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新型冠状病毒感染大流行前后ICU环境中鲍曼不动杆菌同源性分析
被引量：
1
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作者
王筱
梁艳茹
+4 位作者
张悦
陆湘华
丰俊
王远萍
赵冰
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期1213-1219,共7页
目的探究新型冠状病毒感染大流行前后上海市部分医疗机构重症监护病房(ICU)环境中病原菌的分布及鲍曼不动杆菌同源性变化情况。方法采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法分离鉴定病原菌,通过Illumina Miseq测序平台对...
目的探究新型冠状病毒感染大流行前后上海市部分医疗机构重症监护病房(ICU)环境中病原菌的分布及鲍曼不动杆菌同源性变化情况。方法采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法分离鉴定病原菌,通过Illumina Miseq测序平台对鲍曼不动杆菌进行全基因组测序,基于多位点序列分型(MLST)和核心基因组MLST(cgMLST)探讨其亲缘关系。结果大流行后ICU环境中病原菌总检出率(6.10%,101/1656)低于大流行前(10.77%,181/1680;P<0.05)。大流行前后,ICU环境中检出的鲍曼不动杆菌在被褥表面占比均维持在最高水平,但大流行后ST型呈多样性分布。MLST_Pasteur结果显示,162株鲍曼不动杆菌分为20种ST型,以ST2(80.25%,130株)为主;MLST_Oxford结果显示,162株菌株共有19种ST型,以ST208(37.04%,60株)为主;基于cgMLST的聚类分析结果显示,大流行后ST208_Oxford与ST540_Oxford和ST369_Oxford的亲缘关系更接近,ST164_Pasteur克隆由大流行前的ST234_Oxford转变为大流行后的ST1418_Oxford,新发现2种新型ST_Pasteur和11种新型ST_Oxford。结论大流行后ICU环境中病原菌检出率低于大流行前,大流行前后相同分离位点ST型分布略有不同,大流行前后的流行克隆仍以ST2_Pasteur/ST208_Oxford为主,但部分等位基因发生了改变,cgMLST在同源性分析、进化与传播、暴发分析方面的精确度优于MLST_Oxford和MLST_Pasteur。
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关键词
新型冠状病毒感染
鲍曼不动杆菌
ST型
同源性分析
重症监护病房环境
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职称材料
题名
新型冠状病毒感染大流行前后ICU环境中鲍曼不动杆菌同源性分析
被引量：
1
1
作者
王筱
梁艳茹
张悦
陆湘华
丰俊
王远萍
赵冰
机构
上海市浦东新区疾病预防控制中心微生物检测实验室
上海市浦东新区疾病预防控制中心消毒与感染控制科
上海市疾病预防控制中心病原生物检定所
出处
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期1213-1219,共7页
基金
上海市加强公共卫生体系建设三年行动计划(2023-2025年)重点学科(GWVI-11.1-02)
上海市浦东新区疾病预防控制中心科技项目(PDCDC-KJ-2024-06)。
文摘
目的探究新型冠状病毒感染大流行前后上海市部分医疗机构重症监护病房(ICU)环境中病原菌的分布及鲍曼不动杆菌同源性变化情况。方法采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法分离鉴定病原菌,通过Illumina Miseq测序平台对鲍曼不动杆菌进行全基因组测序,基于多位点序列分型(MLST)和核心基因组MLST(cgMLST)探讨其亲缘关系。结果大流行后ICU环境中病原菌总检出率(6.10%,101/1656)低于大流行前(10.77%,181/1680;P<0.05)。大流行前后,ICU环境中检出的鲍曼不动杆菌在被褥表面占比均维持在最高水平,但大流行后ST型呈多样性分布。MLST_Pasteur结果显示,162株鲍曼不动杆菌分为20种ST型,以ST2(80.25%,130株)为主;MLST_Oxford结果显示,162株菌株共有19种ST型,以ST208(37.04%,60株)为主;基于cgMLST的聚类分析结果显示,大流行后ST208_Oxford与ST540_Oxford和ST369_Oxford的亲缘关系更接近,ST164_Pasteur克隆由大流行前的ST234_Oxford转变为大流行后的ST1418_Oxford,新发现2种新型ST_Pasteur和11种新型ST_Oxford。结论大流行后ICU环境中病原菌检出率低于大流行前,大流行前后相同分离位点ST型分布略有不同,大流行前后的流行克隆仍以ST2_Pasteur/ST208_Oxford为主,但部分等位基因发生了改变,cgMLST在同源性分析、进化与传播、暴发分析方面的精确度优于MLST_Oxford和MLST_Pasteur。
关键词
新型冠状病毒感染
鲍曼不动杆菌
ST型
同源性分析
重症监护病房环境
Keywords
COVID-19
Acinetobacter baumannii
ST type
homology analysis
intensive care unit environment
分类号
R181.32 [医药卫生—流行病学]
R378 [医药卫生—病原生物学]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
新型冠状病毒感染大流行前后ICU环境中鲍曼不动杆菌同源性分析
王筱
梁艳茹
张悦
陆湘华
丰俊
王远萍
赵冰
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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