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聚合酶链式反应扩增甘蔗钙调蛋白基因及其序列分析 被引量:9
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作者 林俊芳 陈如凯 +1 位作者 金志强 郑学勤 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第1期28-33,共6页
从甘蔗茎顶端分生组织提取总RNA,反转录合成CDNA第一条链,以此为模板,参考大麦钙调蛋白基因序列设计并合成5′端和3′端引物,PCR扩增甘蔗钙调蛋白基因,与克隆载体PGEM—3Zf(十)重组,转化E.coli HB101得到重组克隆.DNA序列分析结果表明;... 从甘蔗茎顶端分生组织提取总RNA,反转录合成CDNA第一条链,以此为模板,参考大麦钙调蛋白基因序列设计并合成5′端和3′端引物,PCR扩增甘蔗钙调蛋白基因,与克隆载体PGEM—3Zf(十)重组,转化E.coli HB101得到重组克隆.DNA序列分析结果表明;甘蔗钙调蛋白基因由450个核甘酸组成,编码148个氨基酸;在核甘酸序列上与迄今知道的几种植物的钙调蛋白基因有很高的同源性,同源率在80%以上;编码的氨基酸序列同源性更高,同源率高达90%以上. 展开更多
关键词 甘蔗 钙调蛋白基因 聚合链式反应 DNA序列
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三叶青相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应体系的建立与优化 被引量:7
2
作者 纪其雄 彭昕 +1 位作者 吴晓菁 杨雄志 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期562-566,共5页
目的建立浙江和江西产的三叶青(Tetrastigma hemsleyanum)SRAP-PCR的反应体系和扩增程序。方法应用L9(34)正交设计方法,以三叶青基因组DNA为模板,研究了Mg2+、dNTP、引物和模板DNA 4种PCR反应组分浓度变化对扩增结果的影响,根据梯度PCR... 目的建立浙江和江西产的三叶青(Tetrastigma hemsleyanum)SRAP-PCR的反应体系和扩增程序。方法应用L9(34)正交设计方法,以三叶青基因组DNA为模板,研究了Mg2+、dNTP、引物和模板DNA 4种PCR反应组分浓度变化对扩增结果的影响,根据梯度PCR仪引物的条带数量及清晰度选择退火温度。结果优化后的25μL反应体系包含:10×PCR buffer2.5μL,2.5mmol/L MgCl2,0.15mmol/Ld NTP,0.15μmol/L引物,1.0U Taq DNA聚合酶,50ng DNA模板。扩增程序的最佳退火温度为51℃。并筛选出8对扩增产物丰富,多态性好的引物。结论正交设计优化的三叶青SRAP反应体系,经过10份样品检验,证明该体系稳定可靠,多态性好,可用于三叶青遗传多样性分析。 展开更多
关键词 三叶青 相关序列扩增多态性-聚合链式反应(SRAP-PCR) 正交设计
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重复序列引物聚合酶链反应追踪金黄色葡萄球菌所致医院感染 被引量:3
3
作者 黄革 董婷 +3 位作者 侯铁英 张莉滟 王媚 荣卡彬 《中国感染与化疗杂志》 CAS 2006年第4期260-262,共3页
目的利用重复序列引物聚合酶链反应(rep-PCR)追踪我院一起由金葡菌所致的医院感染。方法分离得到的50株金葡菌用PHOENIX-100微生物自动鉴定系统鉴定,苯唑西林-盐琼脂筛选MRSA表型;PCR检测其耐药基因mecA;rep- PCR作金葡菌基因分型。结... 目的利用重复序列引物聚合酶链反应(rep-PCR)追踪我院一起由金葡菌所致的医院感染。方法分离得到的50株金葡菌用PHOENIX-100微生物自动鉴定系统鉴定,苯唑西林-盐琼脂筛选MRSA表型;PCR检测其耐药基因mecA;rep- PCR作金葡菌基因分型。结果50株金葡菌中,22株mecA阳性,其中19株分离自患者标本。采用rep-PCR,50株金葡菌均出现9~11条带的电泳图谱,从而可分成11个不同的基因型。结论rep-PCR是一种快速、简便、可靠的基因分型方法,是在分子水平追踪医院感染病原菌较理想的工具。 展开更多
关键词 重复序列引物聚合反应 金黄色葡萄球菌 医院感染
