重复片段引物PCR用于鲍曼不动杆菌分型研究 被引量：11

1

作者 练向群 林亚蕾 +2 位作者 刘丁 俞志海 陈伟 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期437-438,共2页

目的　运用重复片段引物PCR的分析方法对鲍曼不动杆菌进行分子分型研究。方法　选用肠杆菌科基因间的的重复序列 (ERIC)为引物进行PCR扩增 ,对 2 2株鲍曼不动杆菌进行分型研究 ,并与生物学分型及抗生素耐药结果进行比较。结果　经重复... 目的　运用重复片段引物PCR的分析方法对鲍曼不动杆菌进行分子分型研究。方法　选用肠杆菌科基因间的的重复序列 (ERIC)为引物进行PCR扩增 ,对 2 2株鲍曼不动杆菌进行分型研究 ,并与生物学分型及抗生素耐药结果进行比较。结果　经重复片段引物PCR的方法 ,分离出 6种不同基因型的鲍曼不动杆菌 ,而生物学分型只有 2种 ,且与抗生素谱较为相关。结论　该方法简便易行 ,且重复性好 ,适合于医院感染流行病学研究。 展开更多

关键词 聚合酶链反应 重复片段 鲍曼不动杆菌 医院内感染 PCR 基因分型

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基于PFD过滤器查找DNA序列中相似性重复片段 被引量：1

2

作者 吴青泉 王国仁 +4 位作者 王镝 胡大斌 汪恒杰 郭烨 朱铭杰 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2007年第z3期521-528,共8页

在DNA序列中查找重复片段是基因序列分析的一个重要课题.由于重复片段的模式长度范围较大,所以仅使用编辑距离(edit distance)很难良好的衡量序列的相似性.提出了衡量重复片段相似性的新标准,新标准表达了序列间的距离与序列中相同部分... 在DNA序列中查找重复片段是基因序列分析的一个重要课题.由于重复片段的模式长度范围较大,所以仅使用编辑距离(edit distance)很难良好的衡量序列的相似性.提出了衡量重复片段相似性的新标准,新标准表达了序列间的距离与序列中相同部分的关系.考虑到计算的复杂性,基于频率向量提出了新的距离函数PFD(partition frequency distance)以及相应的过滤函数,用以产生重复片段的候选集,提高查找算法的效率.采用后继数组代替滑动窗口的方法进行序列划分,避免只可在等长的片段上查找重复片段的限制.实验结果表明,与TRF(tandem repeat finder)方法相比,基于PFD过滤函数的算法可以找到更多的满足相似性要求的重复片段. 展开更多

关键词 DNA序列 相似性重复片段 编辑距离 频率距离 Pearson相关性

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干燥过程中LEA-motif蛋白特征重复片段对POPE膜结构的保护研究 被引量：1

3

作者 翟振 李代禧 +4 位作者 张燕 陈正隆 刘宝林 刘立 余华星 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第1期161-167,共7页

通过分子动力学模拟的方法,模拟了1-棕榈酰基-2-油酰基磷脂酰乙醇胺(1-Palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine,POPE)生物膜在添加胚胎发育晚期丰富蛋白(Late embryogenesis abundant proteins,LEA蛋白)特征重复片段(LEA-... 通过分子动力学模拟的方法,模拟了1-棕榈酰基-2-油酰基磷脂酰乙醇胺(1-Palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine,POPE)生物膜在添加胚胎发育晚期丰富蛋白(Late embryogenesis abundant proteins,LEA蛋白)特征重复片段(LEA-motif)前后两种体系在低温下的干燥过程,对比分析了干燥过程中两种体系在POPE生物膜结构、扩散系数、侧链有序性及分子间氢键数目的变化,从微观角度揭示了POPE生物膜因干燥失水导致的结构变化以及添加LEA-motif之后LEA-motif与POPE生物膜的相互作用.结果表明,LEAmotif在脱水干燥过程中能够有效地稳定膜的结构,从而保护生物材料的生物活性. 展开更多

关键词 干燥 POPE生物膜 LEA蛋白特征重复片段(LEA—motif) 分子动力学模拟

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音乐数字序列中主题重复片段的查找

4

作者 陈白尘 王镝 +3 位作者 王国仁 赵毅 于长永 徐莹颖 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2006年第z3期184-188,共5页

