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长链非编码RNA(lncRNA)在甘蓝型油菜分枝角度调控中的功能分析与预测
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作者 孙程明 周晓婴 +8 位作者 陈锋 张维 王晓东 彭琦 郭月 高建芹 胡茂龙 付三雄 张洁夫 《作物学报》 北大核心 2025年第3期559-567,I0001-I0676,共685页
分枝角度是影响油菜种植密度和机收效率的关键株型性状,适度紧凑的株型结构有利于提高油菜种植密度、降低机收损失。本研究以2个分枝角度差异大的株系为材料,对抽苔期幼嫩分枝进行链特异性RNA-seq。分析表明,6305个基因在2个株系间差异... 分枝角度是影响油菜种植密度和机收效率的关键株型性状,适度紧凑的株型结构有利于提高油菜种植密度、降低机收损失。本研究以2个分枝角度差异大的株系为材料,对抽苔期幼嫩分枝进行链特异性RNA-seq。分析表明,6305个基因在2个株系间差异表达,包括FUL、SGR5、SGR6、SGR9、AXR1、ARG1、PIN1和PIN5等分枝角度相关途径基因在油菜中的同源拷贝,GO富集通路包括色氨酸、生长素和磷脂酰肌醇等重力反应相关物质的合成、代谢通路。基于转录组数据,鉴定了4467个在分枝中活跃表达的lncRNA,包括3460个lincRNA、778个lncNAT和229个ilncRNA。50.3%的lncRNA包含转座子序列,其中Gypsy和Copia家族LTR逆转座子是2种主要插入类型。分析发现,1713个lncRNA在2个株系间差异表达,比较与50个分枝角度关联位点的位置关系,37个差异lncRNA落在26个关联位点的置信区间内。利用本研究和已公开的共计103份分枝转录组数据进行表达相关性分析,共鉴定了17,782个lncRNA-基因间靶向关系,包括1003个lncRNA和4592个基因,靶向基因包括LAZY1、SGR5、FUL1、WRKY40等分枝角度已知基因在油菜中的同源拷贝。本研究结果有助于解析lncRNA在油菜分枝角度调控中的作用,为今后分子调控机制的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 株型 分枝角度 编码rna 转录
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长链非编码RNA MALAT1对缺血性视网膜病变新生血管形成的调控作用研究进展
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作者 李兆金(综述) 底煜(审校) 《中华实验眼科杂志》 北大核心 2025年第1期92-96,共5页
缺血性视网膜病变(IRs)伴新生血管形成常严重损伤视力甚至导致失明。研究表明,长链非编码RNA(LncRNA)MALAT1与调控视网膜细胞发育过程中的蛋白编码基因共表达。近年来的研究也证实了MALAT1在IRs中表达上调,具有诱导氧化应激和炎症反应,... 缺血性视网膜病变(IRs)伴新生血管形成常严重损伤视力甚至导致失明。研究表明,长链非编码RNA(LncRNA)MALAT1与调控视网膜细胞发育过程中的蛋白编码基因共表达。近年来的研究也证实了MALAT1在IRs中表达上调,具有诱导氧化应激和炎症反应,促进血管内皮细胞增殖、迁移及血管生成,改变表观遗传修饰等作用,在视网膜新生血管形成的发病机制和调控中起着重要作用。本文从IRs的发病机制,MALAT1在视网膜中的表达和功能及其在血管生成、氧化应激、炎症、血管内皮损伤、表观遗传调控、细胞周期等方面的作用总结MALAT1在IRs中的研究现状,探讨其在视网膜新生血管形成发生和发展中的作用,更深入地了解MALAT1在IRs新生血管形成中的作用机制将有助于开发其靶向治疗策略。 展开更多
关键词 编码rna 表观遗传 氧化应激 肺腺癌转移相关转录本1 缺血性视网膜病变
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长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1在急性冠状动脉综合征患者外周血中的表达及临床意义 被引量:1
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作者 宋宁 赵倩 +2 位作者 刘芬 李晓梅 杨毅宁 《中国循环杂志》 CSCD 北大核心 2024年第6期580-585,共6页
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)在急性冠状动脉综合征(ACS)患者外周血中的表达及临床意义。方法:连续选取2015年1月至2018年12月就诊于新疆医科大学第一附属医院心脏中心并确诊为ACS的患者159例为ACS组,... 目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)在急性冠状动脉综合征(ACS)患者外周血中的表达及临床意义。方法:连续选取2015年1月至2018年12月就诊于新疆医科大学第一附属医院心脏中心并确诊为ACS的患者159例为ACS组,另选取本院体检中心同时期进行健康体检、冠状动脉增强CT检查证实无冠心病的患者148例为对照组。提取两组患者的外周血单个核细胞,采用实时荧光定量多聚酶链式反应(qRT-PCR)法检测MALAT1的表达水平,并分析MALAT1表达水平与ACS的相关性及其对ACS的诊断预后预测价值。结果:与对照组相比,ACS组患者外周血MALAT1表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05)。多因素Logistic回归分析显示,外周血MALAT1表达水平与ACS独立相关(OR=1.193,95%CI:1.037~1.372,P=0.014)。ROC曲线分析显示,外周血MALAT1表达水平对于ACS的诊断具有一定的价值(AUC=0.664,95%CI:0.600~0.720)。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,平均随访(558±223)d期间,外周血MALAT1高表达水平(≥0.816)ACS患者的MACE累积发生率高于外周血MALAT1低表达水平(<0.816)ACS患者(39.05%vs.30.61%,P<0.05)。结论:ACS患者外周血中MALAT1的表达水平显著升高,外周血MALAT1表达水平对于ACS的诊断及预后预测具有潜在的临床价值。 展开更多
关键词 急性冠状动脉综合征 编码rna 肺腺癌转移相关转录本1 临床意义
