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限制性标记基因组扫描分析在前列腺腺癌基因组CpG岛的异常甲基化 被引量:3
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作者 李东 徐战平 +3 位作者 刘久敏 蒲小勇 罗耀雄 郑祥光 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期103-108,共6页
目的用限制性标记基因组扫描(RLGS)分析前列腺腺癌基因组Cp G岛的异常甲基化,为前列腺腺癌相关基因的甲基化研究奠定基础。方法采用激光捕获显微切割技术从20例前列腺腺癌和18例良性前列腺增生组织中捕获均一同质的腺体细胞,提取DNA,利... 目的用限制性标记基因组扫描(RLGS)分析前列腺腺癌基因组Cp G岛的异常甲基化,为前列腺腺癌相关基因的甲基化研究奠定基础。方法采用激光捕获显微切割技术从20例前列腺腺癌和18例良性前列腺增生组织中捕获均一同质的腺体细胞,提取DNA,利用RLGS技术对这些样本基因组Cp G岛扫描,比较前列腺腺癌和良性前列腺增生的Cp G岛甲基化差异,筛选出参与前列腺腺癌发生的Cp G岛甲基化基因。将其上传至DAVID数据库进行GO分析,并对筛选出甲基化最显著的基因DPYS进行焦磷酸测序。结果前列腺腺癌和良性前列腺增生分别有10245个和8658个Cp G岛发生甲基化,甲基化发生率分别为37.2%和30.3%,其中超过60%为启动子区Cp G岛。前列腺腺癌与良性前列腺增生存在差异甲基化的Cp G岛有735个,其中高甲基化458个,去甲基化256个。筛选出DPYS、P16、APC、GSTP1、TMEM122、RARB、ARHGAP20等7个前列腺腺癌甲基化最显著的基因。生物信息学分析提示这些基因涉及多个分子功能和生物过程,其中DPYS参与了13个GO注释的生物功能,50种疾病的发生发展和47个蛋白间的相互作用。对Cp G岛7个位点进行焦磷酸测序,平均甲基化频率为32.7%。可能在前列腺腺癌发生发展中存在重要的意义。结论 RLGS发现前列腺腺癌和良性前列腺增生之间存在大量Cp G岛高甲基化和去甲基化改变。筛选出甲基化显著的基因DPYS在前列腺腺癌发生和发展中起重要作用,机制有待进一步研究。 展开更多
关键词 限制性标记基因组扫描 前列腺癌 良性前列腺增生 DNA甲基化 DPYS
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利用基因组简约法开发烟草SNP标记及遗传作图 被引量:13
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作者 肖炳光 邱杰 +4 位作者 曹培健 桂毅杰 卢秀萍 李永平 樊龙江 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期397-404,共8页
提出了一种基于基因组简约法开发SNP标记的方法,即利用特定限制性内切酶酶切降低基因组复杂度,利用高通量测序平台对酶切位点周围的目标片段进行富集测序,设计一个生物信息学流程进行序列分析和SNP鉴定。以烤烟DH群体为例,通过基因组简... 提出了一种基于基因组简约法开发SNP标记的方法,即利用特定限制性内切酶酶切降低基因组复杂度,利用高通量测序平台对酶切位点周围的目标片段进行富集测序,设计一个生物信息学流程进行序列分析和SNP鉴定。以烤烟DH群体为例,通过基因组简约法收集烟草基因组代表性片段和高通量测序产生11.4 Gb数据,经生物信息学分析获得了1015个高质量SNP位点。以SSR标记为骨架,绘制包括SNP标记在内、标记总数为1307的烤烟遗传连锁图。最后利用该遗传图谱和普通烟草2个祖先种的基因组序列,分析烟草24个连锁群(染色体)之间的同源关系,发现了大量染色体之间的重组或交换事件以及部分染色体之间的共线性。 展开更多
关键词 烤烟 SNP标记 基因组简约法 限制性内切酶 遗传图谱
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人类基因组多样性计划研究进展
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作者 李冬娜 应大君 《海南医学院学报》 CAS 2001年第2期125-128,共4页
关键词 遗传标记 限制性片段长度多态性 基因组多样性 HGDP
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在常规的育种方案中利用基因组选择技术 被引量:1
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作者 黄九龙 Benny van Haandel Patrick Charagu 《国外畜牧学(猪与禽)》 2013年第10期39-42,共4页
基因组选择、标记辅助选择、基因组扫描、基因修饰生物(Genome Modified Organisms,GMO)、基因组测序,所有这些均是现在经常流行的技术,且它们都需要我们拥有较高的知识,并利用DNA的信息.
