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一种新型线粒体DNA深度测序方法的准确性评估
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作者 朱琳 林颖 +5 位作者 朱玉青 黄明涛 梁栋 胡平 许争峰 张军 《临床检验杂志》 CAS 2023年第3期167-170,共4页
目的 与基于长片段PCR(lrPCR)的传统mtDNA测序方法比较,评估本课题组前期研究开发的一种新型非PCR依赖的mtDNA深度测序方法的可靠性。方法 同时采用新方法和传统方法对10例产前筛查孕妇外周血样本进行平行试验,对比两种方法所得结果,结... 目的 与基于长片段PCR(lrPCR)的传统mtDNA测序方法比较,评估本课题组前期研究开发的一种新型非PCR依赖的mtDNA深度测序方法的可靠性。方法 同时采用新方法和传统方法对10例产前筛查孕妇外周血样本进行平行试验,对比两种方法所得结果,结合人群数据库(MitoMAP和mtDB)信息,评估新方法的准确性。结果 10例样本中共检出380个变异,其中351个变异同时被两种方法检出,29个变异仅被单一方法检出。对29个不一致变异中出现于2个或2个以上样本的8个变异进一步分析发现,2个仅被新方法重复检出的变异在人群数据库中存在记录;而6个仅传统方法重复检出的变异在人群数据库中未见记录。结论 与传统基于lrPCR的mtDNA测序方法相比,新方法针对同质性变异及高异质度变异的检测能力相当,而针对低异质度变异检测时具有更高的准确性。 展开更多
关键词 线粒体分离纯化 长片段pcr 线粒体DNA 高通量测序 异质性 异质度 变异
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东乡野生稻RPS2类候选抗病基因的克隆与分析 被引量:5
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作者 崔玲玲 李磊 +7 位作者 韩小霞 邢俊杰 李玲龙 阳志刚 罗秀娟 李丁 谢灵灵 曹孟良 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期111-115,共5页
利用NBS保守结构域获得的探针及基于RecA文库富集方法的试剂盒筛选东乡野生稻液体pCAMBIA1301质粒文库,杂交筛选获得阳性克隆,在NCBI上进行BLASTN序列比对后,设计相关引物,扩增获得编码区,并利用生物信息学方法预测其编码蛋白序列,与已... 利用NBS保守结构域获得的探针及基于RecA文库富集方法的试剂盒筛选东乡野生稻液体pCAMBIA1301质粒文库,杂交筛选获得阳性克隆,在NCBI上进行BLASTN序列比对后,设计相关引物,扩增获得编码区,并利用生物信息学方法预测其编码蛋白序列,与已克隆的NBS-LRR类抗性基因建立进化树.结果分析表明,其预测蛋白除了部分氨基酸缺失及2个氨基酸不同外,与粳稻大部分序列一致,分子进化树表明其与粳稻、拟南芥RPS2基因的关系最近. 展开更多
关键词 东乡野生稻 液体质粒文库 片段高保真pcr 生物信息学
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水稻白叶枯病抗性基因Xa31(t)候选基因表达载体的构建
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作者 赵传纪 刘学群 +1 位作者 王春台 徐鑫 《安徽农业科学》 CAS 2013年第15期6611-6612,6629,共3页
[目的]构建水稻白叶枯病抗性基因Xa31(t)候选基因的表达载体。[方法]利用长片段PCR在抗白叶枯病水稻品种扎昌龙中扩增长10.6 kb的候选基因,将其通过Asc I单酶切克隆至植物表达载体pCAMBIA1300中,并对阳性克隆进行质粒PCR、酶切检测和测... [目的]构建水稻白叶枯病抗性基因Xa31(t)候选基因的表达载体。[方法]利用长片段PCR在抗白叶枯病水稻品种扎昌龙中扩增长10.6 kb的候选基因,将其通过Asc I单酶切克隆至植物表达载体pCAMBIA1300中,并对阳性克隆进行质粒PCR、酶切检测和测序分析。[结果]试验成功构建了水稻白叶枯病抗性基因Xa31(t)候选基因的表达载体。[结论]该研究为进一步研究Xa31(t)基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 白叶枯病 候选基因 长片段pcr 表达载体
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Differentiation of Helicobacter pylori isolates by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism
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作者 施理 孙勇 +2 位作者 张亚力 张振书 周殿元 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 2002年第1期14-16,共3页
Objective: To investigate the association between the diversity of urease gene and urease activity of clinical isolates of Helicobacter pylori (H. pylori). Methods: Polymerase chain reaction-restriction fragment lengt... Objective: To investigate the association between the diversity of urease gene and urease activity of clinical isolates of Helicobacter pylori (H. pylori). Methods: Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) of urease gene and rapid urease activity test were used to study the urease activity of different clinical isolates of H. pylori. Results: H. pylori clinical isolates were divided into 4 types according to their PCR-RFLP results of urease gene and urease activity. Type Ⅰ , possessing strong urease activity (0. 11) and presented 1 fragment of 1. 7 kb by PCR-RFLP, had close relations with gastric ulcer; type Ⅱ , with the weakest urease activity (0. 07) and 2 fragments (1. 3 and 0. 4 kb respectively) , was associated with duodenal bulb ulcer; type Ⅲ , with the strongest urease activity (0. 12) and 2 fragments (0. 4 and 0. 17 kb) with or without 1 fragment (0. 23 or 0. 37 kb) , was responsible for gastritis; type Ⅳ , with weak urease activity (0. 09) and 2 fragments (1. 5 and 0. 2 kb), was shown to be related to both gastric and duodenal bulb ulcers. Conclusion: The diversity of urease gene decides different urease activities of different clinical isolates of H. pylori, hence the different possibilities of pathogenesis due to this bacteria. 展开更多
关键词 Helicobacter pylori polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism strain diversity
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