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应用Agilent 2100 Bioanalyzer分析限制性显示技术制备的HIV片段库 被引量：1
1
作者 刘佳 马文丽 +1 位作者 李凌 郑文岭 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期267-272,共6页
使用Agilent 2 10 0Bioanalyzer分析限制性显示技术 (restrictiondisplay ,RD)制备的HIV片段库 .利用合适的限制酶从质粒上获得HIVB亚型代表株U2 6 94 2全基因cDNA ,然后将目的片段进行Sau3AⅠ消化 ,在消化得到的片段两端加接头 ,利用... 使用Agilent 2 10 0Bioanalyzer分析限制性显示技术 (restrictiondisplay ,RD)制备的HIV片段库 .利用合适的限制酶从质粒上获得HIVB亚型代表株U2 6 94 2全基因cDNA ,然后将目的片段进行Sau3AⅠ消化 ,在消化得到的片段两端加接头 ,利用通用引物进行PCR扩增 ,扩增结果通过琼脂糖凝胶电泳以及Agilent 2 10 0Bioanalyzer两种方法分析 .结果显示 ,Agilent 2 10 0Bioanalyzer比琼脂糖凝胶电泳能更快速、直接和客观地反映RD技术制备的DNA片段的大小以及含量 ,并能对RD PCR过程中片段自身连接以及优势扩增的现象进行直接的监控作用 . 展开更多
关键词 限制性显示技术 AGILENT 2100 Bioanalyzer HIV片段库
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限制性显示技术作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法的初步研究(英文)
2
作者 莫小阳 马文丽 +5 位作者 李凌 石嵘 张宝 徐秋林 张海燕 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2005年第9期1081-1085,1094,共6页
目的初步研究限制性显示技术(RD-PCR)作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法对芯片杂交信号的影响。方法收集3个健康人外周血单核细胞,提取RNA后分为两组,采用RD-PCR进行样本双色(Cy3/Cy5)荧光标记,与3张Agilent60mer高密度(22K)... 目的初步研究限制性显示技术(RD-PCR)作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法对芯片杂交信号的影响。方法收集3个健康人外周血单核细胞,提取RNA后分为两组,采用RD-PCR进行样本双色(Cy3/Cy5)荧光标记,与3张Agilent60mer高密度(22K)人1B寡核苷酸芯片进行杂交。排除阴性和阳性对照信号值、Cy3和(或)Cy5的前景与背景间无统计显著性差异点的信号值,进一步排除两种荧光标记间存在统计显著性差异点的信号值,将3张芯片的共同信号值用于分析。SPSS软件进行常规统计分析和作图,R语言环境下的VSN统计包排除芯片间和两种不同荧光标记间的系统误差。结果3张芯片的8744个共同点用于本研究。芯片间及两种荧光标记间存在明显的可校正的系统误差。芯片间杂交信号值相关显著。RD-PCR样本标记方法对较低表达基因信号值较为敏感。结论初步的统计分析结果表明,RD-PCR是一种潜在的有用的高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法。 展开更多
关键词 限制性显示技术 高密度长链寡核苷酸芯片 样本标记
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限制性酶切片段差异显示技术搜寻和克隆肝癌相关基因
3
作者 赵苗青 李劲松 +3 位作者 胡成进 张喜善 克丙申 陈英剑 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期2218-2222,共5页