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调控PRRSV复制的功能性长链非编码RNA的筛选与鉴定
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作者 刘宇明 许大伟 +1 位作者 马鸣潇 李明 《现代畜牧兽医》 2025年第6期28-33,共6页
为了筛选可以调控猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)复制的宿主长链非编码RNA(lncRNA),研究通过PRRSV感染Marc145细胞后24、48 h收集样品,利用华大基因第二代测序平台进行全转录组测序分析,筛选出病毒感染后显著变化的lncRNA候选分子。经... 为了筛选可以调控猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)复制的宿主长链非编码RNA(lncRNA),研究通过PRRSV感染Marc145细胞后24、48 h收集样品,利用华大基因第二代测序平台进行全转录组测序分析,筛选出病毒感染后显著变化的lncRNA候选分子。经初步验证后选择LTCONS_00092659(命名为NRPL),采用敲低和过表达NRPL的方法观察其对PRRSV复制的影响。结果显示,敲低NRPL可明显抑制PRRSV复制,而过表达NRPL则明显促进病毒复制。研究表明,lncRNA-NRPL在PRRSV感染过程中发挥重要的促进作用,提示NRPL可能成为开发抗PRRSV感染疗法的新宿主靶标,为猪繁殖与呼吸综合征的防治提供了潜在的治疗靶点。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 编码rna 转录组学 Ⅰ型干扰素
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长链非编码RNA HOXA远端转录本在口腔鳞状细胞癌中的表达及生物学意义
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作者 段亮伟 闫森 +1 位作者 王晶晶 孙强 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期325-330,共6页
目的:探讨长链非编码RNA HOXA远端转录本(HOXA transcript at the distal tip,HOTTIP)在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)中的表达及对OSCC细胞生物学功能的影响。方法:收集2020年1月至2021年6月在郑州大学第一附属... 目的:探讨长链非编码RNA HOXA远端转录本(HOXA transcript at the distal tip,HOTTIP)在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)中的表达及对OSCC细胞生物学功能的影响。方法:收集2020年1月至2021年6月在郑州大学第一附属医院接受手术治疗的52例OSCC患者,采用RT-qPCR检测HOTTIP在OSCC组织和癌旁组织以及人OSCC细胞株HSC-4、SCC-9和CAL-27和人正常口腔角质细胞株HOK中的表达水平,并分析其与OSCC患者临床病理资料及总生存期(overall survival,OS)的关系。采用CCK-8、流式细胞术、Transwell和Western blot分析下调HOTTIP或共下调HOTTIP和miR-637对CAL-27细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭和上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)能力的影响。采用双荧光素酶报告基因实验分析HOTTIP和miR-637的靶向关系。结果:与癌旁组织相比,OSCC组织中HOTTIP的表达水平明显升高(P<0.05),且与肿瘤大小、TNM分期、分化程度、淋巴结转移及OS相关(P<0.05)。与人正常口腔角质HOK细胞相比,HSC-4、SCC-9和CAL-27细胞中HOTTIP的表达明显升高(P<0.05)。下调HOTTIP后,CAL-27细胞的增殖、迁移、侵袭及EMT能力明显减弱,细胞凋亡率明显升高(P<0.05)。HOTTIP与miR-637具有靶向关系,且下调HOTTIP后,CAL-27细胞中miR-637表达明显升高(P<0.05)。同时下调HOTTIP和miR-637后,CAL-27细胞的增殖、迁移、侵袭与EMT能力明显增强,细胞凋亡率明显降低(P<0.05)。结论:HOTTIP在OSCC组织和细胞中高表达,可靶向miR-637调控OSCC细胞的增殖、凋亡、迁移、侵袭和EMT能力。 展开更多
关键词 编码rna HOXA远端转录 口腔鳞状细胞癌 增殖 侵袭
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孕前超重/肥胖孕妇胎盘中长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1对母婴代谢的影响研究
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作者 张瑾 张蕊 +2 位作者 池晶晶 李亚 白文佩 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2024年第27期3383-3387,共5页
背景孕前肥胖会给母体及胎儿带来一系列影响,其机制可能与母胎代谢异常有关,因此,探讨其机制对于改善胎儿预后至关重要。目的探讨孕前不同BMI孕妇胎盘中与肥胖及血糖代谢相关因子的改变。方法选取2019年在首都医科大学附属北京世纪坛医... 背景孕前肥胖会给母体及胎儿带来一系列影响,其机制可能与母胎代谢异常有关,因此,探讨其机制对于改善胎儿预后至关重要。目的探讨孕前不同BMI孕妇胎盘中与肥胖及血糖代谢相关因子的改变。方法选取2019年在首都医科大学附属北京世纪坛医院分娩的单胎孕妇100例为研究对象,通过电子病历系统收集研究对象的临床资料,将孕妇按体质量分为孕前低体质量/正常体质量组(57例)和孕前超重/肥胖组(43例)。采用反转录-聚合酶链反应检测孕妇胎盘组织长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1(LncRNA MALAT1)、血液淀粉样抗原3(SAA3)、白介素6(IL-6)mRNA表达。结果研究对象年龄22~43岁,平均年龄(32.7±4.2)岁;其中初产妇61例,妊娠期糖尿病(GDM)患者21例,低体质量14例,正常体质量43例,超重26例,肥胖17例。孕前超重/肥胖组GDM比例、新生儿体质量高于孕前低体质量/正常体质量组,妊娠期增重低于孕前低体质量/正常体质量组(P<0.05)。孕前超重/肥胖组孕妇胎盘组织LncRNA MALAT1 mRNA表达量高于孕前低体质量/正常体质量组(P<0.05)。孕前肥胖孕妇胎盘组织中LncRNA MALAT1、SAA3、IL-6的mRNA表达量高于孕前正常体质量孕妇(P<0.05)。结论孕前过高的BMI对妊娠期母婴的影响更大,掩盖了妊娠期控制体质量增加的效果。在肥胖孕妇中,LncRNA MALAT1可能通过SAA3、IL-6调节葡萄糖和脂肪稳态,涉及炎症变化和氧化应激,从而影响胎儿代谢,值得进行更深入的探索。 展开更多
