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白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库的构建和初步分析 被引量:1
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作者 周村建 郝飞 +3 位作者 邓永键 李永平 王鲁 钟白玉 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期966-968,共3页
目的构建白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库,并从中挑取1000个阳性克隆进行测序。结果成功构建了白念珠菌酵母相细... 目的构建白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库,并从中挑取1000个阳性克隆进行测序。结果成功构建了白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库。1000个测序文件中,共获得标签17773个,代表单一转录本7333种,其中单一匹配标签占16·65%,多重匹配标签占6·59%,推测蛋白标签占16·27%,基因组及粘粒等标签占1·64%,新标签为58·86%。标签拷贝数超过35的33个高表达标签中有11个可能属于新的表达序列。结论LongSAGE是一种能够快速、高通量地研究细胞基因表达谱及其丰度的方法,可发现新的表达序列。 展开更多
关键词 念珠菌 白色 二态性 基因表达谱 长片段基因表达系列分析
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菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库的构建及结果分析
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作者 周村建 邓永键 +3 位作者 郝飞 钟白玉 王鲁 李永平 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第13期1384-1387,共4页
目的构建菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建菌丝相白假丝酵母菌LongSAGE文库,从文库中挑取阳性克隆测序,用SAGEs-oftware对测序结果进行分析和检索... 目的构建菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建菌丝相白假丝酵母菌LongSAGE文库,从文库中挑取阳性克隆测序,用SAGEs-oftware对测序结果进行分析和检索,从而了解菌丝相白假丝酵母菌基因表达情况。结果在菌丝相白假丝酵母菌的1 000个测序文件中,共获得标签17 552个,代表单一转录本6 627种,其中单一匹配标签占20.5%,多重匹配标签占6.64%,假设蛋白标签为18.47%,新标签为53.07%。标签拷贝数超过35拷贝的36个高表达标签中有15个可能属于新的表达序列。结论用LongSAGE技术获得了菌丝相白假丝酵母菌基因表达谱及其丰度的量化信息,可以发现新的表达序列,为进一步研究提供了基础。 展开更多
关键词 白假丝酵母菌 二态性 长片段基因表达系列分析
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采用PCR技术从高GC含量绿脓杆菌模板中扩增长片段外毒素A全基因 被引量:5
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作者 胡晓梅 饶贤才 +3 位作者 黄建军 金晓琳 朱军民 胡福泉 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第9期833-834,共2页
关键词 PCR技术 高GC含量 绿脓杆菌模板 DNA 外毒素A PCR扩增 长片段基因
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基因表达序列分析技术(SAGE)在家蚕研究中的应用现状与前景 被引量:1
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作者 甘丽萍 徐世清 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第3期32-35,共4页
家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析... 家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析(LongSAGE)等在家蚕获取基因表达谱、发现组织特异表达以及发现新基因中应用获得了很多重要的结果;众多通用SAGE数据库以及家蚕数据库为SAGE数据的生物信息学分析提供条件;以SAGR为核心的一系列技术通过定性与定量研究将把家蚕基因研究引入基因网络研究中,进行靶向定位以及辐射研究,加快家蚕后基因组时代步伐,为快速有效地发掘和研究鳞翅目害虫的功能基因提供模式价值。 展开更多
关键词 家蚕 基因表达序列分析 结合标签的基因序列延伸 长片段基因表达序列分析
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Ecology detection of moderate thermophilic enrichment at Lau Basin hydrothermal vents 被引量:2
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作者 周洪波 姬厚国 +2 位作者 魏曼曼 王玉光 陈新华 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2011年第2期392-398,共7页
Culturable thermophilic microorganisms were enriched from samples collected from Lau Basin hydrothermal vents in artificial seawater medium at 45 ℃ and pH 7.0. Microbial diversities of the enriched communities were d... Culturable thermophilic microorganisms were enriched from samples collected from Lau Basin hydrothermal vents in artificial seawater medium at 45 ℃ and pH 7.0. Microbial diversities of the enriched communities were defined by performing a restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of 16S rRNA gene sequences with enzymes MspI and Hin6 I. A total of 14 phylotypes have been detected by the RFLP patterns identified for 16S rRNA clone libraries of the enrichment. Analysis of sequences showed that at least four bacterial divisions presented in the clones libraries. The phyla Proteobacteria and Firmicutes were the most dominant groups. The majority of the sequences included in this analysis affiliated with Gamma Proteobacteria (71%) and Bacillus (23%). Scanning electron micrographs revealed that there were abundant rod and coceoidal forms encased in sulphur and sodium chloride precipitate. These results revealed that there were a diversity of moderate thermophilic bacterial populations thrived in Lau Basin hydrothermal vents that were previously not detected by either molecular retrieval or strain purification techniques. 展开更多
关键词 hydrothermal vents phylogenetic analysis enrichment culture RCR-RFLP microbial diversity SEDIMENTS
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