目的:筛选新的肝癌相关基因并对其作用进行研究,探讨肝癌的发生机制,从而对肝癌的早期诊断和治疗提供新的思路。方法:应用限制性酶切片段差异显示技术对比研究手术切除的新鲜的原发性肝细胞癌组织及其周围相对正常的肝组织,通过放射自... 目的:筛选新的肝癌相关基因并对其作用进行研究,探讨肝癌的发生机制,从而对肝癌的早期诊断和治疗提供新的思路。方法:应用限制性酶切片段差异显示技术对比研究手术切除的新鲜的原发性肝细胞癌组织及其周围相对正常的肝组织,通过放射自显影显示结果并筛选差异条带。对差异表达基因序列进行克隆、测序和GenBank同源性比对,进一步分析差异表达的基因片段。结果:筛选出18条表达有差异的条带,其中肝癌组织表达上调的基因有16条,肝癌组织低表达或缺失,正常组织高表达的基因有2条。二次PCR扩增出3条差异条带,进行克隆、鉴定和测序,并进行同源性比较。其中1条基因与已知基因无明显同源性,可能为新的基因;1条基因序列与编码人类核糖体蛋白基因的cDNA同源性较高(86%);另有1条基因序列与编码P选择蛋白的基因高度同源(98%)。结论:共克隆鉴定了3条肝癌相关基因,并初步探讨其功能,为进一步探讨肝癌的发生机理提供了理论依据。 展开更多
关键词 肝肿瘤 放射自显影术 基因复制 限制性酶切片段差异显示技术
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RD-PCR技术在酵母基因表达谱研究中的应用 被引量：1
4
作者 刘莉扬 马文丽 +2 位作者 宋艳斌 张宝 郑文岭 《西安医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期246-248,261,共4页
目的　应用RD PCR技术分离酵母基因。方法　首先提取酿酒酵母 (Saccharomycescerevisiae)总RNA ,纯化mRNA ;然后 ,反转录成双链cDNA ;再用限制性内切酶Sau3AI酶切 ,在酶切片段上加上接头后 ,用通用引物U进行第一次PCR扩增 ,以这一产物... 目的　应用RD PCR技术分离酵母基因。方法　首先提取酿酒酵母 (Saccharomycescerevisiae)总RNA ,纯化mRNA ;然后 ,反转录成双链cDNA ;再用限制性内切酶Sau3AI酶切 ,在酶切片段上加上接头后 ,用通用引物U进行第一次PCR扩增 ,以这一产物为模板用选择性引物(在通用引物的 3’端延伸两个碱基 )作第二次PCR扩增。 5 %PAGE胶分离基因片段 ,选择单带割胶回收 ,做第三次PCR扩增 ,与载体连接 ,最后进行测序分析。结果　采用这种方法分离得到的基因片段 ,经Blast检索分析 ,确为来自酿酒酵母基因的cDNA片段或表达序列标签 (EST)。结论　RD PCR技术可以有效地分离EST ,可用于酵母基因表达调控的研究。 展开更多
关键词 RD-PCR技术 基因表达谱 酿酒酵母 限制性显示技术 表达序列标签
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乙型脑炎病毒寡核苷酸基因芯片研究 被引量：9
5
作者 张海燕 马文丽 +4 位作者 李凌 吴清华 徐秋林 温颖 郑文岭 《实用医学杂志》 CAS 2005年第12期1244-1247,共4页
目的:制备检测乙型脑炎病毒寡核苷酸(oligo)基因芯片。方法:应用生物信息学软件设计60-meroligo探针用于制备基因芯片,乙型脑炎病毒(JEV)基因片段经限制性显示技术扩增标记,用于芯片杂交,清洗和干燥后对芯片进行扫描和数据分析。结果:... 目的:制备检测乙型脑炎病毒寡核苷酸(oligo)基因芯片。方法:应用生物信息学软件设计60-meroligo探针用于制备基因芯片,乙型脑炎病毒(JEV)基因片段经限制性显示技术扩增标记,用于芯片杂交,清洗和干燥后对芯片进行扫描和数据分析。结果:大部分oligo探针都能特异性与相应样品杂交,呈现阳性荧光信号,而阴性对照和空白对照则基本不能检测到荧光信号。结论:实验中建立的oligo基因芯片检测病原体方法可行,具有应用于临床诊断的前景。 展开更多
关键词 乙型脑炎病毒 寡核苷酸基因芯片 限制性显示技术 基因芯片检测 生物信息学 软件设计 基因片段 数据分析 空白对照 阴性对照 临床诊断 光信号 特异性 病原体 制备 探针 杂交
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精子基因表达谱研究初探 被引量：2
6
作者 毛向明 马文丽 +2 位作者 冯春琼 邹亚光 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2004年第9期1033-1036,共4页
目的应用限制性显示技术,收集正常成年男性的精子基因表达谱探针,制备相应的精子表达谱芯片,以对成年男性正常精子的基因表达情况有一全面、系统的了解。方法提取成年男性正常精子的总RNA,逆转录为cDNA,经限制性内切酶酶切、加接头、PC... 目的应用限制性显示技术,收集正常成年男性的精子基因表达谱探针,制备相应的精子表达谱芯片,以对成年男性正常精子的基因表达情况有一全面、系统的了解。方法提取成年男性正常精子的总RNA,逆转录为cDNA,经限制性内切酶酶切、加接头、PCR扩增、转化、克隆、鉴定等操作,收集成年男性正常精子的基因表达谱探针,制备相应的精子表达谱芯片,并进行初步的杂交分析。结果收集了1 859个基因片段,取其中368个基因探针制备芯片,进行了小量初试。结论证实在精子中有大量基因表达;提示我们自行制备的精子基因表达谱探针也具有较好的特异性和可信性。 展开更多