关键词 妊娠期肥胖 糖尿病 妊娠 编码rna肺腺癌转移相关转录本1 回顾性研究
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抑制长链非编码RNA MALAT1对糖脂毒性诱导的内皮细胞功能障碍的影响及可能机制
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作者 张志扬 刘芬 +5 位作者 张雪鹤 房彬彬 张冀鑫 谢骞 杨毅宁 李晓梅 《中国循环杂志》 CSCD 北大核心 2024年第2期185-193,共9页
目的:探讨糖脂毒性环境中抑制长链非编码RNA(lnc RNA)人类肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)的表达水平对人脐静脉内皮细胞功能影响的分子机制。方法:用葡萄糖和棕榈酸处理人脐静脉内皮细胞,建立体外糖脂毒性内皮细胞模型,并分为对照组、... 目的:探讨糖脂毒性环境中抑制长链非编码RNA(lnc RNA)人类肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)的表达水平对人脐静脉内皮细胞功能影响的分子机制。方法:用葡萄糖和棕榈酸处理人脐静脉内皮细胞,建立体外糖脂毒性内皮细胞模型,并分为对照组、高糖高脂组、高糖高脂对照组以及小干扰RNA(si-RNA)干预的高糖高脂+si-MALAT1组、高糖高脂+si-丝裂原活化蛋白激酶1(si-MAPK1)组。应用实时荧光定量PCR检测MALAT1、MAPK1的mRNA表达水平;蛋白免疫印迹法检测自噬、线粒体融合分裂、凋亡、通路相关蛋白的表达水平;免疫荧光共聚焦定位检测自噬及溶酶体相关蛋白的荧光共定位情况;透射电镜观察内皮细胞中自噬溶酶体的数目;线粒体探针染色检测线粒体形态;免疫荧光检测细胞内活性氧(ROS)的产生;流式细胞仪检测各组细胞的凋亡;细胞增殖及划痕实验检测不同时间点各组细胞的增殖及迁移能力;血管形成试验检测各组细胞中新生血管数量。结果:与对照组相比,高糖高脂组、高糖高脂对照组的MALAT1 mRNA、磷酸化的丝裂原活化蛋白激酶1(p-MAPK1)的表达水平增加,磷酸化的哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(p-mTOR)的表达水平下降,P均<0.05。与高糖高脂对照组相比,高糖高脂+si-MALAT1组微管相关蛋白1A/1B-轻链3(LC3)、螯合体1(p62)、ROS、剪切后活化的半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶-3(cleaved caspase-3)、BCL-2相关X蛋白(BAX)、p-MAPK1的表达水平均下降,线粒体融合蛋白视神经萎缩蛋白1(OPA1)、BCL-2、p-mTOR的表达水平均增加,P均<0.05;LC3和溶酶体相关膜蛋白2(LAMP2)蛋白的荧光共定位阳性颗粒增加(P均<0.01),溶酶体数目减少;细胞增殖、迁移、成管能力均增加(P均<0.01)。与高糖高脂对照组相比,高糖高脂+si-MAPK1组内皮细胞中p-MAPK1的表达下降,p-mTOR的表达上升(P均<0.01)。结论:抑制MALAT1表达,可降低糖脂毒性环境中线粒体的自噬水平,减少内皮细胞的凋亡及改善内皮细胞的功能,可能与调节MAPK1/mTOR信号通路有关。 展开更多
关键词 编码rna人类肺腺癌转移相关转录本1 丝裂原活化蛋白激酶1 哺乳动物雷帕霉素靶蛋白 糖脂毒性 内皮细胞功能 线粒体自噬 凋亡
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基于转录组学分析受外源褪黑素诱导调控羊绒生长的mRNA和lncRNA的可变剪接
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作者 贾纯琰 孙燕勇 +2 位作者 包永红 张文广 杜晨光 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第7期3165-3177,共13页
【目的】分析转录后水平绒山羊皮肤中被外源褪黑素诱导参与调控绒生长发生可变剪接(alternative splicing, AS)的mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),为探究AS调节对褪黑素促山羊绒生长的影响提供参考。【方法】选取6只... 【目的】分析转录后水平绒山羊皮肤中被外源褪黑素诱导参与调控绒生长发生可变剪接(alternative splicing, AS)的mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),为探究AS调节对褪黑素促山羊绒生长的影响提供参考。【方法】选取6只罕山白绒山羊,随机分为2组:对照组和埋植组,每组3个重复。以自然年为试验周期,每月采集皮肤样本进行转录组测序,使用Bowtie、TopHat、Cufflinks、Cuffmerge、Cuffdiff、Cuffcompare、CPAT和CPC软件分析差异表达mRNA(differentially expressed mRNA,DE-mRNA)和差异表达lncRNA (differentially expressed lncRNA,DE-lncRNA),使用rMATS软件识别绒山羊皮肤转录组mRNA和lncRNA差异可变剪接事件(differential alternative splicing events, DASE)。【结果】筛选到1~12月组间DE-mRNA(FDR≤0.05)数目分别为23、93、43、652、1 178、194、353、357、435、36、55和52个,DE-lncRNA(FDR≤0.05)数目分别为15、20、10、40、191、50、63、33、79、7、9和5个。