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基于异质网络的长非编码RNA和蛋白质相互作用的预测算法研究 被引量:1
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作者 郑肖雄 朱文琰 《计算机应用与软件》 2017年第3期227-232,共6页
长非编码RNA在生物过程中扮演着非常重要的角色,长非编码RNA可以与多种蛋白质结合发挥其生物功能,预测长非编码RNA和蛋白质的相互作用也成为了研究长非编码RNA功能的途径之一。由于长非编码RNA的低保守性,通过提取特征和用机器学习算法... 长非编码RNA在生物过程中扮演着非常重要的角色,长非编码RNA可以与多种蛋白质结合发挥其生物功能,预测长非编码RNA和蛋白质的相互作用也成为了研究长非编码RNA功能的途径之一。由于长非编码RNA的低保守性,通过提取特征和用机器学习算法预测它和蛋白质之间的相互作用将会不太合适。LPHeteSim算法是一种基于对称路径随机游走的方法,它可以衡量异质长非编码RNA和蛋白质相互作用网络中两者的相关性。在导质网络中,LPHeteSim算法可以有效地预测两者的相互作用,实验结果验证了算法的有效性。 展开更多
关键词 长非编码rna和蛋白质相互作用 随机游走 异质网络
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长链非编码RNA调控宿主与病原体相互作用机制的研究进展
2
作者 谷九龙 尹艳玲 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第7期96-104,共9页
长链非编码RNA(lncRNA)是一类重要的非蛋白编码转录本,在宿主与病原体的相互作用中具有复杂的调控作用。在应对病原体入侵时,宿主表达的lncRNA可通过调节细胞信号转导和免疫反应清除感染。然而,病原体可操纵宿主lncRNA而逃避宿主的防御... 长链非编码RNA(lncRNA)是一类重要的非蛋白编码转录本,在宿主与病原体的相互作用中具有复杂的调控作用。在应对病原体入侵时,宿主表达的lncRNA可通过调节细胞信号转导和免疫反应清除感染。然而,病原体可操纵宿主lncRNA而逃避宿主的防御反应,还可通过编码lncRNA促进自身的存活和感染。阐明lncRNA在宿主与病原体相互作用中的调控机制对于理解感染性疾病的发病机理和开发新的抗感染策略具有重要意义。因此,本文总结了lncRNA的一般特征和功能,并重点综述了其在宿主与病原体相互作用中的调控机制,以期为感染性疾病的防控提供参考。 展开更多
关键词 编码rna 宿主 病原体 相互作用 调控机制
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长非编码RNA在相分离调控中的作用
3
作者 杨新玲 张栋栋 常晓彤 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第3期384-392,共9页
相分离是细胞内生物分子由单一均相混合物形成2种不相溶的液滴凝聚体过程,是细胞内分子凝聚体和无膜细胞器形成的主要驱动力。相分离不仅在多种生理活动中发挥重要的动态调控作用,而且调控神经退行性疾病和癌症等多种疾病的发生发展。... 相分离是细胞内生物分子由单一均相混合物形成2种不相溶的液滴凝聚体过程,是细胞内分子凝聚体和无膜细胞器形成的主要驱动力。相分离不仅在多种生理活动中发挥重要的动态调控作用,而且调控神经退行性疾病和癌症等多种疾病的发生发展。已有研究发现,长非编码RNA(lncRNA)与相分离密切相关,这为理解lncRNA的作用机制打开了新的视角,成为近年来非编码RNA领域的研究热点。本文重点介绍了LncRNA SLERT作为分子伴侣与DDX21蛋白相互作用,影响核仁纤维中心区/高密度纤维区(FC/DFCs)的相分离;LINC00657(NORAD)与PUM蛋白形成NP小体,驱动PUM蛋白的相分离而抑制其活性,促进基因组的稳定性;dilncRNA调控DNA损伤应答小RNAs(DDRNA)、p53结合蛋白1(53BP1)的相分离,lncRNA LINP1相分离液滴与Ku蛋白结合促进DNA损伤修复;LncRNA SNHG9、MELTF-AS1、MALR分别驱动LATS1、YBX1、ILF3蛋白质的相分离发挥促癌lncRNAs作用,GIRGL、LncFASA分别调控CAPRIN1、PRDX1的相分离在癌症发展中发挥抑癌基因作用;lncRNA XIST通过相分离驱动X染色体失活的研究。总之,本文综述了lncRNAs通过调节相分离在细胞核无膜细胞器的形成、基因组稳定性与DNA损伤修复、肿瘤发生发展和X染色体失活等病理生理过程中的最新研究进展。本文表明长非编码RNA可通过调节相分离,参与多种病理生理过程,有望为相分离介导的疾病的治疗提供新的方向。 展开更多
关键词 相分离 编码rna 无膜细胞器 DNA损伤修复 癌症 X染色体失活
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长链非编码RNA-蛋白质相互作用在肿瘤研究中的新进展 被引量:3
