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星康吉鳗LH基因的克隆、序列特征分析及原核表达 被引量：1
1
作者 陈彦 史宝 +5 位作者 王成刚 薄万军 晏科文 陶美君 赵新宇 马晓东 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第3期40-52,共13页
促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)在鱼类配子成熟、排卵和类固醇激素合成方面发挥重要作用。通过同源克隆获得星康吉鳗(Conger myriaster)LH基因CDS区序列,利用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的结构与特征,并成功构建原核表达... 促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)在鱼类配子成熟、排卵和类固醇激素合成方面发挥重要作用。通过同源克隆获得星康吉鳗(Conger myriaster)LH基因CDS区序列,利用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的结构与特征,并成功构建原核表达重组质粒对LH蛋白进行表达。克隆获得LH基因CDS区为423 bp,编码140个氨基酸。分析LH蛋白理化性质可知,其相对分子质量为15.56 kDa,理论等电点为5.85;经亲疏水性分析发现,LH蛋白为亲水性蛋白;对信号肽和跨膜区分析结果显示,其前1~22个氨基酸为信号肽,无跨膜区;经结构域分析,其存在保守性较强的GHB结构域(由27~132位的105个氨基酸组成);亚细胞定位分析表明,LH蛋白主要定位于细胞核;对糖基化位点及磷酸化位点分析发现,其存在1个N-糖基化位点和3个O-糖基化位点,共含有17个潜在的磷酸化位点;LH蛋白二级结构主要含有α-螺旋(13.6%)、β-折叠(25%)和无规则卷曲(61.4%);通过三级结构分析发现,其与日本鳗鲡(Anguilla japonica)LH蛋白三级结构较为相似,与人(Homo sapiens)LH蛋白的三级结构存在一定差异。多序列比对及系统发育树分析结果显示,LH与欧洲鳗鲡(A.anguilla)、花鳗鲡(A.marmorata)和日本鳗鲡进化关系较近,同源性分别为92.14%、91.43%和90.71%。构建的重组质粒pET-28a-LH在Rosetta(DE3)感受态细胞中成功表达,其表达的可溶性LH重组融合蛋白条带在SDS-PAGE电泳检测及Western Blot结果中约为26.5 kDa,与预期表达的分子量相符。该研究为揭示星康吉鳗LH基因的分子特征及蛋白功能奠定了基础,为后续星康吉鳗人工繁育技术的优化提供了理论参考。 展开更多
关键词 星康吉鳗 促黄体生成素基因 基因克隆 序列特征分析 原核表达
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丽江猪HMOX 2基因扩增、序列分析及组织表达研究
2
作者 李天秀 李昕鹏 +3 位作者 董新星 兰国湘 严达伟 朱家位 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第5期2219-2231,共13页
【目的】旨在扩增并探究丽江猪血红素加氧酶2(HMOX2)基因编码区(CDS)序列特征,分析在丽江猪不同生长阶段、不同组织中的表达情况,为利用HMOX 2基因进行分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用PCR扩增丽江猪HMOX 2基因序列,采用生物信... 【目的】旨在扩增并探究丽江猪血红素加氧酶2(HMOX2)基因编码区(CDS)序列特征,分析在丽江猪不同生长阶段、不同组织中的表达情况,为利用HMOX 2基因进行分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用PCR扩增丽江猪HMOX 2基因序列,采用生物信息学软件分析其理化性质和密码子偏好性,预测其蛋白结构;采用实时荧光定量PCR检测HMOX 2基因在2月龄丽江猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌,以及2、4、6月龄丽江猪皮下脂肪中的表达水平,并对HMOX 2基因在2月龄丽江猪和杜洛克猪皮下脂肪中的表达水平进行比较分析。【结果】丽江猪HMOX 2基因CDS序列长为951 bp,编码316个氨基酸,密码子偏好以C或G结尾。丽江猪HMOX 2基因与黄牛、水牛、山羊和绵羊的相似性较高(90.1%~91.2%),与原鸡的相似性最低(71.3%)。在6个地方猪种中,除八眉猪和荣昌猪外,丽江猪HMOX 2基因与中国地方猪相似性为100%,与5个外种猪的相似性均为99.8%。与杜洛克猪相比,丽江猪HMOX 2基因CDS区存在两处碱基同义突变。HMOX2蛋白属于稳定的跨膜亲水性蛋白,无信号肽,具有1个跨膜结构,主要在细胞质中发挥作用,含21个磷酸化位点和33个糖基化位点。二级结构主要由α-螺旋(54.43%)和无规则卷曲(42.00%)组成。蛋白互作网络分析表明,HMOX2蛋白可能与FECH、HMOX1等10个蛋白互作,主要在脂质代谢中发挥作用。实时荧光定量PCR结果表明,HMOX 2基因在丽江猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪中均有表达,且在皮下脂肪中随月龄增长表达量增加。与杜洛克猪相比,丽江猪HMOX 2基因在皮下脂肪中的表达量显著高于杜洛克猪(P<0.05)。【结论】本研究成功扩增了丽江猪HMOX 2基因并分析了其分子特征,其在肺脏、肝脏和皮下脂肪等7个组织中均有表达,在皮下脂肪组织中随月龄增长表达量显著增加。研究结果可为进一步探究HMOX 2基因在丽江猪脂肪沉积中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 丽江猪 血红素加氧酶2基因 序列分析 组织表达
