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基于线粒体COⅡ基因序列的长江下游翘嘴鲌群体遗传多样性分析
被引量：
3
1
作者
张桂宁
方弟安
+2 位作者
薛向平
毛成诚
彭云鑫
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期2025-2032,共8页
【目的】明确长江下游翘嘴鲌(Culter alburnus)群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础。【方法】在长江下游水域(淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段)设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COⅡ基因...
【目的】明确长江下游翘嘴鲌(Culter alburnus)群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础。【方法】在长江下游水域(淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段)设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COⅡ基因序列分析5个翘嘴鲌野生群体的遗传多样性,使用DNASPv5计算群体单倍型并进行Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验,运用Arlequin 3.5进行遗传多样性分析、群体分子方差分析(AMOVA)及计算遗传距离和基因流(Nm)。【结果】5个翘嘴鲌野生群体197个个体的COⅡ基因序列有效长度为425 bp,存在31个变异位点,变异率为7.29%;其碱基含量排序为T(29.61%)>C(28.03%)>A(24.19%)>G(18.17%),AT含量为53.8%,CG含量为46.2%。31个变异位点在197个个体中共定义出13种单倍型(hap1~hap13),单倍型多样性指数(Hd)为0.273~0.603,以长江群体和长荡湖群体的最高,太湖群体的最低;核苷酸多样性指数(Pi)为0.001~0.017,以长荡湖群体的最高,淀山湖群体的最低。5个翘嘴鲌野生群体间的遗传距离为0.002~0.015,即群体间无显著差异;不同群体间的Nm为2.443~54.325,以太湖群体与淀山湖群体间的Nm最大(54.325),长荡湖群体与淀山湖群体间的Nm最小(2.443);AMOVA分析结果显示,不同群体间的遗传变异为10.47%,而群体内的遗传变异为89.53%。在5个翘嘴鲌野生群体中,仅长江群体的Tajima’s D和Fu’Fs均为负值且具有显著意义,故推测该群体曾发生过群体扩张现象。【结论】长江下游翘嘴鲌群体表现出低单倍型多样性和高核苷酸多样性,遗传多样性较丰富,群体间存在遗传分化但分化程度差异不显著。因此,后续研究应增加野生翘嘴鲌群体的样品数量和调查水域,全面而系统地评估长江下游各水域翘嘴鲌的种质资源状况,为建立自然保护区及人工增殖放流提供科学依据。
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关键词
翘嘴鲌
COⅡ基因
遗传多样性
遗传分化
长江下游水域
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题名
基于线粒体COⅡ基因序列的长江下游翘嘴鲌群体遗传多样性分析
被引量：
3
1
作者
张桂宁
方弟安
薛向平
毛成诚
彭云鑫
机构
中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室
上海海洋大学/水产科学国家级实验教学示范中心
南京农业大学
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期2025-2032,共8页
基金
中国水产科学研究院基本科研业务费专项(2021JC0105)
江苏省水生野生动物普查专项(CZ2018002700)。
文摘
【目的】明确长江下游翘嘴鲌(Culter alburnus)群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础。【方法】在长江下游水域(淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段)设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COⅡ基因序列分析5个翘嘴鲌野生群体的遗传多样性,使用DNASPv5计算群体单倍型并进行Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验,运用Arlequin 3.5进行遗传多样性分析、群体分子方差分析(AMOVA)及计算遗传距离和基因流(Nm)。【结果】5个翘嘴鲌野生群体197个个体的COⅡ基因序列有效长度为425 bp,存在31个变异位点,变异率为7.29%;其碱基含量排序为T(29.61%)>C(28.03%)>A(24.19%)>G(18.17%),AT含量为53.8%,CG含量为46.2%。31个变异位点在197个个体中共定义出13种单倍型(hap1~hap13),单倍型多样性指数(Hd)为0.273~0.603,以长江群体和长荡湖群体的最高,太湖群体的最低;核苷酸多样性指数(Pi)为0.001~0.017,以长荡湖群体的最高,淀山湖群体的最低。5个翘嘴鲌野生群体间的遗传距离为0.002~0.015,即群体间无显著差异;不同群体间的Nm为2.443~54.325,以太湖群体与淀山湖群体间的Nm最大(54.325),长荡湖群体与淀山湖群体间的Nm最小(2.443);AMOVA分析结果显示,不同群体间的遗传变异为10.47%,而群体内的遗传变异为89.53%。在5个翘嘴鲌野生群体中,仅长江群体的Tajima’s D和Fu’Fs均为负值且具有显著意义,故推测该群体曾发生过群体扩张现象。【结论】长江下游翘嘴鲌群体表现出低单倍型多样性和高核苷酸多样性,遗传多样性较丰富,群体间存在遗传分化但分化程度差异不显著。因此,后续研究应增加野生翘嘴鲌群体的样品数量和调查水域,全面而系统地评估长江下游各水域翘嘴鲌的种质资源状况,为建立自然保护区及人工增殖放流提供科学依据。
关键词
翘嘴鲌
COⅡ基因
遗传多样性
遗传分化
长江下游水域
Keywords
Culter alburnus
COⅡgene
genetic diversity
genetic differentiation
lower Yangtze River waters
分类号
S965.123 [农业科学—水产养殖]
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1
基于线粒体COⅡ基因序列的长江下游翘嘴鲌群体遗传多样性分析
张桂宁
方弟安
薛向平
毛成诚
彭云鑫
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
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