关键词 精子 限制性显示技术 探针 芯片
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Agilent 2100 Bioanalyzer在基因差异表达研究中的应用 被引量：2
7
作者 刘翠华 马文丽 +2 位作者 石嵘 欧阳谦 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第12期1066-1069,共4页
目的观察Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(以下简称Bioanalyzer)在基因差异表达研究中的应用。方法应用限制性显示技术分别从正常和热休克处理后的酿酒酵母细胞中分离出cDNA片段,然后再用Bioanalyzer和传统的琼脂糖凝胶电泳技术... 目的观察Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(以下简称Bioanalyzer)在基因差异表达研究中的应用。方法应用限制性显示技术分别从正常和热休克处理后的酿酒酵母细胞中分离出cDNA片段,然后再用Bioanalyzer和传统的琼脂糖凝胶电泳技术对RD-PCR产物进行检测分析。结果Bioanalyzer能更快速、敏感地分离和显示差异表达的基因片段,并且通过对差异片段进行定量比较,发现了数个表达有明显差异的基因片段。结论Bioanalyzer在基因差异表达研究中具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 芯片分析系统 Agilent2100 Bioanalyzer 限制性显示技术 琼脂糖凝胶电泳 热休克 基因差异表达
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HIV检测长寡核苷酸芯片的研制和临床初步应用
8
作者 温颖 马文丽 +3 位作者 李凌 单桂秋 吕品 郑文岭 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期616-618,共3页
目的研制人类免疫缺陷病毒(HIV)快速筛查的寡核苷酸芯片并初步应用于临床。方法以HIV2个基因型(包括9个亚型)的32株典型性代表株和HIV2特有的vpx序列的保守序列为靶序列,设计长寡核苷酸探针,并制备成Oligo芯片。样品经随机特异性引物PC... 目的研制人类免疫缺陷病毒(HIV)快速筛查的寡核苷酸芯片并初步应用于临床。方法以HIV2个基因型(包括9个亚型)的32株典型性代表株和HIV2特有的vpx序列的保守序列为靶序列,设计长寡核苷酸探针,并制备成Oligo芯片。样品经随机特异性引物PCR标记后与芯片杂交,PCR产物同时进行测序分析。结果1例HIV患者芯片杂交结果阳性,20名健康对照血清均为阴性。阳性标本的序列分析表明,芯片杂交结果符合测序的分型结果。结论此芯片可初步用于检测血清HIVRNA,并对HIV基因(亚)型进行分析。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒 寡核苷酸芯片 限制性显示技术
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大肠杆菌poly(A)化mRNA cDNA文库的构建与鉴定 被引量：1
9
作者 胡子有 马文丽 +4 位作者 吴清华 张宝 宋艳斌 郭秋野 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第11期1005-1009,共5页
目的构建和鉴定大肠杆菌poly(A)化mRNA的cDNA文库。方法应用限制性显示PCR技术构建大肠杆菌poly(A)化mRNA的cDNA文库,筛选、收集cDNA片段,并进行测序。根据测序结果进行初步的生物信息学分析和结果验证。结果构建了大肠杆菌poly(A)化mRN... 目的构建和鉴定大肠杆菌poly(A)化mRNA的cDNA文库。方法应用限制性显示PCR技术构建大肠杆菌poly(A)化mRNA的cDNA文库,筛选、收集cDNA片段,并进行测序。根据测序结果进行初步的生物信息学分析和结果验证。结果构建了大肠杆菌poly(A)化mRNA的限制性cDNA文库,并对其中66个基因片段进行了分析。结论所构建的大肠杆菌poly(A)化mRNA的cDNA文库片段重复性低,质量高。 展开更多
关键词 DNA 互补 大肠杆菌 多聚腺苷酸化 分子克隆 限制性显示PCR技术
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