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淇河鲫Runx2b基因克隆、序列分析及时空表达
3
作者 闪金研 连凯琪 +5 位作者 马峻 刘玉玲 聂竹兰 李斌顺 彭仁海 魏杰 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第6期2717-2728,共12页
【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_06841... 【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_068415.1)结合本地基因组数据进行BLAST比对设计引物,通过PCR分段克隆Runx2b基因,并分别通过DNAStar和Mega 11.0软件进行序列相似性比对及系统发育树构建。通过ORF finder和ProtParam等在线网站进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测Runx2b基因在淇河鲫不同发育时期和不同组织中的表达水平。【结果】测序拼接比对后得到Runx2b-A和Runx2b-B基因,其CDS区均为1 392 bp,编码463个氨基酸。两基因的CDS序列相似性为95.33%,Runx2b-A和Runx2b-B氨基酸序列均与银鲫对应的氨基酸序列相似性最高,分别为98.0%和99.1%。系统进化树分析显示,淇河鲫与银鲫亲缘关系最近。生物信息学分析表明,两个Runx2b蛋白分子式分别为C_(2206)H_(3409)N_(637)O_(685)S_(18)和C_(2196)H_(3395)N_(633)O_(695)S_(16),均属于亲水性不稳定蛋白,且蛋白质结构主要以无规则卷曲为主,两个蛋白质序列中都存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。实时荧光定量PCR检测结果表明,Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫整个肌间刺发育阶段整体表达趋势较为一致,肌间刺发育前期(1~5 dph)表达量较高,在肌间刺开始发育后(5~13 dph)表达量逐渐降低,在后期表达量出现上升趋势,尤其在肌间刺发育晚期(25~45 dph)仍有较高的表达量;Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫脑、肝脏、背部肌肉、尾部肌肉等9个组织中均有表达,二者均在脑和肝脏中表达量较高,且显著高于其他组织(P<0.05),二者在尾部肌肉中的相对表达量均显著高于背部(P<0.05),但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达水平。【结论】本研究成功克隆获得两条淇河鲫同源基因Runx2b-A和Runx2b-B的CDS序列,二者氨基酸序列与鲤科鱼类的相似较高,蛋白质序列中存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。淇河鲫两个Runx2b基因表达具有广泛的组织分布,但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达模式;在不同发育时期整体表达趋势较为一致,在肌间刺发育晚期仍有较高的表达量,可为后续深入研究肌间刺发育机制和创制无肌间刺淇河鲫奠定基础。 展开更多
关键词 淇河鲫 Runx2b基因 克隆 序列分析 时空表达
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花生YABBY基因家族的鉴定与表达分析
4
作者 张万年 牛海龙 +3 位作者 王伟 刘红欣 李伟堂 李玉发 《花生学报》 北大核心 2025年第1期1-9,35,共10页
YABBY基因家族是一类植物特异性转录因子,在植物形态建成、生殖器官的形成和发育、植物对激素信号的反应、光周期反应等生理过程中起着关键作用。本研究对花生YABBY基因家族进行挖掘和鉴定,分析其理化性质、保守结构、系统进化树和组织... YABBY基因家族是一类植物特异性转录因子,在植物形态建成、生殖器官的形成和发育、植物对激素信号的反应、光周期反应等生理过程中起着关键作用。本研究对花生YABBY基因家族进行挖掘和鉴定,分析其理化性质、保守结构、系统进化树和组织表达模式。研究发现花生的17个YABBY基因家族成员分布在10条花生染色体上,亚细胞定位预测其大部分基因定位于细胞核。系统进化树分析结果表明,花生YABBY基因家族成员与拟南芥、大豆相同,分为5个亚族,且每个亚族均包含与拟南芥、大豆的同源基因。花生YABBY基因的表达分析结果表明,YABBY家族参与花生不同生长阶段的生长发育,表明了每个YABBY基因普遍参与组织发育。通过对花生YABBY基因家族启动子顺式作用元件分析,发现花生YABBY基因家族启动子中含有多个顺式作用元件,表明花生YABBY基因家族参与花生的生长发育和多种逆境响应过程。以上结果为花生YABBY基因的后续功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 花生 YABBY基因家族 生物信息学 序列分析 表达模式
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淇河鲫bmp6基因的克隆及表达特性分析
5
作者 马峻 连凯琪 +5 位作者 闪金研 刘玉玲 李晓龙 赵黎明 李学军 彭仁海 《华北农学报》 北大核心 2025年第2期218-229,共12页