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作者 李梦轩 薛逸荃 曹雪涛 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期429-435,共7页
肿瘤的发生、发展涉及细胞内众多基因表达异常和分子间相互作用的改变。其中,异常表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA)通过与蛋白质相互作用,在信号转导、基因表达、蛋白功能等各个层面调控癌基因、抑癌基因的表达与功能,进而影... 肿瘤的发生、发展涉及细胞内众多基因表达异常和分子间相互作用的改变。其中,异常表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA)通过与蛋白质相互作用,在信号转导、基因表达、蛋白功能等各个层面调控癌基因、抑癌基因的表达与功能,进而影响肿瘤的发生和发展。本文将围绕着肿瘤细胞中lncRNA-蛋白质相互作用的最新研究进展,结合相关技术,阐明其分子机制,并结合临床研究前沿热点,讨论如何阻断肿瘤中lncRNA-蛋白质相互作用,及在肿瘤治疗中的应用。 展开更多
关键词 rna 编码rna 蛋白质 肿瘤
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长非编码RNA对α-烯醇化酶的调控作用 被引量:1
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作者 祝纯远 李菲 王玉平 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第1期89-98,共10页
α-烯醇化酶(enolase 1,ENO1)是糖酵解途径中的关键酶,同时也是纤维蛋白原受体和DNA结合蛋白质,在肿瘤发生发展过程中具有重要作用。长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)具有基因调控作用。近年研究发现,lncRNA通过多种途径调节EN... α-烯醇化酶(enolase 1,ENO1)是糖酵解途径中的关键酶,同时也是纤维蛋白原受体和DNA结合蛋白质,在肿瘤发生发展过程中具有重要作用。长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)具有基因调控作用。近年研究发现,lncRNA通过多种途径调节ENO1:在细胞核中,作用于ENO 1基因启动子,调节ENO1的转录;在细胞质中,与ENO 1 mRNA直接或间接作用,以及通过对微小核糖核酸的海绵吸附作用影响ENO1翻译;此外,在细胞质中lncRNA与ENO1蛋白直接结合以及作为支架分子诱导ENO1形成聚合物,影响ENO1的稳定性和功能。在肿瘤中,lncRNA异常表达,调节ENO1的过表达和功能,促进肿瘤细胞的增殖和转移。目前,对lncRNA与ENO1之间的相互作用已有了一定的了解,仍需进一步揭示其具体的分子机制和生物学功能,以及lncRNA在临床治疗中的潜在应用。本文综述了长非编码RNA对ENO1的调控作用,重点介绍了16个已发现的lncRNA对ENO1的调节。深入认识lncRNA对ENO1的调节作用,将有助于了解肿瘤细胞中ENO1的调控网络,开辟治疗肿瘤的新靶点。 展开更多
关键词 α-烯醇化酶 糖酵解 编码rna 肿瘤
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长链非编码RNA在非酒精性脂肪性肝病中作用机制的研究进展
6
作者 孙宁 徐玉善 《生理科学进展》 北大核心 2025年第3期243-251,共9页
长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200个核苷酸的不具有蛋白质编码功能的RNA分子,在转录后和表观遗传水平发挥调节作用。研究表明,lncRNAs在糖脂代谢、肝脏组织纤维化、炎症反应、肿瘤的发生发展及肝细胞自噬... 长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200个核苷酸的不具有蛋白质编码功能的RNA分子,在转录后和表观遗传水平发挥调节作用。研究表明,lncRNAs在糖脂代谢、肝脏组织纤维化、炎症反应、肿瘤的发生发展及肝细胞自噬等细胞功能中发挥着关键作用。非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)的发病机制越来越受到关注,本文详细阐述了lncRNA与NAFLD发病机制的密切关系,预测lncRNA作用的新靶点,为NAFLD的研究和防治提供研究基础和新思路。 展开更多
关键词 编码rna 酒精性脂肪性肝病 基因调控 糖脂代谢
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长链非编码RNA MALAT1对缺血性视网膜病变新生血管形成的调控作用研究进展
7
作者 李兆金(综述) 底煜(审校) 《中华实验眼科杂志》 北大核心 2025年第1期92-96,共5页