mRNA和lncRNA发生组间DASE共715和569个;外显子跳跃(skipping exon, SE)和互斥外显子(mutually exclusive exons, MXE)为mRNA最主要的AS方式,SE、内含子保留(retained intron, RI)和3′-可变剪接位点(alternative 3′-splice site, A3SS)为lncRNA最主要的AS方式。染色体上mRNA的DASE数目排名前三为Chr1、Chr5和Chr10/Chr11(并列),lncRNA的DASE数目排名前三为Chr1、Chr19和Chr10。绒山羊皮肤中许多mRNA和lncRNA存在2个或多个剪接异构体,确定了443个DAS-mRNA和271个DAS-lncRNA,DAS-mRNA数目排名前三为10、6和5月,DAS-lncRNA数目排名前三为5、4和8月。DE-mRNA和DE-lncRNA中分别有67和7个发生了DASE。在外源褪黑素诱导下,绒山羊皮肤中发生AS的mRNA和lncRNA与皮尔逊相关系数(Pearson’s correlation coefficient, PCC)排名前十(PCC>0.800)的334个DE-mRNA和8个DE-lncRNA组成AS调控网络。【结论】绒山羊皮肤中存在丰富的ASE,除SE外,mRNA偏爱MXE,而lncRNA偏爱RI的AS方式;与mRNA相比,lncRNA的DASE在染色体上的分布具有特异性。受外源褪黑素诱导,山羊绒生长旺盛期和生长前期是mRNA发生AS的主要时期,而山羊绒生长前期和生长期是lncRNA发生AS的主要时期。试验构建了发生AS的DE-mRNA和DE-lncRNA在绒山羊皮肤转录组的潜在互作网络,DE-mRNA和DE-lncRNA在转录后水平通过AS方式参与调控山羊绒生长,为进一步研究AS调节对褪黑素促进山羊绒生长的影响提供参考。 展开更多
关键词 绒山羊 皮肤 褪黑素 转录组测序 编码rna 可变剪接
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长链非编码RNA LINC00261通过调控miR-324-3p/EST1促进胃癌进展 被引量:1
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作者 谢锐 尹源 +1 位作者 滕俊 梁红亮 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2101-2107,共7页
目的:探讨长链非编码RNA LINC00261通过干扰miR-324-3p表达调控E26转录因子1(EST1)水平促进胃癌(GC)的进展。方法:收集2018年6月至2020年10月在三六三医院接受手术治疗的GC患者(n=80)的癌组织及其相应癌旁正常组织作为研究样本,qRT-PCR... 目的:探讨长链非编码RNA LINC00261通过干扰miR-324-3p表达调控E26转录因子1(EST1)水平促进胃癌(GC)的进展。方法:收集2018年6月至2020年10月在三六三医院接受手术治疗的GC患者(n=80)的癌组织及其相应癌旁正常组织作为研究样本,qRT-PCR检测LINC00261和miR-324-3p表达水平。分析LINC00261与临床病理参数之间的相关性。将siRNA(si-LINC00261)、miRNA模拟物(miR-324-3p)和miRNA抑制剂(miR-324-3p in)及其相应对照转染至MGC-803和SGC-7901细胞;克隆形成试验评估细胞增殖能力;Transwell试验评估细胞迁移和侵袭能力;Western blot检测E-cadherin、N-cadherin和ETS1蛋白表达水平;肿瘤异种移植实验检测LINC00261在体内的肿瘤形成能力;荧光素酶报告、RNA沉淀分析LINC00261、miR-324-3p及EST1之间的作用关系。结果:与癌旁组织相比,GC组织中LINC00261表达明显上调,差异具有统计学意义(P<0.05)。LINC00261表达与患者TNM分期、组织分化程度淋巴结转移及微血管侵犯有关(P<0.05);通过数据库预测、萤火虫荧光素酶实验及RNA免疫沉淀结果显示,LINC00261和miR-324-3p存在靶向作用关系;GC组织中miR-324-3p水平明显低于癌旁正常组织(P<0.05);miR-324-3p水平与LINC00261表达呈负相关(P<0.05);与in NC+si-NC组相比,in NC+si-LINC00261组细胞增殖、迁移和侵袭能力及N-cadherin表达明显被抑制(P<0.05),E-cadherin表达明显升高(P<0.05);与in NC+si-LINC00261组相比,siLINC00261+miR-324-3p in组细胞增殖、迁移和侵袭能力及N-cadherin表达明显提高(P<0.05),E-cadherin表达明显降低(P<0.05),Targetscan预测及萤火虫荧光素酶实验表明ETS1是miR-324-3p的下游结合位点;转染miR-324-3p后,ETS1蛋白水平显著下调(P<0.05),但转染miR-324-3p in后,ETS1蛋白水平显著上调(P<0.05);在GC组织中ETS1表达明显高于癌旁正常组织(P<0.05);miR-324-3p水平与ETS1呈负相关(P<0.05);转染si-LINC00261的MGC-803细胞产生的肿瘤重量低于转染siNC的MGC-803细胞产生的肿瘤重量(P<0.05),在si-LINC00261来源的肿瘤中,ETS1的蛋白水平低于si-NC来源的肿瘤(P<0.05)。结论:LINC00261在GC组织中高表达,其可能通过调控miR-324-3p影响EST1表达促进GC进展。 展开更多
关键词 胃癌 侵袭 增殖 编码rna LINC00261 E26转录因子1
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长链非编码RNAC6orf176两个转录本在非小细胞肺癌中的表达及意义 被引量:3
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作者 王俊 彭珍子 +3 位作者 董叶萍 何丹 段朝军 李新营 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期560-565,共6页