骨形态发生蛋白6(bmp6)基因对鱼类肌间刺的形成发育具有重要的调控作用。为探究淇河鲫bmp6基因的序列特征和表达特性,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因的编码序列(CDS),并进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测,分析bmp6基因... 骨形态发生蛋白6(bmp6)基因对鱼类肌间刺的形成发育具有重要的调控作用。为探究淇河鲫bmp6基因的序列特征和表达特性,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因的编码序列(CDS),并进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测,分析bmp6基因在淇河鲫不同组织和发育时期的表达差异。结果显示,淇河鲫bmp6基因由两部分同源基因各3个等位基因组成,分别是bmp6a-1、bmp6a-2、bmp6a-3和bmp6b-1、bmp6b-2、bmp6b-3,其CDS序列全长分别为1245,1257 bp,编码414,418个氨基酸。bmp6a和bmp6b均是含有一个信号肽序列且无跨膜结构的不稳定疏水性分泌蛋白,bmp6a主要分布在线粒体、细胞核和细胞质中,而bmp6b主要分布在细胞核与线粒体上。bmp6a和bmp6b二级结构都以无规则卷曲为主,与三级结构预测的结果一致,且都具有1个TGF-β-rel家族保守结构域。氨基酸序列同源性分析表明,淇河鲫bmp6a氨基酸序列与团头鲂bmp6具有较高的相似性,与哺乳动物的相似性较低,而淇河鲫bmp6b氨基酸序列与鲫鱼和银鲫的bmp6b具有较高的相似性。系统发育树分析显示,淇河鲫bmp6a与鲤鱼bmp6a聚于同一进化支,而淇河鲫bmp6b与鲫鱼和银鲫bmp6b聚于同一进化支。qRT-PCR检测结果表明,bmp6a和bmp6b基因在淇河鲫的脑、肌肉、鳃、脾脏、肠、性腺、肝脏和肾脏组织中均有表达,但在肝脏、鳃组织和肾脏中表达量较高;二者在淇河鲫幼鱼不同发育时期具有相似的表达模式,在肌间刺骨化前,bmp6a和bmp6b的表达量最高,之后随着肌间刺的发育形成,bmp6a和bmp6b的表达量降低。综上,通过克隆获得淇河鲫bmp6基因CDS序列,并进行生物信息学分析和qRT-PCR检测,为进一步创制淇河鲫无肌间刺新品系提供了参考依据。 展开更多
关键词 淇河鲫 骨形态发生蛋白6(bmp6) 基因克隆 序列分析 基因表达
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一个新的白血病相关基因LRP16全长cDNA的克隆、序列分析及表达特征 被引量：60
6
作者 韩为东 于力 +5 位作者 楼方定 王全顺 赵瑜 史子江 焦宏远 周建军 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期209-214,共6页
克隆一个与白血病复发相关基因 (LRP1 6)的全长 c DNA序列 ,对其进行染色体定位、组织表达谱分析 ,并对该基因编码蛋白质进行原核表达 .首先用获得的一段 3kb DNA片段在 NCBI提供的 h ESTs数据库中进行电子杂交并对重叠克隆片段组装 ,... 克隆一个与白血病复发相关基因 (LRP1 6)的全长 c DNA序列 ,对其进行染色体定位、组织表达谱分析 ,并对该基因编码蛋白质进行原核表达 .首先用获得的一段 3kb DNA片段在 NCBI提供的 h ESTs数据库中进行电子杂交并对重叠克隆片段组装 ,再设计引物进行 c DNA末端快速扩增(RACE技术 ) .采用 Northern印迹方法进行组织表达分析 .以高通量基因组序列 (HTGS)数据库为基础进行染色体定位 .对构建的克隆菌用 IPTG诱导重组蛋白表达后进行 SDS- PAGE,同时对重组体测序确证 .钓取了该基因全长 c DNA、推导所编码的氨基酸序列 ,并将该基因定位于染色体1 1 q1 2 .2 .原核表达筛选获得了该基因重组子的一个缺失体 .对 LRP1 6基因全长 c DNA的序列分析提示 ,该基因可能编码两种 N端不同的蛋白质 ,且该基因的转录本可能存在一种丰度较低的剪接体 . 展开更多
关键词 白血病 相关基因 LRP16 重组蛋白 原核表达 CDNA 克隆 序列分析
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Tenebrio molitor抗冻蛋白基因家族cDNA片段的克隆、序列分析及原核表达 被引量：9
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作者 刘忠渊 王芸 +3 位作者 吕国栋 王贤磊 张富春 马纪 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1532-1540,共9页
利用反转录-多聚酶链式反应(RT-PCR)的方法,克隆黄粉甲虫(Tenebriomolitor)抗冻蛋白基因cDNA片段并进行序列分析和原核表达。同源性分析表明,获得9条新cDNA片段,与黄粉甲虫抗冻蛋白基因家族的其他基因序列具有较高的同源性。重组质粒pGE... 利用反转录-多聚酶链式反应(RT-PCR)的方法,克隆黄粉甲虫(Tenebriomolitor)抗冻蛋白基因cDNA片段并进行序列分析和原核表达。同源性分析表明,获得9条新cDNA片段,与黄粉甲虫抗冻蛋白基因家族的其他基因序列具有较高的同源性。重组质粒pGEX-4T-1-tmafp-XJ430,转化E.coliBL21进行原核表达,SDS-PAGE分析结果表明,抗冻蛋白基因以可溶性融合蛋白表达,相对分子量为38kDa。构建真核表达载体pCDNA3-tmafp-XJ430,免疫小鼠,获得的抗血清滴度为1:2000。Westernblotting结果为单一的条带,证明该抗血清具有针对抗冻蛋白TmAFP-XJ430抗原的专一性。 展开更多
