应用限制性酶切位点相关DNA测序技术(RAD-seq)检测白洋淀和微山湖野生莲多样性

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作者 付彦荣 刘凤栾 +2 位作者 李硕 田代科 董丽 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期55-60,共6页

采集莲(Nelumbo Adans.)样本共127份,其中:白洋淀野生莲居群样本60份、微山湖居群样本45份、对照样本共22份(黑龙江、吉林、辽宁、内蒙、湖南、四川野生莲样本6份,古代莲样本4份,莲栽培品种样本5份,泰国、印度、越南、澳大利亚的野生莲... 采集莲(Nelumbo Adans.)样本共127份,其中:白洋淀野生莲居群样本60份、微山湖居群样本45份、对照样本共22份(黑龙江、吉林、辽宁、内蒙、湖南、四川野生莲样本6份,古代莲样本4份,莲栽培品种样本5份,泰国、印度、越南、澳大利亚的野生莲样本5份,美洲莲、亚美杂交莲样本各1份)。采用限制性酶切位点相关DNA测序技术(RAD-seq)对莲样本单核苷酸多态性(SNP)检测、遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:对116份莲样本简化测序,共得到高质量序列数919915896条、高质量碱基数据128055038010 bp。经单核苷酸多态性检测,共得到535269个单核苷酸多态性标记,构建了邻接法(NJ)系统发育树和群体遗传结构图;系统发育树表明,所有莲样本可分为10个分支,其中48份白洋淀野生莲样本、36份微山湖野生莲样本、6份中国其他地区野生莲样本、4份古代莲样本,泰国、印度等外国野生莲样本共同组成1个伞状分支。遗传结构分析表明,白洋淀和微山湖野生莲居群主体属于同一遗传背景,与系统发育树反映的结果高度一致。说明在大地理范围的外国野生莲作为对照的背景下,白洋淀野生莲居群和微山湖野生莲居群之间未呈现显著遗传分化。 展开更多

关键词 莲 野生莲 遗传多样性 限制性酶切位点相关dna测序(RAD-seq) 白洋淀 微山湖

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以DNA测序及限制性酶切反应鉴定PCR产物特异性

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作者 常雅萍 乔原 +1 位作者 赵世洪 于永利 《白求恩医科大学学报》 CSCD 1998年第4期337-339,共3页

目的：对PCR产物进行特异性鉴定。方法：采用DNA测序及限制性酶切反应方法。结果：DNA测序可排除PCR产物的假阳性。另一种简便易行的方法是，设计包含某一已知偏位性酶切位点的特异引物进行PCR，通过酶切反应及电泳分析鉴定其特异性。... 目的：对PCR产物进行特异性鉴定。方法：采用DNA测序及限制性酶切反应方法。结果：DNA测序可排除PCR产物的假阳性。另一种简便易行的方法是，设计包含某一已知偏位性酶切位点的特异引物进行PCR，通过酶切反应及电泳分析鉴定其特异性。结论：此方法对PCR产物特异性鉴定十分必要。 展开更多

关键词 限制性酶切反应 dna测序 聚合酶链反应

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限制性内切酶酶切确证河豚鱼成分PCR检测结果 被引量：6

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作者 曲良苗 陈文炳 +3 位作者 缪婷玉 邵碧英 彭娟 江树勋 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第8期169-173,共5页

动植物成分的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测往往出现假阳性结果,为了有效排除河豚鱼成分检测中出现的假阳性现象,提高检测结果的准确性,应用河豚鱼PCR检测引物进行河豚鱼成分的PCR检测与限制性内切酶NmeAⅢ酶切确... 动植物成分的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测往往出现假阳性结果,为了有效排除河豚鱼成分检测中出现的假阳性现象,提高检测结果的准确性,应用河豚鱼PCR检测引物进行河豚鱼成分的PCR检测与限制性内切酶NmeAⅢ酶切确证实验。18个供试样品中3个样品无PCR扩增产物,判为阴性结果,15个样品初步判为疑似阳性。应用限制性内切酶NmeAⅢ对疑似阳性样品的PCR产物进行酶切与电泳分析,电泳图谱与河豚鱼阳性对照不同的2个样品,判定为假阳性结果,电泳图谱与阳性对照相同的4个未知学名的河豚鱼加工样品,确证为阳性结果,即检出河豚鱼成分,PCR产物序列经GenBank同源性序列查询比对(BLAST)予以验证,建立了简便的河豚鱼成分PCR检测结果确证方法。 展开更多

