文摘目的·分析子宫内膜癌组织和正常内膜组织中长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)的差异表达谱。方法·分别抽提21例子宫内膜癌组织和5例正常内膜组织的RNA,利用转录组测序技术分析并筛选2组差异表达lncRNAs。对获得的差异表达lncRNAs进行GO(Gene Ontology)功能分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析,并结合TCGA数据库对差异表达lncRNAs进行交集分析。结果·共筛选获得3060个差异表达lncRNAs,其中上调表达的有2046个,下调的有1014个。GO功能分析和KEGG通路分析结果显示,这些lncRNAs与细胞黏附、免疫反应、炎症反应、细胞增殖相关,并且主要富集在PI3KAkt信号通路、细胞黏附、细胞因子受体等通路上。交集分析显示,57个lncRNAs在测序结果和TCGA数据库中同时上调或下调。结论·lncRNAs在子宫内膜癌和正常内膜组织中的表达有显著差异,提示其可能在子宫内膜癌的发生及发展中起到了重要作用。
文摘长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)通过多种机制发挥其生物学功能,这些机制包括基因印记、染色质重塑、细胞周期调控、剪接调控、mRNA降解和翻译调控等。lncRNA通过这些作用机制在不同水平进行基因表达调控。在研究lncRNA功能的过程中,研究方法的建立和应用起着非常重要的作用。目前用于lncRNA研究的主要方法有:微阵列、转录组测序、Northern印迹、实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应、荧光原位杂交、RNA干扰和RNA结合蛋白免疫沉淀等。文章着重介绍了3种前沿方法,即:在线快速预测RNA与蛋白质相互作用的catRAPID、RNA纯化的染色质分离(Chromatin isolation by RNA purification,ChIRP)以及非编码RNA沉默与定位分析技术(Combined knockdown and localization analysis of non-coding RNAs,c-KLAN)。