关键词 黄粉甲虫 抗冻蛋白 CDNA片段 序列分析 原核表达
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山药PAL基因全长cDNA序列的克隆、表达与分析 被引量：12
8
作者 周生茂 王玲平 +5 位作者 向珣 韦本辉 李杨瑞 方锋学 韦威旭 曹家树 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期781-788,859,共9页
为了阐明苯丙氨酸解氨酶（PAL,EC4.3.1.5）基因在山药地下块茎酚类物质积累过程中的分子机理,本研究运用普通PCR、RACE和TAIL-PCR技术从大薯（Dioscorea alataL.）’Zixiao’地下块茎中克隆到同一个PAL基因的3个片段,即长度分别为1 145b... 为了阐明苯丙氨酸解氨酶（PAL,EC4.3.1.5）基因在山药地下块茎酚类物质积累过程中的分子机理,本研究运用普通PCR、RACE和TAIL-PCR技术从大薯（Dioscorea alataL.）’Zixiao’地下块茎中克隆到同一个PAL基因的3个片段,即长度分别为1 145bp、1 151bp和424bp的中间片段、3’端和5’端的cDNA序列;将3段cDNA序列拼接后获得大小为2 376bp的PAL基因全长cDNA序列,该序列含有一个1986bp的最大开放阅读框（ORF）,一个28bp的5’端非翻译区,一个362bp含25 nt的Poly（A＋）尾的3’端非翻译区,最大ORF可推测编码一个包括PAL酶活性中心的特征序列（GTITASGDLVPLSYIA）在内的661个氨基酸的多肽,分子量为71.974kDa,等电点6.310;大薯地下块茎的PAL基因分别在核苷酸与氨基酸水平上和GenBank中所选已知其他物种的同源性为73%~77%和76%~82%,说明PAL基因在系统进化上相对保守;RT-PCR分析表明该基因仅在地下块茎中表达,而且表达丰度在收获前逐渐降低。 展开更多
关键词 大薯 苯丙氨酸解氨酶 全长CDNA 基因克隆 序列分析 时空表达
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小体鲟HSP70基因全长cDNA序列的分离及表达分析 被引量：2
9
作者 倪蒙 温海深 +5 位作者 步艳 迟美丽 钱焜 尹相菡 张冬茜 丁玉霞 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期21-28,共8页
采用RT-PCR法首次从小体鲟(Acipenser ruthenus)肝脏RNA分离获得HSP70基因全长cDNA序列(HSP70cDNA)。生物信息学分析显示,小体鲟HSP70基因含有众多的蛋白激酶C磷酸化位点,Ser、Thr、Thy磷酸化位点和N-糖基化位点,推测其可能在细胞信号... 采用RT-PCR法首次从小体鲟(Acipenser ruthenus)肝脏RNA分离获得HSP70基因全长cDNA序列(HSP70cDNA)。生物信息学分析显示,小体鲟HSP70基因含有众多的蛋白激酶C磷酸化位点,Ser、Thr、Thy磷酸化位点和N-糖基化位点,推测其可能在细胞信号转导与调控中发挥作用。经过BLAST比对,认为该序列与西伯利亚鲟(Acipenserbaerii)、斑点叉尾鮰(Ietalurus punetaus)、斑马鱼(Danio rerio)、罗非鱼(Oreochromis niloticus)、非洲爪蟾(Xenopus lae-vis)、中华鳖(Pelodiscus sinensis)、原鸡(Gallus gallus)、家鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)的同源性均在80%以上,表明HSP70具有高度的保守性。组织表达分析表明,HSP70mRNA在小体鲟肝脏、心、脾、脑、肾、肌肉、胃、肠、垂体、精巢和卵巢组织中均有表达,但表达量不同,心脏、脾和肝脏中表达量高,脑、垂体和性腺中表达较少,鳃中没有表达。小体鲟HSP70基因的表达分析为研究应激条件下鲟科HSP70基因的差异表达和抗逆机理提供了基础。 展开更多
关键词 小体鲟 HSP70基因 CDNA 基因分离 序列分析 表达分析
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北京长白杂交猪IgGH链基因CH2-CH3的克隆、序列分析及表达质粒构建 被引量：3
10
作者 李新生 高凤山 +4 位作者 李云岗 崔保安 陈红英 崔沛 夏春 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期1-6,共6页
根据GenBank中注册的猪IgG H链基因cDNA CH2 CH3序列(SSU03780),设计了含KpnⅠ和HindⅢ酶切位点的一对引物,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)法从北京长白杂交猪肠系膜淋巴结细胞扩增猪IgG H链基因CH2 CH3序列.将PCR产物纯化回收后,... 根据GenBank中注册的猪IgG H链基因cDNA CH2 CH3序列(SSU03780),设计了含KpnⅠ和HindⅢ酶切位点的一对引物,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)法从北京长白杂交猪肠系膜淋巴结细胞扩增猪IgG H链基因CH2 CH3序列.将PCR产物纯化回收后,插入到含LacZ基因的克隆载体pGEM-T Easy中,转化大肠杆菌JM 109感受态细胞,经KpnⅠ和HindⅢ双酶切及PCR鉴定,筛选出阳性克隆.