缺血性视网膜病变(IRs)伴新生血管形成常严重损伤视力甚至导致失明。研究表明,长链非编码RNA(LncRNA)MALAT1与调控视网膜细胞发育过程中的蛋白编码基因共表达。近年来的研究也证实了MALAT1在IRs中表达上调,具有诱导氧化应激和炎症反应,... 缺血性视网膜病变(IRs)伴新生血管形成常严重损伤视力甚至导致失明。研究表明,长链非编码RNA(LncRNA)MALAT1与调控视网膜细胞发育过程中的蛋白编码基因共表达。近年来的研究也证实了MALAT1在IRs中表达上调,具有诱导氧化应激和炎症反应,促进血管内皮细胞增殖、迁移及血管生成,改变表观遗传修饰等作用,在视网膜新生血管形成的发病机制和调控中起着重要作用。本文从IRs的发病机制,MALAT1在视网膜中的表达和功能及其在血管生成、氧化应激、炎症、血管内皮损伤、表观遗传调控、细胞周期等方面的作用总结MALAT1在IRs中的研究现状,探讨其在视网膜新生血管形成发生和发展中的作用,更深入地了解MALAT1在IRs新生血管形成中的作用机制将有助于开发其靶向治疗策略。 展开更多
关键词 编码rna 表观遗传 氧化应激 肺腺癌转移相关转录本1 缺血性视网膜病变
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长链非编码RNA在植物开花调控中的作用
8
作者 郑羽琪 苏逸然 +2 位作者 彭俊睿 杜佳宏 武亮 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 北大核心 2025年第2期189-197,共9页
开花是植物从营养生长向生殖生长的关键转变,开花调控对于植物适应环境和农业生产都有重要意义。植物的开花由植物内源和外源的多重因素通过光周期途径、春化途径、自主途径等进行调控。在这些途径中,多种长链非编码RNA(long non-coding... 开花是植物从营养生长向生殖生长的关键转变,开花调控对于植物适应环境和农业生产都有重要意义。植物的开花由植物内源和外源的多重因素通过光周期途径、春化途径、自主途径等进行调控。在这些途径中,多种长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)协同有关蛋白,从转录水平、转录后水平及表观遗传水平,通过组蛋白修饰、参与可变剪接、生成或竞争性结合微RNA(microRNA, miRNA)和干扰小RNA(small interfering RNA, siRNA)等方式,调控开花途径关键因子,从而促进或抑制成花。本文综述了已发现的lncRNA参与光周期途径、春化途径、自主途径的机制和研究进展,以期揭示lncRNA在植物开花调控中的作用,为后续的研究提供参考。 展开更多
关键词 编码rna 开花调控 光周期途径 春化途径 自主途径
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敲低长链非编码RNA TTTY15表达对结肠癌细胞增殖、凋亡、迁移和克隆形成能力的影响
9
作者 李颖霞 姜利彬 +2 位作者 周明霞 闻阳阳 温洪涛 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期173-176,共4页
目的:探讨敲低长链非编码RNA TTTY15表达对结肠癌细胞增殖、凋亡、迁移和克隆形成能力的影响。方法:运用实时荧光定量PCR技术检测15例结肠癌组织、癌旁正常组织中TTTY15的表达。将SW620细胞分为空白对照组、阴性对照(si-NC)组及TTTY15-s... 目的:探讨敲低长链非编码RNA TTTY15表达对结肠癌细胞增殖、凋亡、迁移和克隆形成能力的影响。方法:运用实时荧光定量PCR技术检测15例结肠癌组织、癌旁正常组织中TTTY15的表达。将SW620细胞分为空白对照组、阴性对照(si-NC)组及TTTY15-siRNA组,后两组分别采用Lipofectamine 2000转染si-NC、TTTY15-siRNA。转染72 h后,采用CCK-8法、划痕实验、克隆形成实验和Annexin V-APC和7-AAD双染法检测3组细胞增殖、迁移、克隆形成能力和凋亡率;实时荧光定量PCR法检测细胞中TTTY15、miR-327-3p及TLR4 mRNA的表达,Western blot法检测细胞中TLR4、MMP-2、CDK4、CyclinD1、E-Cadherin、N-Cadherin、蛋白的表达。结果:TTTY15在结肠癌组织中的表达高于癌旁正常组织(P<0.05)。与空白对照组、si-NC组比较,TTTY15-siRNA组TTTY15、TLR4 mRNA表达下降,miR-372-3p表达升高(P<0.05);细胞增殖能力、迁移能力、克隆形成能力降低,凋亡率增加(P<0.05);细胞中TLR4、CDK4、CyclinD1、MMP-2和N-Cadherin蛋白表达水平降低,E-Cadherin蛋白表达水平增加(P<0.05)。结论:TTTY15在结肠癌组织和细胞中表达升高;敲低TTTY15表达可抑制结肠癌细胞的恶性生物学行为。 展开更多
关键词 结肠癌 编码rna TTTY15 恶性生物学行为
