全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)的理论及应用是近十几年来国内外数量性状研究的热点,但是以往GWAS方法注重于个别主要QTL/基因的检测与发掘。为了相对全面地解析全基因组QTL及其等位基因构成,本研究提出了限制...全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)的理论及应用是近十几年来国内外数量性状研究的热点,但是以往GWAS方法注重于个别主要QTL/基因的检测与发掘。为了相对全面地解析全基因组QTL及其等位基因构成,本研究提出了限制性两阶段多位点GWAS方法(RTM-GWAS,https://github.com/njau-sri/rtm-gwas)。RTM-GWAS首先将多个相邻且紧密连锁的SNP分组,成为具有多个单倍型(复等位变异)的连锁不平衡区段(SNPLDB)标记,然后采用两阶段分析策略,基于多位点复等位变异遗传模型,在节省计算空间的条件下保障全基因组QTL及其复等位变异检出的精确度。和以往GWAS方法相比,RTM-GWAS以性状遗传率为上限,能够较充分地检测出QTL及其相应的复等位变异并能有效地控制假阳性的膨胀。由其结果建立的QTL-allele矩阵代表了群体中所研究性状的全部遗传组成。依据这种QTL-allele矩阵的信息,可以设计最优基因型的遗传组成,预测群体中最优化的杂交组合,并用以进行群体遗传和特有与新生等位变异的研究。本研究首先对RTM-GWAS方法的特点和计算程序功能进行说明,然后通过大豆试验数据说明RTM-GWAS计算程序的使用方法。展开更多
旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(sing...旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)。秦岭北坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.177、0.200和0.145,而秦岭南坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.261、0.291和0.212。种群结构分析结果表明,秦岭南北坡两个多鳞白甲鱼地理种群的遗传多样性存在明显差异。展开更多
【目的】对限制性位点扩增多态性（Restriction site amplified polymorphism，RsAP）标记技术进行改进，并优化了其反应体系。【方法】遵循引物设计原则，使限制性位点序列位于中间，在其3’端增加3个选择性碱基，5’端设计为10～12个...【目的】对限制性位点扩增多态性（Restriction site amplified polymorphism，RsAP）标记技术进行改进，并优化了其反应体系。【方法】遵循引物设计原则，使限制性位点序列位于中间，在其3’端增加3个选择性碱基，5’端设计为10～12个碱基的随机序列，设计了14条长为19bp的限制性位点扩增多态性（RSAP）新引物。以大白菜、紫菜薹自交系及其F1、F2的DNA为模板，对新引物的反应体系进行了优化，并对其重复性和适用性进行了检验。【结果】新设计引物PCR扩增的前5个循环退火温度为35℃，后35个循环为52℃；在25μL优化反应体系中，模板DNA用量为2．0μL（20．0ng／μL）、Mg^3＋ 3．0μL（25mmol／L）、Taq酶（5U／μL）1．5U、dNTPs2．0μL（2．5mmol／L）、引物各0．6μL（10μmol／L）；新引物扩增出的谱带较原引物更多，多态性更好；只改变选择性碱基，新设计引物就能扩增出新的谱带；新设计引物的重复性、稳定性好，在荞麦和小麦品系，以及紫菜薹、大白菜及其F1、F2中，新引物均能扩增出清晰谱带。【结论】新引物适用性和重复性好，可广泛应用于其他作物的基因组DNA分析。展开更多
利用8个代表性菌株从153对引物组合中筛选出多态性高且稳定性好的10对引物组合,对来自黑龙江省各水稻主要产区的214个稻瘟病菌菌株进行RSAP(Restriction site amplified polymorphism)分析,得到134条多态性条带,经聚丙烯酰胺凝胶电泳,得...利用8个代表性菌株从153对引物组合中筛选出多态性高且稳定性好的10对引物组合,对来自黑龙江省各水稻主要产区的214个稻瘟病菌菌株进行RSAP(Restriction site amplified polymorphism)分析,得到134条多态性条带,经聚丙烯酰胺凝胶电泳,得到196个不同单元型(带型)的代表性菌株的指纹图谱。用UPGMA进行聚类分析,以相似系数0.83为界,将214个菌株196个单元型划分为10个遗传宗谱,10个遗传宗谱在黑龙江省的分布存在明显地域差异。展开更多
文摘全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)的理论及应用是近十几年来国内外数量性状研究的热点,但是以往GWAS方法注重于个别主要QTL/基因的检测与发掘。为了相对全面地解析全基因组QTL及其等位基因构成,本研究提出了限制性两阶段多位点GWAS方法(RTM-GWAS,https://github.com/njau-sri/rtm-gwas)。RTM-GWAS首先将多个相邻且紧密连锁的SNP分组,成为具有多个单倍型(复等位变异)的连锁不平衡区段(SNPLDB)标记,然后采用两阶段分析策略,基于多位点复等位变异遗传模型,在节省计算空间的条件下保障全基因组QTL及其复等位变异检出的精确度。和以往GWAS方法相比,RTM-GWAS以性状遗传率为上限,能够较充分地检测出QTL及其相应的复等位变异并能有效地控制假阳性的膨胀。由其结果建立的QTL-allele矩阵代表了群体中所研究性状的全部遗传组成。依据这种QTL-allele矩阵的信息,可以设计最优基因型的遗传组成,预测群体中最优化的杂交组合,并用以进行群体遗传和特有与新生等位变异的研究。本研究首先对RTM-GWAS方法的特点和计算程序功能进行说明,然后通过大豆试验数据说明RTM-GWAS计算程序的使用方法。
文摘【目的】对限制性位点扩增多态性（Restriction site amplified polymorphism，RsAP）标记技术进行改进，并优化了其反应体系。【方法】遵循引物设计原则，使限制性位点序列位于中间，在其3’端增加3个选择性碱基，5’端设计为10～12个碱基的随机序列，设计了14条长为19bp的限制性位点扩增多态性（RSAP）新引物。以大白菜、紫菜薹自交系及其F1、F2的DNA为模板，对新引物的反应体系进行了优化，并对其重复性和适用性进行了检验。【结果】新设计引物PCR扩增的前5个循环退火温度为35℃，后35个循环为52℃；在25μL优化反应体系中，模板DNA用量为2．0μL（20．0ng／μL）、Mg^3＋ 3．0μL（25mmol／L）、Taq酶（5U／μL）1．5U、dNTPs2．0μL（2．5mmol／L）、引物各0．6μL（10μmol／L）；新引物扩增出的谱带较原引物更多，多态性更好；只改变选择性碱基，新设计引物就能扩增出新的谱带；新设计引物的重复性、稳定性好，在荞麦和小麦品系，以及紫菜薹、大白菜及其F1、F2中，新引物均能扩增出清晰谱带。【结论】新引物适用性和重复性好，可广泛应用于其他作物的基因组DNA分析。
文摘利用8个代表性菌株从153对引物组合中筛选出多态性高且稳定性好的10对引物组合,对来自黑龙江省各水稻主要产区的214个稻瘟病菌菌株进行RSAP(Restriction site amplified polymorphism)分析,得到134条多态性条带,经聚丙烯酰胺凝胶电泳,得到196个不同单元型(带型)的代表性菌株的指纹图谱。用UPGMA进行聚类分析,以相似系数0.83为界,将214个菌株196个单元型划分为10个遗传宗谱,10个遗传宗谱在黑龙江省的分布存在明显地域差异。