目的:探讨长链非编码RNA C6orf176两个转录本C6orf176-TV1和C6orf176-TV2在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及临床意义。方法:采用实时荧光定量PCR技术检测57例NSCLC组织及配对癌旁组织中C6orf176-TV1与C6o... 目的:探讨长链非编码RNA C6orf176两个转录本C6orf176-TV1和C6orf176-TV2在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及临床意义。方法:采用实时荧光定量PCR技术检测57例NSCLC组织及配对癌旁组织中C6orf176-TV1与C6orf176-TV2的表达水平,并分析其与临床病理特征的关系。结果:NSCLC组织中C6orf176-TV1表达下调42例,表达上调15例,其表达与肿瘤分化程度有关(P〈0.05),与性别、年龄、吸烟史、病理类型、TNM分期均无关。C6orf176-TV1表达诊断癌组织与癌旁组织的受试者工作特征(receiver operator characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)为0.708(95%CI:0.615~0.802),灵敏度和特异度分别为51%和88%。NSCLC组织中C6orf176-TV2表达下调39例,表达上调的18例,其表达与肿瘤分化程度有关(P〈0.05),与性别、年龄、吸烟史、病理类型、TNM分期均无关。C6orf176-TV2表达诊断癌组织与配对癌旁组织的ROC的AUC为0.64(95%CI:0.531~0.749),灵敏度和特异度分别为49%和75%。57例标本中C6orf176-TV1与C6orf176-TV2同时上调或下调的标本有53对,其相关系数为0.99。结论:C6orf176-TV1与C6orf176-TV2在NSCLC组织中均表达下调,其与肺癌肿瘤细胞分化程度相关,可作为NSCLC的诊断指标。 展开更多
关键词 小细胞肺癌 编码rna 转录 诊断
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长链非编码RNAβ分泌酶1反义转录物在七氟醚诱发老年大鼠认知功能下降中的作用 被引量:2
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作者 宋俊杰 范军朝 +1 位作者 陈英 陈勇 《临床麻醉学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期957-963,共7页
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)β分泌酶1反义转录物(BACE1-AS)在七氟醚诱发老年大鼠认知功能下降中的作用。方法SPF级健康雄性SD老年大鼠64只,18月龄,体重480~580 g。采用随机数字表法分为四组:对照组(C组)、七氟醚组(S组)、七氟醚+阴... 目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)β分泌酶1反义转录物(BACE1-AS)在七氟醚诱发老年大鼠认知功能下降中的作用。方法SPF级健康雄性SD老年大鼠64只,18月龄,体重480~580 g。采用随机数字表法分为四组:对照组(C组)、七氟醚组(S组)、七氟醚+阴性对照质粒组(SN组)和七氟醚+BACE1-AS抑制剂(siRNA-BACE1-AS)组(ST组),每组16只。SN组和ST组分别侧脑室注射阴性对照质粒和siRNA-BACE1-AS,C组和S组注射等体积PBS溶液,注射后1 d C组吸入30%氧气6 h,S组、SN组和ST组吸入3.6%七氟醚与30%氧气的混合气体6 h。气体吸入后1 d,采用水迷宫实验测实验第1~5天逃避潜伏期和实验第6天穿越平台次数。水迷宫实验结束后1 h内处死大鼠,取海马组织,采用ELISA法检测海马组织TNF-α、IL-1β、丙二醛(MDA)和超氧化物歧化酶(SOD)浓度,可见分光光度计法检测海马组织caspase-3活性,Western blot法检测海马组织Bax、Bcl-2和BACE1蛋白含量,RT-qPCR法检测海马组织lncRNA BACE1-AS、miR-124和BACE1 mRNA表达量,TUNEL法测定海马组织神经细胞凋亡百分比,苏木素伊红染色法观察海马组织病理结构。结果与C组比较,S组、SN组和ST组水迷宫实验第3~5天逃避潜伏期明显延长(P<0.05),实验第6天穿越平台次数明显减少(P<0.05),海马组织TNF-α、IL-1β和MDA浓度、BACE1和Bax蛋白含量、lncRNA BACE1-AS和BACE1 mRNA表达量、凋亡细胞百分比明显升高(P<0.05),SOD浓度、Bcl-2蛋白含量、miR-124 mRNA表达量明显降低(P<0.05),caspase-3活性明显增强(P<0.05)。与S组比较,ST组水迷宫实验第3~5天逃避潜伏期明显缩短(P<0.05),实验第6天穿越平台次数明显增多(P<0.05),海马组织TNF-α、IL-1β和MDA浓度、BACE1和Bax蛋白含量、lncRNA BACE1-AS和BACE1 mRNA表达量、凋亡细胞百分比明显降低(P<0.05),SOD浓度、Bcl-2蛋白含量、miR-124 mRNA表达量明显升高(P<0.05),caspase-3活性明显减弱(P<0.05)。S组和SN组上述指标差异均无统计学意义。结论长链非编码RNAβ分泌酶1反义转录物参与七氟醚诱导老年大鼠认知功能下降,其机制与神经细胞炎症、氧化应激损伤、调控miR-124和BACE1表达和促进细胞凋亡有关。 展开更多
关键词 七氟醚 编码rna β分泌酶1反义转录 老年大鼠 认知障碍
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长链非编码RNA X失活特异转录物调控miR-340-5p对卵巢癌细胞上皮间质转化的影响 被引量:3
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作者 姜平 郭哲 +3 位作者 梁殿迅 杨喜科 付小玲 李和丽 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第1期41-47,共7页