关键词 河豚鱼 PCR检测 限制性内切酶 dna测序 结果确证

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基于RAD重测序技术开发烟草品种SNP位点 被引量：6

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作者 任民 程立锐 +2 位作者 刘旦 蒋彩虹 杨爱国 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2018年第3期10-17,共8页

利用限制性内切酶位点标签(RAD)技术,通过对10份供试烟草材料的基因组简化重测序,发掘了烟草高通量SNP位点,为烟草基因组学提供标记信息。结果表明,本研究共获得了44.33 Gb的Clean data数据,平均覆盖度1.01 X,共鉴定到291 770个SNP位点,... 利用限制性内切酶位点标签(RAD)技术,通过对10份供试烟草材料的基因组简化重测序,发掘了烟草高通量SNP位点,为烟草基因组学提供标记信息。结果表明,本研究共获得了44.33 Gb的Clean data数据,平均覆盖度1.01 X,共鉴定到291 770个SNP位点,SNP位点间的平均间距为10.066±29.801 kb。发掘到的SNP位点能够覆盖整个基因组,但在不同染色体部位上的分布密度存在一定差异,在17号染色上半臂的存在一段大范围的SNP密集区域。SNP变异类型以转换为主,通过功能注释在基因区域发现45 049处SNP位点。利用SNP分型信息,计算了供试品种间的遗传距离,平均为0.29,台烟8号的遗传背景与其他品种相对最远。该结果将为烟草QTL定位、候选基因发掘、亲本组配等研究提供科研依据。 展开更多

关键词 烟草 限制性内切酶位点标签 重测序 单核苷酸多态性

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简化基因组测序技术及其在海洋生物研究中的应用 被引量：11

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作者 边力 王军 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期3-12,共10页

传统开发遗传标记的方法通常会消耗大量的人力、物力和时间,伴随着高通量测序技术的飞速发展,一种高效的标记开发技术即简化基因组测序技术开始得到广泛应用.简化基因组测序技术可以在一次实验中获得成千上万的遗传标记,建库过程简易,... 传统开发遗传标记的方法通常会消耗大量的人力、物力和时间,伴随着高通量测序技术的飞速发展,一种高效的标记开发技术即简化基因组测序技术开始得到广泛应用.简化基因组测序技术可以在一次实验中获得成千上万的遗传标记,建库过程简易,成本较低.其通过实验手段降低基因组的复杂度,仅对部分基因组进行测序,随后在该部分获得的基因组开发分子标记.基于酶切的简化基因组测序技术可分为三大类:简化代表库测序、限制性酶切位点相关DNA测序和低覆盖度的分型测序.在海洋生物研究中,简化基因组测序技术已被广泛应用于群体遗传学、系统进化学、适应性进化、遗传图谱构建及数量性状位点定位等研究领域. 展开更多

关键词 简化基因组测序 海洋生物 基因分型 限制性酶切位点相关dna测序

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烟草基因组知识篇:2.基因组测序 被引量：1

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作者 孙玉合 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2010年第2期76-77,共2页

基因组计划的最终目标是获取所研究生物体的全部DNA序列，一般包括三个图谱，即遗传图谱、物理图谱和基因组全序列图谱，并将基因以及其他有意义的特征定位于DNA序列中。人以及模式生物的染色体都不能直接进行DNA测序，因此首先必须将... 基因组计划的最终目标是获取所研究生物体的全部DNA序列，一般包括三个图谱，即遗传图谱、物理图谱和基因组全序列图谱，并将基因以及其他有意义的特征定位于DNA序列中。人以及模式生物的染色体都不能直接进行DNA测序，因此首先必须将它们随机地“敲碎”（通过限制性内切酶酶切或超声波处理或DNA酶I降解）变成成千上万的小片段，构建成不同水平和类型的基因组文库， 展开更多

