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滇东南濒危植物长梗杜鹃转录组微卫星特征分析 被引量：15
1
作者 李太强 刘雄芳 +4 位作者 万友名 李正红 李钰莹 刘秀贤 马宏 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2017年第4期533-541,共9页
[目的]全面了解滇东南特有濒危植物长梗杜鹃转录组SSR位点的分布及序列特征,为长梗杜鹃的保护和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。[方法]利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台对长梗... [目的]全面了解滇东南特有濒危植物长梗杜鹃转录组SSR位点的分布及序列特征,为长梗杜鹃的保护和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。[方法]利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台对长梗杜鹃叶片进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。[结果]发现含SSR的序列17 354条,共得到23 192个SSR,出现频率为31.30%,平均每3 kb出现1个SSR。二碱基和三碱基重复为长梗杜鹃SSR主要重复单元类型,分别占SSR总数的69.25%和15.07%,187种重复基元中,所占比例最高的是(AG/CT)n(62.01%),其次是(A/T)n(12.34%)、(AC/GT)n(4.52%)和(AAG/CTT)n(4.23%)。在SSR和CDS的交集基因中,共发现15 908个SSR位点,其中2 792个位于编码区,出现频率为0.076 SSR/kb,而非编码区为0.344 SSR/kb,在基因编码区中出现频率最高的是三碱基重复(1 356,48.57%)。在不同长度重复单元中,二碱基重复SSR长度变异程度最高,其次是单碱基重复。长梗杜鹃SSR的频率和长度呈显著负相关(P<0.01),相关系数为-0.566。[结论]长梗杜鹃转录组SSR位点的出现频率高、分布密度大、基元类型丰富、重复次数较高、长片段较多,具有较高的多态性潜能,用于遗传分析的潜力很大,能满足该物种的保护遗传学研究。 展开更多
关键词 长梗杜鹃 转录组 微卫星特征 潜在多态性
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基于高通量测序的极小种群野生植物长梗杜鹃转录组分析 被引量：6
2
作者 李太强 刘雄芳 +7 位作者 万友名 李正红 起国海 李钰莹 刘秀贤 和锐 马艳 马宏 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期825-834,共10页
为加强特有濒危植物长梗杜鹃资源的评价、保护和鉴定工作,及为今后遗传育种和改善其农艺性状提供有益参考。本研究采用新一代高通量测序平台Illumina Hi Seq 4000对其转录组测序,得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得74 09... 为加强特有濒危植物长梗杜鹃资源的评价、保护和鉴定工作,及为今后遗传育种和改善其农艺性状提供有益参考。本研究采用新一代高通量测序平台Illumina Hi Seq 4000对其转录组测序,得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得74 092个Unigenes,平均长度、N_(50)、Q_(20)、Q_(30)以及GC含量分别为938 nt、1 616 nt、98.22%、95.20%和43.24%,其中1 Kb以上的Unigenes有23 879条。通过与七大功能数据库比对,分别有39 876(NR:53.82%)、38 065(NT:51.38%)、27 384(Swissprot:36.96%)、16 099(COG:21.73%)、30 401(KEGG:41.03%)、17 518(GO:23.64%)以及29 676(Interpro:40.05%)条Unigenes获得功能注释。长梗杜鹃转录组中的Unigenes根据GO功能大致可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类56亚类,其中执行生物学过程的基因最多,占41.53%;与COG数据库比对,根据其功能大致可分为25类;以KEGG数据库为参考,可归为6个代谢通路大类、32类代谢途径,并发掘出176条与人类疾病相关的Unigenes,包括内分泌及代谢疾病(167条)和抗药性(9条)。根据注释结果共检测出39 418个CDS,未注释上的Unigenes使用ESTScan预测后获得3 194个CDS。同时,预出到1 488个编码TF的Unigenes,以及检测到57 927个SNP多态位点。该转录组分析为今后长梗杜鹃乃至杜鹃属植物功能基因挖掘与利用、基因克隆、抗性机理分析、遗传资源分类和进化、分子标记开发以及分子辅助育种等研究提供了基础数据和重要参考。 展开更多
关键词 长梗杜鹃 转录组 UNIGENE 功能注释 编码序列 转录因子 单核苷酸多态性
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滇东南濒危植物长梗杜鹃的花粉形态及其特性研究 被引量：4
3
作者 李太强 刘雄芳 +5 位作者 李正红 万友名 刘秀贤 张序 安静 马宏 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2018年第3期51-59,共9页
[目的]对滇东南特有濒危植物长梗杜鹃花粉形态及其特性进行系统研究,为长梗杜鹃进一步的遗传育种、花粉种质保存和传粉生物学等相关保护利用提供一些科学依据,并为系统分类研究作旁证。[方法]利用光学显微镜和扫描电子显微镜对长梗杜鹃... [目的]对滇东南特有濒危植物长梗杜鹃花粉形态及其特性进行系统研究,为长梗杜鹃进一步的遗传育种、花粉种质保存和传粉生物学等相关保护利用提供一些科学依据,并为系统分类研究作旁证。[方法]利用光学显微镜和扫描电子显微镜对长梗杜鹃花朵不同发育时期(花蕾膨大期、花瓣初开期和花瓣盛开期)的花粉形态进行了观察;通过TTC染色法对开花当天不同时段及开花后不同天数的花粉活力进行了快速检测;做L25(53)正交试验探讨10 g·L-1琼脂和不同浓度的蔗糖、H3BO3、Ca Cl2组成的培养基配方对长梗杜鹃花粉萌发的影响。同时,研究了其花粉在不同贮藏温度下活力随贮藏时间的变化情况。[结果]表明:从花蕾膨大期到花瓣盛开期,花粉逐渐成熟,为四合体花粉,呈正四面体排列,四合体直径为43.0 65.4μm,平均51.3μm;单粒花粉近球形且表面有粘丝,具三孔沟。在扫描电镜下,花粉粒外壁为均匀的颗粒状,孔沟周围颗粒细密呈波状突起;在光镜下,花粉粒外壁为内外2层,厚度约相等为0.8 1.2μm。长梗杜鹃整个单花花期花粉活力较强,于开花当天9:00达最高,为92.18%,至花末期(花后第9天)仍保持着48.5%的活力,适宜做父本开展相关杂交育种工作。长梗杜鹃开花当天9:00的花粉在10 g·L-1琼脂+100 g·L-1蔗糖+200 mg·L-1H3BO3+0 mg·L-1Ca Cl2的培养基中萌发率最高,达90.26%;极差分析表明,影响长梗杜鹃花粉萌发率高低的主次顺序为蔗糖→Ca Cl2→H3BO3,一定浓度的蔗糖和H3BO3均起到了很好的促萌效果,而Ca Cl2的添加则显著抑制了其花粉萌发。此外,适宜的低温有利于长梗杜鹃花粉的贮藏,-18℃条件下贮藏48 d仍有一定的萌发力。[结论]长梗杜鹃特殊的花粉外壁纹饰支持了前人对其系统位置划分的合理性。其较高的花粉活力、适宜的固体萌发培养基及贮藏温度的研究为今后以长梗杜鹃为父本的杂交育种提供了可靠的理论依据,对其他同属植物花粉形态及特性研究具有重要的指导意义。 展开更多
关键词 长梗杜鹃 花粉形态 花粉活力 固体培养基 贮藏温度
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