随着将音乐作品转化为数字数据技术的不断涌现,基于音乐作品内容的查询已经成为未来音乐数据查询的一个重要方向,音乐作品中有意义的重复片段查询是其中一个重要部分.定义音乐数据中有意义的重复片段和给出有效的查找算法是亟待解决的... 随着将音乐作品转化为数字数据技术的不断涌现,基于音乐作品内容的查询已经成为未来音乐数据查询的一个重要方向,音乐作品中有意义的重复片段查询是其中一个重要部分.定义音乐数据中有意义的重复片段和给出有效的查找算法是亟待解决的两个重要问题.从音乐作品中重复片段的意义和听众对音乐作品的感知两个角度出发,定义了一种新的音乐数据重复片段--主题重复片段,并提出了查找算法.考虑到查找过程的复杂性,基于音乐数字序列中(δ,γ)相似性,设计了δ过滤器及γ过滤器,在线性时间内得到重复片段的候选集,提高了查找的效率.实验结果表明,算法在查找效率上是令人满意的. 展开更多

关键词 音乐数字序列 主题重复片段 (δ γ)相似 过滤器

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北方汉族31个X染色体短串联重复片段突变及遗传多态性研究 被引量：1

5

作者 徐妍 刘岩 +5 位作者 郝世诚 张金佩 刘革新 陶玉婷 王显众 袁丽 《中山大学学报（医学科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期511-521,共11页

【目的】调查31个X-STR基因座在中国北方汉族的遗传多态性、连锁不平衡情况和突变率。【方法】采集209个中国北方汉族健康志愿者家系样本,用MicroreaderTM 19X和AGCU X19 STR荧光检测试剂盒检测,统计基因座的突变率。选取家系中父亲或... 【目的】调查31个X-STR基因座在中国北方汉族的遗传多态性、连锁不平衡情况和突变率。【方法】采集209个中国北方汉族健康志愿者家系样本,用MicroreaderTM 19X和AGCU X19 STR荧光检测试剂盒检测,统计基因座的突变率。选取家系中父亲或母亲各207个样本,组成男性和女性无关个体组并进行遗传多态性研究和连锁不平衡检验。【结果】共检出344个等位基因,基因频率分布在0.0016-0.8100之间。其中多态性信息含量最丰富的基因座是DXS10135(PIC=0.9124)。个体识别能力在男、女群体中分别为0.3305-0.9181、0.5340-0.9876。累积个人识别概率在男、女群体中分别为1-4.5664×10^(-19)、1-1.5784×10^(-31)。平均排除概率在三联体和二联体中分别为0.3127-0.9124、0.1935-0.8446。累积平均排除概率在三联体和二联体中分别为1-2.2819×10^(-17)、1-2.5090×10^(-12)。经分析,有1对X-STR(DXS10103-DXS10101)存在明显连锁不平衡现象。在414次减数分裂中观察到19个X-STR基因座有突变,平均突变率为0.0023,突变率最高的基因座是DXS10135,为0.0121。【结论】获得的31个X-STR遗传学数据为法医学鉴定提供了基础数据。DXS10103-DXS10101存在连锁不平衡,在应用时需按照单倍型频率分析。应用高突变率基因座时需保持谨慎,不要因为个别基因座不符合遗传规律而排除具有某种亲缘关系。 展开更多

关键词 X染色体 短串联重复片段 北方汉族 遗传多态性 突变

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DNA片段拼接中基于定长特征子串的重复序列信息屏蔽方法 被引量：4

6

作者 张博锋 王正华 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第6期67-70,共4页

包含重复序列(repeats)的DNA序列的重构是大规模DNA片段拼接所面临的实际困难之一。在考虑片段数据所隐含的位置信息的基础上,提出了一种基于定长特征子串的屏蔽片段数据中重复序列信息的方法,即在进行序列相互比对前利用独特子串标识... 包含重复序列(repeats)的DNA序列的重构是大规模DNA片段拼接所面临的实际困难之一。在考虑片段数据所隐含的位置信息的基础上,提出了一种基于定长特征子串的屏蔽片段数据中重复序列信息的方法,即在进行序列相互比对前利用独特子串标识大多数片段,从而减少可能的错误重叠,讨论了方法中几个参数的确定问题并用计算结果说明了方法的有效性。 展开更多

关键词 重复序列 信息屏蔽 生物信息学 片段拼接 重复片段 定长特征子串 DNA序列

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重复引物PCR技术在超大片段动态突变疾病基因检测中的应用 被引量：1