将所克隆的目的片断亚克隆到原核表达载体pQE 30,构建重组质粒pQE 30/PIgG CH2 CH3.将重组表达质粒转化大肠杆菌JM 109感受态细胞,筛选阳性克隆,经IPTG诱导表达后,进行聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析.结果表明,本研究克隆了猪IgG H链基因CH2 CH3序列,全长663 bp,编码221个氨基酸,利用Gentyx version 6.0软件将CH2 CH3基因的核苷酸序列与GenBank中的参考序列比较,其核苷酸序列同源率为99.551%,推导的氨基酸序列同源率为100%.将pQE 30/PIgG CH2 CH3转化JM 109感受态细胞,表达的融合蛋白相对分子质量约为26.95 ku,经IPTG诱导2 h,表达量约占菌体总蛋白41.5%. 展开更多
关键词 猪IgG H链基因 CH2和CH3 基因克隆 DNA序列分析 原核表达
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白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库的构建和初步分析 被引量：1
11
作者 周村建 郝飞 +3 位作者 邓永键 李永平 王鲁 钟白玉 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期966-968,共3页
目的构建白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库,并从中挑取1000个阳性克隆进行测序。结果成功构建了白念珠菌酵母相细... 目的构建白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库,并从中挑取1000个阳性克隆进行测序。结果成功构建了白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库。1000个测序文件中,共获得标签17773个,代表单一转录本7333种,其中单一匹配标签占16·65%,多重匹配标签占6·59%,推测蛋白标签占16·27%,基因组及粘粒等标签占1·64%,新标签为58·86%。标签拷贝数超过35的33个高表达标签中有11个可能属于新的表达序列。结论LongSAGE是一种能够快速、高通量地研究细胞基因表达谱及其丰度的方法,可发现新的表达序列。 展开更多
关键词 念珠菌 白色 二态性 基因表达谱 长片段基因表达系列分析
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鸡皮刺螨羧酸酯酶2基因克隆、序列分析及其表达特征研究
12
作者 张学迪 徐楷 +5 位作者 尹硕 刘晶 王仲浩 秦建华 吴鹏远 王传文 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2973-2983,共11页
【目的】克隆鸡皮刺螨(Dermanyssus gallinae)羧酸酯酶2(CarE2)基因CDS区序列并进行生物信息学分析,同时检测其在鸡皮刺螨中的表达特征,以探究CarE2基因在鸡皮刺螨代谢抗性形成及发展中的作用。【方法】试验选择50只成年鸡皮刺螨雌螨,利... 【目的】克隆鸡皮刺螨(Dermanyssus gallinae)羧酸酯酶2(CarE2)基因CDS区序列并进行生物信息学分析,同时检测其在鸡皮刺螨中的表达特征,以探究CarE2基因在鸡皮刺螨代谢抗性形成及发展中的作用。【方法】试验选择50只成年鸡皮刺螨雌螨,利用PCR扩增CarE2基因CDS区序列并测序,对其编码氨基酸序列进行多序列比对及系统进化树构建,通过生物信息学在线软件预测CarE2蛋白的理化性质及结构功能,并采用实时荧光定量PCR检测CarE2基因在鸡皮刺螨不同发育阶段及不同抗性品系中的表达模式,同时分析高效氯氰菊酯对鸡皮刺螨敏感品系和高效氯氰菊酯抗性品系中CarE2基因的诱导效应。【结果】鸡皮刺螨CarE2基因CDS区序列全长1665 bp,编码554个氨基酸。多序列比对结果显示,CarE2基因氨基酸序列具有高度保守的催化三联体(Ser-Glu-His)和五肽基序(Gly-X-Ser-X-Gly)。系统进化树结果表明,鸡皮刺螨CarE2与黑腹果蝇亲缘关系相近,共同划分为表皮酯酶分支。生物信息学分析结果显示,CarE2蛋白属于稳定的亲水蛋白,存在信号肽切割位点,且具有糖基化位点和多个磷酸化修饰位点,但不具有跨膜结构;CarE2蛋白二级结构以无规则卷曲为主,三级结构预测结果与二级结构一致。实时荧光定量PCR检测结果显示,CarE2基因在鸡皮刺螨若螨时期表达量最高,显著高于其他时期(P<0.05),成螨期表达量次之,在卵和幼螨时期的表达量相对较低;鸡皮刺螨高效氯氰菊酯抗性品系中CarE2基因的相对表达量是敏感品系的2.78倍;经高效氯氰菊酯胁迫处理后,鸡皮刺螨敏感品系中CarE2基因表达量与对照组相比差异不显著(P>0.05),而高效氯氰菊酯抗性品系中CarE2基因表达量与对照组相比显著升高(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆鸡皮刺螨CarE2基因CDS区序列,其在鸡皮刺螨各发育阶段均有表达,且在高效氯氰菊酯抗性品系中过量表达。经高效氯氰菊酯处理后CarE2基因表达量显著上调,推测CarE2基因参与鸡皮刺螨对高效氯氰菊酯的羧酸酯酶解毒代谢抗性。 展开更多
关键词 鸡皮刺螨 CarE2基因 克隆 序列分析 表达特征
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菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库的构建及结果分析