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序列特异引物引导的聚合酶链式反应(PCR-SSP)结合血清学在疑难血型鉴定中的应用 被引量:2
4
作者 宋艳艳 张羽茜 +2 位作者 曹昕瑞 于笑难 郑伟 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期824-827,共4页
目的 探讨血型血清学与序列特异引物引导的聚合酶链式反应(PCR-SSP)基因分型在ABO疑难血型鉴定中的作用。方法 用血清学分析鉴定的ABO疑难血型标本80例,同时采用PCR-SSP法进行基因分型,结合两种方法学结果,确定血型及制定输血策略。结果... 目的 探讨血型血清学与序列特异引物引导的聚合酶链式反应(PCR-SSP)基因分型在ABO疑难血型鉴定中的作用。方法 用血清学分析鉴定的ABO疑难血型标本80例,同时采用PCR-SSP法进行基因分型,结合两种方法学结果,确定血型及制定输血策略。结果 血清学鉴定亚型40例,其他原因引起的抗原抗体缺失或减弱正常血型40例;PCR-SSP法基因分型亚型41例(3例二者结果不一致:血清学Ael型1例,基因分型O2O2;血清学O型1例,基因分型BO1;血清学A型1例,基因分型AB),正常血型39例。结论 使用血清学结合基因分型鉴定ABO疑难血型具有重要意义。 展开更多
关键词 ABO血型 血型血清学 序列特异引物引导的聚合链式反应(PCR-SSP) 疑难血型
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聚合酶链式反应技术快速检测化妆品中大肠杆菌的研究 被引量:6
5
作者 牛玉倩 高路 +1 位作者 宋丽雅 何聪芬 《日用化学工业》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期352-355,380,共5页
利用聚合酶链式反应(PCR)技术建立了一种快速检测化妆品中大肠杆菌的方法。根据大肠杆菌的ITS保守序列设计特异性引物,确定引物的特异性;比较3种不同提取大肠杆菌DNA的方法,确定煮沸法为最优方法;模拟染菌的化妆品样品,对其进行增菌,并... 利用聚合酶链式反应(PCR)技术建立了一种快速检测化妆品中大肠杆菌的方法。根据大肠杆菌的ITS保守序列设计特异性引物,确定引物的特异性;比较3种不同提取大肠杆菌DNA的方法,确定煮沸法为最优方法;模拟染菌的化妆品样品,对其进行增菌,并作为模板进行PCR扩增。结果表明,此方法可以在原样品活菌浓度约8×100 cfu/mL时通过12 h增菌后检测出来,总的检测时间可以控制在24 h内。 展开更多
关键词 化妆品 大肠杆菌 聚合链式反应 快速检测 特异序列
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一种快速聚合酶链式反应方法的探究和法医学应用
6
作者 董会 李彩霞 +2 位作者 王晶 贾竞 刘超 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期931-937,共7页
目的优化和建立一套快速聚合酶链式反应(PCR)扩增体系和程序,缩短扩增时间,提高短串联重复序列分型的速率和办案效率。方法运用AmpFLSTR?Identifiler?Plus试剂盒和7种快速扩增酶进行筛选和优化,最后对筛选出的酶优化其扩增体系和扩增程... 目的优化和建立一套快速聚合酶链式反应(PCR)扩增体系和程序,缩短扩增时间,提高短串联重复序列分型的速率和办案效率。方法运用AmpFLSTR?Identifiler?Plus试剂盒和7种快速扩增酶进行筛选和优化,最后对筛选出的酶优化其扩增体系和扩增程序,并对几种常规检材中提取的DNA进行扩增和检测,然后对其分型结果进行验证和讨论。结果最终优化的扩增程序由常规的3 h左右缩短至24 min,DNA检验结果与常规方法一致。结论应用优化后的快速PCR扩增体系可以成功准确扩增DNA样本,显著提高DNA分型速率。 展开更多
关键词 法医学 快速聚合链式反应 复合短串联重复序列
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应用聚合酶链式反应和限制性内切酶酶切技术鉴别鳕鱼 被引量:4
7
作者 楼叶青 胡艺凡 +5 位作者 郑方媛 袁望 陈丽鑫 宋婉如 李素芳 潘家荣 《肉类研究》 北大核心 2019年第10期57-62,共6页
