量显著下降,出现脑炎样神经症状为特征的传染病。对发病鹅进行剖检观察,鸭胚尿囊腔途径接种发病鹅病料分离病原,电镜观察病毒粒子。对健康鹅接种分离病毒进行动物回归试验。在... 2010年4月至11月,江苏等地鸭、鹅发生了一种以产蛋率、采食量显著下降,出现脑炎样神经症状为特征的传染病。对发病鹅进行剖检观察,鸭胚尿囊腔途径接种发病鹅病料分离病原,电镜观察病毒粒子。对健康鹅接种分离病毒进行动物回归试验。在病毒核酸背景未知的情况下,应用非序列依赖性单引物扩增法结合DNA酶处理(DNase-sequence independent single primer amplification,DNase-SISPA)对病原基因进行扩增,并在此基础上设计了1对特异性引物对病毒基因进行PCR扩增。剖检结果发现病鹅的脑膜、肺脏、肝脏、心脏、卵巢等多器官出血,脾脏肿大坏死。含毒鸭胚尿囊膜超薄切片电镜观察显示:病毒粒子直径为50~60 nm。动物回归试验成功复制出该病并分离到病毒。应用DNase-SISPA方法发现了3个病毒相关基因片段,经序列比对分析,与黄病毒属(Flavi-virus)坦布苏病毒(Tembusu virus)基因序列有很高的同源性,分别为96%、88%、93%。据此设计特异性引物扩增出一段985 bp基因片段,该片段与黄病毒属坦布苏病毒E基因的核苷酸同源性为91%,氨基酸同源性为97%。将分离的鹅黄病毒毒株命名为Goose/Jiangsu/804/2010(简称JS804)。研究结果表明:此次鸭、鹅新发疫病的病原为一种新的黄病毒。 展开更多
关键词 非序列依赖性单引物扩增 黄病毒 JS804毒株
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真鲷转铁蛋白基因的克隆与表达特征分析 被引量:7
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作者 蔡忠华 宋林生 +1 位作者 高春萍 吴龙涛 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期105-110,共6页
采用同源克隆的方法,根据相近物种转铁蛋白(Transferrin, TF)基因的序列设计简并引物,在经感染真鲷的cDNA上进行PCR扩增,获得了真鲷TF的全基因编码序列(GeneBank Accession No.AY335444).该序列由2444bp核苷酸组成,含31 bp 5′非编码区... 采用同源克隆的方法,根据相近物种转铁蛋白(Transferrin, TF)基因的序列设计简并引物,在经感染真鲷的cDNA上进行PCR扩增,获得了真鲷TF的全基因编码序列(GeneBank Accession No.AY335444).该序列由2444bp核苷酸组成,含31 bp 5′非编码区和340 bp 3′非编码区以及2073 bp的开放阅读框,可编码691个氨基酸,预测分子量约为74.3kD,等电点为5.63.同源性分析表明,真鲷TF与鱼类TF的相似性很高,约为65%~75%;与哺乳类转铁蛋白和乳铁蛋白的相似性约40%~50%;与脊索动物海鞘和无脊椎动物昆虫也有一定的相似性.进化分析表明,该基因是转铁蛋白而不是乳铁蛋白.真鲷TF与其它动物TF结构相似,是由两叶相似的结构域构成的单一肽链;该基因有一信号肽序列,缺乏糖基化位点,在它的两个结构域上,分别有三个TF家族的标签序列及一个MHC分子标签序列;与哺乳类相比,参与蛋白二硫键形成的半胱氨酸以及铁离子结合位点高度保守.RT-PCR结果显示,真鲷TF在肝脏成组成型表达,但在其它组织中的表达可受病原调控,表现为经病原刺激后转铁蛋白基因的组织分布显著增多. 展开更多
关键词 蛋白基因 真鲷 特征分析 转铁蛋白 RT-PCR 编码区 乳铁蛋白 PCR 核苷酸组成 开放阅读框 无脊椎动物 二硫键形成 组成型表达 相似性 同源克隆 简并引物 序列设计 cDNA 编码序列 脊索动物 结合位点 半胱氨酸 组织分布
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大腹园蛛黏液蛋白ASG2 C端功能模块的克隆表达及圆二色谱分析 被引量:2
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作者 张露 温睿 +2 位作者 李雪 孟清 林瑛 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期16-21,共6页
蜘蛛分泌的黏合物(ASG),可形成黏附性极佳的胶滴,可用于捕获猎物。其中ASG2组分被证明属于蛛丝蛋白家族,因其独特的材料学性能,ASG2具有作为新型生物材料的潜能。目前,有关ASG2末端功能区(CT)的研究非常少,阻碍了ASG2的仿生应用。为丰富... 蜘蛛分泌的黏合物(ASG),可形成黏附性极佳的胶滴,可用于捕获猎物。其中ASG2组分被证明属于蛛丝蛋白家族,因其独特的材料学性能,ASG2具有作为新型生物材料的潜能。目前,有关ASG2末端功能区(CT)的研究非常少,阻碍了ASG2的仿生应用。为丰富ASG2 CT的基因材料,以大腹园蛛基因组DNA为模板,利用锚定PCR的方法,首次获取了大腹园蛛ASG2 CT的完整编码基因AvASG2CT,并对其进行了外源克隆表达及纯化,产量可达75 mg/L;同时利用圆二色谱对其二级结构进行分析,表明其主要构象为α-helix,这是首次对ASG2 CT的二级结构进行探索,为后续的ASG2 CT的结构和功能研究奠定基础。 展开更多
关键词 ASG2 C端重复区 引物 克隆表达 二级结构
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