7

作者 陈晟 吴志英 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1145-1151,共7页

动态突变疾病是指基因编码区或非编码区发生核苷酸重复序列异常扩增所导致的一类遗传性疾病。发生于非翻译区的动态突变常常伴有超大片段重复序列,应用普通PCR法无法对该片段进行扩增,而传统的Southern blot等技术费时费力,无法应用于... 动态突变疾病是指基因编码区或非编码区发生核苷酸重复序列异常扩增所导致的一类遗传性疾病。发生于非翻译区的动态突变常常伴有超大片段重复序列,应用普通PCR法无法对该片段进行扩增,而传统的Southern blot等技术费时费力,无法应用于临床基因诊断。在此背景下,重复引物PCR技术应运而生,并随着应用范围的扩大而逐渐改进,适用于强直性肌营养不良症、Friedreich共济失调、脊髓小脑性共济失调10型及C9orf72基因突变引起的额颞叶痴呆或肌萎缩侧索硬化等遗传性动态突变疾病的临床基因检测。文章简要介绍了重复引物PCR技术的原理,着重阐述了重复引物PCR技术在相关超大片段动态突变疾病临床基因检测中的应用进展。 展开更多

关键词 重复引物PCR技术 超大片段重复序列 基因诊断 动态突变疾病

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应用微阵列比较基因组杂交技术对胎儿额外小标记染色体及染色体大片段重复进行产前诊断 被引量：4

8

作者 江均 梁华 《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期103-107,共5页

目的对产前羊水细胞培养染色体核型分析,检测出来源不明染色体片段的胎儿应用基于芯片的微阵列比较基因组杂交(aCGH)技术检测,以明确其遗传物质的变异,探讨aCGH技术在检测胎儿来源不明染色体片段致病性中的临床价值。方法通过胎儿羊水... 目的对产前羊水细胞培养染色体核型分析,检测出来源不明染色体片段的胎儿应用基于芯片的微阵列比较基因组杂交(aCGH)技术检测,以明确其遗传物质的变异,探讨aCGH技术在检测胎儿来源不明染色体片段致病性中的临床价值。方法通过胎儿羊水细胞培养,染色体G显带核型分析,诊断出2例胎儿染色体异常(来源不明片段),核型分别为47,XY,+Mar及46,XY,add(16)(p13.1)。对此2例标本进行aCGH分析,通过多位点高分辨率扫描确定未知片段的来源及大小。结果 aCGH扫描检测出其中一个胎儿染色体在15q11.1-q12.1区带存在3.2 Mb的重复,另一个胎儿染色体在13q22.2-q33.3区带存在35.1 Mb的重复。结论利用aCGH技术可以方便快速地鉴定和分析染色体的重复变异,也能高效地对染色体重复片段进行定位,结合传统的核型分析技术,可以为判断额外染色体片段的遗传学效应和产前诊断提供帮助。 展开更多

关键词 微阵列比较基因组杂交技术 额外小标记染色体 染色体片段重复 产前诊断

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USH2A基因大片段重复等突变导致中重度听力损失 被引量：1

9

作者 许军 林妘 杨涛 《中华耳科学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第6期876-881,共6页

目的寻找并确定2例中重度听力损失家系的临床表型和分子病因,为该家庭生育提供遗传指导。方法通过家系调查,临床检查和遗传学特征的分析和应用包含406个靶向耳聋基因高通量测序筛选出候选致病病因,再利用Sanger测序验证USH2A致病突变和... 目的寻找并确定2例中重度听力损失家系的临床表型和分子病因,为该家庭生育提供遗传指导。方法通过家系调查,临床检查和遗传学特征的分析和应用包含406个靶向耳聋基因高通量测序筛选出候选致病病因,再利用Sanger测序验证USH2A致病突变和荧光定量PCR检测USH2A中的大片段重复序列插入突变。结果先证者均中重度听力损失,发现USH2A c.8559-2A>G(p.(Try2854_Arg2894del))和USH2A c.dup(exon37-39)复合杂合突变是J193家系的致聋突变;USH2A c.9570+1G>A(splicing)和USH2A c.5581G>A(p.G1861S)复合杂合突变是J195家系的致聋突变。结论目标区域捕获结合二代测序技术为具有高度遗传异质性的耳聋个体及家庭提供了有力的检测手段。采用该方法成功为J195家系和J193家系明确了致聋突变,其中USH2A c.8559-2A>G、USH2A c.9570+1G>A、USH2A c.5581G>A是已报道的致聋突变,而USH2A c.dup(exon37-39)是目前USH2A首个被报道的大片段基因组重复插入致病突变,丰富了该基因的遗传突变类型和图谱。 展开更多