大西洋鳕鱼(Gadus morhua)作为一种具有高营养价值的海洋经济鱼类,常常会被掺入劣质、价格低廉的阿拉斯加狭鳕鱼(Theragra chalcogramma)或白姑鱼(Argyrosomus argentatus)等。通过对大西洋鳕鱼、阿拉斯加狭鳕鱼和白姑鱼的线粒体细胞色... 大西洋鳕鱼(Gadus morhua)作为一种具有高营养价值的海洋经济鱼类,常常会被掺入劣质、价格低廉的阿拉斯加狭鳕鱼(Theragra chalcogramma)或白姑鱼(Argyrosomus argentatus)等。通过对大西洋鳕鱼、阿拉斯加狭鳕鱼和白姑鱼的线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列进行比对分析,分别设计特异性引物。结果表明:通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增得到大西洋鳕鱼和阿拉斯加狭鳕鱼COⅠ基因扩增产物大小为579 bp,白姑鱼为399 bp;进一步使用Bst EⅡ限制性内切酶对大西洋鳕鱼和阿拉斯加狭鳕鱼COⅠ基因的PCR产物进行酶切,大西洋鳕鱼不能被酶切,而阿拉斯加狭鳕鱼被酶切为长度分别为361、218 bp的2个片段,从而有效区分大西洋鳕鱼、阿拉斯加狭鳕鱼和白姑鱼。 展开更多
关键词 鳕鱼 细胞色素c氧化亚基Ⅰ基因序列 聚合链式反应 BstEⅡ 鉴别
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通过PCR技术简单扩增奶牛高GC含量的rDNA重复序列 被引量:5
8
作者 王波 唐冬生 +3 位作者 蒋泓 洪亚辉 萧浪涛 周天鸿 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期602-604,共3页
为了探索利用PCR简单扩增高GC含量的长重复序列的方法,经反复摸索后选用LAPCR法即LAPCRTaq酶结合GC缓冲液Ⅱ来扩增奶牛高GC含量的长片段重复序列,成功获得了全长2538bp,GC含量为65.7%的DNA序列,其中ITS1的GC含量高达80%.探索了克隆复杂... 为了探索利用PCR简单扩增高GC含量的长重复序列的方法,经反复摸索后选用LAPCR法即LAPCRTaq酶结合GC缓冲液Ⅱ来扩增奶牛高GC含量的长片段重复序列,成功获得了全长2538bp,GC含量为65.7%的DNA序列,其中ITS1的GC含量高达80%.探索了克隆复杂DNA序列时引物设计的特别规则、反应体系的改进、DNA聚合酶的选用等措施. 展开更多
关键词 高GC含量 重复序列 核糖体DNA 聚合反应 奶牛
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江苏地区汉族人群八个短串联重复序列基因座遗传多态性研究 被引量:3
9
作者 易龙 陈仕林 +6 位作者 许争峰 潘永久 杨驰 应锋 丁卫东 王勇 凌立君 《医学研究生学报》 CAS 2004年第2期117-119,共3页
目的 :了解江苏地区汉族人群D14S30 6、D1S 818、D3S1338、LPL、F13B、F13A0 1、FESFPS和vWA等八个短串联重复序列 (STR)基因座的遗传多态性 ,并获得该群体的遗传学数据。 方法 :采用Chelex 10 0法从江苏地区无亲缘关系的汉族个体血标... 目的 :了解江苏地区汉族人群D14S30 6、D1S 818、D3S1338、LPL、F13B、F13A0 1、FESFPS和vWA等八个短串联重复序列 (STR)基因座的遗传多态性 ,并获得该群体的遗传学数据。 方法 :采用Chelex 10 0法从江苏地区无亲缘关系的汉族个体血标本 12 2份中提取DNA。特异引物聚合酶链反应。产物经 6 %变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,银染检测。 结果 :这八个STR基因座在江苏地区汉族人群均具有遗传多态性 ,并符合Hardy Wein berg定律 ,它们的个人识别率范围从F13B的 0 .6 86 9到vWA的 0 .92 85 ,非父排除率范围从F13B的 0 .2 4 99到vWA的 0 .6 0 2 6不等。 结论 展开更多
关键词 聚合反应 遗传多态性 短串联重复序列 江苏地区汉族群体
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中国江苏地区汉人群五个高多态性短串联重复序列(STR)基因座基因频率分布调查 被引量:2
10
作者 易龙 杨驰 +4 位作者 王勇 史冬泉 李志刚 李继周 周晓军 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期576-584,共9页