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非编码RNA和蛋白质组学在辐射生物剂量学中的应用
10
作者 刘星雨 王涛 +1 位作者 左长京 蔡建明 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1540-1545,共6页
理想的辐射生物标志物应该能够快速、便捷、准确地评估机体所接受的辐射剂量,并能预测辐射损伤效应。基于基因或分子表达谱的辐射剂量评估是辐射生物剂量学领域的研究热点。非编码RNA和蛋白质组学具有高通量的特点,可以实现实时、快速检... 理想的辐射生物标志物应该能够快速、便捷、准确地评估机体所接受的辐射剂量,并能预测辐射损伤效应。基于基因或分子表达谱的辐射剂量评估是辐射生物剂量学领域的研究热点。非编码RNA和蛋白质组学具有高通量的特点,可以实现实时、快速检测,在辐射生物剂量学研究中展现出巨大潜力。本文总结了近年来非编码RNA和蛋白质作为潜在辐射生物标志物的研究进展,并对其影响因素、应用场景等进行综述。 展开更多
关键词 电离辐射 辐射生物剂量学 辐射生物标志物 编码rna 蛋白质组学
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长非编码RNA在新生儿缺氧缺血性脑病中的研究进展 被引量:1
11
作者 党银霞 周岳 +2 位作者 鲁霞 王生霞 王凡 《中国医学前沿杂志(电子版)》 北大核心 2025年第1期79-85,共7页
新生儿缺氧缺血性脑病(hypoxic ischemic encephalopathy,HIE)是指各种围生期窒息引起的部分或完全缺氧、脑血流减少或暂停而导致的新生儿脑损伤,是新生儿期死亡及儿童伤残的主要原因之一。HIE常导致永久性脑瘫、神经感觉障碍和认知缺陷... 新生儿缺氧缺血性脑病(hypoxic ischemic encephalopathy,HIE)是指各种围生期窒息引起的部分或完全缺氧、脑血流减少或暂停而导致的新生儿脑损伤,是新生儿期死亡及儿童伤残的主要原因之一。HIE常导致永久性脑瘫、神经感觉障碍和认知缺陷,并且目前尚无有效治疗手段。因此,探索HIE新的治疗策略成为新生儿领域研究的焦点。随着长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的基因调控功能被逐渐认识,研究表明lncRNA在中枢神经系统中高度表达,并可能通过与微小RNA相互作用、干预基因转录、参与表观遗传调控等多种机制参与HIE的病理生理过程。本文综述了lncRNA在新生儿HIE中的表达特征、潜在功能以及作为诊断标志物和治疗靶点的前景,并讨论了它们对不同神经细胞的特定调控效应,以深入了解其治疗潜力,旨在为HIE的治疗提供新的科学依据。 展开更多
关键词 新生儿缺氧缺血性脑病 编码rna 神经细胞
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长链非编码RNA编码微肽的鉴定和功能研究进展
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作者 黄桂英 王李伟 +3 位作者 刘嘉茵 王松 陈吉龙 池晓娟 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2025年第1期89-99,共11页
随着翻译组测序、多肽组学和生物信息学分析等技术的快速发展,人们发现大量长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)含有可编码功能性微肽的短开放阅读框。这些由lncRNA编码的微肽不仅参与调控骨骼肌的生理功能、胚胎发育和神经细胞... 随着翻译组测序、多肽组学和生物信息学分析等技术的快速发展,人们发现大量长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)含有可编码功能性微肽的短开放阅读框。这些由lncRNA编码的微肽不仅参与调控骨骼肌的生理功能、胚胎发育和神经细胞发育,还对多种癌症的发生与发展、炎症反应及心血管疾病产生影响。研究这些微肽的功能对于深入理解生命活动的调控机制具有重要的科学意义,也为相关疾病的防治提供新的思路与方向。概述了鉴定lncRNA编码微肽的常用方法,以及这些微肽功能的最新研究进展,以期为后续研究提供参考。 展开更多
关键词 编码rna 短开放阅读框 微肽 鉴定 功能
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长链非编码RNA(lncRNA)在甘蓝型油菜分枝角度调控中的功能分析与预测
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作者 孙程明 周晓婴 +8 位作者 陈锋 张维 王晓东 彭琦 郭月 高建芹 胡茂龙 付三雄 张洁夫 《作物学报》 北大核心 2025年第3期559-567,I0001-I0676,共685页
