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基于分子模拟的多孔炭材料结构模型构建方法研究进展被引量：1: 1; 作者周逸寰解强 +2 位作者周红阳梁鼎成刘金昌《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1535-1551,共17页; 结构模型的构建是多孔炭材料结构表征、“构效”关系探究、吸附模拟研究等的前提和基础。本文对基于分子模拟的多孔炭材料结构模型构建方法、应用及特点进行了综述性评介,以挥发性有机物(volatile organic compounds,VOCs)吸附净化用活... 展开更多; 关键词分子模拟活性炭结构模型动力学模型随机填充法; 在线阅读下载PDF 职称材料

白腐菌漆酶耐盐性的生物信息学研究及氯离子、氧气和水分子输运通道分析: 2; 作者李文娟赵一雷《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期255-262,共8页; 运用生物信息学方法分析了各物种漆酶的耐盐性差异,并利用随机加速动力学模拟计算揭示了白腐菌漆酶内部连接三铜活性中心(TNC)的氯离子、氧气和水分子的可能输运通路.生物信息学系统发生树和结构比对分析表明,担子真菌、子囊真菌与细菌... 展开更多; 关键词漆酶耐盐性系统发生树随机加速分子动力学模拟蛋白质内部分子输运; 在线阅读下载PDF 职称材料

酶催化过程的全程模拟被引量：2: 3; 作者赵媛曹泽星《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第4期691-708,共18页; 酶催化包括底物到活性区的输运、选择催化化学反应及产物释放等复杂过程,由于复杂的蛋白质环境效应,任一化学和非化学过程都有可能是决定酶活性的关键步骤。为了全面认识酶催化活性,我们对几类酶催化过程进行了广泛的组合量子/分子力学(... 展开更多; 关键词酶催化底物输运自由能计算 QM/MM MD模拟随机加速动力学模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析被引量：1: 4; 作者周超石婷 +1 位作者赵一雷王晓雷《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1813-1821,共9页; 通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法,对喹啉加氧酶(HOD)中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明,氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部,而HOD中有数条可能的通道... 展开更多; 关键词喹啉加氧酶氧气扩散随机加速分子动力学伞状抽样; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于分子模拟的多孔炭材料结构模型构建方法研究进展被引量：1: 1; 作者周逸寰解强周红阳梁鼎成刘金昌; 机构中国矿业大学(北京)化学与环境工程学院; 出处《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1535-1551,共17页; 基金国家重点研发计划(2022YFC3701901)。; 文摘结构模型的构建是多孔炭材料结构表征、“构效”关系探究、吸附模拟研究等的前提和基础。本文对基于分子模拟的多孔炭材料结构模型构建方法、应用及特点进行了综述性评介,以挥发性有机物(volatile organic compounds,VOCs)吸附净化用活性炭的选型需求为导向,分析各种模型构建方法的适用性。结果表明,由片段单元组装构成多孔炭结构的早期模型,能展现多孔炭材料的部分表观性质,但对多孔炭吸附性能的解析与机理阐释尚缺乏指导意义。多孔炭结构模型构建方法可归为仿真过程法和结构重建法,前者适于炭材料微观结构演变的研究,但所需算力高;后者通过拟合多孔炭的实验、表征数据、在一定约束条件下重建模型,其中的随机填充法可以针对性地调控模型的孔结构和官能团,应用于吸附模拟研究时有助于确定吸附特定VOCs的最优孔结构、筛选合适的活性炭,进而指导多孔炭材料的制备。然而,对包括随机填充法在内的结构重建法,尚需掌握量化调控结构模型孔结构、表面官能团的方法与关键参数,发展能够进行多参数、多指标“构效”关系研究的多尺度化模型,才能对多孔炭材料的实际应用提供指导。; 关键词分子模拟活性炭结构模型动力学模型随机填充法; Keywords molecular simulation activated carbon structural model kinetic modeling random packing; 分类号 X51 [环境科学与工程—环境工程] O647 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名白腐菌漆酶耐盐性的生物信息学研究及氯离子、氧气和水分子输运通道分析: 2; 作者李文娟赵一雷; 机构上海交通大学生命科学技术学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期255-262,共8页; 基金国家自然科学基金(批准号：21377085)资助~~; 文摘运用生物信息学方法分析了各物种漆酶的耐盐性差异,并利用随机加速动力学模拟计算揭示了白腐菌漆酶内部连接三铜活性中心(TNC)的氯离子、氧气和水分子的可能输运通路.