为选择有较好基因频率分布的短串联重复序列遗传标记,对中国江苏地区随机汉族人群的D5S818、D19S253、D12S391、D2S1338和D22S684 5个微卫星基因座进行了基因频率分布调查,并评估它们作为法医遗传标记在中国江苏地区汉族群体中的效能。... 为选择有较好基因频率分布的短串联重复序列遗传标记,对中国江苏地区随机汉族人群的D5S818、D19S253、D12S391、D2S1338和D22S684 5个微卫星基因座进行了基因频率分布调查,并评估它们作为法医遗传标记在中国江苏地区汉族群体中的效能。采用Chelex-100法从中国江苏地区无血缘关系汉族个体的血样本105份中提取DNA,特异引物聚合酶链反应,产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染检测。这5个STR基因座在中国江苏地区汉人群均显具有高度遗传多态性并符合Hardy-Weinberg定律,它们的个人识别率(DP)范围从D5S818的0.892 8到 D2S1338的 0.952 7,非父排除率(PE)范围从 D5S818的0.538 5到D2S1338的0.690 7不等。5个基因座的联合 DP值和联合 PE分别为0.999 997和0.991 8。在D22S684基因座,首次在汉人群报道的等位基因频率分布与英国Caucasian,Afro-Caribbean和Asian fom the Indian 3个人群相比较,卡方检验有显著差异(P<0.005)。为常规应用这 8个STR遗传标记在中国江苏地区汉人群中进行亲子鉴定和个人识别提供了概率计算依据和群体遗传学数据。 展开更多
关键词 聚合反应 遗传多态性 短串联重复序列 中国江苏地区汉族群体
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重复序列PCR与多位点分型技术在白假丝酵母菌基因分型中的比较 被引量:2
11
作者 魏冰 刘锦燕 +1 位作者 史册 项明洁 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1445-1448,共4页
目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较... 目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较分析获得REP-PCR分型。选择7对管家基因进行PCR反应并测序,将测序结果与标准序列进行比对,获得由7对管家基因组成的等位基因谱,最终得到相应的序列分型。结果 REP-PCR中Ca22-Ca22引物对得到电泳条带最优,40株白假丝酵母菌共分成7种REP-PCR型;MLST分型得出29种,且均为新型。结论 MLST分辨率较REP-PCR高,但由于REP-PCR分型方法更为快捷、经济,更适用于实验室大量菌株分型和临床分型。MLST则更客观,更适合用于进化学的研究及全球性流行病学的调查研究。 展开更多
关键词 白假丝酵母菌 多位点序列分型技术 重复序列聚合反应 基因分型
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短串联重复序列位点CYP19、LPL、TH的多态性研究 被引量:3
12
作者 余纯应 杨庆恩 +1 位作者 陈慧 杨荣芝 《同济医科大学学报》 CSCD 1997年第6期430-433,共4页
应用PCR及PAG电泳技术研究了CYP19、LPL和TH3个STR位点的多态性。调查武汉地区200名汉族无亲缘关系个体,首次获得汉族人群基因频率分布。3位点基因型频率分布与Hardy-weinberg平衡吻合。家系调查证实了等位基因具孟德尔遗传特征,观... 应用PCR及PAG电泳技术研究了CYP19、LPL和TH3个STR位点的多态性。调查武汉地区200名汉族无亲缘关系个体,首次获得汉族人群基因频率分布。3位点基因型频率分布与Hardy-weinberg平衡吻合。家系调查证实了等位基因具孟德尔遗传特征,观察46次减数分裂未发现突变基因。分别计算了汉族人群CYP19、LPL和TH位点的杂合度(H)、个人识别能力(DP)、多态性信息总量(PIC)和非父排除率(PE),为法医学应用提供了基础数据。 展开更多
关键词 短串联重复序列 基因频率 聚合反应
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大鼠肝脏脂酶基因的PCR扩增、序列分析和克隆 被引量:1
13
