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多重PCR和间隔区寡核苷酸分型技术应用于不同流行地区的牛结核病研究 被引量:7
1
作者 张喜悦 范承祥 +4 位作者 杜鹏飞 曹瑞 呼西旦 王淑娟 范伟兴 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期340-344,共5页
目的在牛结核病监测中联合应用菌株的多重PCR鉴定和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping),快速鉴定分离菌株并分析不同地区流行菌株的特点。方法分别在牛结核病清净地区和流行地区进行牛型PPD变态反应试验,扑杀阳性牛后进行病理检查,并采... 目的在牛结核病监测中联合应用菌株的多重PCR鉴定和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping),快速鉴定分离菌株并分析不同地区流行菌株的特点。方法分别在牛结核病清净地区和流行地区进行牛型PPD变态反应试验,扑杀阳性牛后进行病理检查,并采集病料分离细菌。获取分离菌株,进行多重PCR鉴定和spoligotyping分型,分析不同地区的菌株特征。结果结核病清净地区监测到16头牛型PPD阳性牛,扑杀后未见有病变,采集病料分离到4株分枝杆菌,经多重PCR鉴定均为非典型分枝杆菌。流行地区监测牛型PPD阳性23头,扑杀后发现14头有病变,采集病料后共有11头分离到疑似菌,经多重PCR鉴定均为牛型分枝杆菌。用spoligotyping分析共分为4个型,其中2个为未见报道的新型,报英国AHVLA牛结核spoligotyping数据库后获取通用编号SB1903和SB1904。结论分离菌株中的优势菌株为首次报道的SB1903,但也检出有国际流行菌株SB0140,证实该地区牛结核病的流行是以"独特菌型地域内相互传播为主、输入性感染为辅"为特征。本次监测发现国内有SB0140菌株分布,提示应调查该型菌是否已经传染至我国人间。 展开更多
关键词 牛结核 多重PCR 间隔区寡核苷酸分型
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河南省结核分枝杆菌MIRU-VNTR和间隔区寡核苷酸分型分析 被引量:6
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作者 石洁 郑丹薇 +4 位作者 朱岩昆 马晓光 王少华 李辉 张国龙 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2019年第3期425-430,共6页
目的:调查河南省结核分枝杆菌分子流行病学的结构特征。方法:共纳入河南地区668株结核分枝杆菌,进行间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和26位点分枝杆菌散在重复单元-数目可变串联重复序列(MIRU-VNTR)分型分析,评估不同MIRU-VNTR位点... 目的:调查河南省结核分枝杆菌分子流行病学的结构特征。方法:共纳入河南地区668株结核分枝杆菌,进行间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和26位点分枝杆菌散在重复单元-数目可变串联重复序列(MIRU-VNTR)分型分析,评估不同MIRU-VNTR位点组合的分辨效能。结果与结论:北京家族基因型菌株有558(83. 53)株,是河南省最流行的结核分枝杆菌,其中典型北京家族基因型(SIT1)是最具优势的基因型(512株,88. 89%)。26位点MIRU-VNTR可将668株菌分成567种基因型,其中含有38个基因簇和529种独立的基因型。累积Hunter-Gaston分辨力指数表明10个分辨力最强VNTR位点组合的分辨效力接近26位点组合。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 MIRU-VNTR 间隔区寡核苷酸分型 河南省
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间隔区寡核苷酸分型技术用于结核分枝杆菌多重感染的初步研究 被引量:2
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作者 吴小翠 王晓樱 +6 位作者 魏剑浩 刘海灿 赵秀芹 夏远志 楼永良 吕建新 万康林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期1-5,共5页
目的初步评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术在鉴定结核分枝杆菌多重感染中的应用。方法选取结核分枝杆菌临床分离株,5μm孔径滤膜过滤法制备单个细菌菌悬液,平板接种37℃培养,选取生长良好的单个菌落培养增菌,提取基因组DNA,Sp... 目的初步评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术在鉴定结核分枝杆菌多重感染中的应用。方法选取结核分枝杆菌临床分离株,5μm孔径滤膜过滤法制备单个细菌菌悬液,平板接种37℃培养,选取生长良好的单个菌落培养增菌,提取基因组DNA,Spoligotyping进行基因分型鉴定,比较临床分离株与相应的单克隆分离株的分型结果。结果共选取32株结核分枝杆菌临床分离株,获得306个单克隆分离株。Spoligotyping分型鉴定结果显示30株结核分枝杆菌临床分离株与相应的单克隆分离株的分型结果一致,2株临床分离株的单克隆分离株呈现了多种基因型,多重感染率为6.25%。结论 Spoligotyping可用于快速,有效地区分结核分枝杆菌多重感染。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 多重感染
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Spoligotyping对广西地区208株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型 被引量:18
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作者 刘飞鹰 刘志广 +6 位作者 王喜文 赵秀琴 董海燕 刘洁 吕冰 董柏青 万康林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1226-1230,共5页
目的用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对广西地区结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集广西地区结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping进行基因分型研究和比例法进行药物敏感性检测... 目的用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对广西地区结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集广西地区结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping进行基因分型研究和比例法进行药物敏感性检测。基因聚类分析采用BioNumerics软件。统计分析采用χ2检验。结果共在广西地区收集到208株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)或称北京基因型(Beijinggenotype),和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占55.3%(115/208)和44.7%(93/208),47种基因型,其中36株为独特类型,剩余172株分为11簇。北京家族菌株中,90.4%(104/115)为典型北京家族(TypicalBeijingfamily),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为39个基因型,31株为独特的基因型。有耐药结果的205株菌株中,北京家族菌株,76.25%(76/113)表现为全敏感,而23.75%(37/113)表现为耐药;非北京家族菌株,75%表现为全敏感,而25%表现耐药,经卡方检验(Chi-SquareTests)(表2),两者间的差异无统计学意义(χ2=2.9721,P>0.05)。结论广西结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。本研究证实北京基因型与耐药无明显相关性。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 基因分型 北京基因型 耐药