分枝角度是影响油菜种植密度和机收效率的关键株型性状,适度紧凑的株型结构有利于提高油菜种植密度、降低机收损失。本研究以2个分枝角度差异大的株系为材料,对抽苔期幼嫩分枝进行链特异性RNA-seq。分析表明,6305个基因在2个株系间差异... 分枝角度是影响油菜种植密度和机收效率的关键株型性状,适度紧凑的株型结构有利于提高油菜种植密度、降低机收损失。本研究以2个分枝角度差异大的株系为材料,对抽苔期幼嫩分枝进行链特异性RNA-seq。分析表明,6305个基因在2个株系间差异表达,包括FUL、SGR5、SGR6、SGR9、AXR1、ARG1、PIN1和PIN5等分枝角度相关途径基因在油菜中的同源拷贝,GO富集通路包括色氨酸、生长素和磷脂酰肌醇等重力反应相关物质的合成、代谢通路。基于转录组数据,鉴定了4467个在分枝中活跃表达的lncRNA,包括3460个lincRNA、778个lncNAT和229个ilncRNA。50.3%的lncRNA包含转座子序列,其中Gypsy和Copia家族LTR逆转座子是2种主要插入类型。分析发现,1713个lncRNA在2个株系间差异表达,比较与50个分枝角度关联位点的位置关系,37个差异lncRNA落在26个关联位点的置信区间内。利用本研究和已公开的共计103份分枝转录组数据进行表达相关性分析,共鉴定了17,782个lncRNA-基因间靶向关系,包括1003个lncRNA和4592个基因,靶向基因包括LAZY1、SGR5、FUL1、WRKY40等分枝角度已知基因在油菜中的同源拷贝。本研究结果有助于解析lncRNA在油菜分枝角度调控中的作用,为今后分子调控机制的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 株型 分枝角度 编码rna 转录组
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长链非编码RNA通过Notch信号通路调控骨代谢
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作者 何玉婷 翁凯鸿 +2 位作者 李发林 翁锡全 元宇 《中华骨质疏松和骨矿盐疾病杂志》 北大核心 2025年第3期374-383,共10页
骨代谢的平衡取决于骨吸收与骨形成之间的动态平衡,骨代谢失衡将诱发骨质疏松症等多种骨代谢疾病。Notch信号通路参与骨吸收与骨形成的调控,在维持骨代谢平衡中发挥重要作用。研究表明,长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)不仅... 骨代谢的平衡取决于骨吸收与骨形成之间的动态平衡,骨代谢失衡将诱发骨质疏松症等多种骨代谢疾病。Notch信号通路参与骨吸收与骨形成的调控,在维持骨代谢平衡中发挥重要作用。研究表明,长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)不仅通过调控骨髓间充质干细胞、成骨细胞、破骨细胞等骨组织细胞的增殖与分化广泛参与骨代谢的调节,也通过Notch信号通路调控骨代谢。但目前lncRNA通过Notch信号通路调控骨代谢的确切机制尚未阐明。本文主要概述Notch信号通路及lncRNA在骨代谢调控中的作用及探讨lncRNA通过Notch信号通路调控骨代谢的可能机制,为lncRNA调控骨代谢疾病的机制研究及骨代谢疾病的靶向治疗提供理论基础。 展开更多
关键词 编码rna NOTCH 骨代谢 骨质疏松症
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长链非编码RNA MALAT1与微小核糖核酸-146a相互作用对子痫前期滋养细胞功能的影响 被引量:7
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作者 陈芳荣 龚护民 郑林媚 《海南医学院学报》 CAS 2020年第12期915-920,共6页
目的:探讨长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)转移相关肺腺癌转录本1(metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1)与微小核糖核酸(microRNA,miRNA)-146a相互作用在对子痫前期(preecampsia,PE)滋养细胞功能... 目的:探讨长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)转移相关肺腺癌转录本1(metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1)与微小核糖核酸(microRNA,miRNA)-146a相互作用在对子痫前期(preecampsia,PE)滋养细胞功能的影响及机制研究。方法:体外培养绒毛膜癌细胞JEG-3细胞,分4组对JEG-3细胞进行转染,分别为Control、sh-MALATl、miR-146a-5p inhibitor和sh-MALATI+miR-146a-5p inhibitor组,其中sh-MALATl组转染sh-MALATl,miR-146a-5p inhibitor组转染miR-146a-5p inhibitor,sh-MALATl+inhibitor组共同转染sh-MALATl与miR-146a-5p inhibitor,Control组加入等量空载体。