关键词 基因组测序 限制性内切酶酶切 dna序列 知识 烟草 遗传图谱 基因组全序列 基因组计划

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RAD标记测序及其在分子育种中的应用 被引量：7

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作者 王冠杰 周波 李玉花 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期797-803,共7页

基于限制位点相关的DNA(restriction site associated DNA,RAD)标记的测序方法是一种新型的测序技术.其优点是不仅节省传统测序的试验成本,而且能快速准确的定位出数以千计的基因标记,从而更加适合分子辅助育种的应用.该方法可应用于寻... 基于限制位点相关的DNA(restriction site associated DNA,RAD)标记的测序方法是一种新型的测序技术.其优点是不仅节省传统测序的试验成本,而且能快速准确的定位出数以千计的基因标记,从而更加适合分子辅助育种的应用.该方法可应用于寻找DNA多态性,鉴别SNP,构建未知基因组序列生物的遗传图谱,定位目的性状基因等.本文主要综述了RAD标记和RAD测序的研究进展及其在分子育种中的应用. 展开更多

关键词 限制位点相关的dna(RAD)标记 RAD测序 遗传图谱

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珍稀鱼类多鳞白甲鱼的全基因组单核苷酸多态性发现及遗传多样性评价

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作者 苟妮娜 靳铁治 +1 位作者 王开锋 杨斌 《西北农业学报》 北大核心 2025年第5期779-785,共7页

旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(sing... 旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)。秦岭北坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.177、0.200和0.145,而秦岭南坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.261、0.291和0.212。种群结构分析结果表明,秦岭南北坡两个多鳞白甲鱼地理种群的遗传多样性存在明显差异。 展开更多

关键词 遗传多样性 多鳞白甲鱼 群体遗传学 限制性内切位点相关dna测序 单核苷酸多态性

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DNA分析与扩增

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《生物技术通报》 CAS CSCD 1993年第5期31-35,共5页

关键词 dna分析 测序技术 RNA 终止密码子 聚合酶 人类基因组计划 直接测序 限制性位点 Sanger 表达克隆

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表观遗传学研究方法进展 被引量：7

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作者 郑小国 陈亮 +1 位作者 楼巧君 罗利军 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期63-71,共9页

表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正... 表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正在逐步从定性检测向定量分析方向发展,从个别位点向高通量检测发展。此外,新一代测序技术的应用将大大推动表观遗传研究的发展,包括单分子实时测序法、单分子纳米孔测序法等。综述目前常用的DNA甲基化、组蛋白修饰研究方法以及最新的单分子测序技术,并对它们在表观遗传修饰检测中的应用作了简要对比分析。 展开更多

关键词 表观遗传学 dna甲基化 组蛋白修饰 限制性内切酶酶切法 重亚硫酸盐法 染色质免疫共沉淀 单分子实时测序 单分子纳米孔测序

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流行性乙型脑炎病毒结构蛋白编码基因的重组构建 被引量：1

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作者 冯国和 王玉梅 +3 位作者 刘宁 刘沛 王占英 竹上勉 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期385-387,共3页

目的:建立流行性乙型脑炎病毒(JEV)C、prME,E等结构蛋白编码基因克隆。方法:病毒感染C6/36细胞,RT-PCR法依次获取该病毒结构蛋白基因并进行DNA测序分析,PCR克隆法将PCR产物分别构建于真核表达载体pcDNA 3.1的BamH I与EcoR I酶切位点并... 目的:建立流行性乙型脑炎病毒(JEV)C、prME,E等结构蛋白编码基因克隆。方法:病毒感染C6/36细胞,RT-PCR法依次获取该病毒结构蛋白基因并进行DNA测序分析,PCR克隆法将PCR产物分别构建于真核表达载体pcDNA 3.1的BamH I与EcoR I酶切位点并依次命名为pJC、pJME与pJE,通过DNA测序、电泳以及限制性内切酶分析加以鉴定。结果:JEV C、prME与E基因片段分别为380、2 001以及1 500 bp,各基因测序结果与发表的JEV JaGAr-01株相对应序列相一致,从重组质粒释出的插入子分别与各基因大小相符合。结论:pJC、pJME与pJE重组质粒分别含有C、prME与E蛋白编码基因。 展开更多