作者 余瑞元 《生物化学杂志》 CSCD 1997年第1期34-38,共5页
报导了应用聚合酶链式反应(PCR)技术,扩增大鼠肝脏脂酶基因及其克隆和序列分析的结果.经31个循环的扩增,得到大鼠肝脏脂酶及其N端结构域的cDNA,前者为1508bp的片段,后者为1076bp的片段.克隆后,对此二片段进行了限制性内切酶物... 报导了应用聚合酶链式反应(PCR)技术,扩增大鼠肝脏脂酶基因及其克隆和序列分析的结果.经31个循环的扩增,得到大鼠肝脏脂酶及其N端结构域的cDNA,前者为1508bp的片段,后者为1076bp的片段.克隆后,对此二片段进行了限制性内切酶物理图谱分析,测定了DNA序列,并已将它们克隆到表达载体pGT-d中. 展开更多
关键词 大鼠 肝脏脂基因 序列分析 聚合链式反应
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PCR检测结核分枝杆菌复合群IS_(986)DNA重复序列 被引量:1
14
作者 朱诗应 杨毓华 邵海枫 《医学研究生学报》 CAS 1994年第3期29-32,共4页
用PCR检测MTBC特异的IS986DNA重复序列。IS986DNA重复序列全长1358bp,特异地存在于MTBC细菌染色体DNA中,并且多次重复出现。作者参照文献,在此序列内合成一对引物,扩增出188bp的MTBC... 用PCR检测MTBC特异的IS986DNA重复序列。IS986DNA重复序列全长1358bp,特异地存在于MTBC细菌染色体DNA中,并且多次重复出现。作者参照文献,在此序列内合成一对引物,扩增出188bp的MTBC特异的DNA片段。实验证明具有高度的特异性和敏感性。与其它的分枝杆菌和人血细胞DNA无交叉反应。最小检出极限为10fgDNA或10个菌体/ml。对PCR反应体系中有关实验条件如引物浓度、TaqDNA聚合酶用量、循环程序等进行了优化选择。在临床标本细菌DNA抽提中首次采用了简便的TE-Triton煮沸法,节省了成本,使整个检测时间缩短至6~8h。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌复合群 聚合反应 DNA重复序列
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近江牡蛎16S rRNA基因片段序列变异分析 被引量:16
15
作者 苏天凤 江世贵 +2 位作者 周发林 朱彩艳 陈丕茂 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期100-103,共4页
采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增了近江牡蛎Crassostrea rivularis (Gould)线粒体DNA16S rRNA基因,获得了大约为500bp的片段.PCR产物纯化后进行序列测定,经Clustal X同源排序,去除引物及部分端部序列,得到了415bp的核苷酸片段.比较并... 采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增了近江牡蛎Crassostrea rivularis (Gould)线粒体DNA16S rRNA基因,获得了大约为500bp的片段.PCR产物纯化后进行序列测定,经Clustal X同源排序,去除引物及部分端部序列,得到了415bp的核苷酸片段.比较并分析了该片段的钦洲湾、长沙湾、镇海湾和珠江口共105个近江牡蛎个体的核苷酸序列多态性,共检测到23个多态性核苷酸突变位点,包括16个转换位点和7个颠换位点,发现了1个核苷酸插入突变位点.4个群体可分为12种单倍型.结果表明:4个群体中广西钦洲湾群体遗传多样性最高,其次为长沙湾、珠江口群体,镇海湾群体最低. 展开更多
关键词 RRNA基因 核苷酸 多态性 序列变异 突变位点 聚合链式反应 扩增 近江牡蛎 群体遗传 引物
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濒危树种格氏栲ISSR-PCR反应体系的建立 被引量:3
16
作者 林义君 刘金福 +2 位作者 潘东明 洪伟 吴则焰 《福建林学院学报》 CSCD 北大核心 2011年第2期115-119,共5页