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四川省川南地区结核分枝杆菌Spoligotyping分型研究 被引量:1
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作者 邓建平 刘海灿 +5 位作者 王斌 董海燕 张正东 赵秀芹 李群 万康林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1116-1119,共4页
目的了解四川省川南地区结核分枝杆菌基因型构成情况,为结核病防控提供分子流行病学依据。方法采用间隔区寡核苷酸分型(Spacer Oligonucletide typing,Spoligotyping)方法对四川省川南地区267株临床分离菌株进行基因分型,结果采用BioNum... 目的了解四川省川南地区结核分枝杆菌基因型构成情况,为结核病防控提供分子流行病学依据。方法采用间隔区寡核苷酸分型(Spacer Oligonucletide typing,Spoligotyping)方法对四川省川南地区267株临床分离菌株进行基因分型,结果采用BioNumerics(Version 5.10)软件进行分析,并将Spoligotyping分型结果与SpolDB4.0数据库中的菌株进行比对分析。结果 267株结核分枝杆菌表现出66种基因型,其中51株表现为独特基因型,其余216株可聚为10个基因簇。与SpolDB4数据库比对分析发现,267株结核分枝杆菌中,144株为北京家族菌株(53.93%),79株为T家族菌株(29.59%),9株为H家族菌株,3株为U家族菌株,2株为MANU家族菌株,其余30株表现的基因型为数据库中不存在的基因型。结论四川省川南地区结核分枝杆菌存在较高的基因多态性,北京家族菌株和T家族菌株为主要的流行菌株,应加强对这两类菌株的流行趋势的监测及生物学特性研究。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 北京家族
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海口地区耐药结核病的流行病学特征及其影响因素分析 被引量:2
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作者 夏欢 潘在兴 +2 位作者 洪云 赵庆珠 范维丽 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期973-976,共4页
结核病(tuberculosis,TB)由结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)感染引起,是一个全球性的健康问题[1]。近年来,MTB耐药成为TB控制面临的严峻课题[2],尤其是耐药TB(drug-resistant tuberculosis,DR-TB)患者快速增多和广泛流行... 结核病(tuberculosis,TB)由结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)感染引起,是一个全球性的健康问题[1]。近年来,MTB耐药成为TB控制面临的严峻课题[2],尤其是耐药TB(drug-resistant tuberculosis,DR-TB)患者快速增多和广泛流行[3]。DR-TB可导致TB的高患病率、高病死率,造成治疗过程延长和成本增高,还可在社区人群传播引起暴发流行[4]。世界卫生组织(World Health Organization,WHO)的报告显示,2022年全球新发1060万例TB,其中耐多药/利福平耐药TB患者41万例(3.9%),初治患者中占3.3%,复治患者中占17.0%[5]。我国在全球耐多药TB高负担国家中居第三,不同省份MTB耐药率不同。例如,2018年四川省痰涂片阳性TB患者耐药率和耐多药率分别为18.62%和6.43%[6];2015-2016年安徽省则分别为11.42%和7.63%[7]。海口是地处热带的海岛城市,2015-2016年痰涂片阳性肺TB患者耐药率和耐多药率分别为21.0%和6.9%[8],耐药情况不容乐观[9]。本研究旨在分析海口地区DR-TB患者流行病学特征和DR-TB耐药基因分布及其影响因素,为制定相应的防控策略提供参考。 展开更多
关键词 结核病 结核分枝杆菌 耐药 基因型 间隔寡核苷酸基因分型
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220株结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型研究 被引量:15
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作者 曹晓慧 刘志广 +3 位作者 赵秀芹 吕冰 张媛媛 万康林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期412-417,共6页
目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping... 目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)二种分型方法进行基因分型,结果聚类分析采用BioNu-merics(Version5.0)软件。结果共在北京地区收集到220株结核分枝杆菌临床分离株。采用Spoligotyping分型方法,220株菌可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(non-Beijing family),20种基因型。其中北京家族含有202株菌,占91.82%。北京家族菌株中,典型北京家族菌株占95.05%(192/202),非典型北京家族占4.95%(10/202)。北京家族菌株的耐药率为22.55%(22/98),非北京家族菌株的耐药率为16.67%(1/6),两者间的差异无统计学意义(fisher analysis,P=0.5835>0.05)。采用MLVA分型方法,202株菌可分成5个基因群59种基因型,主要为Beijing family、China2和China3,分别占91.37%、2.73%和4.55%。结论北京地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与耐药性无明显相关性。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 多位点可变数量串联重复序列分析 基因分型
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Spoligotyping和MLVA用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究 被引量:9
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作者 王晓萌 吕冰 +8 位作者 柳正卫 刘洁 何海波 蒋毅 张媛媛 董海燕 刘志广 赵秀芹 万康林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1090-1094,共5页
目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集... 目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。 展开更多
关键词 结核病 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 多位点数目可变串联重复序列分析 北京家族 耐药
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