关键词 流行性乙型脑炎病毒 重组质粒 dna测序 限制性内切酶分析

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多药耐药基因MDR1 C3435T多态性与口服环孢素A清除率的关系 被引量：3

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作者 梁惠琪 焦正 +3 位作者 丁俊杰 李中东 施孝金 钟明康 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期165-168,共4页

的　探讨多药耐药基因 (MDR1 ) 2 6外显子C3435T多态性与环孢素A(CsA)药动学特性间的关系。方法　HPLC法测定 2 0名健康男性单次口服CsA 5 0 0mg后 2 4h中不同时间点的药物浓度。C3435T的多态性测定采用DNA限制性片段长度多态性法 ,并... 的　探讨多药耐药基因 (MDR1 ) 2 6外显子C3435T多态性与环孢素A(CsA)药动学特性间的关系。方法　HPLC法测定 2 0名健康男性单次口服CsA 5 0 0mg后 2 4h中不同时间点的药物浓度。C3435T的多态性测定采用DNA限制性片段长度多态性法 ,并用基因测序法验证。结果　 2 0名健康男性志愿者中 ,5例为CC型 ,1 1例为CT型 ,4例为TT型。CC型、CT型和TT型的cmax分别为 (2 1 2 4 .4± 1 79.4 )ng/mL、(1 934.3±372 .8)ng/mL和 (1 76 5 .3± 4 1 6 .0 )ng/mL ;AUC0 inf分别为 (1 392 2 .2± 2 881 .9)ng·h/mL、(1 1 5 1 1 .8± 2 1 92 .1 )ng·h/mL和 (85 1 5 .3± 1 0 6 2 .3)ng·h/mL ;CL/F分别为 (37.0± 6 .5 )L/h、(45 .0± 9.0 )L/h和 (5 9.5± 8.1 )L/h ;至少含有一个C等位基因的基因型 (CC和CT型 )与TT型相比 ,cmax和AUC0 inf分别高了 1 5 %和 4 9%,CL/F低了 31 %。C3435T的基因多态性与cmax无相关性 (P >0 .0 5 ) ,而与CL/F和AUC0 inf有关 (P =0 .0 1 3)。结论　MDR1C3435T的多态性是口服CsA生物利用度变异大的影响因素。 展开更多

关键词 多药耐药基因 MDR1 环孢素A 限制性片段长度多态性法 清除率 健康男性 26外显子 HPLC法 基因多态性 生物利用度 药物浓度 不同时间 单次口服 等位基因 T型 mL 药动学 24h dna 测序法 志愿者 CL 基因型 相关性 CsA 测定 C型

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流行性乙型脑炎病毒NS4A蛋白基因的克隆及其在大肠埃希菌的表达

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作者 冯国和 王玉梅 +3 位作者 刘宁 王占英 刘沛 竹上勉 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期497-499,共3页

目的:克隆及表达流行性乙型脑炎病毒(JEV)NS4A蛋白基因。方法:JEV JaGAr-01株感染C6/36细胞,RT-PCR法获取JEV NS4A蛋白基因并采用AB I PRSMTM310 Genetic Analyzer进行DNA测序分析,PCR克隆方法将RT-PCR产物构建于原核表达载体PET-3 a的B... 目的:克隆及表达流行性乙型脑炎病毒(JEV)NS4A蛋白基因。方法:JEV JaGAr-01株感染C6/36细胞,RT-PCR法获取JEV NS4A蛋白基因并采用AB I PRSMTM310 Genetic Analyzer进行DNA测序分析,PCR克隆方法将RT-PCR产物构建于原核表达载体PET-3 a的BamH I与EcoR I酶切位点并命名为pNS4A,电泳进行限制性内切酶分析。结果:JEV NS4A蛋白基因大小为446 bp,DNA测序与发表的JEV JaGAr-01株相对应的DNA序列相符合,酶切后从重组质粒释出的插入子与JEV NS4A蛋白基因大小相一致。pNS4A在原核细胞内表达的特异蛋白分子量约16 kDa,与JEV NS4A蛋白理论计算相一致。结论:获取的JEV NS4A蛋白基因来自于JaGAr-01野生株,pNS4A在大肠埃希菌中表达的蛋白产物为JEV NS4A蛋白。 展开更多