通过QPCR检测mRNA水平;生物信息预测MALATl与miR-146a-5p的靶向关系;通过CCK8实验检测各组质粒转染JEG-3细胞后对其增殖能力的影响;利用Western Blot技术检验不同方式处理后,JEG-3细胞内蛋白的表达量变化。结果:sh-MALATl明显降低MALATl并提高miR-146a-5p在JEG-3细胞mRNA水平。sh-MALATl抑制JEG-3细胞增殖能力;miR-146a-5p inhibitor促进细胞增殖能力,减弱sh-MALATl产生的影响。同时,sh-MALATl减弱滋养细胞中TRAF6、VEGR、MMP2蛋白的表达,而miR-146a-5p inhibitor可增强其表达,并减弱sh-MALATl的抑制作用。结论:MALATl与miR-146a可相互作用对子痫前期滋养细胞生物学行为产生影响。 展开更多
关键词 编码rna MALAT1 微小核糖核酸-146a 滋养细胞
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雄性小鼠衰老过程中睾丸和附睾长链非编码RNA的动态变化
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作者 何泓乐 孙睿 +5 位作者 管锦鸿 陈若扬 谢云 莫承强 沙显燊 黄燕平 《中山大学学报(医学科学版)》 北大核心 2025年第5期806-815,共10页
【目的】探讨长链非编码RNA(lncRNA)在雄性生殖系统衰老中的动态表达特征及其潜在调控机制。【方法】利用自然衰老的C57BL/6小鼠模型,选取3月龄、15月龄和21月龄各4只小鼠,分离雄性生殖道的7个区域(睾丸、输出小管、附睾起始段、附睾头... 【目的】探讨长链非编码RNA(lncRNA)在雄性生殖系统衰老中的动态表达特征及其潜在调控机制。【方法】利用自然衰老的C57BL/6小鼠模型,选取3月龄、15月龄和21月龄各4只小鼠,分离雄性生殖道的7个区域(睾丸、输出小管、附睾起始段、附睾头、附睾体、附睾尾和输精管)并分别提取RNA,进行RNA测序及生信分析。【结果】构建了雄性小鼠睾丸、附睾(输出小管、附睾起始段、附睾头、附睾体、附睾尾)及输精管的区域特异性lncRNA动态表达谱,并结合基因功能富集分析,解析lncRNA在生殖系统衰老中的功能关联。睾丸衰老中变化的lncRNA主要参与激素生物合成和细胞外基质组装,而附睾起始段的lncRNA与细胞识别、上皮细胞迁移等过程密切相关。建立了雄性生殖系统衰老相关的lncRNA动态表达图谱。【结论】lncRNA可能通过调控生殖微环境参与雄性生殖衰老的潜在新机制,这为研究年龄相关性生育力下降提供了关键分子靶标和研究基础。 展开更多
关键词 编码rna 男性生殖道 生殖衰老 睾丸 附睾
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口腔鳞状细胞癌预后相关的长链非编码RNA筛选及验证
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作者 刘絮影 李锦存 +3 位作者 翟堃 胡晨 董文 马坚 《口腔医学研究》 北大核心 2025年第2期109-117,共9页
目的:基于口腔癌在线数据库鉴定与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)预后相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA,构建ceRNA网络,分析其在OSCC发生发展中的作用。方法:从癌症基因组图谱(the cancer ge... 目的:基于口腔癌在线数据库鉴定与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)预后相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA,构建ceRNA网络,分析其在OSCC发生发展中的作用。方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas program,TCGA)和基因表达综合数据库(gene expression omnibus database,GEO)中筛选出TCGA-OSCC、GSE23558和GSE30784数据集,进行表达谱分析,筛选出差异表达lncRNA和mRNA,并进行生存分析、基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,确定其与OSCC预后的相关性。利用starBase、miRTarBase数据库预测关键lncRNA及mRNA的共同靶标miRNA,以此构建竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)检测这些关键lncRNA在OSCC细胞系和肿瘤组织中表达水平。