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作者 周村建 邓永键 +3 位作者 郝飞 钟白玉 王鲁 李永平 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第13期1384-1387,共4页
目的构建菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建菌丝相白假丝酵母菌LongSAGE文库,从文库中挑取阳性克隆测序,用SAGEs-oftware对测序结果进行分析和检索... 目的构建菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建菌丝相白假丝酵母菌LongSAGE文库,从文库中挑取阳性克隆测序,用SAGEs-oftware对测序结果进行分析和检索,从而了解菌丝相白假丝酵母菌基因表达情况。结果在菌丝相白假丝酵母菌的1 000个测序文件中,共获得标签17 552个,代表单一转录本6 627种,其中单一匹配标签占20.5%,多重匹配标签占6.64%,假设蛋白标签为18.47%,新标签为53.07%。标签拷贝数超过35拷贝的36个高表达标签中有15个可能属于新的表达序列。结论用LongSAGE技术获得了菌丝相白假丝酵母菌基因表达谱及其丰度的量化信息,可以发现新的表达序列,为进一步研究提供了基础。 展开更多
关键词 白假丝酵母菌 二态性 长片段基因表达系列分析
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水牛SFRP 1基因序列分析、真核表达载体构建及组织表达分析
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作者 黄丽清 段安琴 +2 位作者 郑海英 杨春艳 尚江华 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1807-1818,共12页
【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵... 【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵巢组织cDNA为模板,通过RT-PCR对SFRP 1基因CDS区序列进行扩增并测序,利用生物信息学在线分析软件对水牛SFRP 1基因与不同物种进行比对和系统进化树构建,并预测SFRP1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构等。将获得的目的基因连接至pCMV-HAhyPBase-mcheery载体并转染至水牛颗粒细胞,检测转染后荧光和基因表达情况。通过实时荧光定量PCR检测水牛不同组织中SFRP 1基因表达情况。【结果】水牛SFRP 1基因CDS区长927 bp,共编码308个氨基酸。多重序列比对结果显示,水牛SFRP 1基因氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、虎鲸、黑猩猩、北极狐、猫、人、小鼠的相似性分别为100%、100%、99.65%、98.58%、98.23%、98.23%、98.58%、98.23%、96.45%,存在CRD_FZ、NTR_like和DUF3367结构域。水牛SFRP 1基因核苷酸序列与黄牛、绵羊、山羊、牦牛、野牛、马鹿、野骆驼、猪、人的相似性分别为97.3%、95.9%、95.8%、94.5%、94.2%、93.7%、80.4%、78.5%和77.3%。系统进化树结果显示,水牛与黄牛、牦牛、野牛聚为一支。生物信息学分析结果显示,SFRP1蛋白呈碱性,为不稳定蛋白;第1—15位氨基酸处存在信号肽,为分泌型蛋白,存在跨膜结构,主要定位于细胞外;存在21个磷酸化位点和8个O-糖基化修饰位点。二级结构主要由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲构成;水牛、黄牛、人的SFRP1蛋白三级结构高度相似。成功构建pCMV-mcheery-SFRP1真核表达载体并转染水牛颗粒细胞,转染72 h后pCMV-mcheery-SFRP1重组质粒组细胞内SFRP 1基因表达量极显著高于对照组(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果显示,SFRP 1基因在水牛不同组织中均有表达,且在脾脏中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。【结论】SFRP 1基因在不同物种以及遗传进化过程中具有高保守性,在水牛不同组织中广泛表达。研究结果为今后探究SFRP 1基因在水牛生长发育中的功能及分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 水牛 SFRP 1基因 序列分析 真核表达载体 组织表达
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大眼长蝽卵黄原蛋白基因克隆、序列分析及表达研究 被引量：10
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作者 梁慧芳 曾凡荣 毛建军 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期149-156,共8页
