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分子进化研究中的几个统计量及其应用
被引量：
1
1
作者
陈建群
王友红
+1 位作者
蒋科
张晖
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第2期194-198,共5页
为在分子水平上快速精确地研究生物的进化关系,提出了分子进化研究中的几个常用统计量及其计算方法.根据这些统计量探测正选择作用,并确定特定基因的进化速度或年龄.这些统计量包括核苷酸同义替换数ds(Ks)、非同义替换数dn(Ka)、Ka／Ks...
为在分子水平上快速精确地研究生物的进化关系,提出了分子进化研究中的几个常用统计量及其计算方法.根据这些统计量探测正选择作用,并确定特定基因的进化速度或年龄.这些统计量包括核苷酸同义替换数ds(Ks)、非同义替换数dn(Ka)、Ka／Ks、DNA多态性和遗传距离等.通过植物抗性基因的一个实例揭示了这些统计量在阐明进化机制过程中的重要性.
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关键词
核苷酸
非同义替换
数dn(Ka)
核苷酸
同义
替换
数ds(Ks)
dn(Ka)/ds(Ks)
DNA多态性
遗传距离
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职称材料
酵母重复基因在蛋白质互作网络中的分歧进化
被引量：
1
2
作者
赵振华
陈新雨
+4 位作者
周鹏方
郭阳
刘敏
林文超
张德礼
《西北农林科技大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2010年第10期165-170,177,共7页
【目的】分析全基因组重复后,蛋白质互作网络对重复基因分歧模式的作用机制。【方法】结合高精度的蛋白质互作数据集和具有相同进化年代的重复基因数据集,在全基因组范围关联分析拷贝间进化距离与网络结构的相关性,并通过对拷贝间连接...
【目的】分析全基因组重复后,蛋白质互作网络对重复基因分歧模式的作用机制。【方法】结合高精度的蛋白质互作数据集和具有相同进化年代的重复基因数据集,在全基因组范围关联分析拷贝间进化距离与网络结构的相关性,并通过对拷贝间连接水平的差异程度分类,分析不同阶段网络结构对基因功能的影响。【结果】重复基因两拷贝间的进化距离与其祖先基因在网络中的连接水平呈显著负相关,与重复基因间的连接度差异率呈显著正相关;网络结构完全歧化的重复基因间的非同义替换均值,较未完全歧化的重复基因显著高出30.2%。【结论】网络结构对重复基因的进化起调节作用,网络系统在保持核心稳定的同时,使外围组分发生了更大变化;重复基因在网络结构改变的前期为基因组提供功能冗余,但在网络结构差别较大后,显著增加的突变更有利于基因新功能的产生。
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关键词
基因重复
蛋白质相互作用
进化距离
非同义替换
连接度
酵母
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职称材料
题名
分子进化研究中的几个统计量及其应用
被引量：
1
1
作者
陈建群
王友红
蒋科
张晖
机构
南京大学生物科学与技术系
出处
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第2期194-198,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(30470122).
文摘
为在分子水平上快速精确地研究生物的进化关系,提出了分子进化研究中的几个常用统计量及其计算方法.根据这些统计量探测正选择作用,并确定特定基因的进化速度或年龄.这些统计量包括核苷酸同义替换数ds(Ks)、非同义替换数dn(Ka)、Ka／Ks、DNA多态性和遗传距离等.通过植物抗性基因的一个实例揭示了这些统计量在阐明进化机制过程中的重要性.
关键词
核苷酸
非同义替换
数dn(Ka)
核苷酸
同义
替换
数ds(Ks)
dn(Ka)/ds(Ks)
DNA多态性
遗传距离
Keywords
nonsynonymous nucleotide substitutions (dn, Ka)
synonymous nucleotide substitutions (ds, Ks)
dn(Ka)/ds(Ks)
DNA polymorphism
genetic distance
分类号
Q349 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
酵母重复基因在蛋白质互作网络中的分歧进化
被引量：
1
2
作者
赵振华
陈新雨
周鹏方
郭阳
刘敏
林文超
张德礼
机构
西北农林科技大学生命科学学院生物信息学研究中心分子病毒免疫与肿瘤系统生物学研究组
西北农林科技大学动物医学院病毒免疫与生物信息研究室预防兽医学系兽医微生物学与病毒学课程组
出处
《西北农林科技大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2010年第10期165-170,177,共7页
基金
西北农林科技大学引进人才基金项目(01140406)
国家自然科学基金项目(30270342)
文摘
【目的】分析全基因组重复后,蛋白质互作网络对重复基因分歧模式的作用机制。【方法】结合高精度的蛋白质互作数据集和具有相同进化年代的重复基因数据集,在全基因组范围关联分析拷贝间进化距离与网络结构的相关性,并通过对拷贝间连接水平的差异程度分类,分析不同阶段网络结构对基因功能的影响。【结果】重复基因两拷贝间的进化距离与其祖先基因在网络中的连接水平呈显著负相关,与重复基因间的连接度差异率呈显著正相关;网络结构完全歧化的重复基因间的非同义替换均值,较未完全歧化的重复基因显著高出30.2%。【结论】网络结构对重复基因的进化起调节作用,网络系统在保持核心稳定的同时,使外围组分发生了更大变化;重复基因在网络结构改变的前期为基因组提供功能冗余,但在网络结构差别较大后,显著增加的突变更有利于基因新功能的产生。
关键词
基因重复
蛋白质相互作用
进化距离
非同义替换
连接度
酵母
Keywords
gene duplication
protein-protein interaction
evolutionary distance
synonymous substitutions
connectivity degree
yeast
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
分子进化研究中的几个统计量及其应用
陈建群
王友红
蒋科
张晖
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005
1
在线阅读
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职称材料
2
酵母重复基因在蛋白质互作网络中的分歧进化
赵振华
陈新雨
周鹏方
郭阳
刘敏
林文超
张德礼
《西北农林科技大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2010
1
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