以濒危珍稀树种格氏栲为材料,对ISSR反应体系中的各个主要影响因子进行优化筛选。首次建立可用于格氏栲ISSR-PCR分析的反应体系:20μL PCR反应体系中包括1 ng.μL-1模板DNA,0.10 mmol.L-1dNTP,2.0μL 10×PCR buffer(缓冲液),0.2μm... 以濒危珍稀树种格氏栲为材料,对ISSR反应体系中的各个主要影响因子进行优化筛选。首次建立可用于格氏栲ISSR-PCR分析的反应体系:20μL PCR反应体系中包括1 ng.μL-1模板DNA,0.10 mmol.L-1dNTP,2.0μL 10×PCR buffer(缓冲液),0.2μmol.L-1引物,0.037 5 U.μL-1 Taq酶,11.3μL ddH2O,2.0 mmol.L-1 MgCl2。扩增程序:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,复性45 s,72℃延伸1.5 min,循环34次,最后72℃延伸10 min,4℃保存。 展开更多
关键词 格氏栲 简单重复序列区间—聚合链式反应 体系优化
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石蒜属植物种质资源ISSR-PCR反应体系的建立 被引量:14
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作者 张雷凡 高燕会 +3 位作者 朱玉球 刘志高 童再康 黄华宏 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期156-161,共6页
为进一步开展石蒜属Lycoris植物种质资源遗传多样性研究,利用正交试验设计的方法,从Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物等5因素4水平,对石蒜属植物ISSR(intersimple sequence repeats)反应体系进行优化,确立了石蒜属植物ISSR的最佳反应体... 为进一步开展石蒜属Lycoris植物种质资源遗传多样性研究,利用正交试验设计的方法,从Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物等5因素4水平,对石蒜属植物ISSR(intersimple sequence repeats)反应体系进行优化,确立了石蒜属植物ISSR的最佳反应体系:在20μL反应体系中,含1×Buffer,模板DNA 50 ng,2.5 mmol.L-1氯化镁(MgCl2),0.15 mmol.L-1dNTP,25.05 nkatTaq聚合酶,0.5μmol.L-1引物。进一步进行梯度退火试验,确定最适宜退火温度为57℃。 展开更多
关键词 植物学 石蒜属 简单序列重复区间(ISSR) 正交设计 PCR聚合反应体系
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麻疯树遗传多样性的相关序列扩增多态性(SRAP)分析 被引量:9
18
作者 沈俊岭 倪慧群 +1 位作者 陈晓阳 黄少伟 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期347-353,共7页
采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对中国6省(区)及印度尼西亚共8个麻疯树Jatropha curcas种源样本进行研究,旨在阐明麻疯树种源间的遗传关系和遗传多样性。结果表明:麻疯树相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应(SRAP-PCR)最佳反应体... 采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对中国6省(区)及印度尼西亚共8个麻疯树Jatropha curcas种源样本进行研究,旨在阐明麻疯树种源间的遗传关系和遗传多样性。结果表明:麻疯树相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应(SRAP-PCR)最佳反应体系为:10×PCR buffer2μL,DNA模板20ng,Taq酶16.67nkat,Mg2+2.50mmol·L-1,三磷酸脱氧核苷酸(dNTP)120.00μmol·L-1,引物0.15μmol·L-1,总体积为20μL;并从274对引物中选出具有多态性的45对引物,共检测出500条清晰的条带,其中多态性条带141条,占总条带数的28.20%。非加权成对算术平均法(UPGMA)聚类分析及主成分分析表明,各个种源间的亲缘关系均很近,其相似系数为0.791~0.940,8个种源被聚为3类,其中印度尼西亚种源单独聚为1类,来自不同地域的7个中国种源被混聚为另外2类。 展开更多
