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题名畲药十二时辰基源植物重瓣铁线莲的全长转录组分析
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作者
何舒澜
柯兰兰
陈观水
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机构
福建卫生职业技术学院药学院
福建医科大学基础医学院
福建农林大学生命科学学院
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出处
《福建农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第10期1162-1170,共9页
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基金
福建省职业院校教师教学创新团队立项建设项目(STD202401)
福建省大学生创新创业项目(S202110389044)
福建卫生职业技术学院教学创新团队专项(JG2021103)
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文摘
【目的】重瓣铁线莲是畲药十二时辰基源植物,以根入药,含有丰富的活性成分。本研究旨在了解重瓣铁线莲基因注释信息、次级代谢产物代谢通路及基因功能,丰富其转录组信息,为进一步筛选和鉴定其药用成分代谢通路相关基因奠定基础。【方法】利用SMRT测序技术,对重瓣铁线莲根进行全长转录组测序,并借助生物信息学工具进行功能注释、结构分析以及萜类合成途径基因的挖掘。【结果】测序共获得高质量测序subreads数据量62.21 Gb,通过数据处理分析,获得20540条高质量去冗余转录本。利用NR、GO、NT、Pfam、COG/KOG、SwissProt、KEGG等7个数据库对高质量去冗余序列进行基因功能注释,共有19909条转录本至少在1个数据库得到注释,有8888条转录本在NR、NT、COG/KOG、KEGG、GO等5个公共数据库中均有注释。GO注释结果显示,14911条转录本共富集在包含生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的53个条目中。KEGG分析显示,19701条转录本序列被富集到6条主通路和44条子通路。COG/KOG注释发现,13204条转录本被注释,其中注释最多的功能类别为一般功能预测。对转录本结构分析发现,共预测到978个转录因子、224条长非编码RNA、7167个SSR。对萜类化合物生物合成途径进行挖掘,共鉴定到48个转录本(16个关键酶候选基因)参与萜类骨架生物合成。【结论】本研究成功对畲药十二时辰基源植物重瓣铁线莲的根进行了全长转录组测序,获得该物种的全长转录组相关基因功能信息,填补了重瓣铁线莲基因信息的空白,为深入研究重瓣铁线莲的调控网络、生物学特征、相关代谢途径、信号通路及分子机制等提供参考。
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关键词
重瓣铁线莲
全长转录组
转录因子
长非编码RNA
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Keywords
Clematis florida
full-length transcriptome
transcription
LncRNA
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分类号
S567.2
[农业科学—中草药栽培]
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题名重瓣铁线莲组织培养研究
被引量：14
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作者
周琼
张丽琼
屈国胜
廖咸康
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机构
安康学院
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出处
《陕西农业科学》
2008年第5期92-93,共2页
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基金
安康学院科研启动专项经费项目(项目编号AYQDZR200631)
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文摘
利用重瓣铁线莲的茎段作为外植体研究重瓣铁线莲愈伤组织的诱导,结果表明:在本试验条件下,诱导出的愈伤组织为致密型愈伤组织,故在增殖培养中需提高植物生长物质的浓度;在MS+BA1.0 mg/l+2,4-D0.8mg/l+IAA0.2 mg/l培养基上诱导重瓣铁线莲的愈伤组织速度较快,诱导率高达90%;在重瓣铁线莲愈伤组织的诱导中,植物生长物质BA、2,4-DI、AA适宜的比例为5:4:1。
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关键词
重瓣铁线莲
茎段
愈伤组织
诱导
分化
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分类号
S687
[农业科学—观赏园艺]
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题名绿花重瓣铁线莲植物组织培养技术研究
被引量：2
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作者
张丽琼
常权记
廖咸康
禚苏
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机构
安康学院农学与生命科学院
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出处
《陕西农业科学》
2011年第1期47-48,69,共3页
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基金
安康学院专项科研计划资助项目(项目编号2005AZX019)
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文摘
