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烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟
1
作者
段新丽
张欣
雷鸣
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第12期2491-2496,共6页
采用QM(PM3)/MM分子动力学(MD)方法模拟了烟酰胺酶催化烟酰胺水解脱氨形成烟碱酸的反应过程.计算结果表明,硫的亲核进攻是整个反应的速率控制步骤.当改变Ala155所在Loop区的位置,在亲核进攻时,底物能够自由旋转,可以加速亲核进攻过程并...
采用QM(PM3)/MM分子动力学(MD)方法模拟了烟酰胺酶催化烟酰胺水解脱氨形成烟碱酸的反应过程.计算结果表明,硫的亲核进攻是整个反应的速率控制步骤.当改变Ala155所在Loop区的位置,在亲核进攻时,底物能够自由旋转,可以加速亲核进攻过程并降低整个催化反应的能垒.讨论了氨分子的离去过程和质子传递过程的相关细节.为烟酰胺酶的定点突变以及脱氨酶的设计提供了有益的参考.
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关键词
烟酰胺酶
脱氨
反应机理
qm/
mm
方法
分子
动
力学
模拟
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职称材料
HY分子筛催化异丁烷/丁烯烷基化反应中加成反应的模拟研究
被引量：
4
2
作者
任奎
龙军
+2 位作者
任强
李永祥
代振宇
《石油学报（石油加工）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期24-33,共10页
建立了120T HY分子筛模型,采用量子力学与分子力学(QM/MM)相结合的方法,揭示了叔丁基烷氧基团(TBA)与异丁烯/2-丁烯发生加成反应的细节,并比较了二者的异同。结果表明,叔丁基碳正离子是加成反应的过渡态,且TBA与2-丁烯分子发生加成反应...
建立了120T HY分子筛模型,采用量子力学与分子力学(QM/MM)相结合的方法,揭示了叔丁基烷氧基团(TBA)与异丁烯/2-丁烯发生加成反应的细节,并比较了二者的异同。结果表明,叔丁基碳正离子是加成反应的过渡态,且TBA与2-丁烯分子发生加成反应的能垒值是与异丁烯反应的2倍左右。这是由于过渡态的碳正离子与异丁烯之间的电荷转移明显大于与2-丁烯的,二者之间的相互作用力更强,故过渡态能量更低。另外,由于TBA与2-丁烯发生加成反应后中心C原子稳定性降低,故需要首先生成"三角形结构"中间产物,再形成C8碳正离子,最终形成C8烷氧基团完成加成反应。
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关键词
HY
分子
筛
烷基化
分子
模拟
量子力学
与分子
力学
(
qm/
mm
)
加成反应
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职称材料
L1 β-Lactamase催化反应机理研究
被引量：
1
3
作者
徐定国
鄢国森
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2008年第12期2453-2456,共4页
用混合量子力学和分子力学(QM/MM)方法和密度泛函理论讨论了L1β-Lactamase催化Nitrocefin水解的过程,研究结果表明,反应为多步反应:第一步亲核进攻反应为反应的决速步骤,并且伴随着酰胺键的断裂,第二步反应为质子迁移反应.同时讨论了...
用混合量子力学和分子力学(QM/MM)方法和密度泛函理论讨论了L1β-Lactamase催化Nitrocefin水解的过程,研究结果表明,反应为多步反应:第一步亲核进攻反应为反应的决速步骤,并且伴随着酰胺键的断裂,第二步反应为质子迁移反应.同时讨论了金属锌在反应中的作用.
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关键词
混合
量子力学
和分
子力
学(
qm/
mm
)
密度泛函理论
Β-LACTAMASE
水解反应
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职称材料
题名
烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟
1
作者
段新丽
张欣
雷鸣
机构
化工资源有效利用国家重点实验室
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第12期2491-2496,共6页
基金
国家自然科学基金(批准号:21203006,21373023)资助~~
文摘
采用QM(PM3)/MM分子动力学(MD)方法模拟了烟酰胺酶催化烟酰胺水解脱氨形成烟碱酸的反应过程.计算结果表明,硫的亲核进攻是整个反应的速率控制步骤.当改变Ala155所在Loop区的位置,在亲核进攻时,底物能够自由旋转,可以加速亲核进攻过程并降低整个催化反应的能垒.讨论了氨分子的离去过程和质子传递过程的相关细节.为烟酰胺酶的定点突变以及脱氨酶的设计提供了有益的参考.
关键词
烟酰胺酶
脱氨
反应机理
qm/
mm
方法
分子
动
力学
模拟
Keywords
Nicotinamidase
Deamination
Mechanism
Quantum mechanics/molecular mechanics （
qm/
mm
） method
Molecular dynamics simulation
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
HY分子筛催化异丁烷/丁烯烷基化反应中加成反应的模拟研究
被引量：
4
2
作者
任奎
龙军
任强
李永祥
代振宇
机构
中国石化石油化工科学研究院催化材料与反应工程国家重点实验室
出处
《石油学报（石油加工）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期24-33,共10页
基金
北京市科技计划项目(Z151100002815026)
中国石油化工股份有限公司项目(115114)资助
文摘
建立了120T HY分子筛模型,采用量子力学与分子力学(QM/MM)相结合的方法,揭示了叔丁基烷氧基团(TBA)与异丁烯/2-丁烯发生加成反应的细节,并比较了二者的异同。结果表明,叔丁基碳正离子是加成反应的过渡态,且TBA与2-丁烯分子发生加成反应的能垒值是与异丁烯反应的2倍左右。这是由于过渡态的碳正离子与异丁烯之间的电荷转移明显大于与2-丁烯的,二者之间的相互作用力更强,故过渡态能量更低。另外,由于TBA与2-丁烯发生加成反应后中心C原子稳定性降低,故需要首先生成"三角形结构"中间产物,再形成C8碳正离子,最终形成C8烷氧基团完成加成反应。
关键词
HY
分子
筛
烷基化
分子
模拟
量子力学
与分子
力学
(
qm/
mm
)
加成反应
Keywords
HY zeolite
alkylation
molecular simulation
quantum mechanics and molecular mechanics(
qm/
mm
)
addition reaction
分类号
TE624.4 [石油与天然气工程—油气加工工程]
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职称材料
题名
L1 β-Lactamase催化反应机理研究
被引量：
1
3
作者
徐定国
鄢国森
机构
四川大学化学学院
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2008年第12期2453-2456,共4页
基金
国家自然科学基金(批准号:20803048)资助
文摘
用混合量子力学和分子力学(QM/MM)方法和密度泛函理论讨论了L1β-Lactamase催化Nitrocefin水解的过程,研究结果表明,反应为多步反应:第一步亲核进攻反应为反应的决速步骤,并且伴随着酰胺键的断裂,第二步反应为质子迁移反应.同时讨论了金属锌在反应中的作用.
关键词
混合
量子力学
和分
子力
学(
qm/
mm
)
密度泛函理论
Β-LACTAMASE
水解反应
Keywords
Combined quantum mechanics and molecular mechanics（
qm/
mm
）
Density functional theory
β-Lactamase
Hydrolysis reaction
分类号
O643.12 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟
段新丽
张欣
雷鸣
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
HY分子筛催化异丁烷/丁烯烷基化反应中加成反应的模拟研究
任奎
龙军
任强
李永祥
代振宇
《石油学报（石油加工）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
L1 β-Lactamase催化反应机理研究
徐定国
鄢国森
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2008
1
在线阅读
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职称材料
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