目的探讨长链非编码RNA X失活特异转录物(lncRNA XIST)通过调控miR-340-5p对卵巢癌细胞上皮间质转化(EMT)的影响。方法实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测卵巢癌组织和细胞系中lncRNA XIST和miR-340-5p表达水平。A2780细胞分为Control组、si... 目的探讨长链非编码RNA X失活特异转录物(lncRNA XIST)通过调控miR-340-5p对卵巢癌细胞上皮间质转化(EMT)的影响。方法实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测卵巢癌组织和细胞系中lncRNA XIST和miR-340-5p表达水平。A2780细胞分为Control组、si-NC组、si-lncRNA XIST组、si-lncRNA XIST+NC inhibitor组、si-lncRNA XIST+miR-340-5p inhibitor组。双荧光素酶实验证实lncRNA XIST和miR-340-5p的调控关系;划痕实验和Transwell法检测迁移和侵袭能力;RT-qPCR、Western blot和免疫荧光染色分析EMT标志蛋白(E-cadherin、N-cadherin、Vimentin)的mRNA和蛋白表达。结果在卵巢癌组织和细胞系中,lncRNA XIST高表达,miR-340-5p低表达(P<0.05)。选择lncRNA XIST表达最高的A2780细胞作为转染对象。lncRNA XIST能够直接靶向下调miR-340-5p表达(P<0.05)。转染si-lncRNA XIST后,lncRNA XIST水平、划痕愈合率、侵袭细胞数和N-cadherin、Vimentin表达降低,E-cadherin表达升高(P<0.05);共转染si-lncRNA XIST和miR-340-5p inhibitor后上述指标均得到逆转(P<0.05)。结论lncRNA XIST通过下调miR-340-5p促进卵巢癌细胞EMT。 展开更多
关键词 编码rna X失活特异转录 miR-340-5p 卵巢癌 上皮间质转化
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反义长链非编码RNA在肿瘤发生和发展中的研究进展 被引量:3
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作者 邱小文 雷焯 +1 位作者 赖道锋 龚朝建 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期862-868,共7页
反义长链非编码RNA(long non coding RNA,lncRNA)是一类全新的RNA分子,在包括肿瘤的发生和发展在内的众多生命活动中发挥着重要作用。多种反义lncRNA在肿瘤患者组织中特异性表达,并且和患者的临床资料密切相关,是一种潜在的肿瘤分子标... 反义长链非编码RNA(long non coding RNA,lncRNA)是一类全新的RNA分子,在包括肿瘤的发生和发展在内的众多生命活动中发挥着重要作用。多种反义lncRNA在肿瘤患者组织中特异性表达,并且和患者的临床资料密切相关,是一种潜在的肿瘤分子标志物。Lnc RNA可以通过miRNA海绵和RBP结合等方式参与基因的调控,在肿瘤的细胞周期、凋亡、血管生成、侵袭与转移等过程中发挥重要功能。进一步研究反义lncRNA在肿瘤中的作用机制,对深入了解恶性肿瘤的病因发病学和RNA语言具有重要理论意义;同时,反义lncRNA作为分子标志或者潜在的靶点,在恶性肿瘤的早期诊断、疗效判断、预后预测,乃至基因治疗等方面也将具有广阔的临床应用前景。 展开更多
关键词 反义编码rna 恶性肿瘤 分子标志
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猪繁殖与呼吸综合征病毒感染Marc-145细胞的长链非编码RNA和mRNA转录组分析 被引量:2
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作者 张小霞 杨艳青 +3 位作者 王秋云 杜俊阳 曹瀚文 梁振普 《河南农业科学》 北大核心 2023年第4期127-136,共10页
为了挖掘猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染Marc-145细胞后宿主细胞长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱的变化,对PRRSV感染Marc-145细胞的lncRNA和mRNA进行转录组测序和分析。生物信息学分析结果显示,PRRSV感染后Marc-145细胞有39个差... 为了挖掘猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染Marc-145细胞后宿主细胞长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱的变化,对PRRSV感染Marc-145细胞的lncRNA和mRNA进行转录组测序和分析。生物信息学分析结果显示,PRRSV感染后Marc-145细胞有39个差异表达lncRNA(DElncRNA)和1320个差异表达mRNA(DEG)。进一步的富集分析结果显示,这些DElncRNA和DEG主要富集在氧化磷酸化信号通路。DElncRNA和DEG的联合分析结果显示,与lncRNA共表达的mRNA主要富集在MAPK信号通路、胰岛素信号通路、神经营养素信号通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路、内质网中的蛋白质加工和碳代谢相关的信号通路,这些通路主要与宿主免疫有关。综上,PRRSV感染导致Marc-145细胞的lncRNA和mRNA表达谱均发生了改变,经生物信息学分析,推测差异表达产物可能在宿主对PRRSV感染的先天免疫反应中发挥重要作用。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 编码rna Mrna MARC-145细胞 转录
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长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1表达影响裸鼠骨肉瘤增殖的病理改变
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作者 刘畅 乔苏迟 +3 位作者 徐唯傑 李博 许常利 王志伟 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期56-62,共7页