绿花重瓣铁线莲是秦巴山区特有的品种,有着广阔的发展应用前景。阐述了利用组织培养技术繁殖绿花重瓣铁线莲的意义,对课题组近两年研究绿花重瓣铁线莲组织培养技术的进展情况作了介绍及小结,并对绿花重瓣铁线莲今后的研究工作进行了展望。
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关键词
绿花重瓣铁线莲
植物组织培养
研究小结
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分类号
S685.99
[农业科学—观赏园艺]
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题名重瓣铁线莲愈伤组织诱导研究
被引量：12
- 4
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作者
张涛
周琼
张丽琼
屈国胜
廖咸康
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机构
陕西省安康市农科所
安康学院
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出处
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2008年第22期9402-9402,9542,共2页
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基金
安康学院科研启动专项经费项目(AYQDZR-200631)
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文摘
[目的]为运用现代生物技术开发利用重瓣铁线莲提供参考。[方法]以重瓣铁线莲的茎段为外植体,在MS基本培养基中添加0.2mg/L IAA,0.5、1.0、1.52、.0 mg/L的6-BA和0.1、0.2、0.4、0.6、0.81、.0 mg/L的2,4-D,观察重瓣铁线莲愈伤组织的诱导情况,统计诱导率。[结果]各处理诱导出的愈伤组织均为致密型愈伤组织,很少进行分裂分化,故在增殖培养中需提高植物生长物质的浓度。培养基MS+1.0 mg/L 6-BA+0.8 mg/L 2,4-D+0.2 mg/L IAA的诱导效果最好,不仅形成的愈伤组织量多,而且诱导率高达90.0%。在重瓣铁线莲愈伤组织诱导中,植物生长物质6-BA、2,4-DI、AA的适宜比例为5∶4∶1。[结论]重瓣铁线莲茎段愈伤组织适宜的诱导培养基为:MS+1.0mg/L 6-BA+0.8 mg/L 2,4-D+0.2 mg/L IAA。
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关键词
重瓣铁线莲
茎段
愈伤组织
诱导
分化
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Keywords
C. florida vat. plena
Stems
Callus
Induction
Differentiation
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分类号
S722.31
[农业科学—林木遗传育种]
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题名重瓣铁线莲鲨烯合酶SQS基因的克隆及表达分析
被引量：1
- 5
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作者
何舒澜
杨谨
黄娴
陈观水
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机构
福建卫生职业技术学院
福建农林大学生命科学学院
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出处
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期1430-1437,共8页
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基金
福建省中青年教师教育科研项目职业院校专项(JZ180548)
福建省大学生创新创业项目(S202110389044)。
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文摘
【目的】鲨烯合酶是三萜类物质生物合成途径中的限速酶之一。克隆重瓣铁线莲的鲨烯合酶基因(Clematis florida squalene synthase,CfSQS),为利用基因工程技术提高重瓣铁线莲的三萜类次生代谢物的含量、提升重瓣铁线莲的药用价值奠定理论基础。【方法】根据重瓣铁线莲转录组数据并参考其他植物SQS基因设计引物,提取重瓣铁线莲叶片总RNA为模板,利用RT-PCR法扩增并克隆获得CfSQS基因全长cDNA序列,并对其进行生物信息学分析和时空表达分析。【结果】CfSQS ORF序列长度为1 227 bp,编码408个氨基酸,预测编码蛋白相对分子量为46.69 kDa,为不稳定、无信号肽的跨膜疏水蛋白,二级结构以α-螺旋(69.61%)和不规则卷曲(22.06%)为主;CfSQS含有鲨烯合酶家族高度保守的氨基酸残基,包括含有4个高度保守且典型的17~23个氨基酸长度的结构域(Ⅰ~Ⅳ)和1个高度差异的疏水区(Ⅴ)。系统进化分析表明,CfSQS与黑种草(Nigella sativa L.)等毛茛科植物SQS聚在一类,说明其亲缘关系最近。时空表达分析表明,CfSQS在重瓣铁线莲的根、茎和叶器官中都有表达。【结论】首次克隆了重瓣铁线莲三萜类皂苷上游合成的关键酶基因CfSQS的全长编码序列,并对其进行了生物信息学预测和组织表达分析。研究结果可为进一步研究重瓣铁线莲三萜类皂苷生物合成途径提供参考。
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关键词
重瓣铁线莲
三萜皂苷
鲨烯合酶
生物信息学分析
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Keywords
Clematis florida
triterpene saponins
squalene synthase
bioinformatics analysis
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分类号
S567
[农业科学—中草药栽培]
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