关键词 USH2A基因 大片段重复突变 常染色体隐性遗传性耳聋

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番茄串联重复SlHSP20基因簇特征及差异表达分析

10

作者 马健 李娇 姜晶 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期385-394,共10页

在植物中,小热激蛋白(sHSPs)是含量最丰富,分布最广泛的热激蛋白,其保守的结构特征是在细菌和真核生物分化之前进化而来的。sHSPs作为分子伴侣,有助于抑制蛋白质聚集、细胞骨架蛋白动力学、细胞生长、转录、分化等在内的多种不同的细胞... 在植物中,小热激蛋白(sHSPs)是含量最丰富,分布最广泛的热激蛋白,其保守的结构特征是在细菌和真核生物分化之前进化而来的。sHSPs作为分子伴侣,有助于抑制蛋白质聚集、细胞骨架蛋白动力学、细胞生长、转录、分化等在内的多种不同的细胞进程。研究表明:番茄中SlHSP20基因簇在同一条染色体47.54Mb区域上串联重复排列。根据基因家族成员自身的进化分析,SlHSP20基因簇属于定位于细胞质/细胞核的CI类亚族sHSPs,并根据蛋白质的分子量命名为SlHSP17.6A、SlHSP17.6B、SlHSP17.6C和SlHSP17.7A。这些SlHSP20基因的基因组织结构与其同物种内sHSPs基因存在旁系同源关系,该基因簇中4个基因所编码的氨基酸序列具有高度同源性,但其5’-UTR中顺式作用元件不同,基因簇在番茄生长发育的表达及对激素和外源糖处理的表达都存在明显差异。共表达分析显示基因簇的互作基因也各不相同。以上研究结果为进一步分析番茄sHSPs基因的进化起源及其功能奠定了基础。 展开更多

关键词 小热激蛋白 串联重复片段 同源性 基因表达

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基于生物信息学特征的DNA序列数据压缩算法 被引量：8

11

作者 纪震 周家锐 +1 位作者 朱泽轩 Q H Wu 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第5期991-995,共5页

本文通过将生物学特征和生物学含义引入DNA序列数据的压缩处理中,提出了基于生物信息学特征的BioLZMA压缩算法.在BioLZMA算法中,DNA序列根据组成部分生物学含义的不同切分重组为四个集合:编码序列CDS集合、内含子序列集合、RNA序列集合... 本文通过将生物学特征和生物学含义引入DNA序列数据的压缩处理中,提出了基于生物信息学特征的BioLZMA压缩算法.在BioLZMA算法中,DNA序列根据组成部分生物学含义的不同切分重组为四个集合:编码序列CDS集合、内含子序列集合、RNA序列集合以及剩余序列的集合.根据各集合中序列的具体生物学特征分别使用针对性的压缩策略进行预处理,并通过LZMA算法进行压缩编码.实验结果表明,BioLZMA算法在基准测试序列上的压缩性能优于原有的DNA序列压缩方法.特别是对于生物信息学特征清晰的长序列,算法能够在较短的时间内获得较高的压缩率. 展开更多

关键词 DNA数据压缩 生物信息学 序列重组 近似重复片段 LZMA

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DNA序列中基于后继数组索引的LPR查找算法 被引量：4

12

作者 王镝 王国仁 +3 位作者 吴青泉 陈白尘 赵毅 毛克明 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2006年第z3期195-199,共5页

DNA序列中的重复片段在人类基因研究中有着非常重要的生物意义,因此,查找给定DNA序列中的重复片段是生物序列分析领域中的一个重要课题.基于重复片段的模式提出了新的重复片段定义LPR(largest pattern repetition)和模式单元的概念.对... DNA序列中的重复片段在人类基因研究中有着非常重要的生物意义,因此,查找给定DNA序列中的重复片段是生物序列分析领域中的一个重要课题.基于重复片段的模式提出了新的重复片段定义LPR(largest pattern repetition)和模式单元的概念.对于长度为n的DNA序列,其中的LPR的数量是O(n)数量级的,但提供了与个数可多达n2/4的tandem repeat相同的重复片段信息.基于模式单元设计了可用于重复片段查找的全新索引--后继数组.后继数组有效地降低了索引空间,很好地突破了重复片段查找中的索引空间瓶颈.在后继数组上,通过模式单元可发现构成LPR的全部原子模式,并通过判断相同模式是否在原序列中连续出现完成LPR的查找.理论分析和实验结果均表明,设计的LPR查找算法的时间和空间复杂度均为O(n). 展开更多