旨在为研究大眼长蝽(Geoco ris pallidipennis)卵黄原蛋白(Vitellogenin,Vg)分子特性及其基因生理功能。利用RT-PCR、RACE及ELISA方法对大眼长蝽Vg基因进行克隆、序列分析和表达研究。该基因c DNA全长5 667 bp(Gen Bank登录号:KP688587)... 旨在为研究大眼长蝽(Geoco ris pallidipennis)卵黄原蛋白(Vitellogenin,Vg)分子特性及其基因生理功能。利用RT-PCR、RACE及ELISA方法对大眼长蝽Vg基因进行克隆、序列分析和表达研究。该基因c DNA全长5 667 bp(Gen Bank登录号:KP688587),编码1 848个氨基酸残基,N-末端的前19个氨基酸为信号肽。氨基酸序列中有两个保守的多聚丝氨酸区域和RXXR酶切位点,接近C-末端有GLAG基序,其后有5个保守的半胱氨酸残基,DGYR基序位于GLAG上游18个氨基酸残基处。该基因编码氨基酸序列与其它半翅目昆虫Vg氨基酸序列相似度较高,氨基酸序列分析显示它有Vg的典型特征,表明克隆的c DNA序列是大眼长蝽的Vg基因序列。ELISA检测发现随着发育时间的延长,卵黄原蛋白表达量逐渐增加,羽化后22 d达到高峰,随后开始下降,结果表明大眼长蝽雌虫卵黄原蛋白的表达量与大眼长蝽产卵量紧密相关。 展开更多
关键词 大眼长蝽 卵黄原蛋白 Vg基因 序列分析 Vg表达
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基因表达序列分析技术(SAGE)在家蚕研究中的应用现状与前景 被引量：1
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作者 甘丽萍 徐世清 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第3期32-35,共4页
家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析... 家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析(LongSAGE)等在家蚕获取基因表达谱、发现组织特异表达以及发现新基因中应用获得了很多重要的结果;众多通用SAGE数据库以及家蚕数据库为SAGE数据的生物信息学分析提供条件;以SAGR为核心的一系列技术通过定性与定量研究将把家蚕基因研究引入基因网络研究中,进行靶向定位以及辐射研究,加快家蚕后基因组时代步伐,为快速有效地发掘和研究鳞翅目害虫的功能基因提供模式价值。 展开更多
关键词 家蚕 基因表达序列分析 结合标签的基因序列延伸 长片段基因表达序列分析
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碎米荠CarKCS基因全长CDS克隆、序列分析及表达载体构建 被引量：3
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作者 杨慧 魏解冰 +1 位作者 阮颖 刘春林 《作物研究》 2012年第3期213-218,共6页
根据KCS基因的保守性设计引物,以高神经酸含量的碎米荠叶片DNA为模板(KCS基因无内含子),克隆碎米荠超长链脂肪酸合成的限速酶β-酮脂酰-CoA合酶(KCS)基因全长CDS序列,命名为CarKCS。Blast比对及序列分析表明,目的片段序列和GenBank上报... 根据KCS基因的保守性设计引物,以高神经酸含量的碎米荠叶片DNA为模板(KCS基因无内含子),克隆碎米荠超长链脂肪酸合成的限速酶β-酮脂酰-CoA合酶(KCS)基因全长CDS序列,命名为CarKCS。Blast比对及序列分析表明,目的片段序列和GenBank上报道的拟南芥KCS18序列同源性达到87%。CarKCS全长1 518bp,不含内含子,编码505个氨基酸。生物信息学分析表明,所有的酶功能活性位点的氨基酸都存在,在N端都有两个,C端有一个高度疏水的跨膜结构域;CarKCS与KCS18同属于KCS基因家族的FAE1-like亚家族。将目的片段连接到pFGC-5941.nap表达载体,经PCR和酶切检测,证明已成功构建了pNapin-CarKCS载体。 展开更多
关键词 碎米荠 β-酮脂酰-CoA合酶(KCS)基因 序列分析 表达载体构建
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水稻优良三系不育系福农A多抗性基因分析及表达特性研究
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作者 连玲 涂诗航 +7 位作者 张居念 董萌 何炜 郑燕梅 解振兴 施龙清 姜照伟 吴春珠 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1007-1016,共10页
【目的】分析福农A中的抗病虫基因,为该不育系更好地应用于育种生产提供理论依据。【方法】以福农A及亲本福稻B、华航丝苗为材料,利用抗稻瘟病基因分子标记检测各材料中抗稻瘟病基因情况,并应用高密度芯片检测抗白叶枯病、抗病毒及抗褐... 【目的】分析福农A中的抗病虫基因,为该不育系更好地应用于育种生产提供理论依据。【方法】以福农A及亲本福稻B、华航丝苗为材料,利用抗稻瘟病基因分子标记检测各材料中抗稻瘟病基因情况,并应用高密度芯片检测抗白叶枯病、抗病毒及抗褐飞虱基因情况。PCR扩增获得福农A及亲本福稻B、华航丝苗中的抗稻瘟病基因,进行序列比对分析。植株培养至三叶一心期,喷雾接稻瘟病菌并取样,采用SYBR Green I荧光定量PCR(qRTPCR)分析抗稻瘟病基因的表达模式。【结果】福农A及亲本福稻B、华航丝苗中均含有稻瘟病抗性基因Pib、Pia、Pid3和Pid2,但均不含Pi9、Pi54、Pigm、Pit、Pi2;另外,福农A和华航丝苗中含有Pi5,而福稻B中含有Pita和Pi37。福农A及亲本福稻B和华航丝苗中均含有抗白叶枯病基因Xa21和抗黄色斑驳病毒病基因Rymv1;福农A及华航丝苗中含持久性抗水稻条叶枯病毒基因STV11;但它们中均不含抗褐飞虱基因Bph14、Bph15、Bph18、Bph26、Bph6、Bph9。