结果:表达谱分析鉴定出23个差异表达lncRNA,其中有6个lncRNA与OSCC患者预后相关;mRNA的表达分析鉴定出282个差异表达mRNA,主要富集在三磷酸鸟苷(guanosine triphosphate,GTP)酶激活剂活性、核苷酸结合寡聚化域(nucletide-binding oligomerization domain,NOD)样受体等信号通路,其中10个差异表达的mRNA与OSCC预后相关。ceRNA网络构建了包括6个lncRNA、10个mRNA和靶向预测的26个miRNA分子网络。qRT-PCR结果显示包含LINC01980在内的5个lncRNA在OSCC细胞中高表达,而MIR99AHG低表达。在OSCC组织中,LINC01980表达水平明显升高,而MIR99AHG表达水平降低。结论:本研究筛选的LINC01980和MIR99AHG与OSCC进展和预后相关,可作为OSCC的生物学标志物进一步探讨。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 编码rna 预后 LINC01980 MIR99AHG
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长链非编码RNA-微小RNA-信使RNA轴在缺血性脑卒中后程序性细胞死亡中的研究进展
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作者 栗文静 刘安 +5 位作者 张航耀 肖雨倩 万俊 孙可心 白艳杰 王岩 《中华老年心脑血管病杂志》 北大核心 2025年第7期973-976,共4页
缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)是由于大脑局部血供受阻引发局部神经细胞损伤和死亡的一种急性脑血管疾病[1]。IS发生后,神经元缺氧和缺乏营养物质后会导致细胞迅速死亡,随后引发一系列病理过程,包括血脑屏障完整性的破坏、氧化应激... 缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)是由于大脑局部血供受阻引发局部神经细胞损伤和死亡的一种急性脑血管疾病[1]。IS发生后,神经元缺氧和缺乏营养物质后会导致细胞迅速死亡,随后引发一系列病理过程,包括血脑屏障完整性的破坏、氧化应激反应、神经炎症和细胞凋亡等。程序性细胞死亡(programmed cell death,PCD)是一种由基因决定的积极而有序的细胞死亡方式,对于维持正常的细胞周期和组织稳态至关重要。 展开更多
关键词 卒中 rna 编码 rnaS rna 信使
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草鱼长链非编码RNA1153应对GCRV感染的调控功能
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作者 刘帅 张烨煊 +1 位作者 胡旭东 曹宏 《水生生物学报》 北大核心 2025年第6期12-20,共9页
为了解长链非编码RNA在GCRV感染草鱼过程中的分子调控机制,对GCRV攻毒的草鱼肾脏细胞(CIK)进行长链非编码RNA组学测序,在此基础上,筛选出在GCRV攻毒前后差异表达明显的lncRNA1153(PP712057)。利用qRT-PCR技术对lncRNA1153在草鱼CIK细胞... 为了解长链非编码RNA在GCRV感染草鱼过程中的分子调控机制,对GCRV攻毒的草鱼肾脏细胞(CIK)进行长链非编码RNA组学测序,在此基础上,筛选出在GCRV攻毒前后差异表达明显的lncRNA1153(PP712057)。利用qRT-PCR技术对lncRNA1153在草鱼CIK细胞中的时空表达水平进行检测,发现在GCRV感染细胞后,lncRNA1153的表达水平在稳步上升至32h达到峰值。在CIK细胞内对lncRNA进行过表达实验,发现在lncRNA1153过表达的细胞系中,在GCRV攻毒后,干扰素的mRNA表达水平上调。同时,通过在CIK细胞内进行过表达及RNA pull-down实验,将富集的蛋白质进行质谱分析,从中筛选出P62蛋白进行深入研究。qRT-PCR验证发现,在草鱼肝脏、肾脏等组织及CIK细胞中,lncRNA1153与P62的表达趋势大致相同。进一步的研究发现,GCRV感染CIK细胞后,过表达lncRNA1153与P62都对GCRV病毒蛋白的复制起到抑制作用。研究表明长链非编码RNA在草鱼拮抗GCRV感染的先天性免疫机制中发挥重要作用,为未来设计针对GCRV感染的lncRNA靶向治疗提供参考。 展开更多
关键词 编码rna1153 GCRV CIK细胞 P62 草鱼
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长链非编码RNA AI662270调控衰老小鼠脂肪细胞胰岛素抵抗的机制研究
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作者 张一凡 胡雅琪 +2 位作者 王锐 王淑文 袁成福 《解放军医学杂志》 北大核心 2025年第8期999-1007,共9页
