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白腐菌漆酶耐盐性的生物信息学研究及氯离子、氧气和水分子输运通道分析: 1; 作者李文娟赵一雷《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期255-262,共8页; 运用生物信息学方法分析了各物种漆酶的耐盐性差异,并利用随机加速动力学模拟计算揭示了白腐菌漆酶内部连接三铜活性中心(TNC)的氯离子、氧气和水分子的可能输运通路.生物信息学系统发生树和结构比对分析表明,担子真菌、子囊真菌与细菌... 展开更多; 关键词漆酶耐盐性系统发生树随机加速分子动力学模拟蛋白质内部分子输运; 在线阅读下载PDF 职称材料

酶催化过程的全程模拟被引量：1: 2; 作者赵媛曹泽星《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第4期691-708,共18页; 酶催化包括底物到活性区的输运、选择催化化学反应及产物释放等复杂过程,由于复杂的蛋白质环境效应,任一化学和非化学过程都有可能是决定酶活性的关键步骤。为了全面认识酶催化活性,我们对几类酶催化过程进行了广泛的组合量子/分子力学(... 展开更多; 关键词酶催化底物输运自由能计算 QM/MM MD模拟随机加速动力学模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于增强采样构建的隐式马尔可夫状态模型分析GLP-1R激动剂对GLP-1R激活机制: 3; 作者刘一卜汤磊范菊娣《山东医药》 CAS 2024年第3期44-50,共7页; 目的基于增强采样构建的隐式马尔可夫状态模型,分析胰高血糖素样肽1受体(GLP-1R)激动剂PF-06882961激活GLP-1R的机制。方法从PDB数据库中下载GLP-1R晶体结构(PDBID:6X1A),基于该晶体结构构建PF06882961与GLP-1R结合的高斯加速动力学(G... 展开更多; 关键词胰高血糖素样肽1受体激动剂 PF-06882961 胰高血糖素样肽1受体马尔可夫状态模型高斯加速动力学分子动力学模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析被引量：1: 4; 作者周超石婷 +1 位作者赵一雷王晓雷《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1813-1821,共9页; 通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法,对喹啉加氧酶(HOD)中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明,氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部,而HOD中有数条可能的通道... 展开更多; 关键词喹啉加氧酶氧气扩散随机加速分子动力学伞状抽样; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名白腐菌漆酶耐盐性的生物信息学研究及氯离子、氧气和水分子输运通道分析: 1; 作者李文娟赵一雷; 机构上海交通大学生命科学技术学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期255-262,共8页; 基金国家自然科学基金(批准号：21377085)资助~~; 文摘运用生物信息学方法分析了各物种漆酶的耐盐性差异,并利用随机加速动力学模拟计算揭示了白腐菌漆酶内部连接三铜活性中心(TNC)的氯离子、氧气和水分子的可能输运通路.生物信息学系统发生树和结构比对分析表明,担子真菌、子囊真菌与细菌漆酶具有较高的结构保守性;通过随机加速动力学模拟发现,白腐菌T.versicolor漆酶内部有5条小分子输运通道(p1~p5),其中p2和p5为新的输运通道;与氧气和水分子输运不同,氯离子在漆酶内部输运时受到明显约束,以较高的几率通过p1和p4输运通道.高耐盐漆酶的p1通道周边富集了更多酸性和芳香性氨基酸残基,降低了氯离子的输运效率,从而提高其耐盐性.; 关键词漆酶耐盐性系统发生树随机加速分子动力学模拟蛋白质内部分子输运; Keywords Laccase Salt tolerance Phylogenetic tree Random acceleration molecular dynamics simulation Protein internal molecules transportation; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名酶催化过程的全程模拟被引量：1: 2; 作者赵媛曹泽星; 机构河南大学天然药物与免疫工程重点实验室厦门大学化学化工学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第4期691-708,共18页; 基金国家自然科学基金(21133007,21373164,21172053)资助项目~~; 文摘酶催化包括底物到活性区的输运、选择催化化学反应及产物释放等复杂过程,由于复杂的蛋白质环境效应,任一化学和非化学过程都有可能是决定酶活性的关键步骤。为了全面认识酶催化活性,我们对几类酶催化过程进行了广泛的组合量子/分子力学(QM/MM)和经典分子力学(MM)动力学模拟(MD)研究,详细地讨论了整个酶催化过程的分子机制、关键残基的作用和蛋白质环境效应,丰富了对酶催化活性的认识。随着多尺度模型和计算模拟方法的进一步完善与发展,有望实现超大复杂生物酶催化过程的全程模拟研究,为酶工程领域的相关研究提供支持。