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青篱柴转录组的高通量测序及分析
被引量：
5
1
作者
黄建敏
李菲
+3 位作者
刘云静
张子楠
唐汉青
汤晓辛
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期25-34,共10页
青篱柴具有很好的观赏价值和药用价值,但其基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制.为了获得和挖掘青篱柴的基因数据和功能,首次利用新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeqTM2000对青篱柴转录组进行测序,经de n...
青篱柴具有很好的观赏价值和药用价值,但其基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制.为了获得和挖掘青篱柴的基因数据和功能,首次利用新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeqTM2000对青篱柴转录组进行测序,经de novo组装后共得到66 755条单基因簇(Unigene).进一步利用7大公共数据库进行Blast同源比对,注释了50 339条Unigene.研究发现,558个基因参与了青篱柴次生代谢产物的生物合成,其中在甜菜红碱、芥子油苷、类黄酮、单菌霉素和苯丙素生物合成途径中的Unigene分别有2个、18个、44个、70个和231个,这些基因很可能参与了青篱柴药用活性物质的生物合成.SSR位点搜索发现,在18 972条Unigene中含有22 542个SSR位点.研究结果将为青篱柴功能基因的克隆、基因的表达、分子标记开发和遗传多样性研究奠定基础.同时,转录因子分析结果也为青篱柴的喀斯特环境适应性机制提供了初步线索.
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关键词
青篱柴
转录组
功能注释
SSR
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职称材料
青篱柴转录组数据SSR位点的生物信息学分析
被引量：
3
2
作者
黄建敏
李菲
+2 位作者
刘云静
李彦勋
汤晓辛
《江苏农业科学》
2019年第2期54-58,共5页
为探讨青篱柴转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点信息,开发青篱柴分子标记技术,采用高通量测序技术获得青篱柴转录组原始试验数据,经过生物信息学软件Trinity拼接后,获得66 755条单基因簇(universal gene,简称un...
为探讨青篱柴转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点信息,开发青篱柴分子标记技术,采用高通量测序技术获得青篱柴转录组原始试验数据,经过生物信息学软件Trinity拼接后,获得66 755条单基因簇(universal gene,简称unigene)。进一步采用生物信息学分析软件MISA对所有的unigene进行SSR位点数据挖掘。共计搜索出22 542个SSR位点,分布在18 972条unigene中,出现频率为33. 77%,发生频率为28. 42%,SSR平均长度为15 bp,平均分布频率是1/3. 98 kb,在青篱柴转录组的SSR中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占总SSR的47. 59%、27. 95%、23. 45%。青篱柴转录组数据中SSR序列共包括161种重复基元类型。其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AT/AT、C/G、AGG/CTT。重复序列长度在10～144 bp之间,大多小于24 bp,大于24 bp的仅有0. 22%(48个SSR位点)。另外,设计筛选得到15 425对SSR引物。综上表明青篱柴SSR位点多态性潜能较高,具有很大的可开发性。
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关键词
青篱柴
转录组
SSR
重复类型
重复基元
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职称材料
题名
青篱柴转录组的高通量测序及分析
被引量：
5
1
作者
黄建敏
李菲
刘云静
张子楠
唐汉青
汤晓辛
机构
贵州师范大学生命科学学院
贵州师范大学贵州省植物生理与发育调控重点实验室
出处
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期25-34,共10页
基金
国家自然科学基金项目(31560184
31300317)
文摘
青篱柴具有很好的观赏价值和药用价值,但其基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制.为了获得和挖掘青篱柴的基因数据和功能,首次利用新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeqTM2000对青篱柴转录组进行测序,经de novo组装后共得到66 755条单基因簇(Unigene).进一步利用7大公共数据库进行Blast同源比对,注释了50 339条Unigene.研究发现,558个基因参与了青篱柴次生代谢产物的生物合成,其中在甜菜红碱、芥子油苷、类黄酮、单菌霉素和苯丙素生物合成途径中的Unigene分别有2个、18个、44个、70个和231个,这些基因很可能参与了青篱柴药用活性物质的生物合成.SSR位点搜索发现,在18 972条Unigene中含有22 542个SSR位点.研究结果将为青篱柴功能基因的克隆、基因的表达、分子标记开发和遗传多样性研究奠定基础.同时,转录因子分析结果也为青篱柴的喀斯特环境适应性机制提供了初步线索.
关键词
青篱柴
转录组
功能注释
SSR
Keywords
Tirpitzia sinensisl transcriptome
functional notes
SSR
分类号
Q948 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
青篱柴转录组数据SSR位点的生物信息学分析
被引量：
3
2
作者
黄建敏
李菲
刘云静
李彦勋
汤晓辛
机构
贵州师范大学生命科学学院
贵州省植物生理与发育调控重点实验室
出处
《江苏农业科学》
2019年第2期54-58,共5页
基金
国家自然科学基金(编号:31560184
31300317)
文摘
为探讨青篱柴转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点信息,开发青篱柴分子标记技术,采用高通量测序技术获得青篱柴转录组原始试验数据,经过生物信息学软件Trinity拼接后,获得66 755条单基因簇(universal gene,简称unigene)。进一步采用生物信息学分析软件MISA对所有的unigene进行SSR位点数据挖掘。共计搜索出22 542个SSR位点,分布在18 972条unigene中,出现频率为33. 77%,发生频率为28. 42%,SSR平均长度为15 bp,平均分布频率是1/3. 98 kb,在青篱柴转录组的SSR中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占总SSR的47. 59%、27. 95%、23. 45%。青篱柴转录组数据中SSR序列共包括161种重复基元类型。其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AT/AT、C/G、AGG/CTT。重复序列长度在10～144 bp之间,大多小于24 bp,大于24 bp的仅有0. 22%(48个SSR位点)。另外,设计筛选得到15 425对SSR引物。综上表明青篱柴SSR位点多态性潜能较高,具有很大的可开发性。
关键词
青篱柴
转录组
SSR
重复类型
重复基元
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
青篱柴转录组的高通量测序及分析
黄建敏
李菲
刘云静
张子楠
唐汉青
汤晓辛
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2018
5
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职称材料
2
青篱柴转录组数据SSR位点的生物信息学分析
黄建敏
李菲
刘云静
李彦勋
汤晓辛
《江苏农业科学》
2019
3
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