目的探究长链非编码RNA(lncRNA)AI662270调控衰老小鼠脂肪细胞胰岛素抵抗的机制。方法(1)20只雄性C57BL/6小鼠随机分为青年组与老年组(n=10),青年组小鼠饲养至4月龄后采用乌拉糖麻醉后眼球取血处死,老年组饲养至18月龄后采用相同处死方... 目的探究长链非编码RNA(lncRNA)AI662270调控衰老小鼠脂肪细胞胰岛素抵抗的机制。方法(1)20只雄性C57BL/6小鼠随机分为青年组与老年组(n=10),青年组小鼠饲养至4月龄后采用乌拉糖麻醉后眼球取血处死,老年组饲养至18月龄后采用相同处死方式,分离附睾白色脂肪组织(eWAT)和肝组织。采用Western blotting检测肿瘤抑制基因1(p16ink4a)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子p21(p21kip1)的表达情况,RT-qPCR检测4个差异lncRNAs(C4a、AI662270、BATE1、Gm29719)的表达情况。取小鼠胚胎成纤维细胞3T3-L1,设置正常对照组(诱导分化为成熟脂肪细胞后不做处理)与衰老模型组[即阿霉素处理(ADR)组,采用0.2μmol/L阿霉素诱导构建衰老脂肪细胞模型],采用β-半乳糖苷酶染色检测脂肪细胞的染色情况;RT-qPCR检测AI662270和衰老标志物(p16ink4a、p21kip1、p53)的表达情况;Western blotting检测磷酸化H2A组蛋白家族成员X(gama-H2AX)、p16ink4a、p21kip1蛋白的表达情况。(2)采用己糖激酶法检测小鼠血清和3T3-L1脂肪细胞培养基中的葡萄糖含量;RT-qPCR检测小鼠eWAT和脂肪细胞中胰岛素敏感性关键基因蛋白激酶B(Akt)、胰岛素受体底物1(IRS1)、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)、葡萄糖转运体4(GLUT4)mRNA的表达情况;Western blotting检测IRS1、PI3K、Akt、p-Akt蛋白的表达情况。(3)采用Spearman相关分析探讨AI662270表达水平与IRS1、PI3K mRNA表达水平的相关性;构建衰老脂肪细胞AI662270低表达模型,采用RT-qPCR验证AI662270的敲低效率;采用己糖激酶法检测衰老脂肪细胞敲低AI662270后,细胞培养基中的葡萄糖含量,RT-qPCR检测Akt、IRS1、IRS2、PI3K mRNA的表达情况,Western blotting检测Akt、p-Akt蛋白的表达情况。(4)采用生物信息学分析预测AI662270的下游靶基因及二者的结合位点,RTqPCR和Western blotting验证AI662270敲低后,其下游靶基因的表达情况。结果(1)与青年组比较,老年组小鼠e WAT中p16ink4a、p21kip1蛋白表达水平明显增高,eWAT和肝组织中C4a、AI662270、BATE1、Gm29719的表达水平明显增高(P<0.05)。β-半乳糖苷酶染色结果显示,与正常对照组比较,阿霉素处理的衰老脂肪细胞中蓝绿色增强,呈扩大、扁平的细胞形态;与正常对照组比较,ADR组脂肪细胞中AI662270及p16ink4a、p21kip1 mRNA表达水平明显增高,gama-H2AX、p16ink4a、p21kip1蛋白表达水平明显增高(P<0.05)。(2)与青年组比较,老年组小鼠血清中葡萄糖含量明显增加(P<0.01);与正常对照组比较,ADR组脂肪细胞培养基中葡萄糖含量明显增加(P<0.05);与青年组比较,老年组小鼠eWAT中IRS1、PI3K等的表达水平明显降低(P<0.01);与正常对照组比较,ADR组脂肪细胞中IRS1、PI3K等的表达水平也明显降低(P<0.05)。(3)Spearman相关分析结果显示,AI662270表达水平与IRS1、PI3K mRNA表达水平均呈负相关(P<0.05);RTqPCR检测结果显示,与siNC组比较,siAI662270组脂肪细胞中AI662270的表达水平明显降低(P<0.05),即成功构建了衰老脂肪细胞AI662270低表达模型;己糖激酶法检测结果显示,衰老脂肪细胞敲低AI662270后,细胞培养基中的葡萄糖含量明显降低(P<0.05);敲低AI662270后,衰老脂肪细胞中IRS1、IRS2、PI3K mRNA的表达水平(P<0.05)以及p-Akt/Akt比值明显增高(P<0.01)。(4)生物信息学预测结果显示,AI662270下游的靶基因为miR-3073b-3p;血红素加氧酶1(Hmox1)为miR-3073b-3p的靶基因;与siNC组比较,siAI662270组衰老脂肪细胞中miR-3073b-3p的表达水平明显增高,Hmox1 m RNA和蛋白表达水平明显降低(P<0.01)。结论衰老可增加小鼠eWAT中AI662260的表达,且AI662260的表达与胰岛素敏感性呈负相关;AI662260敲低可降低衰老脂肪细胞培养基中的葡萄糖含量,上调IRS1、PI3K的表达,增加衰老脂肪细胞的胰岛素敏感性,其机制可能与AI662270/miR-3073b-3p/Hmox1通路有关。 展开更多
关键词 衰老 附睾白色脂肪组织 胰岛素抵抗 编码rna AI662270
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