关键词 流行性乙型脑炎病毒 pNS4A dna测序 限制性内切酶分析 蛋白表达

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泡桐高密度分子遗传图谱的构建 被引量：6

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作者 李文杨 王娟 +1 位作者 赵振利 范国强 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期80-85,共6页

以毛泡桐Paulownia tomentosa为母本、白花泡桐Paulownia fortunei为父本进行正反交,以杂交获得的子一代(F1)构建泡桐连锁图谱的作图群体,选取限制性内切酶EcoRI对185个样品的基因组进行酶切,利用Illumina Hiseq2000测序平台进行RAD测... 以毛泡桐Paulownia tomentosa为母本、白花泡桐Paulownia fortunei为父本进行正反交,以杂交获得的子一代(F1)构建泡桐连锁图谱的作图群体,选取限制性内切酶EcoRI对185个样品的基因组进行酶切,利用Illumina Hiseq2000测序平台进行RAD测序建库,以白花泡桐基因组为参考,采用SOAP2软件进行序列比对,利用筛选到的单核苷酸多态性SNP(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)位点对该群体进行基因型分析,使用Joinmap version 4.0软件构建泡桐连锁遗传图谱。结果表明:利用RAD测序技术共获得551894个SNP标记,构建了含20个连锁群的泡桐遗传连锁图谱,该图谱的总图距为2050.77cM,标记间平均图距为0.58cM,图谱预期长度为2064.29cM,图谱基因覆盖度为99.35%。本研究构建的泡桐连锁遗传图谱具有高精度和覆盖泡桐基因组完整(构建连锁群数目等于泡桐单倍体基因组染色体的数目)的优点,为泡桐分子育种学研究奠定了基础。 展开更多

关键词 泡桐 遗传图谱 限制性酶切位点相关dna测序 单核苷酸多态性

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日本鳗鲡离散SNP标记筛选及群体遗传多样性分析 被引量：5

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作者 于磊 刘炳舰 刘进贤 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期37-47,共11页

日本鳗鲡(Anguilla japonica)野生资源数量锐减,亟需对其开展群体遗传学和保护遗传学研究。单核苷酸多态性标记(SNP)是重要的遗传标记,然而在日本鳗鲡中还尚未有报道。本研究采用酶切位点相关DNA测序技术开发了日本鳗鲡的离散SNP标记,利... 日本鳗鲡(Anguilla japonica)野生资源数量锐减,亟需对其开展群体遗传学和保护遗传学研究。单核苷酸多态性标记(SNP)是重要的遗传标记,然而在日本鳗鲡中还尚未有报道。本研究采用酶切位点相关DNA测序技术开发了日本鳗鲡的离散SNP标记,利用KASPar技术对辽宁丹东和福建三沙两个群体共61尾玻璃鳗样品进行SNP分型,验证所开发SNP标记的多态性。研究共得到38个多态性较高的离散SNP标记。在丹东群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.000~0.407,期望杂合度(He)为0.033~0.484;在三沙群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.032~0.500,期望杂合度(He)为0.032~0.494。这表明已处于濒危状态的日本鳗鲡依然具有较高的遗传多样性水平。丹东群体中的AJ_SNP_03位点和三沙群体中的AJ_SNP_25和AJ_SNP_35位点偏离哈温平衡,所有位点间均不存在连锁不平衡现象。丹东群体和三沙群体间的遗传距离FST值为-0.005(P=0.898),表明这两个群体间无显著的遗传分化,符合日本鳗鲡随机交配的属性。研究结果表明,本研究开发的SNP标记可以用于解析日本鳗鲡的群体遗传结构及探究其本地适应性,为其资源的保护提供基础资料。 展开更多

关键词 酶切位点相关dna测序技术 日本鳗鲡 离散SNP标记 保护遗传学 遗传多样性

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