; 关键词酶催化底物输运自由能计算 QM/MM MD模拟随机加速动力学模拟; Keywords Enzymatic catalysis Substrate delivery Free energy calculations QM/MM MD simulation Random acceleration molecular dynamics （DAMD） simulation; 分类号 Q55 [生物学—生物化学] TQ033 [化学工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于增强采样构建的隐式马尔可夫状态模型分析GLP-1R激动剂对GLP-1R激活机制: 3; 作者刘一卜汤磊范菊娣; 机构贵州医科大学药学院药物化学教研室贵州省化学合成药物研发利用工程技术研究中心; 出处《山东医药》 CAS 2024年第3期44-50,共7页; 基金国家自然科学基金(82060632) 中央引导地方科技发展基金(黔科中引地[2022]4017) 贵州省卫生健康委科学技术基金项目(gzwkj2022-469)。; 文摘目的基于增强采样构建的隐式马尔可夫状态模型,分析胰高血糖素样肽1受体(GLP-1R)激动剂PF-06882961激活GLP-1R的机制。方法从PDB数据库中下载GLP-1R晶体结构(PDBID:6X1A),基于该晶体结构构建PF06882961与GLP-1R结合的高斯加速动力学(GaMD)体系,模拟PF06882961与GLP-1R结合的动力学轨迹。使用工具包Pyemma读取PF06882961与GLP-1R结合的GaMD动力学轨迹,构建马尔可夫模型。然后分别从一级结构[关键氨基酸残基间的αC间距(Glu247-His180;Glu364-Arg190)]和二级结构[关键α螺旋间扭转角(Val365-Pro358-Ala350;Arg380-Phe390-Met397)]两个层面对构建的马尔可夫模型中PF-06882961与GLP-1R复合物若干构象进行聚类分析,得出5个结构具有差异的PF-06882961与GLP-1R复合物宏观态构象(S1、2、3、4、5),将其可视化后分析各个宏观态构象之间的结构差异,以明确PF-06882961激活GLP-1R的结构基础。结果从二级结构层面进行聚类分析时,PF06882961与GLP-1R结合后,GLP-1R细胞外结构域部分与跨膜结构域间距离减小,GLP-1R下游的G蛋白发生了重要构象转变。从一级结构及二级结构层面进行聚类分析时,PF-06882961结合GLP-1R后,GLP-1R的跨膜结构域内关键氨基酸残基重排出新的极性网络(Glu364-Tyr241-His180-Glu247),细胞外结构域内由Phe385-Tyr203-Tyr148组成π-π堆叠网络。结论 PF-06882961与GLP-1R结合后,通过由Phe385-Tyr203-Tyr148组成的π-π堆叠网络、由Glu364-Tyr241-His180-Glu247重排而成的新极性网络分别稳定GLP-1R的细胞外结构域及跨膜结构域,从而激活GLP-1R。; 关键词胰高血糖素样肽1受体激动剂 PF-06882961 胰高血糖素样肽1受体马尔可夫状态模型高斯加速动力学分子动力学模拟; Keywords glucagon-like peptide-1 receptor agonist PF-06882961 glucagon-like peptide-1 receptor Markov state model Gaussian accelerated molecular dynamics molecular dynamics simulation; 分类号 R914.2 [医药卫生—药物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析被引量：1: 4; 作者周超石婷赵一雷王晓雷; 机构上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1813-1821,共9页; 基金国家自然科学基金(批准号:21377085 21303101) +2 种基金 2014M561463) 上海交通大学高性能计算中心资助~~; 文摘通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法,对喹啉加氧酶(HOD)中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明,氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部,而HOD中有数条可能的通道供氧气进出,其中长度最短的通道具有最高的优先度,不仅在随机加速动力学模拟中具有最高的氧气逸出概率,而且伞状抽样方法计算得到的自由能也最低.此通道的内端位于底物Re面的氧气结合位点,较好地解释了HOD的相关实验数据.; 关键词喹啉加氧酶氧气扩散随机加速分子动力学伞状抽样; Keywords Quinoline oxygenase Oxygendiffusion Random accelerated molecular dynamics Umbrella sampling; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	白腐菌漆酶耐盐性的生物信息学研究及氯离子、氧气和水分子输运通道分析	李文娟赵一雷	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2018	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	酶催化过程的全程模拟	赵媛曹泽星	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2017	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于增强采样构建的隐式马尔可夫状态模型分析GLP-1R激动剂对GLP-1R激活机制	刘一卜汤磊范菊娣	《山东医药》 CAS	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析	周超石婷赵一雷王晓雷	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2017	1	在线阅读下载PDF 职称材料