关键词 DNA序列 重复片段 LPR 模式单元 后继数组

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DNA序列中基于后继数组索引的SATR查找算法 被引量：2

13

作者 王镝 赵毅 +1 位作者 陈白尘 王国仁 《东北大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第2期184-188,共5页

研究了基因序列分析中的DNA序列相似性重复片段的查找问题.在对重复片段的相似性衡量进行分析之后,基于海明距离提出了新的相似度衡量标准模式相似度和片段相似度,并在此基础上提出了一个新的相似性重复片段的定义SATR(segment-similari... 研究了基因序列分析中的DNA序列相似性重复片段的查找问题.在对重复片段的相似性衡量进行分析之后,基于海明距离提出了新的相似度衡量标准模式相似度和片段相似度,并在此基础上提出了一个新的相似性重复片段的定义SATR(segment-similarity based approximate tandem repeats).在进行SATR的查找时,采用了一个轻量级的索引后继数组,并设计出在后继数组上进行SATR查找的算法.实验评估和性能分析表明,基于后继数组的SATR查找算法在查找结果和查找时间上都要优于其他同类方法. 展开更多

关键词 DNA序列 相似性重复片段 片段相似度 SATR 后继数组

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胃癌及癌前病变患者幽门螺杆菌的sabA基因多态性的研究

14

作者 任莉 廖亚玲 +1 位作者 郭刚 邹全明 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期892-895,共4页

目的对癌症和癌前病变患者幽门螺杆菌进行sabA基因遗传信息多态性的研究。方法采用特异引物聚合酶链反应(PCR)及测序和比较基因组方法分析42株国内癌症及癌前病变患者幽门螺杆菌的sabA基因CT双核苷酸重复序列调节区多态性。结果 sabA基... 目的对癌症和癌前病变患者幽门螺杆菌进行sabA基因遗传信息多态性的研究。方法采用特异引物聚合酶链反应(PCR)及测序和比较基因组方法分析42株国内癌症及癌前病变患者幽门螺杆菌的sabA基因CT双核苷酸重复序列调节区多态性。结果 sabA基因调节区的阳性检测率为85%,功能性sabA基因占所有测序菌株的55%。对随机挑选的18株检测阳性菌株进行测序分析,结果显示在碱基水平及氨基酸水平存在显著的遗传多态性。对sabA基因调节区的氨基酸序列聚类分析中发现,本研究菌株与国际已经完成测序的7株幽门螺杆菌可以明显的分为两个组,即中国组与西方组。结论 sabA基因CT双核苷酸重复序列调节区在中国菌株中普遍存在,且在翻译水平有很显著的多态性。聚类分析发现含有功能性sabA基因的幽门螺杆菌菌株多态性存在明显的地域性分布差异。 展开更多

关键词 幽门螺杆菌 sabA基因 CT重复片段 地域性分布

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六个miniSTR基因座在中国汉族人群的复合扩增研究(英文)

15

作者 贾振军 石美森 +4 位作者 蒋师 武尉 李英碧 吴谨 侯一平 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期94-97,共4页

目的研究两个miniSTR复合扩增体系在中国汉族人群中的特征,其中NC01(D10S1248、D14S1434和D22S1045)由欧洲DNA分析工作组推荐,另一体系中D2S2944、D18S872和D19S591位点为自行研究发现。方法利用荧光复合扩增技术进行扩增,采用ABI PRISM... 目的研究两个miniSTR复合扩增体系在中国汉族人群中的特征,其中NC01(D10S1248、D14S1434和D22S1045)由欧洲DNA分析工作组推荐,另一体系中D2S2944、D18S872和D19S591位点为自行研究发现。方法利用荧光复合扩增技术进行扩增,采用ABI PRISM 310基因分析仪对产物进行检测,GeneScan 3.7及GenoTyper 3.7软件分析结果。结果所有基因座复合Hardy-Weinberg平衡,6个基因座的累积个人识别率为0.9999,累积非父排除率为0.9793。同时对NC01在中国人群和其他人群中的遗传差异进行了比较。结论建立了两个miniSTR基因座的荧光标记复合扩增体系,这些体系在不同的人群中具有遗传差异。 展开更多

关键词 法医遗传学 微小片段短串联重复序列 基因扩增 降解DNA

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