生物信息学系统发生树和结构比对分析表明,担子真菌、子囊真菌与细菌漆酶具有较高的结构保守性;通过随机加速动力学模拟发现,白腐菌T.versicolor漆酶内部有5条小分子输运通道(p1~p5),其中p2和p5为新的输运通道;与氧气和水分子输运不同,氯离子在漆酶内部输运时受到明显约束,以较高的几率通过p1和p4输运通道.高耐盐漆酶的p1通道周边富集了更多酸性和芳香性氨基酸残基,降低了氯离子的输运效率,从而提高其耐盐性.; 关键词漆酶耐盐性系统发生树随机加速分子动力学模拟蛋白质内部分子输运; Keywords Laccase Salt tolerance Phylogenetic tree Random acceleration molecular dynamics simulation Protein internal molecules transportation; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名酶催化过程的全程模拟被引量：2: 3; 作者赵媛曹泽星; 机构河南大学天然药物与免疫工程重点实验室厦门大学化学化工学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第4期691-708,共18页; 基金国家自然科学基金(21133007,21373164,21172053)资助项目~~; 文摘酶催化包括底物到活性区的输运、选择催化化学反应及产物释放等复杂过程,由于复杂的蛋白质环境效应,任一化学和非化学过程都有可能是决定酶活性的关键步骤。为了全面认识酶催化活性,我们对几类酶催化过程进行了广泛的组合量子/分子力学(QM/MM)和经典分子力学(MM)动力学模拟(MD)研究,详细地讨论了整个酶催化过程的分子机制、关键残基的作用和蛋白质环境效应,丰富了对酶催化活性的认识。随着多尺度模型和计算模拟方法的进一步完善与发展,有望实现超大复杂生物酶催化过程的全程模拟研究,为酶工程领域的相关研究提供支持。; 关键词酶催化底物输运自由能计算 QM/MM MD模拟随机加速动力学模拟; Keywords Enzymatic catalysis Substrate delivery Free energy calculations QM/MM MD simulation Random acceleration molecular dynamics （DAMD） simulation; 分类号 Q55 [生物学—生物化学] TQ033 [化学工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析被引量：1: 4; 作者周超石婷赵一雷王晓雷; 机构上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1813-1821,共9页; 基金国家自然科学基金(批准号:21377085 21303101) +2 种基金 2014M561463) 上海交通大学高性能计算中心资助~~; 文摘通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法,对喹啉加氧酶(HOD)中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明,氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部,而HOD中有数条可能的通道供氧气进出,其中长度最短的通道具有最高的优先度,不仅在随机加速动力学模拟中具有最高的氧气逸出概率,而且伞状抽样方法计算得到的自由能也最低.此通道的内端位于底物Re面的氧气结合位点,较好地解释了HOD的相关实验数据.; 关键词喹啉加氧酶氧气扩散随机加速分子动力学伞状抽样; Keywords Quinoline oxygenase Oxygendiffusion Random accelerated molecular dynamics Umbrella sampling; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于分子模拟的多孔炭材料结构模型构建方法研究进展	周逸寰解强周红阳梁鼎成刘金昌	《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心	2024	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	白腐菌漆酶耐盐性的生物信息学研究及氯离子、氧气和水分子输运通道分析	李文娟赵一雷	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2018	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	酶催化过程的全程模拟	赵媛曹泽星	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2017	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析	周超石婷赵一雷王晓雷	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2017	1	在线阅读下载PDF 职称材料