关键词 林木育种学 麻疯树 相关序列扩增多态性-聚合链式反应 亲缘关系 聚类分析 主成分分析
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肾综合征出血热患者血清中汉坦病毒的检测及其序列分析 被引量:6
19
作者 潘蕾 白雪帆 +3 位作者 黄长形 李光玉 杨为松 傅恩清 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2001年第1期13-17,共5页
目的 为了进一步探讨RT -PCR用于HFRS临床标本中病毒基因检测的可行性及陕西西安地区近年主要流行汉坦病毒 (HV)毒株的分子流行病学特点。方法 本研究设计并合成了两套分别互补于HVM基因片段和S基因片段的引物 ,建立了检测HFRS患者临... 目的 为了进一步探讨RT -PCR用于HFRS临床标本中病毒基因检测的可行性及陕西西安地区近年主要流行汉坦病毒 (HV)毒株的分子流行病学特点。方法 本研究设计并合成了两套分别互补于HVM基因片段和S基因片段的引物 ,建立了检测HFRS患者临床血清标本中HV基因的RT -nestedPCR方法 ,并对扩增的部分HV靶基因进行了测序分析和比较。结果  119份HFRS病人血清 (经临床和IFA确诊 )经用S基因片段引物的RT -nestedPCR检测 ,阳性率分别为 :6 0 .5 % (<1w) ,34.1% (1~ 2w) ,4% (2~ 3w) ,0 % (>3w) ,31份HFRS急性期病人血清用M基因片段引物的RT -nestedPCR检测 ,仅 12份阳性 ,阳性率 40 %。结论 表明S基因片段引物的扩增效果优于M基因片段引物。 6份S基因片段引物扩增产物的测序结果显示 ,陕西西安地区HFRS感染的主要毒株为汉滩型 ,将PCR扩增的 6个靶基因序列与 76 - 118株S基因片段相应的核苷酸序列进行分析比较 ,同源性为 87.2 %~ 96 .0 % ;其推导的氨基酸序列与 76 - 118株核衣壳蛋白相应的氨基酸序列比较 ,同源性为 89.0 %~ 96 .0 %。 展开更多
关键词 汉坦病毒 肾综合征出血热 聚合链式反应 序列分析
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西安地区耐亚胺培南鲍曼不动杆菌的碳青霉烯酶及同源性研究 被引量:15
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作者 刘原 谭湘淑 韩新鹏 《中国感染与化疗杂志》 CAS 2009年第1期37-41,共5页
目的调查西安地区耐亚胺培南鲍曼不动杆菌的耐药性,研究其同源性及分子耐药机制。方法收集西安地区6所三级甲等医院1年间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株146株,采用K-B法进行药敏试验,E试验检测金属酶(MBL),PCR扩增OXA-23,-24,-58,-51l... 目的调查西安地区耐亚胺培南鲍曼不动杆菌的耐药性,研究其同源性及分子耐药机制。方法收集西安地区6所三级甲等医院1年间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株146株,采用K-B法进行药敏试验,E试验检测金属酶(MBL),PCR扩增OXA-23,-24,-58,-51like型及IMP-1型和VIM-2型碳青霉烯酶基因,其阳性产物经测序分析,应用肠杆菌科基因组内重复序列(ERIC)-PCR对菌株进行DNA分型和同源性分析。结果筛选出对亚胺培南耐药鲍曼不动杆菌(IRAB)非重复株15株,其中1株经E试验检测产金属酶,但扩增blaIMP-1,blaVIM-2均阴性,另外14株扩增blaOXA-66均阳性,11株blaOXA-23阳性,1株blaOXA-58阳性;ERIC-PCR将15株IRAB分为A型和B型,其中部分菌株的亲缘关系很近,同源性达90%以上。结论产OXA型碳青霉烯酶是西安地区该菌对亚胺培南耐药的主要原因,其中OXA-23型普遍存在,OXA-58型和OXA-66型基因在国内尚属新型碳青霉烯酶基因型;15株IRAB为2种克隆型,可能存在局部暴发流行。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 碳青霉烯 OXA-58 肠杆菌基因组内重复序列聚合反应
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