目的探讨长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1(MALAT-1)表达对裸鼠皮下植入的骨肉瘤增殖和病理学形态的影响。方法使用慢病毒感染构建MALAT-1稳定低表达的骨肉瘤U2OS细胞系,qPCR法验证MALAT-1表达的改变。将12只4~6周龄的雄性裸鼠随机... 目的探讨长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1(MALAT-1)表达对裸鼠皮下植入的骨肉瘤增殖和病理学形态的影响。方法使用慢病毒感染构建MALAT-1稳定低表达的骨肉瘤U2OS细胞系,qPCR法验证MALAT-1表达的改变。将12只4~6周龄的雄性裸鼠随机平均分为实验组和对照组,实验组皮下植入MALAT-1稳定低表达的骨肉瘤U2OS细胞,对照组皮下植入空载慢病毒处理的骨肉瘤U2OS细胞。分别在植入后第3、6、9、12、15、18、21天测定并记录两组裸鼠皮下骨肉瘤的体积。植瘤后第21天处死裸鼠,完整取出骨肉瘤称重,通过H-E染色观察骨肉瘤病理学形态,免疫组织化学染色观察增殖细胞核抗原(PCNA)和血管内皮生长因子(VEGF)的表达。结果与对照组相比,实验组的肿瘤生长更慢,植瘤21 d后的体积、质量均小于对照组(P均<0.01)。H-E染色结果显示,实验组肿瘤基质成分增多,肿瘤细胞密集程度降低。免疫组织化学染色结果显示,实验组PCNA阳性染色积分光密度(IOD)中位数为8531.03、阳性细胞占比为29.3%(1758/6000),对照组IOD中位数为27548.23、阳性细胞占比为56.5%(3392/6000),实验组PCNA表达程度较对照组下降,差异均有统计学意义(P均<0.05);实验组VEGF阳性染色IOD为18179.490±18299.433、阳性细胞占比为51.0%(3063/6000),对照组IOD为15850.632±9341.063、阳性细胞占比为50.0%(3001/6000),两组VEGF表达程度差异无统计学意义(P均>0.05)。结论抑制骨肉瘤中长链非编码RNA MALAT-1的表达可以延缓肿瘤的生长,降低肿瘤的侵袭性,促进实体瘤中肿瘤细胞的坏死。 展开更多
关键词 骨肉瘤 编码rna 肺腺癌转移相关转录本1 增殖细胞核抗原 血管内皮生因子
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大豆长链非编码RNA lncRNA77580转基因材料的转录组分析 被引量:5
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作者 牛风娟 陈向前 +6 位作者 高飞 孙现军 胡正 张惠媛 王丽侠 姜奇彦 张辉 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期842-856,共15页
长链非编码RNAs(lncRNAs,long non-coding RNAs)是长度在200个核苷酸以上的功能性RNA分子,在植物的生长发育及逆境应答中发挥重要调控功能。前期研究发现一个大豆盐胁迫响应lncRNA,称其为lncRNA77580,它的大片段缺失和过表达影响其邻近... 长链非编码RNAs(lncRNAs,long non-coding RNAs)是长度在200个核苷酸以上的功能性RNA分子,在植物的生长发育及逆境应答中发挥重要调控功能。前期研究发现一个大豆盐胁迫响应lncRNA,称其为lncRNA77580,它的大片段缺失和过表达影响其邻近蛋白编码基因的表达。本研究通过lncRNA77580转基因材料的转录组分析,探究lncRNA77580可能的功能及调控网络。在大豆发状根中过表达lncRNA77580,转基因复合体表现为盐敏感;利用dual-sgRNA/Cas9成功实现lncRNA77580大于4 kb的大片段敲除,突变效率为12.5%。利用lncRNA77580转基因材料进行RNA-seq分析发现,lncRNA77580过表达和大片段缺失显著改变了转基因发状根的基因表达谱。差异表达基因(DEGs,differentially expressed genes)GO和KEGG富集分析表明,lncRNA77580过表达或敲除主要影响了大量转录因子和信号传导类基因的差异表达,这些差异表达基因与植物逆境应答及生长发育密切相关。上述结果说明lncRNA77580可能是在大豆逆境胁迫响应及生长发育过程中具有重要功能的一个长链非编码RNA。 展开更多
关键词 大豆 编码rna 转录组分析 逆境胁迫 基因编辑 发状根
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长链非编码RNA生长停滞特异性转录本5(lncGAS5)促进同型半胱氨酸致肝细胞自噬作用 被引量:2
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作者 顾铃毓 徐灵博 +3 位作者 杨安宁 焦运 张慧萍 姜怡邓 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期240-245,共6页
目的探讨长链非编码RNA生长停滞特异性转录本5(lncGAS5)在同型半胱氨酸(Hcy)致肝细胞自噬中的作用。方法体外培养HL7702人肝细胞,分为对照组和Hcy组。Western blot法检测自噬相关蛋白微管相关蛋白1轻链3B(LC3B)和P62的表达水平,转染携... 目的探讨长链非编码RNA生长停滞特异性转录本5(lncGAS5)在同型半胱氨酸(Hcy)致肝细胞自噬中的作用。方法体外培养HL7702人肝细胞,分为对照组和Hcy组。Western blot法检测自噬相关蛋白微管相关蛋白1轻链3B(LC3B)和P62的表达水平,转染携带双荧光蛋白和LC3(mRFP-GFP-LC3)基因的腺病毒,激光扫描共聚焦显微镜技术观察细胞内自噬流水平变化,实时荧光定量PCR检测lncGAS5的表达水平。转染lncGAS5小干涉RNA(si-lncGAS5)及阴性对照小干涉RNA(si-NC),并用Hcy处理,再次检测LC3B和P62及自噬体的变化。结果与对照组比较,Hcy组LC3BⅡ/LC3BⅠ比值增加,P62蛋白表达降低,细胞内自噬体及自噬溶酶体数量增加,lncGAS5表达升高。敲低lncGAS5后,LC3BⅡ/LC3BⅠ比值减小,P62蛋白表达升高,细胞内自噬体及自噬溶酶体数量减少。结论 lncGAS5促进Hcy致肝细胞自噬。 展开更多
关键词 编码rna停滞特异性转录本5(lncGAS5) 同型半胱氨酸(Hcy) 肝细胞 自噬
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长链非编码RNA肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义RNA1在口腔鳞状细胞癌中的表达及其相关功能 被引量:4
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作者 耿玉东 王树斌 +1 位作者 卢泰青 滕薇 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期594-601,共8页
