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骨肉瘤中铜死亡相关亚型鉴定、预后模型构建以及免疫细胞浸润分析
被引量：
1
1
作者
邵子晨
李华南
+2 位作者
章晓云
孙伟康
袁启鹏
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期58-66,共9页
目的:在铜死亡基因基础上分析骨肉瘤(OS)中铜死亡基因相关亚型鉴定、预后模型构建和免疫浸润的影响。方法:联合TARGET与GEO数据库对OS相关铜死亡基因进行生存分析及预后相关性分析。采用一致性聚类方法将OS分为铜死亡不同亚型。运用SSG...
目的:在铜死亡基因基础上分析骨肉瘤(OS)中铜死亡基因相关亚型鉴定、预后模型构建和免疫浸润的影响。方法:联合TARGET与GEO数据库对OS相关铜死亡基因进行生存分析及预后相关性分析。采用一致性聚类方法将OS分为铜死亡不同亚型。运用SSGSEA对铜死亡分型进行免疫细胞差异分析。设置P value=0.05和q value=0.05,对铜死亡分型的差异基因进行GO及KEGG富集分析。依据Lasso回归分析及交叉验证结果构建预后模型,并进行风险评估分析和运用ROC曲线评估模型预测准确性。结合临床性状构建列线图预测患者生存期,同时进行风险差异分析。对OS样本进行免疫细胞浸润和肿瘤微环境分析。运用R软件“pRRophetic”包对OS样本进行药物敏感性分析。结果:确定FDX1、GLS、DLAT和PDHB为OS预后的高风险基因。对OS样本进行铜死亡分型,可将OS分为两型:CRGclusterA与CRGclusterB,其中CRGclusterA与Th2细胞相关,CRGclusterB与Th1细胞相关。大部分OS铜死亡基因在CRGclusterA中呈高表达。免疫细胞浸润分析结果表明γδT细胞、静息肥大细胞和静息树突状细胞与风险评分呈正相关,而CD8 T细胞与风险评分呈负相关。药物敏感性分析显示OS对Elesclomol与GW.441756更敏感。结论:本研究识别出CRGclusterA与CRGclusterB两种亚型。鉴定出4个预后高风险基因:FDX1、GLS、DLAT和PDHB,为OS预后评估和免疫治疗候选靶点提供了新见解。
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关键词
铜诱导细胞死亡
骨肉瘤
一致性聚类
免疫浸润
预后模型
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职称材料
题名
骨肉瘤中铜死亡相关亚型鉴定、预后模型构建以及免疫细胞浸润分析
被引量：
1
1
作者
邵子晨
李华南
章晓云
孙伟康
袁启鹏
机构
江西中医药大学临床医学院
江西中医药大学附属医院
广西中医药大学附属瑞康医院骨科
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期58-66,共9页
基金
国家自然科学基金项目(82060871,81860857)
江西省自然科学基金项目(20202BAB206071)。
文摘
目的:在铜死亡基因基础上分析骨肉瘤(OS)中铜死亡基因相关亚型鉴定、预后模型构建和免疫浸润的影响。方法:联合TARGET与GEO数据库对OS相关铜死亡基因进行生存分析及预后相关性分析。采用一致性聚类方法将OS分为铜死亡不同亚型。运用SSGSEA对铜死亡分型进行免疫细胞差异分析。设置P value=0.05和q value=0.05,对铜死亡分型的差异基因进行GO及KEGG富集分析。依据Lasso回归分析及交叉验证结果构建预后模型,并进行风险评估分析和运用ROC曲线评估模型预测准确性。结合临床性状构建列线图预测患者生存期,同时进行风险差异分析。对OS样本进行免疫细胞浸润和肿瘤微环境分析。运用R软件“pRRophetic”包对OS样本进行药物敏感性分析。结果:确定FDX1、GLS、DLAT和PDHB为OS预后的高风险基因。对OS样本进行铜死亡分型,可将OS分为两型:CRGclusterA与CRGclusterB,其中CRGclusterA与Th2细胞相关,CRGclusterB与Th1细胞相关。大部分OS铜死亡基因在CRGclusterA中呈高表达。免疫细胞浸润分析结果表明γδT细胞、静息肥大细胞和静息树突状细胞与风险评分呈正相关,而CD8 T细胞与风险评分呈负相关。药物敏感性分析显示OS对Elesclomol与GW.441756更敏感。结论:本研究识别出CRGclusterA与CRGclusterB两种亚型。鉴定出4个预后高风险基因:FDX1、GLS、DLAT和PDHB,为OS预后评估和免疫治疗候选靶点提供了新见解。
关键词
铜诱导细胞死亡
骨肉瘤
一致性聚类
免疫浸润
预后模型
Keywords
Copper-induced cell death
Osteosarcoma
Consistent clusters
Immune infiltration
Prognostic model
分类号
R739.9 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
骨肉瘤中铜死亡相关亚型鉴定、预后模型构建以及免疫细胞浸润分析
邵子晨
李华南
章晓云
孙伟康
袁启鹏
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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