扩增获得的Pi5、Pia、Pib、Pid3、Pid2基因序列长分别为5672、2597、5532、2865、3847 bp;福农A与亲本华航丝苗中的Pi5基因序列完全一致;福农A和亲本华航丝苗、福稻B中的Pia、Pib基因序列均完全一致;福农A和华航丝苗中的Pid3和Pid2基因序列完全一致,而它们与福稻B的序列分别有2个和5个碱基差异。在福农A中,抗稻瘟病基因Pi5和Pib的表达明显受稻瘟病菌的诱导,接菌72 h时表达量最高;Pia和Pid3的表达随接菌时间的延长而逐渐升高,接菌96 h时表达量最高;Pid2的表达先升高后降低,且在接菌24 h时表达量最高。【结论】水稻三系不育系福农A中含有稻瘟病抗性基因Pi5、Pib、Pia、Pid3和Pid2,抗白叶枯病基因Xa21、抗黄色斑驳病毒病基因Rymv1及持久性抗水稻条叶枯病毒基因STV11。因此,该不育系有望应用于多抗基因的聚合育种研究。 展开更多
关键词 福农A 稻瘟病抗性基因 序列分析 基因表达分析
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燕麦AsSOS1基因克隆及盐胁迫下的表达分析
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作者 慕平 杨莉 +4 位作者 周向睿 柴继宽 杜文盼 章海龙 赵桂琴 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期23-32,共10页
为探索燕麦主要耐盐基因AsSOS1(Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白)的功能,本研究以耐盐品种青永久195为供试材料,在种子实生苗沙培3周后克隆AsSOS1基因,对其蛋白序列进行同源比对并分析理化性质,预测蛋白的跨膜结构和亲/疏水性以及二级和三级结... 为探索燕麦主要耐盐基因AsSOS1(Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白)的功能,本研究以耐盐品种青永久195为供试材料,在种子实生苗沙培3周后克隆AsSOS1基因,对其蛋白序列进行同源比对并分析理化性质,预测蛋白的跨膜结构和亲/疏水性以及二级和三级结构,用qRT-PCR分析100 mmol/L NaCl胁迫下AsSOS1基因在燕麦根、茎、叶中的表达。结果表明,AsSOS1的开放阅读框长度为3411 bp,编码1137个氨基酸;AsSOS1蛋白分子量为126.088 KDa,等电点6.62,属于酸性蛋白,稳定系数45.14,疏水性蛋白;AsSOS1蛋白二级结构中包含48.20%的α-螺旋和33.77%的无规则卷曲,三级结构与二级结构预测结果一致,以α-螺旋为主;跨膜结构域预测结果显示,AsSOS1蛋白中包含胞外结构域、跨膜螺旋结构域和胞内结构域,其中氨基酸序列11~424是Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白的保守序列,预测该区域与植物耐盐性相关;进化分析发现,其与硬直黑麦草的亲缘关系最近,相似度高达96%。正常生长条件下,AsSOS1基因在燕麦根、茎、叶中均有表达;在100 mmol/L NaCl胁迫下,AsSOS1基因在茎和根中的表达量分别增加了171.4%和54.1%,说明AsSOS1受盐胁迫诱导,在燕麦耐盐过程中起重要作用。 展开更多
关键词 燕麦 AsSOS1 基因克隆 序列分析 表达分析
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陆地棉GhUGP1基因的克隆与表达分析
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作者 足木热木·吐尔逊 李晨宇 +5 位作者 陈明 于月华 李晓荣 杨洋 王勇攀 李波 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2038-2047,共10页
为进一步了解UGPase在棉花中的作用,根据全基因组测序结果,筛选且克隆了在陆地棉纤维发育过程中的关键基因GhUGP1。利用生物信息学方法对其核苷酸和氨基酸序列进行分析,通过同源重组技术,将GhUGP1基因的编码序列构建到原核表达载体pMAL-... 为进一步了解UGPase在棉花中的作用,根据全基因组测序结果,筛选且克隆了在陆地棉纤维发育过程中的关键基因GhUGP1。利用生物信息学方法对其核苷酸和氨基酸序列进行分析,通过同源重组技术,将GhUGP1基因的编码序列构建到原核表达载体pMAL-C4x上,通过IPTG诱导蛋白表达来确定IPTG诱导蛋白的最佳条件,最后利用Western Blot鉴定重组蛋白。结果显示,GhUGP1(XP_040931642.1)全长序列6572 bp,编码区1404 bp,编码467个氨基酸,预测分子质量约为51.493 ku,等电点为5.86。氨基酸序列比对分析发现在陆地棉、亚洲棉、木槿等不同物种间UGP序列的相似率为90.63%。进化树分析结果显示GhUGP1蛋白与亚洲棉UGP蛋白亲缘关系最近,同源性最高并在一个分支上。亚细胞定位结果显示该蛋白为核膜共定位。蛋白诱导时由于IPTG浓度梯度结果差别不明显,选择IPTG终浓度为0.3 mmol/L,而温度梯度和时间梯度结果差异明显,确定最佳诱导温度为28℃,最佳诱导时间为6 h,蛋白溶解及纯化的温度和时间为28℃诱导6 h。Western Blot结果表明重组蛋白的大小正确,最终成功获得了大小为95.9 ku的pMAL-C4x-GhUGP1重组蛋白,为后期对GhUGP1功能深度解析提供帮助。 展开更多
关键词 陆地棉 GhUGP1基因 克隆 序列分析 原核表达
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