目的分析长链非编码RNA(lncRNA)肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义RNA1(AFAP1-AS1)在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的表达及其对OSCC细胞生物行为学的影响,初步探讨其可能的作用机制。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测OSCC患者(55例)... 目的分析长链非编码RNA(lncRNA)肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义RNA1(AFAP1-AS1)在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的表达及其对OSCC细胞生物行为学的影响,初步探讨其可能的作用机制。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测OSCC患者(55例)癌组织、癌旁正常黏膜组织及人口腔鳞状细胞癌SCC25、人正常口腔角质细胞株(NOK)细胞中lncRNA AFAP1-AS1的表达,分析AFAP1-AS1与OSCC患者病理特征的相关性,通过Kaplan-Meier生存曲线分析AFAP1-AS1与患者预后的关系。AFAP1-AS1 siRNA转染SCC25细胞,细胞计数(CCK-8)及Transwell实验分别检测细胞增殖、迁移和侵袭的变化,蛋白质印迹(Western blot)检测侵袭相关蛋白、肌动蛋白纤维相关蛋白1(AFAP1)及Rho GTP酶家族成员蛋白的表达情况,免疫荧光染色检测细胞骨架肌动蛋白微丝结构的变化。结果OSCC组织中AFAP1-AS1的表达高于癌旁正常黏膜组织,SCC25细胞中AFAP1-AS1的表达高于NOK细胞(P<0.001)。AFAP1-AS1的表达与OSCC的分化程度、TNM分期及淋巴结转移密切相关(P<0.05),AFAP1-AS1高表达患者的生存率低于AFAP1-AS1低表达者(P<0.05)。AFAP1-AS1 siRNA转染后AFAP1-AS1的表达水平下调,SCC25细胞的增殖、迁移和侵袭能力降低,AFAP1、RhoA、Rac2、Rab10、RhoGDI和Pfn1的表达上调,RhoC的表达下调,细胞骨架中应力纤维丝减少,肌动蛋白完整性丢失。结论lncRNA AFAP1-AS1在OSCC组织及SCC25细胞中高表达,与OSCC的发生进展及预后相关。下调AFAP1-AS1能够抑制OSCC的增殖、迁移和侵袭能力,其可能是通过调控肌动蛋白纤维丝的完整性实现的。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 编码rna 肌动蛋白纤维相关蛋白1-反义rna1 预后 增殖 侵袭
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长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1及其在肿瘤转移中的作用 被引量:4
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作者 史浩骏 王志刚 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期1254-1259,共6页
肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)是一种长度约8 000 nt的长链非编码RNA(lncRNA),其在3'端构成"三螺旋"结构,保护自身免遭降解,在功能上一定程度取代了多聚腺苷酸[poly(A)]。MALAT1的表达受到TAR DNA结合蛋白43(TDP-43)、Di... 肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)是一种长度约8 000 nt的长链非编码RNA(lncRNA),其在3'端构成"三螺旋"结构,保护自身免遭降解,在功能上一定程度取代了多聚腺苷酸[poly(A)]。MALAT1的表达受到TAR DNA结合蛋白43(TDP-43)、DiGeorge综合征危象区基因8蛋白(DGCR8)及后垂体激素等多个不同层面的调控。MALAT1介导包括丝氨酸/精氨酸(SR)蛋白向具有转录活性的基因位点聚集,从而控制选择性剪切;也可导致生长基因改变核内位置,有效激活转录单元。此外,癌细胞中MALAT1呈高水平表达,并与Wnt/β-连环蛋白信号通路、Bcl-2家族等密切关联,是癌细胞侵袭和转移的重要因素。同时,MALAT1通过MYB相关蛋白B(B-MYB)和异质核糖核蛋白C(hnRNP C)影响细胞周期和有丝分裂,造成癌细胞增殖。lncRNA无论作为癌症诊断和预后标志物,还是新型治疗靶点,都将为癌症的诊断和治疗带来新的突破口。 展开更多
关键词 编码rna 肺腺癌转移相关转录本1 肿瘤转移 细胞周期
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长链非编码RNA(lncRNA)对巨噬细胞极化转录调控的研究进展 被引量:3
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作者 李孟奇 赵国军 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期569-574,共6页
经典活化型巨噬细胞(M1型)和替代活化型巨噬细胞(M2型)是两种具有不同表型和功能的巨噬细胞亚群。巨噬细胞能响应微环境信号,迅速从一种极化状态转换到另一种极化状态。巨噬细胞极化受核因子κB(NF-κB)、信号转导子和转录激活子(STAT)... 经典活化型巨噬细胞(M1型)和替代活化型巨噬细胞(M2型)是两种具有不同表型和功能的巨噬细胞亚群。巨噬细胞能响应微环境信号,迅速从一种极化状态转换到另一种极化状态。巨噬细胞极化受核因子κB(NF-κB)、信号转导子和转录激活子(STAT)、干扰素调节因子(IRF)等转录因子调控,进而参与多种炎症相关性疾病的发生发展。长链非编码RNA(lncRNA)可调控NF-κB抑制蛋白(IκB)磷酸化改变NF-κB核移位,或通过与p65/p50形成复合物抑制NF-κB与其靶基因启动子结合,进而调控巨噬细胞极性;lncRNA可直接调控Janus激酶2(JAK2)/STAT通路,或间接通过细胞因子信号传送阻抑物(SOCS)调控STAT表达参与巨噬细胞极化调控;lncRNA通过调控多梳抑制复合物2(PRC2)等间接影响IRF的转录,调控巨噬细胞极化。深入了解lncRNA对巨噬细胞极化转录调控的作用机制,有助于为这些疾病的诊断和治疗提供新的策略。 展开更多
关键词 编码rna(lncrna) 巨噬细胞极化 转录因子 综述
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