关键词 基因组扫描 育种方案 技术 利用 MODIFIED 标记辅助选择 基因组测序 基因修饰
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基因标记、转化、表达与检测
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《生物技术通报》 CAS CSCD 1993年第11期36-42,共7页
933637大肠杆菌中β-内酰胺酶包涵体的形成[会,英]/Valax,P.…//Abstr.Pcp.Am.Chem.Soc.-1993,205 Neet.,Pt.1.-BIOT6[译自 DB-A,1993,12(11),93-06085]β-内酰胺酶从三个不同的质粒表达,它们可使该酶在胞质或周质空间分离。测定了温度... 933637大肠杆菌中β-内酰胺酶包涵体的形成[会,英]/Valax,P.…//Abstr.Pcp.Am.Chem.Soc.-1993,205 Neet.,Pt.1.-BIOT6[译自 DB-A,1993,12(11),93-06085]β-内酰胺酶从三个不同的质粒表达,它们可使该酶在胞质或周质空间分离。测定了温度(30、37和42℃)和 pH(6.0、7.0和8.0) 展开更多
关键词 包涵体蛋白 基因标记 周质 启动子调控 细胞基因组 限制性位点 电激法 报道基因 虫荧光素酶 转染细胞
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常染色体显性低频感音神经性耳聋一家系MYO7A基因一个新突变位点的鉴定分析
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作者 孙艺 朱玉华 +6 位作者 程静 李建忠 卢宇 金占国 冀飞 王荣光 袁慧军 《中华耳科学杂志》 CSCD 2010年第2期188-193,共6页
目的一个命名为HB-S037的常染色体显性非综合征遗传性耳聋中国家系致病基因定位及MYO7A基因突变分析。方法通过对该家系参与连锁分析的23名成员应用Affymetrix5.0SNP(Single Nucleotide Polymorphisms,单核苷酸多态性)芯片进行全基因组... 目的一个命名为HB-S037的常染色体显性非综合征遗传性耳聋中国家系致病基因定位及MYO7A基因突变分析。方法通过对该家系参与连锁分析的23名成员应用Affymetrix5.0SNP(Single Nucleotide Polymorphisms,单核苷酸多态性)芯片进行全基因组扫描及连锁分析,致病基因的染色体定位;之后,选取微卫星标记进行精细扫描,确定候选基因,MYO7A基因外显子扩增及测序。结果应用Affymetrix 5.0 SNP芯片进行全基因组扫描及连锁分析,将HB-S037家系的致病基因初步定位于第11号染色体11q13.4-14.1之间(最大LOD值=4.346),选取初步定位区域内及附近的12个微卫星标记进行精细定位及单倍型分析,将致病基因定位于微卫星标记D11S1314和D11S4166之间的区域(最大LOD值=4.18)。对定位区域内候选基因MY07A的49个外显子直接测序,在MYO7A第17外显子有一个新的突变位点c.2011G>A,该位点突变与此家系疾病表型共分离,并引起编码第671位的甘氨酸替换为丝氨酸(G671S)。该位点在多物种之间保守。100个听力正常人未发现此突变。结论 HB-S037家系定位于第11号染色体的长臂11q13.4-14.1之间,致病基因为MYO7A,MYO7A第17外显子c.2011G>A突变引起第671位氨基酸甘氨酸替换为丝氨酸,该突变为HB-S037家系的致病突变,为MYO7A基因的一个新发现的突变位点。 展开更多
关键词 常染色体显性非综合征遗传性聋 单核苷酸多态性 SNP芯片 基因组扫描 微卫星标记 连锁分析 MYO7A 直接测序法
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幽门螺杆菌的基因分型技术及其应用 被引量:5
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作者 王佳静 谷海瀛 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期97-103,共7页
幽门螺杆菌(Hp)可以在人群中广泛传播,并会引发一系列的胃肠道疾病甚至胃癌。不同基因型的Hp感染可能会引发不同类型的疾病,而基因分型技术是研究这类问题的重要方法。本文主要介绍了多位点序列分型、脉冲场凝胶电泳、随机扩增多态DNA... 幽门螺杆菌(Hp)可以在人群中广泛传播,并会引发一系列的胃肠道疾病甚至胃癌。不同基因型的Hp感染可能会引发不同类型的疾病,而基因分型技术是研究这类问题的重要方法。本文主要介绍了多位点序列分型、脉冲场凝胶电泳、随机扩增多态DNA、扩增片段长度多态性和全基因组测序这五种基因分型技术,通过综述这几种技术在Hp基因分型中的应用进展,比较它们之间的优缺点,为今后研究Hp的致病机制、传播机制以及流行病学调查提供方法学依据。 展开更多
关键词 螺杆菌 幽门 基因 序列标记位点 电泳 凝胶 脉冲场 多态性 限制性片段长度 随机扩增多态DNA技术 聚合酶链反应 基因组 细菌 综述
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DNA多态性分析技术及其在蚕业上的应用 被引量:1
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作者 周泽扬 鲁成 +1 位作者 夏庆友 向仲怀 《蚕学通讯》 1996年第4期16-20,共5页
现代分子生物学的迅猛发展,使整个生命科学研究发生了深刻的革命.由之而孕育出的以基因组DNA多态性分析为核心的分子标记(molecular marker)技术,使人们对于生物遗传差异的认识,由表型(产物)特征深入到了分子水平,产生了由现象到本质的... 现代分子生物学的迅猛发展,使整个生命科学研究发生了深刻的革命.由之而孕育出的以基因组DNA多态性分析为核心的分子标记(molecular marker)技术,使人们对于生物遗传差异的认识,由表型(产物)特征深入到了分子水平,产生了由现象到本质的飞跃.DNA多态性是指基因组DNA在漫长的生命繁演历程中所发生的自然突变(DNA片断的插入、缺失、重排或碱基置换)状况的差异性.这种差异反映了基因组的本质特征。 展开更多
关键词 DNA多态性 分析技术 基因组DNA 分子标记 多态性分析 限制性片段长度多态性(RFLP) 模板DNA 蚕业 限制性内切酶 遗传标记
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农业其他
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《生物技术通报》 CAS CSCD 1990年第5期93-96,共4页
关键词 启动子 报道基因 限制性位点 拷贝数 转座子 基因标记 植物乳杆菌 谷蛋白 标记基因 植物基因组
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